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- EMDB-0415: T.elongatus NDH (data-set 1) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0415
タイトルT.elongatus NDH (data-set 1)
マップデータCalibrated voxel size of 1.068
試料
  • 複合体: NAD(P)H dehydrogenase-like complex (NDH/NDH-1_1/NDH1L) from T.elongatus
    • タンパク質・ペプチド: x 15種
  • タンパク質・ペプチド: x 2種
  • リガンド: x 1種
機能・相同性
機能・相同性情報


トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / photosynthetic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis, light reaction / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / NAD binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / photosynthetic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis, light reaction / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / NAD binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
NADH dehydrogenase-like complex, subunit S / NAD(P)H dehydrogenase subunit S / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chloroplast chain 5, C-terminal / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit O / NADH-dehyrogenase subunit F, TMs, (complex I) C-terminus / Cyanobacterial and plant NDH-1 subunit O / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N / NADH-quinone oxidoreductase chain 4 ...NADH dehydrogenase-like complex, subunit S / NAD(P)H dehydrogenase subunit S / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chloroplast chain 5, C-terminal / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit O / NADH-dehyrogenase subunit F, TMs, (complex I) C-terminus / Cyanobacterial and plant NDH-1 subunit O / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N / NADH-quinone oxidoreductase chain 4 / Cyanobacterial and plastid NDH-1 subunit M / NADH dehydrogenase transmembrane subunit / NADH-quinone oxidoreductase cyanobacterial subunit N / NADH-plastoquinone oxidoreductase, subunit I / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2, N-terminal / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2 N-terminal / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, bacterial/plastid / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N/subunit 2 / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature. / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 49 Kd subunit / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH dehydrogenase, subunit C / NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 30 Kd subunit signature. / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-quinone oxidoreductase, chain 5-like / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 30 Kd subunit / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 3 superfamily / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 2. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1/F420H2 oxidoreductase subunit H / NADHデヒドロゲナーゼ / NADH:ubiquinone oxidoreductase / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / Proton-conducting membrane transporter / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3 / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit N / NADH dehydrogenase subunit 5 / NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4 1 / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L / NADH-quinone oxidoreductase subunit J ...NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3 / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit N / NADH dehydrogenase subunit 5 / NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4 1 / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L / NADH-quinone oxidoreductase subunit J / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 1 / Tlr0636 protein / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2 / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit O / Proton-translocating NADH-quinone dehydrogenase subunit P NdhP
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) / Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Laughlin TG / Bayne A / Trempe J-F / Savage DF / Davies KM
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-O5CH11231 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC00016240 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5T32GM007232-38 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Structure of the complex I-like molecule NDH of oxygenic photosynthesis.
著者: Thomas G Laughlin / Andrew N Bayne / Jean-François Trempe / David F Savage / Karen M Davies /
要旨: Cyclic electron flow around photosystem I (PSI) is a mechanism by which photosynthetic organisms balance the levels of ATP and NADPH necessary for efficient photosynthesis. NAD(P)H dehydrogenase-like ...Cyclic electron flow around photosystem I (PSI) is a mechanism by which photosynthetic organisms balance the levels of ATP and NADPH necessary for efficient photosynthesis. NAD(P)H dehydrogenase-like complex (NDH) is a key component of this pathway in most oxygenic photosynthetic organisms and is the last large photosynthetic membrane-protein complex for which the structure remains unknown. Related to the respiratory NADH dehydrogenase complex (complex I), NDH transfers electrons originating from PSI to the plastoquinone pool while pumping protons across the thylakoid membrane, thereby increasing the amount of ATP produced per NADP molecule reduced. NDH possesses 11 of the 14 core complex I subunits, as well as several oxygenic-photosynthesis-specific (OPS) subunits that are conserved from cyanobacteria to plants. However, the three core complex I subunits that are involved in accepting electrons from NAD(P)H are notably absent in NDH, and it is therefore not clear how NDH acquires and transfers electrons to plastoquinone. It is proposed that the OPS subunits-specifically NdhS-enable NDH to accept electrons from its electron donor, ferredoxin. Here we report a 3.1 Å structure of the 0.42-MDa NDH complex from the thermophilic cyanobacterium Thermosynechococcus elongatus BP-1, obtained by single-particle cryo-electron microscopy. Our maps reveal the structure and arrangement of the principal OPS subunits in the NDH complex, as well as an unexpected cofactor close to the plastoquinone-binding site in the peripheral arm. The location of the OPS subunits supports a role in electron transfer and defines two potential ferredoxin-binding sites at the apex of the peripheral arm. These results suggest that NDH could possess several electron transfer routes, which would serve to maximize plastoquinone reduction and avoid deleterious off-target chemistry of the semi-plastoquinone radical.
履歴
登録2018年12月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年12月19日-
マップ公開2019年2月27日-
更新2019年12月18日-
現状2019年12月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6nbq
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6nby
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0415.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0415.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Calibrated voxel size of 1.068
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.068 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.13177162 - 0.32366726
平均 (標準偏差)-0.0000007917 (±0.007401498)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 384.47998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0681.0681.068
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z384.480384.480384.480
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.1320.324-0.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_0415_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: em-half-volume P1

