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万見
- EMDB-0440: CryoEM structure of the post-translational protein translocation ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0440
タイトルCryoEM structure of the post-translational protein translocation machinery of the ER membrane
マップデータEM map after focused refinement
試料
  • 複合体: The yeast Sec Complex involved in post-translational protein translocation
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein SEC61Protein targeting
    • タンパク質・ペプチド: Protein translocation protein SEC63Protein targeting
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein SSS1Protein targeting
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein SBH1Protein targeting
    • タンパク質・ペプチド: Translocation protein SEC66
    • タンパク質・ペプチド: Translocation protein SEC72
キーワードSec61 (Sec61) / post-translational translocation / yeast (酵母) / Sec63 / PROTEIN TRANSPORT / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


protein transmembrane import into intracellular organelle / misfolded protein transport / Sec62/Sec63 complex / translocon complex / cytosol to endoplasmic reticulum transport / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / rough endoplasmic reticulum membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein-transporting ATPase activity ...protein transmembrane import into intracellular organelle / misfolded protein transport / Sec62/Sec63 complex / translocon complex / cytosol to endoplasmic reticulum transport / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / rough endoplasmic reticulum membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein-transporting ATPase activity / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / filamentous growth / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / peptide transmembrane transporter activity / signal sequence binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / post-translational protein targeting to membrane, translocation / nuclear inner membrane / retrograde protein transport, ER to cytosol / protein transmembrane transporter activity / : / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell periphery / ribosome binding / structural molecule activity / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体 / ミトコンドリア / 生体膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Translocation protein Sec66 / Preprotein translocase subunit Sec66 / Protein transport Sec61-beta/Sbh / Protein transport protein SecG/Sec61-beta/Sbh / Sec61beta family / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Nt-dnaJ domain signature. ...Translocation protein Sec66 / Preprotein translocase subunit Sec66 / Protein transport Sec61-beta/Sbh / Protein transport protein SecG/Sec61-beta/Sbh / Sec61beta family / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Nt-dnaJ domain signature. / DnaJ domain, conserved site / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / SecY/SEC61-alpha family / SecY domain superfamily / SecY conserved site / SecY / Sec63 domain / Sec63 Brl domain / DnaJ domain / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein translocation protein SEC63 / Protein transport protein SEC61 / Translocation protein SEC66 / Protein transport protein SSS1 / Translocation protein SEC72 / Protein transport protein SBH1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Wu X / Cabanos C
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM052586 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Structure of the post-translational protein translocation machinery of the ER membrane.
著者: Xudong Wu / Cerrone Cabanos / Tom A Rapoport /
要旨: Many proteins must translocate through the protein-conducting Sec61 channel in the eukaryotic endoplasmic reticulum membrane or the SecY channel in the prokaryotic plasma membrane. Proteins with ...Many proteins must translocate through the protein-conducting Sec61 channel in the eukaryotic endoplasmic reticulum membrane or the SecY channel in the prokaryotic plasma membrane. Proteins with highly hydrophobic signal sequences are first recognized by the signal recognition particle (SRP) and then moved co-translationally through the Sec61 or SecY channel by the associated translating ribosome. Substrates with less hydrophobic signal sequences bypass the SRP and are moved through the channel post-translationally. In eukaryotic cells, post-translational translocation is mediated by the association of the Sec61 channel with another membrane protein complex, the Sec62-Sec63 complex, and substrates are moved through the channel by the luminal BiP ATPase. How the Sec62-Sec63 complex activates the Sec61 channel for post-translational translocation is not known. Here we report the electron cryo-microscopy structure of the Sec complex from Saccharomyces cerevisiae, consisting of the Sec61 channel and the Sec62, Sec63, Sec71 and Sec72 proteins. Sec63 causes wide opening of the lateral gate of the Sec61 channel, priming it for the passage of low-hydrophobicity signal sequences into the lipid phase, without displacing the channel's plug domain. Lateral channel opening is triggered by Sec63 interacting both with cytosolic loops in the C-terminal half of Sec61 and transmembrane segments in the N-terminal half of the Sec61 channel. The cytosolic Brl domain of Sec63 blocks ribosome binding to the channel and recruits Sec71 and Sec72, positioning them for the capture of polypeptides associated with cytosolic Hsp70. Our structure shows how the Sec61 channel is activated for post-translational protein translocation.
履歴
登録2018年12月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年1月9日-
マップ公開2019年1月9日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6nd1
  • 表面レベル: 0.028
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0440.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0440.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EM map after focused refinement
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.028 / ムービー #1: 0.035
最小 - 最大-0.13241692 - 0.19763649
平均 (標準偏差)0.000037265527 (±0.008323493)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 216.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z216.000216.000216.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-0.1320.1980.000

