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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0413 | |||||||||
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タイトル | Vesicle-plasma interface under the docked vesicles in NGF-differentiated PC12 cells without imposed symmetry | |||||||||
マップデータ | Vesicle-plasma interface under the docked vesicles in NGF-differentiated PC12 cells without imposed symmetry | |||||||||
試料 |
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生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 50.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Li X / Radhakrishnan A / Grushin K / Krishnakumar S / Liu J / Rothman J | |||||||||
引用 | ジャーナル: FEBS Lett / 年: 2019 タイトル: Symmetrical organization of proteins under docked synaptic vesicles. 著者: Xia Li / Abhijith Radhakrishnan / Kirill Grushin / Ravikiran Kasula / Arunima Chaudhuri / Sujatha Gomathinayagam / Shyam S Krishnakumar / Jun Liu / James E Rothman / 要旨: During calcium-regulated exocytosis, the constitutive fusion machinery is 'clamped' in a partially assembled state until synchronously released by calcium. The protein machinery involved in this ...During calcium-regulated exocytosis, the constitutive fusion machinery is 'clamped' in a partially assembled state until synchronously released by calcium. The protein machinery involved in this process is known, but the supra-molecular architecture and underlying mechanisms are unclear. Here, we use cryo-electron tomography analysis in nerve growth factor-differentiated neuro-endocrine (PC12) cells to delineate the organization of the release machinery under the docked vesicles. We find that exactly six exocytosis modules, each likely consisting of a single SNAREpin with its bound Synaptotagmins, Complexin, and Munc18 proteins, are symmetrically arranged at the vesicle-PM interface. Mutational analysis suggests that the symmetrical organization is templated by circular oligomers of Synaptotagmin. The observed arrangement, including its precise radial positioning, is in-line with the recently proposed 'buttressed ring hypothesis'. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0413.map.gz | 6.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0413-v30.xml emd-0413.xml | 8.5 KB 8.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0413.png | 186.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0413 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0413 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0413.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Vesicle-plasma interface under the docked vesicles in NGF-differentiated PC12 cells without imposed symmetry | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 5.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Docked synaptic vesicle
全体 | 名称: Docked synaptic vesicle |
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要素 |
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-超分子 #1: Docked synaptic vesicle
超分子 | 名称: Docked synaptic vesicle / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: Synaptic vesicles in neurites developed from nerve growth factor (NGF)-differentiated pheochromocytoma (PC12) cells |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 細胞: PC12 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.47 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
抽出 | トモグラム数: 574 / 使用した粒子像数: 4758 |
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最終 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 50.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 2434 |