ファイルemd_0415_half_map_1.map
注釈em-half-volume_P1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: em-half-volume P2

ファイルemd_0415_half_map_2.map
注釈em-half-volume_P2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : NAD(P)H dehydrogenase-like complex (NDH/NDH-1_1/NDH1L) from T.elo...

全体名称: NAD(P)H dehydrogenase-like complex (NDH/NDH-1_1/NDH1L) from T.elongatus
要素
  • 複合体: NAD(P)H dehydrogenase-like complex (NDH/NDH-1_1/NDH1L) from T.elongatus
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit N
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit O
    • タンパク質・ペプチド: Tlr0636 protein
    • タンパク質・ペプチド: NdhA
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L
    • タンパク質・ペプチド: Proton-translocating NADH-quinone dehydrogenase subunit P NdhP
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase subunit 5NADHデヒドロゲナーゼ
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4 1
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit JNADHデヒドロゲナーゼ (キノン)
  • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K
  • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER鉄・硫黄クラスター

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超分子 #1: NAD(P)H dehydrogenase-like complex (NDH/NDH-1_1/NDH1L) from T.elo...

超分子名称: NAD(P)H dehydrogenase-like complex (NDH/NDH-1_1/NDH1L) from T.elongatus
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2, #5-#17 / 詳細: NdhQ not observed in density
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
分子量実験値: 400 KDa

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分子 #1: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 45.271184 KDa
配列文字列: MPKIETRTEP MVINMGPHHP SMHGVLRLMV TLDGEDVIDC EPVIGYLHRG MEKIAENRTN IMFIPYVSRW DYAAGMFNEA VTVNAPEKL AGIPVPKRAS YIRVIMLELN RIANHLLWLG PFLADVGAQT PFFYIFRERE YIYDLFEAAT GMRFINNNYF R IGGVAADL ...文字列:
MPKIETRTEP MVINMGPHHP SMHGVLRLMV TLDGEDVIDC EPVIGYLHRG MEKIAENRTN IMFIPYVSRW DYAAGMFNEA VTVNAPEKL AGIPVPKRAS YIRVIMLELN RIANHLLWLG PFLADVGAQT PFFYIFRERE YIYDLFEAAT GMRFINNNYF R IGGVAADL TYGWVTKCRD FCDYFLPKVD EYERLITNNP IFVRRLQGVG KISREEAINW GLSGPMLRAS GVKWDLRKVD HY ECYDDFD WDVPVATEGD CLARYIVRIQ EMRESVKIIR QALDGLPGGP YENLEAKRML EGAKSEWNGF DYQYIGKKLS PTF KIPKGE HYVRVESGKG ELGIYLIGDD NVFPWRWKIR PPDFNNLQVL PQLLKGMKVA DIVAILGSID VIMGSVDR

+
分子 #2: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 19.363789 KDa
配列文字列:
MSDTPEAPIV EAGPVGRLLQ SQNLSVESLG RDASGVEMIK VDRDRLLAVC QTLYADGFNY LRCQAAYDSG PGQDLVSTYH LIKLSDNAD RPPEVRIKVF VPRDDPRVPS VYWIWKTADW QERESYDMFG IVYEGHPNLK RILMPEDWVG WPLRKDYITP D FYELQEAY