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添付データ

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追加マップ: EM map before focused refinement, without sharpening

ファイルemd_0440_additional.map
注釈EM map before focused refinement, without sharpening
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The yeast Sec Complex involved in post-translational protein tran...

全体名称: The yeast Sec Complex involved in post-translational protein translocation
要素
  • 複合体: The yeast Sec Complex involved in post-translational protein translocation
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein SEC61Protein targeting
    • タンパク質・ペプチド: Protein translocation protein SEC63Protein targeting
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein SSS1Protein targeting
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein SBH1Protein targeting
    • タンパク質・ペプチド: Translocation protein SEC66
    • タンパク質・ペプチド: Translocation protein SEC72

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超分子 #1: The yeast Sec Complex involved in post-translational protein tran...

超分子名称: The yeast Sec Complex involved in post-translational protein translocation
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: Protein transport protein SEC61

分子名称: Protein transport protein SEC61 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 52.978148 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSSNRVLDLF KPFESFLPEV IAPERKVPYN QKLIWTGVSL LIFLILGQIP LYGIVSSETS DPLYWLRAML ASNRGTLLEL GVSPIITSS MIFQFLQGTQ LLQIRPESKQ DRELFQIAQK VCAIILILGQ ALVVVMTGNY GAPSDLGLPI CLLLIFQLMF A SLIVMLLD ...文字列:
MSSNRVLDLF KPFESFLPEV IAPERKVPYN QKLIWTGVSL LIFLILGQIP LYGIVSSETS DPLYWLRAML ASNRGTLLEL GVSPIITSS MIFQFLQGTQ LLQIRPESKQ DRELFQIAQK VCAIILILGQ ALVVVMTGNY GAPSDLGLPI CLLLIFQLMF A SLIVMLLD ELLSKGYGLG SGISLFTATN IAEQIFWRAF APTTVNSGRG KEFEGAVIAF FHLLAVRKDK KRALVEAFYR TN LPNMFQV LMTVAIFLFV LYLQGFRYEL PIRSTKVRGQ IGIYPIKLFY TSNTPIMLQS ALTSNIFLIS QILFQKYPTN PLI RLIGVW GIRPGTQGPQ MALSGLAYYI QPLMSLSEAL LDPIKTIVYI TFVLGSCAVF SKTWIEISGT SPRDIAKQFK DQGM VINGK RETSIYRELK KIIPTAAAFG GATIGALSVG SDLLGTLGSG ASILMATTTI YGYYEAAAKE GGFTKNLVPG FSDLM

UniProtKB: Protein transport protein SEC61

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分子 #2: Protein translocation protein SEC63

分子名称: Protein translocation protein SEC63 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 76.831602 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MPTNYEYDEA SETWPSFILT GLLMVVGPMT LLQIYQIFFG ANAEDGNSGK SKEFNEEVFK NLNEEYTSDE IKQFRRKFDK NSNKKSKIW SRRNIIIIVG WILVAILLQR INSNDAIKDA ATKLFDPYEI LGISTSASDR DIKSAYRKLS VKFHPDKLAK G LTPDEKSV ...文字列:
MPTNYEYDEA SETWPSFILT GLLMVVGPMT LLQIYQIFFG ANAEDGNSGK SKEFNEEVFK NLNEEYTSDE IKQFRRKFDK NSNKKSKIW SRRNIIIIVG WILVAILLQR INSNDAIKDA ATKLFDPYEI LGISTSASDR DIKSAYRKLS VKFHPDKLAK G LTPDEKSV MEETYVQITK AYESLTDELV RQNYLKYGHP DGPQSTSHGI ALPRFLVDGS ASPLLVVCYV ALLGLILPYF VS RWWARTQ SYTKKGIHNV TASNFVSNLV NYKPSEIVTT DLILHWLSFA HEFKQFFPDL QPTDFEKLLQ DHINRRDSGK LNN AKFRIV AKCHSLLHGL LDIACGFRNL DIALGAINTF KCIVQAVPLT PNCQILQLPN VDKEHFITKT GDIHTLGKLF TLED AKIGE VLGIKDQAKL NETLRVASHI PNLKIIKADF LVPGENQVTP SSTPYISLKV LVRSAKQPLI PTSLIPEENL TEPQD FESQ RDPFAMMSKQ PLVPYSFAPF FPTKRRGSWC CLVSSQKDGK ILQTPIIIEK LSYKNLNDDK DFFDKRIKMD LTKHEK FDI NDWEIGTIKI PLGQPAPETV GDFFFRVIVK STDYFTTDLD ITMNMKVRDS PAVEQVEVYS EEDDEYSTDD DETESDD ES DASDYTDIDT DTEAEDDESP EGSGGSGDYK DDDDK

