[日本語] English
万見
- EMDB-0557: Structural basis for human coronavirus attachment to sialic acid ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0557
タイトルStructural basis for human coronavirus attachment to sialic acid receptors
マップデータSharpened map
試料
  • 複合体: HCoV-OC43 spike glycoprotein ectodomain in complex with 9-O-acetyl sialic acid
    • タンパク質・ペプチド: Spike surface glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: methyl 9-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosidonic acid
  • リガンド: water水
機能・相同性
機能・相同性情報


endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, HCoV-OC43-like / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, murine hepatitis virus-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, HCoV-OC43-like / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, murine hepatitis virus-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
スパイクタンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Betacoronavirus (ウイルス) / Human coronavirus OC43 (ヒトコロナウイルス OC43)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Tortorici MA / Walls AC / Lang Y / Wang C / Li Z / Koerhuis D / Boons GJ / Bosch BJ / Rey FA / de Groot R / Veesler D
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM120553 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019
タイトル: Structural basis for human coronavirus attachment to sialic acid receptors.
著者: M Alejandra Tortorici / Alexandra C Walls / Yifei Lang / Chunyan Wang / Zeshi Li / Danielle Koerhuis / Geert-Jan Boons / Berend-Jan Bosch / Félix A Rey / Raoul J de Groot / David Veesler /
要旨: Coronaviruses cause respiratory tract infections in humans and outbreaks of deadly pneumonia worldwide. Infections are initiated by the transmembrane spike (S) glycoprotein, which binds to host ...Coronaviruses cause respiratory tract infections in humans and outbreaks of deadly pneumonia worldwide. Infections are initiated by the transmembrane spike (S) glycoprotein, which binds to host receptors and fuses the viral and cellular membranes. To understand the molecular basis of coronavirus attachment to oligosaccharide receptors, we determined cryo-EM structures of coronavirus OC43 S glycoprotein trimer in isolation and in complex with a 9-O-acetylated sialic acid. We show that the ligand binds with fast kinetics to a surface-exposed groove and that interactions at the identified site are essential for S-mediated viral entry into host cells, but free monosaccharide does not trigger fusogenic conformational changes. The receptor-interacting site is conserved in all coronavirus S glycoproteins that engage 9-O-acetyl-sialogycans, with an architecture similar to those of the ligand-binding pockets of coronavirus hemagglutinin esterases and influenza virus C/D hemagglutinin-esterase fusion glycoproteins. Our results demonstrate these viruses evolved similar strategies to engage sialoglycans at the surface of target cells.
履歴
登録2019年2月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年4月17日-
マップ公開2019年6月5日-
更新2020年11月25日-
現状2020年11月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6nzk
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0557.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0557.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度
表面レベル登録者による: 1 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-4.58008 - 7.030044
平均 (標準偏差)0.0032014397 (±0.11123292)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 419.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.051.051.05
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z420.000420.000420.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-4.5807.0300.003

-
添付データ

-
追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_0557_additional.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : HCoV-OC43 spike glycoprotein ectodomain in complex with 9-O-acety...

全体名称: HCoV-OC43 spike glycoprotein ectodomain in complex with 9-O-acetyl sialic acid
要素
  • 複合体: HCoV-OC43 spike glycoprotein ectodomain in complex with 9-O-acetyl sialic acid
    • タンパク質・ペプチド: Spike surface glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: methyl 9-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosidonic acid
  • リガンド: water水

-
超分子 #1: HCoV-OC43 spike glycoprotein ectodomain in complex with 9-O-acety...