+
分子 #3: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 25.766998 KDa
配列文字列: MTNTTSPAIL NPIARPEVPQ ELAENIILTS LNDVYDWARL SSLWPLMYGT ACCFIEFAAM IGSRFDFDRF GLVPRNSPRQ ADLIITSGT ITMKMAPALV RLYEQMPSPK YVIAMGACTI TGGMFSSDSY SAVRGVDKLI PVDVYLPGCP PRPEAIMDAI V KLRKKIAN ...文字列:
MTNTTSPAIL NPIARPEVPQ ELAENIILTS LNDVYDWARL SSLWPLMYGT ACCFIEFAAM IGSRFDFDRF GLVPRNSPRQ ADLIITSGT ITMKMAPALV RLYEQMPSPK YVIAMGACTI TGGMFSSDSY SAVRGVDKLI PVDVYLPGCP PRPEAIMDAI V KLRKKIAN EHINERGNLA QTHRLFTAKH KMKPVPPILT GQYLNAPSRQ APPPALAAAM GIAVPALGEA VSETTSVAE

+
分子 #4: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 22.444801 KDa
配列文字列: MKFLNQITNY AKEAVQSAKY IGQGLSVTFD HMRRRPITVQ YPYEKLIPSE RFRGRIHFEF DKCIACEVCV RVCPINLPVV DWVFNKELK KKELKHYSID FGVCIFCANC VEYCPTNCLS VTEEYELATY DRHELNYDSV AMGRIPYKVT QDPMVTPIRE F AYLPAGVM ...文字列:
MKFLNQITNY AKEAVQSAKY IGQGLSVTFD HMRRRPITVQ YPYEKLIPSE RFRGRIHFEF DKCIACEVCV RVCPINLPVV DWVFNKELK KKELKHYSID FGVCIFCANC VEYCPTNCLS VTEEYELATY DRHELNYDSV AMGRIPYKVT QDPMVTPIRE F AYLPAGVM SGHDLPAGAQ RAGERPEAIA NTAKSSEN

+
分子 #5: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit N

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit N / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 16.656182 KDa
配列文字列:
MGLLAGYQFV KDLESAGALA LFVPPEGGFE GRYQRRLRSK GYTTLPMSAP GLGDLAAYLT QEHGIRPAHT GKEDIRVYFQ PPLVTYHLE NLPPNAKGLV LWLIDGKRLS KQEFAYLAQL TQTLPKFKVV VEVGGDRVVR WEPLADWVAA A

+
分子 #6: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 8.575137 KDa
配列文字列:
MAVSTELLVL GVYGALAGLY LLVVPAIVYA YLNARWYVAS SFERAFMYFL VTFFFPGLLL LAPFINFRPQ PRSLNS

+
分子 #7: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 12.584056 KDa
配列文字列:
MLLKSTTRHV HIYAGHVVDG EVHPDTETLT LNVDPDNELE WNEAALAKVE AKFRELVANA AGEDLTEYNL RRIGSDLEHF IRSLLMQGE IGYNLNSRVR NYSLGIPRVN HS

+
分子 #8: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit O

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit O / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 7.877076 KDa
配列文字列:
MAIKKGDLVK VVAEKLANSL EALASDHRYP PYLFEGRGEV VDIRGDYAQI KFPVPTPTVW LRLDQLEVAQ

+
分子 #9: Tlr0636 protein

分子名称: Tlr0636 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 12.462559 KDa
配列文字列:
MIRPIADTYP LLPLSKAQMG QRQEIINSHK RLWDKTMATD LIMTILPGMT VKVTNPNDTY YQFQGIVQRI TDGKVAVLFE GGNWDKLVT FQASELEPVV VTPKEKAKAK K

+
分子 #10: NdhA

分子名称: NdhA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 40.15773 KDa
配列文字列: MES(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)AKLLW LPLPMLMMLI VATVGVLVAV WLERKISAAV QQRIGPEYIG PLGIL APLA DGLKLIFKED ...文字列:
MES(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)AKLLW LPLPMLMMLI VATVGVLVAV WLERKISAAV QQRIGPEYIG PLGIL APLA DGLKLIFKED VLPANSDRWL FTLGPAVVVI PVFLSYIIVP FGQNLLISNL AMGVFLWIAL SSIAPIGLLM AGYASN NKY SLLGGLRAAA QSISYEIPLA LAVLAVAMMS NGLGTVEIVE QQSQYGILSW NVWRQPIGFL VFWIAALAEC ERLPFDL PE AEEELVAGYQ TEYAGMKFAL FYLGAYVNLV LSALLVSVLY FGGWSFPIPL ETIANLLGVS ETNPFLQIAF AVLGITMT L IKAYFFVFLA ILLRWTVPRV RIDQLLDLGW KFLLPVGLVN LLLTAGLKLA FPVAFGG

