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- EMDB-0520: SARS-Coronavirus NSP12 bound to NSP7 and NSP8 co-factors -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0520
タイトルSARS-Coronavirus NSP12 bound to NSP7 and NSP8 co-factors
マップデータ
試料SARS-Coronavirus NSP12 bound to NSP7 and NSP8 co-factors:
NSP12 / NSP8 / NSP7 / ligandリガンド
機能・相同性
機能・相同性情報


modulation by virus of host autophagy / positive regulation of ubiquitin-specific protease activity / suppression by virus of host translation / mRNA methylation / RNA phosphodiester bond hydrolysis, exonucleolytic / Lys48-specific deubiquitinase activity / SARS coronavirus main proteinase / induction by virus of catabolism of host mRNA / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / suppression by virus of host ISG15 activity ...modulation by virus of host autophagy / positive regulation of ubiquitin-specific protease activity / suppression by virus of host translation / mRNA methylation / RNA phosphodiester bond hydrolysis, exonucleolytic / Lys48-specific deubiquitinase activity / SARS coronavirus main proteinase / induction by virus of catabolism of host mRNA / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / suppression by virus of host ISG15 activity / suppression by virus of host NF-kappaB transcription factor activity / 3'-5'-exoribonuclease activity / cytoplasmic viral factory / Hydrolases, Acting on ester bonds, Exoribonucleases producing 5'-phosphomonoesters / modulation by virus of host protein ubiquitination / omega peptidase activity / suppression by virus of host IRF3 activity / transcription, RNA-templated / 7-methylguanosine mRNA capping / positive stranded viral RNA replication / viral transcription / viral genome replication / Transferases, Transferring one-carbon groups, Methyltransferases / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA (guanine-N7-)-methyltransferase activity / thiol-dependent ubiquitinyl hydrolase activity / ヘリカーゼ / ubiquitinyl hydrolase 1 / single-stranded RNA binding / methyltransferase activity / Hydrolases, Acting on peptide bonds (peptidases), Cysteine endopeptidases / helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / host cell membrane / suppression by virus of host type I interferon-mediated signaling pathway / ヘリカーゼ / double-stranded RNA binding / RNA依存性RNAポリメラーゼ / induction by virus of host autophagy / viral RNA genome replication / endonuclease activity / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / Hydrolases, Acting on ester bonds / transcription, DNA-templated / RNA binding / zinc ion binding / integral component of membrane / ATP binding / identical protein binding
Peptidase S1, PA clan / Non structural protein 7 / Coronavirus NSP4, C-terminal domain superfamily / Replicase polyprotein 1a/1ab / NSP1 domain superfamily / Macro domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / Peptidase C30, Coronavirus endopeptidase / NSP8 replicase superfamily / Coronavirus non-structural protein NSP16 ...Peptidase S1, PA clan / Non structural protein 7 / Coronavirus NSP4, C-terminal domain superfamily / Replicase polyprotein 1a/1ab / NSP1 domain superfamily / Macro domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / Peptidase C30, Coronavirus endopeptidase / NSP8 replicase superfamily / Coronavirus non-structural protein NSP16 / NSP11 / RNA polymerase, N-terminal, coronaviral / Peptidase C30/C16 / NSP9 replicase / Papain-like viral protease / NSP8 replicase / Coronavirus, polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non structural protein NSP1 / SARS coronavirus, polyprotein cleavage domain PL2pro / SARS coronavirus, non-structural protein 3, N-terminal / Non-structural protein 3, coronavirus single-stranded poly(A) binding domain / (+) RNA virus helicase core domain / Coronaviridae zinc-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase / Coronavirus nonstructural protein 4, C-terminal / Replicase polyprotein, nucleic acid-binding domain (NAR) / Coronavirus RNA synthesis protein NSP10 superfamily / Replicase NSP9 superfamily / Endoribonuclease EndoU-like / NSP7 superfamily / Nsp3, coronavirus single-stranded poly(A) binding domain superfamily / Protein of unknown function (DUF3655) / nsp7 replicase / nsp8 replicase / RNA synthesis protein NSP10 / Non structural protein Nsp1 / Single-stranded poly(A) binding domain / Coronavirus polyprotein cleavage domain / Nucleic acid-binding domain (NAR) / Coronavirus RPol N-terminus / Coronavirus nonstructural protein 4 C-terminus / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase family C16 domain profile. / Macro domain profile. / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Papain like viral protease / nsp9 replicase / NSP11 / Coronavirus NSP16 / Macro domain / Coronavirus endopeptidase C30
Replicase polyprotein 1a / Replicase polyprotein 1ab
生物種SARS coronavirus (SARSコロナウイルス) / Human SARS coronavirus (SARSコロナウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Kirchdoerfer RN / Ward AB
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2019
タイトル: Structure of the SARS-CoV nsp12 polymerase bound to nsp7 and nsp8 co-factors.
著者: Robert N Kirchdoerfer / Andrew B Ward /
要旨: Recent history is punctuated by the emergence of highly pathogenic coronaviruses such as SARS- and MERS-CoV into human circulation. Upon infecting host cells, coronaviruses assemble a multi-subunit ...Recent history is punctuated by the emergence of highly pathogenic coronaviruses such as SARS- and MERS-CoV into human circulation. Upon infecting host cells, coronaviruses assemble a multi-subunit RNA-synthesis complex of viral non-structural proteins (nsp) responsible for the replication and transcription of the viral genome. Here, we present the 3.1 Å resolution structure of the SARS-CoV nsp12 polymerase bound to its essential co-factors, nsp7 and nsp8, using single particle cryo-electron microscopy. nsp12 possesses an architecture common to all viral polymerases as well as a large N-terminal extension containing a kinase-like fold and is bound by two nsp8 co-factors. This structure illuminates the assembly of the coronavirus core RNA-synthesis machinery, provides key insights into nsp12 polymerase catalysis and fidelity and acts as a template for the design of novel antiviral therapeutics.
構造検証レポートPDB-ID: 6nur