UniProtKB: Protein translocation protein SEC63

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分子 #3: Protein transport protein SSS1

分子名称: Protein transport protein SSS1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 8.958641 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MARASEKGEE KKQSNNQVEK LVEAPVEFVR EGTQFLAKCK KPDLKEYTKI VKAVGIGFIA VGIIGYAIKL IHIPIRYVIV

UniProtKB: Protein transport protein SSS1

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分子 #4: Protein transport protein SBH1

分子名称: Protein transport protein SBH1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 8.723155 KDa
配列文字列:
MSSPTPPGGQ RTLQKRKQGS SQKVAASAPK KNTNSNNSIL KIYSDEATGL RVDPLVVLFL AVGFIFSVVA LHVISKVAGK LF

UniProtKB: Protein transport protein SBH1

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分子 #5: Translocation protein SEC66

分子名称: Translocation protein SEC66 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 24.263939 KDa
配列文字列: MSEFNETKFS NNGTFFETEE PIVETKSISV YTPLIYVFIL VVSLVMFASS YRKKQAKKIS EQPSIFDEND AHDLYFQIKE MSENEKIHE KVLKAALLNR GAESVRRSLK LKELAPQINL LYKNGSIGED YWKRFETEVK LIELEFKDTL QEAERLQPGW V QLFVMVCK ...文字列:
MSEFNETKFS NNGTFFETEE PIVETKSISV YTPLIYVFIL VVSLVMFASS YRKKQAKKIS EQPSIFDEND AHDLYFQIKE MSENEKIHE KVLKAALLNR GAESVRRSLK LKELAPQINL LYKNGSIGED YWKRFETEVK LIELEFKDTL QEAERLQPGW V QLFVMVCK EICFNQALSR RYQSILKRKE VCIKEWELKI NNDGRLVN

UniProtKB: Translocation protein SEC66

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分子 #6: Translocation protein SEC72

分子名称: Translocation protein SEC72 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 21.63109 KDa
配列文字列: MVTLEYNANS KLITASDAVV ALSTETNIDQ INVLTTSLIG ETNPNFTPQP NEALSKMIKG LFESGMKNLQ QKKLNEALKN VSLAIEMAQ RKRAPWEAFA IQLPELHFML RSKIDLCLIL GKHLEALQDL DFLLGTGLIQ PDVFVRKADC LLKLRQWEEA R ATCERGLA ...文字列:
MVTLEYNANS KLITASDAVV ALSTETNIDQ INVLTTSLIG ETNPNFTPQP NEALSKMIKG LFESGMKNLQ QKKLNEALKN VSLAIEMAQ RKRAPWEAFA IQLPELHFML RSKIDLCLIL GKHLEALQDL DFLLGTGLIQ PDVFVRKADC LLKLRQWEEA R ATCERGLA LAPEDMKLRA LLIETARNLA EYNGE

UniProtKB: Translocation protein SEC72

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度6 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
25.0 mMC8H18N2O4SHEPES
0.05 %C56H92O29Digitoninジギトニン
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 詳細: blot for 2.5 seconds before plunging.
詳細This sample was monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 54.8 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 91218

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-6nd1:
CryoEM structure of the Sec Complex from yeast

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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