+
分子 #11: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 15.013919 KDa
配列文字列:
MVAIPRLRDT ATVFVLSGYE YFLGFLIICS LVPVLALAAS ALLRPKSGRM IRLTTYESGM EPIGGAWIQF NVRYYMFALV FVIFDVETV FLYPWAVAFH QLGLLAFIEA LIFIAILVVA LVYAWRKRAL EWS

+
分子 #12: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 11.140265 KDa
配列文字列:
MQLTYVLILA ALLFCIGIYG LVTSRNAVRV LMSIELLLNA VNLNLIGFAN YLDGQQIKGQ VFAVFVITVA AAEAAVGLAI ILAIYRNRD TVDMEKFNLL KW

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分子 #13: Proton-translocating NADH-quinone dehydrogenase subunit P NdhP

分子名称: Proton-translocating NADH-quinone dehydrogenase subunit P NdhP
タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 4.878649 KDa
配列文字列:
MDAVISVKPI LLAMTPVFIL LCLFFGTRNG FYDTDQYHGN GSAH

+
分子 #14: NADH dehydrogenase subunit 5

分子名称: NADH dehydrogenase subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 72.025352 KDa
配列文字列: MEPLYQYAWL IPVLPLLGAL IVGFGLIAFS ETTSKLRRPS AIFIMALMAI AMGHSLTLFW SQVQGHLPYT QMIEWAAAGN LHIAMGYVI DPLAALMLVI VTTVAFLVML YSDGYMAHDP GYVRFFAYLS LFGSSMLGLV VSPNLVQVYI FWELVGMCSY L LIGFWYDR ...文字列:
MEPLYQYAWL IPVLPLLGAL IVGFGLIAFS ETTSKLRRPS AIFIMALMAI AMGHSLTLFW SQVQGHLPYT QMIEWAAAGN LHIAMGYVI DPLAALMLVI VTTVAFLVML YSDGYMAHDP GYVRFFAYLS LFGSSMLGLV VSPNLVQVYI FWELVGMCSY L LIGFWYDR KSAAEAAQKA FVTNRVGDFG LLLGMVGLFW ATGTFDFAGM GDRLTELVNT GLLSPSLAAI LAILVFLGPV AK SAQFPLH VWLPDAMEGP TPISALIHAA TMVAAGVFLI ARMFPVFEQL PQVMTTIAWT GAFTAFMGAT IAITQNDIKK SLA YSTISQ LGYMVMGMGV GAYSAGLFHL MTHAYFKAML FLGSGSVIHS MEGVVGHNPD LAQDMRYMGG LRKYMPITGA TFLV GCLAI SGVPPFAGFW SKDEILGAVF HANPAMWLLT WLTAGLTAFY MFRMYFMTFE GKFRNVPPER QEHHDHHSHH AAVPH ESPW TMTLPLVVLA IPSTLIGFVG TPFNNLFEVF IHAPGEEKVA EHAVDLTEFL ILGGSSVGIG LMGITVAYLM YLKGTP SPQ AIAKAIQPLY QFSLHKWYFD ELYEAVFIKG CRRLARQVLE VDYNVVDGVV NLTGFVTMVT GEGLKYLQNG RAQFYAL IV LLAVLGFVIF SVQT

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分子 #15: NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4 1

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 57.847504 KDa
配列文字列: MSTFPWLTTI ILFPIVAALA IPFIPDPTGK GRPIRWYALA VGLIDFALIV YAFTNFYDLN TPGMQLWESY DWIPEIGLRW SVGADGLSM PLILLTGFIT TLAILAAWPV TLKPRLFYFL MLAMYGGQIA VFAVQDMLVF FLAWELELIP VYLLLAIWGG H KRQYAATK ...文字列:
MSTFPWLTTI ILFPIVAALA IPFIPDPTGK GRPIRWYALA VGLIDFALIV YAFTNFYDLN TPGMQLWESY DWIPEIGLRW SVGADGLSM PLILLTGFIT TLAILAAWPV TLKPRLFYFL MLAMYGGQIA VFAVQDMLVF FLAWELELIP VYLLLAIWGG H KRQYAATK FILYTAGSSL FILVAGLAMA FYGDTVSFDM QTLAAKDYAL GFQLLVYAGF LVAYGVKLPI VPLHTWLPDA HG EATAPVH MLLAGILLKM GGYALIRMNV DMLPAAHAKF APVLVILGVV NIIYAALTSY AQRNLKRKIA YSSISHIGFV LIG IASFTN LGMSGAVLQM VSHGLIGASL FFLVGATYDR THTLILEEMG GVGQKMKKIF AMFTACSLAS LALPGMSGFV AELM VFIGF ATSDAYSLPF RVIVVFLAAV GVILTPIYLL SMLREIFYGP ENKELVEHEA LVDAEPREVF IIACLLVPII GIGLY PKLL TQIYDATTGQ VIARAREVLP TLAQQTEQPL GILPMVAPQL KANAQ

