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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0383 | ||||||||||||
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タイトル | Atomic structure of Non-Structural protein 1 of bluetongue virus | ||||||||||||
マップデータ | Non-Structural protein 1 of bluetongue virus, primary map | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | Bluetongue Virus Non-structural protein 1 / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) | ||||||||||||
機能・相同性 | Orbivirus non-structural protein NS1/hydrophobic tubular protein / Orbivirus non-structural protein NS1, or hydrophobic tubular protein / Non-structural protein NS1 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Bluetongue virus (serotype 1 / isolate South Africa) (ブルータング) / Bluetongue virus 23 (ブルータング) | ||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Kerviel A / Ge P | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2019 タイトル: Atomic structure of the translation regulatory protein NS1 of bluetongue virus. 著者: Adeline Kerviel / Peng Ge / Mason Lai / Jonathan Jih / Mark Boyce / Xing Zhang / Z Hong Zhou / Polly Roy / 要旨: Bluetongue virus (BTV) non-structural protein 1 (NS1) regulates viral protein synthesis and exists as tubular and non-tubular forms in infected cells, but how tubules assemble and how protein ...Bluetongue virus (BTV) non-structural protein 1 (NS1) regulates viral protein synthesis and exists as tubular and non-tubular forms in infected cells, but how tubules assemble and how protein synthesis is regulated are unknown. Here, we report near-atomic resolution structures of two NS1 tubular forms determined by cryo-electron microscopy. The two tubular forms are different helical assemblies of the same NS1 monomer, consisting of an amino-terminal foot, a head and body domains connected to an extended carboxy-terminal arm, which wraps atop the head domain of another NS1 subunit through hydrophobic interactions. Deletion of the C terminus prevents tubule formation but not viral replication, suggesting an active non-tubular form. Two zinc-finger-like motifs are present in each NS1 monomer, and tubules are disrupted by divalent cation chelation and restored by cation addition, including Zn, suggesting a regulatory role of divalent cations in tubule formation. In vitro luciferase assays show that the NS1 non-tubular form upregulates BTV mRNA translation, whereas zinc-finger disruption decreases viral mRNA translation, tubule formation and virus replication, confirming a functional role for the zinc-fingers. Thus, the non-tubular form of NS1 is sufficient for viral protein synthesis and infectious virus replication, and the regulatory mechanism involved operates through divalent cation-dependent conversion between the non-tubular and tubular forms. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0383.map.gz | 28.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0383-v30.xml emd-0383.xml | 12.6 KB 12.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0383.png | 128.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-0383.cif.gz | 5.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0383 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0383 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0383.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Non-Structural protein 1 of bluetongue virus, primary map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Non-structural protein 1 (tubule)
全体 | 名称: Non-structural protein 1 (tubule) |
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要素 |
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-超分子 #1: Non-structural protein 1 (tubule)
超分子 | 名称: Non-structural protein 1 (tubule) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Bluetongue virus (serotype 1 / isolate South Africa) (ブルータング) |
-分子 #1: Non-structural protein 1
分子 | 名称: Non-structural protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bluetongue virus 23 (ブルータング) |
分子量 | 理論値: 64.554984 KDa |
配列 | 文字列: MERFLRKYNI SGDYANATRT FLAISPQWTC SHLKRNCLFN GMCAKQNFER AMIAATDAEE PAKAYRLVEL AKEAMYDRET VWLQCFKSF SQPYEEDIEG KMKRCGAQLL EDYRKNGMMD EAVKQSALVN SERVRLDDSL SAMPYIYVPI KEGQIVNPTF I SRYRQIAY ...文字列: MERFLRKYNI SGDYANATRT FLAISPQWTC SHLKRNCLFN GMCAKQNFER AMIAATDAEE PAKAYRLVEL AKEAMYDRET VWLQCFKSF SQPYEEDIEG KMKRCGAQLL EDYRKNGMMD EAVKQSALVN SERVRLDDSL SAMPYIYVPI KEGQIVNPTF I SRYRQIAY YFYSPNLADD WIDPNLFGIR GQHNQIKREI ERQVNTCPYT GYKGRVLQVM FLPIQLINFL RMDDFAKHFN RY ASMAIQQ YLRVGYAEEV RYVQQLFGKI PTGEFPLHHM MLMRRDFPTR DRSIVEARVR RSGDENWQSW LLPMIIVREG LDH QDRWEW LIDYMDRKHT CQLCYLKHSK QIPTCGVIDV RASELTGCSP FKTVKIEEHV GNNSVFETKL VRDEQIGRIG DHYY TTNCY TGAEALITTA IHIHRWIRGC GIWNDEGWRE GIFMLGRVLL RWELTKAQRS ALLRLFCFVC YGYAPRADGT IPDWN NLGS FLDTILKGPE LSEDEDERAY ATMFEMVRCI ITLCYAEKVH FAGFAAPACE SGEVINLAAR MSQMRMEY UniProtKB: Non-structural protein NS1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.2 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 3-19 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 5006 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 8.83 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -17.50 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称) アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 7800 |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-6n9y: |