+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0436 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Near-atomic structure of icosahedrally averaged PBCV-1 capsid | |||||||||
マップデータ | icosahedrally averaged PBCV-1 capsid | |||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | PBCV-1 (ウイルス) / Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Fang Q / Rossmann MG | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Near-atomic structure of a giant virus. 著者: Qianglin Fang / Dongjie Zhu / Irina Agarkova / Jagat Adhikari / Thomas Klose / Yue Liu / Zhenguo Chen / Yingyuan Sun / Michael L Gross / James L Van Etten / Xinzheng Zhang / Michael G Rossmann / 要旨: Although the nucleocytoplasmic large DNA viruses (NCLDVs) are one of the largest group of viruses that infect many eukaryotic hosts, the near-atomic resolution structures of these viruses have ...Although the nucleocytoplasmic large DNA viruses (NCLDVs) are one of the largest group of viruses that infect many eukaryotic hosts, the near-atomic resolution structures of these viruses have remained unknown. Here we describe a 3.5 Å resolution icosahedrally averaged capsid structure of Paramecium bursaria chlorella virus 1 (PBCV-1). This structure consists of 5040 copies of the major capsid protein, 60 copies of the penton protein and 1800 minor capsid proteins of which there are 13 different types. The minor capsid proteins form a hexagonal network below the outer capsid shell, stabilizing the capsid by binding neighboring capsomers together. The size of the viral capsid is determined by a tape-measure, minor capsid protein of which there are 60 copies in the virion. Homologs of the tape-measure protein and some of the other minor capsid proteins exist in other NCLDVs. Thus, a similar capsid assembly pathway might be used by other NCLDVs. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0436.map.gz | 1.2 GB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-0436-v30.xml emd-0436.xml | 23.5 KB 23.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0436.png | 289.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0436 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0436 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6nclMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0436.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.4 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | icosahedrally averaged PBCV-1 capsid | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.62 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Paramecium bursaria Chlorella virus 1
+超分子 #1: Paramecium bursaria Chlorella virus 1
+分子 #1: P14
+分子 #2: P9
+分子 #3: P10
+分子 #4: P7
+分子 #5: P6
+分子 #6: P1
+分子 #7: P12
+分子 #8: P5
+分子 #9: P11
+分子 #10: P2
+分子 #11: P4
+分子 #12: P3
+分子 #13: P8
+分子 #14: Major capsid protein
+分子 #15: P13
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.8 |
---|---|
グリッド | 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 24.4 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
---|---|
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 13000 |