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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0466 | |||||||||
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タイトル | HIV-1 Env State 2A | |||||||||
マップデータ | Envelope封筒 | |||||||||
試料 |
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生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.08 Å | |||||||||
データ登録者 | Alsahafi N / Bakouche N / Kazemi M / Richard J / Ding S / Bhattacharyya S / Das D / Anand SP / Prevost J / Tolbert WD ...Alsahafi N / Bakouche N / Kazemi M / Richard J / Ding S / Bhattacharyya S / Das D / Anand SP / Prevost J / Tolbert WD / Lu H / Medjahed H / Delgado GGO / Kirk S / Melillo B / Mothes W / Sodroski J / Smith III AB / Kaufmann DE / Wu X / Pazgier M / Rouiller I / Finzi A / Munro JB | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2019 タイトル: An Asymmetric Opening of HIV-1 Envelope Mediates Antibody-Dependent Cellular Cytotoxicity. 著者: Nirmin Alsahafi / Nordine Bakouche / Mohsen Kazemi / Jonathan Richard / Shilei Ding / Sudipta Bhattacharyya / Durba Das / Sai Priya Anand / Jérémie Prévost / William D Tolbert / Hong Lu / ...著者: Nirmin Alsahafi / Nordine Bakouche / Mohsen Kazemi / Jonathan Richard / Shilei Ding / Sudipta Bhattacharyya / Durba Das / Sai Priya Anand / Jérémie Prévost / William D Tolbert / Hong Lu / Halima Medjahed / Gabrielle Gendron-Lepage / Gloria Gabrielle Ortega Delgado / Sharon Kirk / Bruno Melillo / Walther Mothes / Joseph Sodroski / Amos B Smith / Daniel E Kaufmann / Xueling Wu / Marzena Pazgier / Isabelle Rouiller / Andrés Finzi / James B Munro / 要旨: The HIV-1 envelope glycoprotein (Env) (gp120-gp41) is the target for neutralizing antibodies and antibody-dependent cellular cytotoxicity (ADCC). HIV-1 Env is flexible, sampling different ...The HIV-1 envelope glycoprotein (Env) (gp120-gp41) is the target for neutralizing antibodies and antibody-dependent cellular cytotoxicity (ADCC). HIV-1 Env is flexible, sampling different conformational states. Before engaging CD4, Env adopts a closed conformation (State 1) that is largely antibody resistant. CD4 binding induces an intermediate state (State 2), followed by an open conformation (State 3) that is susceptible to engagement by antibodies that recognize otherwise occluded epitopes. We investigate conformational changes in Env that induce ADCC in the presence of a small-molecule CD4-mimetic compound (CD4mc). We uncover an asymmetric Env conformation (State 2A) recognized by antibodies targeting the conserved gp120 inner domain and mediating ADCC. Sera from HIV+ individuals contain these antibodies, which can stabilize Env State 2A in combination with CD4mc. Additionally, triggering State 2A on HIV-infected primary CD4 T cells exposes epitopes that induce ADCC. Strategies that induce this Env conformation may represent approaches to fight HIV-1 infection. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0466.map.gz | 27.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0466-v30.xml emd-0466.xml | 14.2 KB 14.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0466.png | 41.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0466 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0466 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0466.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Envelope | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.7 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : HIV-1 Env in complex with BNM-III-170, A32 and 17b antibodies
全体 | 名称: HIV-1 Env in complex with BNM-III-170, A32 and 17b antibodies |
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要素 |
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-超分子 #1: HIV-1 Env in complex with BNM-III-170, A32 and 17b antibodies
超分子 | 名称: HIV-1 Env in complex with BNM-III-170, A32 and 17b antibodies タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: HIV-1 Env present on the surface of Aldrithiol-2 (AT-2)-inactivated HIV-1 particles incubated with BNM-III-170, A32 and 17b antibodies. |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: HIV-1 BAL/SuPT1-CCR5 CL.30 |
組換発現 | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 組換株: HIV-1 BAL/SuPT1-CCR5 CL.30 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.335 mg/mL | ||||||||
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緩衝液 | pH: 7.2 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 2000.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||
詳細 | Lot#P4311 |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 3.2076 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.1559 µm / 倍率(補正後): 79000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 実像数: 1033 / 平均電子線量: 1.4 e/Å2 詳細: 1033 was the number of initial images (movies) that 1032 were selected for particle picking |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 14076 / 詳細: The initial number of extracted particles (200*200) |
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CTF補正 | ソフトウェア: (名称: CTFFIND (ver. 4), RELION (ver. 2)) 詳細: Using CTFFind4 to estimate the CTF and corrected for CTF in refinement with Relion-auto-refine |
初期モデル | モデルのタイプ: NONE 詳細: The initial model obtained firstly by Relion-initial-map protocol and 3000 particles. Then using 4000 particles a more accurate map achieved by "highres protocol" (Scipion). |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2) 詳細: Initial angular assignment achieved by Relion 2D classification and alignment protocol. |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2) / 詳細: After processing the data by Relion-auto-refine |
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2) 詳細: The resolution obtained using gold-standard method by Relion-auto-refine 使用した粒子像数: 10597 |
詳細 | Collected movies aligned using motioncorr protocol |