超分子名称: HCoV-OC43 spike glycoprotein ectodomain in complex with 9-O-acetyl sialic acid
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Betacoronavirus (ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Spike surface glycoprotein

分子名称: Spike surface glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human coronavirus OC43 (ヒトコロナウイルス OC43)
分子量理論値: 146.438312 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPMGSLQPLA TLYLLGMLVA SVLAVIGDLK CTSDNINDKD TGPPPISTDT VDVTNGLGTY YVLDRVYLNT TLFLNGYYPT SGSTYRNMA LKGSVLLSRL WFKPPFLSDF INGIFAKVKN TKVIKDRVMY SEFPAITIGS TFVNTSYSVV VQPRTINSTQ D GDNKLQGL ...文字列:
MPMGSLQPLA TLYLLGMLVA SVLAVIGDLK CTSDNINDKD TGPPPISTDT VDVTNGLGTY YVLDRVYLNT TLFLNGYYPT SGSTYRNMA LKGSVLLSRL WFKPPFLSDF INGIFAKVKN TKVIKDRVMY SEFPAITIGS TFVNTSYSVV VQPRTINSTQ D GDNKLQGL LEVSVCQYNM CEYPQTICHP NLGNHRKELW HLDTGVVSCL YKRNFTYDVN ADYLYFHFYQ EGGTFYAYFT DT GVVTKFL FNVYLGMALS HYYVMPLTCN SKLTLEYWVT PLTSRQYLLA FNQDGIIFNA VDCMSDFMSE IKCKTQSIAP PTG VYELNG YTVQPIADVY RRKPNLPNCN IEAWLNDKSV PSPLNWERKT FSNCNFNMSS LMSFIQADSF TCNNIDAAKI YGMC FSSIT IDKFAIPNGR KVDLQLGNLG YLQSFNYRID TTATSCQLYY NLPAANVSVS RFNPSTWNKR FGFIEDSVFK PRPAG VLTN HDVVYAQHCF KAPKNFCPCK LNGSCVGSGP GKNNGIGTCP AGTNYLTCDN LCTPDPITFT GTYKCPQTKS LVGIGE HCS GLAVKSDYCG GNSCTCRPQA FLGWSADSCL QGDKCNIFAN FILHDVNSGL TCSTDLQKAN TDIILGVCVN YDLYGIL GQ GIFVEVNATY YNSWQNLLYD SNGNLYGFRD YITNRTFMIR SCYSGRVSAA FHANSSEPAL LFRNIKCNYV FNNSLTRQ L QPINYFDSYL GCVVNAYNST AISVQTCDLT VGSGYCVDYS KNGGSGGAIT TGYRFTNFEP FTVNSVNDSL EPVGGLYEI QIPSEFTIGN MVEFIQTSSP KVTIDCAAFV CGDYAACKSQ LVEYGSFCDN INAILTEVNE LLDTTQLQVA NSLMNGVTLS TKLKDGVNF NVDDINFSPV LGCLGSECSK ASSRSAIEDL LFDKVKLSDV GFVEAYNNCT GGAEIRDLIC VQSYKGIKVL P PLLSENQF SGYTLAATSA SLFPPWTAAA GVPFYLNVQY RINGLGVTMD VLSQNQKLIA NAFNNALYAI QEGFDATNSA LV KIQAVVN ANAEALNNLL QQLSNRFGAI SASLQEILSR LDALEAEAQI DRLINGRLTA LNAYVSQQLS DSTLVKFSAA QAM EKVNEC VKSQSSRINF CGNGNHIISL VQNAPYGLYF IHFSYVPTKY VTARVSPGLC IAGDRGIAPK SGYFVNVNNT WMYT GSGYY YPEPITENNV VVMSTCAVNY TKAPYVMLNT SIPNLPDFKE ELDQWFKNQT SVAPDLSLDY INVTFLDLLI KRMKQ IEDK IEEIESKQKK IENEIARIKK IKLVPRGSLE WSHPQFEK

-
分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 15 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

-
分子 #6: methyl 9-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galac...

分子名称: methyl 9-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosidonic acid
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: MJJ
分子量理論値: 365.333 Da
Chemical component information

ChemComp-MJJ:
methyl 9-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosidonic acid / メチル基

-
分子 #7: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 396 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 4C / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 70.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

6526

初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 178356

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る