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分子 #16: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 55.168543 KDa
配列文字列: MDLVTLAGQL NAGTILPETI LIVTLLVVLL ADLIQGRQAD RWTPYFAIVG LGGAIATMIP LWTQPATISF FGSFISDHLS LFFRGLIAL SALGTILMSI RYVEQTGSSL GEFMTILLTA TVGGMFIAGA QELVFIFVAL ETLSIASYLL TGYTKRDSRS N EAALKYLL ...文字列:
MDLVTLAGQL NAGTILPETI LIVTLLVVLL ADLIQGRQAD RWTPYFAIVG LGGAIATMIP LWTQPATISF FGSFISDHLS LFFRGLIAL SALGTILMSI RYVEQTGSSL GEFMTILLTA TVGGMFIAGA QELVFIFVAL ETLSIASYLL TGYTKRDSRS N EAALKYLL IGAASSAIFL YGSSLLYGLS GGHTQLPAIA QALSSESLGL VVALVFVIAG ISFKISAVPF HQWTPDVYEG AP TPVVAFL SVGSKAAGFA LAIRFLTLAF PSVTDQWQLI FTVLAILSMI LGNVVALAQT SMKRMLAYSS IGQAGFVMIG FVV GTEAGY ASMLFYLLVY LFMNLGAFTC VILFSLRTGT DQISEYAGLY QKDPLLTLGL SLCLLSLGGI PPLAGFFGKI YLFW AGWQA GAYGLVLLGL LTSVISIYYY IRVVKMMVVK EPQEMSEAVR NYPEVSWSSF GLRPLQVGLV MTVIATSLAG ILANP LFNL VNTAVWDVPQ LANQPTVMEV AYQALSPAGK S

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分子 #17: NADH-quinone oxidoreductase subunit J

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADHデヒドロゲナーゼ (キノン)
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 21.580568 KDa
配列文字列: MDLATLTQTI TFFALAAAVI IAALGVVLLD NVVYSAFLLG GVFLSIAGLY ILMNADFVSA AQILIYVGAV NVLILFAIML VNKRETYTP VPGRWLRQGG AAVVSLGVFA LLTKMILQTP WQLSSVPPTP DSITTIGQHF FSDFLLPFEL ASVLLLMALI G AVVLARRE ...文字列:
MDLATLTQTI TFFALAAAVI IAALGVVLLD NVVYSAFLLG GVFLSIAGLY ILMNADFVSA AQILIYVGAV NVLILFAIML VNKRETYTP VPGRWLRQGG AAVVSLGVFA LLTKMILQTP WQLSSVPPTP DSITTIGQHF FSDFLLPFEL ASVLLLMALI G AVVLARRE LVLEPEPILG EEVVPPLELP ERPREPVALS EK

+
分子 #18: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄 / 鉄・硫黄クラスター

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 6
構成要素:
濃度名称
20.0 mMBis-TrisBis-tris methane
100.0 mMsodium chloride塩化ナトリウム
0.03 %B-dodecyl-maltoside
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 7.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: incubate on grid for 30 seconds and blot 2.5 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-35 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2519 / 平均露光時間: 0.2 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 / 詳細: One image per hole, focusing at each image.
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 176592
CTF補正ソフトウェア: (名称: Gctf (ver. 1.06), RELION (ver. 3.0.b2))
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio from cryoSPARC
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.b2)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.b2) / 使用した粒子像数: 81670
詳細Super-resolution movies were aligned, exposure-weighted, and Fourier cropped to the physical pixel size.
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

4hea

,

3c4s

)
詳細Homology models were generated from appropriate chain in 4HEA and 3C4S and rigid-body docked into the map using PHENIX. Remaining chains were built ab initio in COOT. All chains were iteratively refined and adjusted using PHENIX and COOT, respectively.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 30 / 当てはまり具合の基準: Corelation coefficient
得られたモデル

PDB-6nbq:
T.elongatus NDH (data-set 1)

PDB-6nby:
T.elongatus NDH (composite model)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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