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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0535 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM Reconstruction of Protease-Activateable Adeno-Associated Virus 9 (AAV9-L001) | |||||||||
マップデータ | Protease-Activateable Adeno-associated Virus 9 (AAV9-L001) | |||||||||
試料 |
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キーワード | AAV / activatable / gene therapy (遺伝子治療) / provector / VIRUS (ウイルス) | |||||||||
機能・相同性 | Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / Capsid protein VP1 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.16 Å | |||||||||
データ登録者 | Bennett AB / Agbandje-Mckenna M | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Ther / 年: 2019 タイトル: Protease-Activatable Adeno-Associated Virus Vector for Gene Delivery to Damaged Heart Tissue. 著者: Caitlin M Guenther / Mitchell J Brun / Antonette D Bennett / Michelle L Ho / Weitong Chen / Banghe Zhu / Michael Lam / Momona Yamagami / Sunkuk Kwon / Nilakshee Bhattacharya / Duncan Sousa / ...著者: Caitlin M Guenther / Mitchell J Brun / Antonette D Bennett / Michelle L Ho / Weitong Chen / Banghe Zhu / Michael Lam / Momona Yamagami / Sunkuk Kwon / Nilakshee Bhattacharya / Duncan Sousa / Annicka C Evans / Julie Voss / Eva M Sevick-Muraca / Mavis Agbandje-McKenna / Junghae Suh / 要旨: Adeno-associated virus (AAV) has emerged as a promising gene delivery vector because of its non-pathogenicity, simple structure and genome, and low immunogenicity compared to other viruses. However, ...Adeno-associated virus (AAV) has emerged as a promising gene delivery vector because of its non-pathogenicity, simple structure and genome, and low immunogenicity compared to other viruses. However, its adoption as a safe and effective delivery vector for certain diseases relies on altering its tropism to deliver transgenes to desired cell populations. To this end, we have developed a protease-activatable AAV vector, named provector, that responds to elevated extracellular protease activity commonly found in diseased tissue microenvironments. The AAV9-based provector is initially inactive, but then it can be switched on by matrix metalloproteinases (MMP)-2 and -9. Cryo-electron microscopy and image reconstruction reveal that the provector capsid is structurally similar to that of AAV9, with a flexible peptide insertion at the top of the 3-fold protrusions. In an in vivo model of myocardial infarction (MI), the provector is able to deliver transgenes site specifically to high-MMP-activity regions of the damaged heart, with concomitant decreased delivery to many off-target organs, including the liver. The AAV provector may be useful in the future for enhanced delivery of transgenes to sites of cardiac damage. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0535.map.gz | 83.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0535-v30.xml emd-0535.xml | 11.3 KB 11.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0535.png | 199.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-0535.cif.gz | 6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0535 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0535 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0535.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 264.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Protease-Activateable Adeno-associated Virus 9 (AAV9-L001) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.974 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Adeno-associated virus
全体 | 名称: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Adeno-associated virus
超分子 | 名称: Adeno-associated virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 272636 / 生物種: Adeno-associated virus / Sci species strain: 9-L001 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 260.0 Å / T番号(三角分割数): 1 |
-分子 #1: Capsid protein VP1
分子 | 名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス) |
分子量 | 理論値: 60.939168 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DGVGSSSGNW HCDSQWLGDR VITTSTRTWA LPTYNNHLYK QISNSTSGGS SNDNAYFGYS TPWGYFDFNR FHCHFSPRDW QRLINNNWG FRPKRLNFKL FNIQVKEVTD NNGVKTIANN LTSTVQVFTD SDYQLPYVLG SAHEGCLPPF PADVFMIPQY G YLTLNDGS ...文字列: DGVGSSSGNW HCDSQWLGDR VITTSTRTWA LPTYNNHLYK QISNSTSGGS SNDNAYFGYS TPWGYFDFNR FHCHFSPRDW QRLINNNWG FRPKRLNFKL FNIQVKEVTD NNGVKTIANN LTSTVQVFTD SDYQLPYVLG SAHEGCLPPF PADVFMIPQY G YLTLNDGS QAVGRSSFYC LEYFPSQMLR TGNNFQFSYE FENVPFHSSY AHSQSLDRLM NPLIDQYLYY LSKTINGAGV PM SMRGGGD DDDGVPMSMR GGGASGQNQQ TLKFSVAGPS NMAVQGRNYI PGPSYRQQRV STTVTQNNNS EFAWPGASSW ALN GRNSLM NPGPAMASHK EGEDRFFPLS GSLIFGKQGT GRDNVDADKV MITNEEEIKT TNPVATESYG QVATNHQSAQ AQAQ TGWVQ NQGILPGMVW QDRDVYLQGP IWAKIPHTDG NFHPSPLMGG FGMKHPPPQI LIKNTPVPAD PPTAFNKDKL NSFIT QYST GQVSVEIEWE LQKENSKRWN PEIQYTSNYY KSNNVEFAVN TEGVYSEPRP IGTRYLTRNL UniProtKB: Capsid protein VP1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 構成要素 - 式: PBS-MK / 構成要素 - 名称: TD Buffer |
グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
詳細 | The sample was monodisperse. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k) 平均電子線量: 20.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING Projection matching processing - Number reference projections: 100 |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 114044 |