簡易版詳細版構造検証レポートについて
履歴
登録2019年2月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年2月27日-
マップ公開2019年5月29日-
更新2019年6月12日-
現状2019年6月12日処理サイト: RCSB / 状態: Released

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構造の表示

ムービー
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  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0520.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.15 Å/pix.
x 256 pix.
= 294.4 Å
1.15 Å/pix.
x 256 pix.
= 294.4 Å
1.15 Å/pix.
x 256 pix.
= 294.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.15 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.035 / ムービー #1: 0.035
最小 - 最大-0.1621221 - 0.2418724
平均 (標準偏差)0.0000073721485 (±0.007598761)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
Dimensions256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 294.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.151.151.15
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z294.400294.400294.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.1620.2420.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_0520_msk_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 SARS-Coronavirus NSP12 bound to NSP7 and NSP8 co-factors

全体名称: SARS-Coronavirus NSP12 bound to NSP7 and NSP8 co-factors
構成要素数: 5

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構成要素 #1: タンパク質, SARS-Coronavirus NSP12 bound to NSP7 and NSP8 co-factors

タンパク質名称: SARS-Coronavirus NSP12 bound to NSP7 and NSP8 co-factors
組換発現: No
分子量理論値: 160 kDa
由来生物種: SARS coronavirus (SARSコロナウイルス)
由来(合成)発現系: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
ベクター: pFastBac / 発現系の細胞: Sf21

+
構成要素 #2: タンパク質, NSP12

タンパク質名称: NSP12 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 109.277031 kDa
由来生物種: Human SARS coronavirus (SARSコロナウイルス)
由来(合成)発現系: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

+
構成要素 #3: タンパク質, NSP8

タンパク質名称: NSP8 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 21.88799 kDa
由来生物種: Human SARS coronavirus (SARSコロナウイルス)
由来(合成)発現系: Escherichia coli BL21 (大腸菌)

+
構成要素 #4: タンパク質, NSP7

タンパク質名称: NSP7 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 9.333869 kDa
由来生物種: Human SARS coronavirus (SARSコロナウイルス)
由来(合成)発現系: Escherichia coli BL21 (大腸菌)

+
構成要素 #5: リガンド, ZINC ION

リガンド名称: ZINC ION / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 6.540905 MDa

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液試料濃度: 3.1 mg/mL
緩衝液: n-dodecyl-beta-D-maltopyranoside was added just prior to spotting samples onto holey EM grids.
pH: 7.4
凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 温度: 277 K / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射量: 50.5 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 43478.0 X (calibrated) / Cs: 2.7 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
カメラ検出器: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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画像取得

画像取得デジタル画像の数: 1677

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: C1 (非対称) / 投影像の数: 71046
3次元再構成ソフトウェア: RELION / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築

モデリング #1精密化に使用した空間: REAL
得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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