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- EMDB-0333: Helical RNA-bound Hantaan virus nucleocapsid -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0333
タイトルHelical RNA-bound Hantaan virus nucleocapsid
マップデータHelical RNA-bound Hantaan virus nucleocapsid structure
試料
  • 複合体: RNA-bound Hantaan virus nucleocapsid
    • 複合体: Hantaan virus nucleoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein核タンパク質
    • 複合体: RNAリボ核酸
      • RNA: RNA (5'-R(P*UP*UP*U)-3')
機能・相同性
機能・相同性情報


: / helical viral capsid / : / host cell Golgi apparatus / viral nucleocapsid / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell perinuclear region of cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Hantavirus nucleocapsid protein / Hantavirus nucleocapsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
核タンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Hantaan orthohantavirus (ウイルス) / Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) / Fall armyworm (ツマジロクサヨトウ)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Arragain B / Reguera J / Desfosses A / Gutsche I / Schoehn G / Malet H
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: High resolution cryo-EM structure of the helical RNA-bound Hantaan virus nucleocapsid reveals its assembly mechanisms.
著者: Benoît Arragain / Juan Reguera / Ambroise Desfosses / Irina Gutsche / Guy Schoehn / Hélène Malet /
要旨: Negative-strand RNA viruses condense their genome into helical nucleocapsids that constitute essential templates for viral replication and transcription. The intrinsic flexibility of nucleocapsids ...Negative-strand RNA viruses condense their genome into helical nucleocapsids that constitute essential templates for viral replication and transcription. The intrinsic flexibility of nucleocapsids usually prevents their full-length structural characterisation at high resolution. Here, we describe purification of full-length recombinant metastable helical nucleocapsid of Hantaan virus ( family, order) and determine its structure at 3.3 Å resolution by cryo-electron microscopy. The structure reveals the mechanisms of helical multimerisation via sub-domain exchanges between protomers and highlights nucleotide positions in a continuous positively charged groove compatible with viral genome binding. It uncovers key sites for future structure-based design of antivirals that are currently lacking to counteract life-threatening hantavirus infections. The structure also suggests a model of nucleoprotein-polymerase interaction that would enable replication and transcription solely upon local disruption of the nucleocapsid.
履歴
登録2018年11月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年12月19日-
マップ公開2019年1月23日-
更新2019年12月18日-
現状2019年12月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6i2n
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0333.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0333.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Helical RNA-bound Hantaan virus nucleocapsid structure
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.067 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.06770787 - 0.12958607
平均 (標準偏差)0.00007050361 (±0.0019500765)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 426.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0671.0671.067
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z426.800426.800426.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0680.1300.000

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添付データ

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_0333_half_map_1.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_0333_half_map_2.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RNA-bound Hantaan virus nucleocapsid

全体名称: RNA-bound Hantaan virus nucleocapsid
要素
  • 複合体: RNA-bound Hantaan virus nucleocapsid
    • 複合体: Hantaan virus nucleoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein核タンパク質
    • 複合体: RNAリボ核酸
      • RNA: RNA (5'-R(P*UP*UP*U)-3')

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超分子 #1: RNA-bound Hantaan virus nucleocapsid

超分子名称: RNA-bound Hantaan virus nucleocapsid / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 48.2 KDa

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超分子 #2: Hantaan virus nucleoprotein

超分子名称: Hantaan virus nucleoprotein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Hantaan orthohantavirus (ウイルス)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換株: SF21 / 組換プラスミド: pFastBac

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超分子 #3: RNA

超分子名称: RNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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分子 #1: RNA (5'-R(P*UP*UP*U)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*UP*UP*U)-3') / タイプ: rna / ID: 1
詳細: A poly-U has been built but the RNA corresponds to heterogeneous insect cell RNA that bind to nucleoproteins during expression.
コピー数: 1
由来(天然)生物種: Fall armyworm (ツマジロクサヨトウ)
分子量理論値: 873.54 Da
配列文字列:
UUU

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分子 #2: Nucleoprotein

分子名称: Nucleoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hantaan orthohantavirus (ウイルス)
分子量理論値: 48.262266 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GMATMEELQR EINAHEGQLV IARQKVRDAE KQYEKDPDEL NKRTLTDREG VAVSIQAKID ELKRQLADRI ATGKNLGKEQ DPTGVEPGD HLKERSMLSY GNVLDLNHLD IDEPTGQTAD WLSIIVYLTS FVVPILLKAL YMLTTRGRQT TKDNKGTRIR F KDDSSFED ...文字列:
GMATMEELQR EINAHEGQLV IARQKVRDAE KQYEKDPDEL NKRTLTDREG VAVSIQAKID ELKRQLADRI ATGKNLGKEQ DPTGVEPGD HLKERSMLSY GNVLDLNHLD IDEPTGQTAD WLSIIVYLTS FVVPILLKAL YMLTTRGRQT TKDNKGTRIR F KDDSSFED VNGIRKPKHL YVSLPNAQSS MKAEEITPGR YRTAVCGLYP AQIKARQMIS PVMSVIGFLA LAKDWSDRIE QW LIEPCKL LPDTAAVSLL GGPATNRDYL RQRQVALGNM ETKESKAIRQ HAEAAGCSMI EDIESPSSIW VFAGAPDRCP PTC LFIAGI AELGAFFSIL QDMRNTIMAS KTVGTSEEKL RKKSSFYQSY LRRTQSMGIQ LGQRIIVLFM VAWGKEAVDN FHLG DDMDP ELRTLAQSLI DVKVKEISNQ EPLKL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度0.6 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMTris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタン
300.0 mMSodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム
10.0 mMMagnesium chlorideMgCl2
2.0 mMBeta-mercapto-ethanol
20.0 mMImidazoleイミダゾール
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: 30 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 3 ul of sample were applied on the resulting glow-discharged grids and excess solution was blotted during 2.5 sec force 7.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.8 µm / 倍率（補正後）: 46860 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3840 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3712 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 3-18 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4328 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Segment selection選択した数: 168709 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / ソフトウェア - 詳細: manual picking
詳細: Straight HTNV-NC were manually picked and computationally cut with an inter-box distance of 38 A along the helical axis into overlapping boxes of 400*400 pixels, resulting in 168,709 ...詳細: Straight HTNV-NC were manually picked and computationally cut with an inter-box distance of 38 A along the helical axis into overlapping boxes of 400*400 pixels, resulting in 168,709 extracted segments. 2D classification was used to eliminate bad quality filaments.
CTF補正ソフトウェア:
名称詳細
Gctfglobal
Gctflocal CTF-determination was calculated for each segment
RELION (ver. 3.0)CTF-refinement
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: 130 A diameter featureless cylinder to which helical symmetry was applied.
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
詳細: Relion was used for helical symmetry search/refinement on the best segments (removing the ones with more than 20 degree angular tilt) with local CTF determination and CTF-refinement. Frames 3-18 were used.
最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 18.87 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -99.95 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 105665
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5fsg


Chain - Residue range: 113-429
詳細Fiber model was iteratively rebuilt and all-atom refined using stereochemical and NCS restraints
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 103
得られたモデル

PDB-6i2n:
Helical RNA-bound Hantaan virus nucleocapsid

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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