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万見
- EMDB-0325: Cryo-EM map of the Ysh1-Mpe1 nuclease complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0325
タイトルCryo-EM map of the Ysh1-Mpe1 nuclease complex
マップデータCryo-EM map of the Ysh1-Mpe1 complex
試料
  • 複合体: Ysh1-Mpe1 complex Highly anisotropic due to severe preferred orientation.
    • タンパク質・ペプチド: Ysh1
    • タンパク質・ペプチド: Mpe1
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.0 Å
データ登録者Hill CH / Boreikaite V / Kumar A / Casanal A / Kubik P / Degliesposti G / Maslen S / Mariani A / von Loeffelholz O / Girbig M ...Hill CH / Boreikaite V / Kumar A / Casanal A / Kubik P / Degliesposti G / Maslen S / Mariani A / von Loeffelholz O / Girbig M / Skehel M / Passmore LA
資金援助 英国, 3件
OrganizationGrant number国
European Research Council261151 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_U105192715 英国
European Research Council725685 英国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2019
タイトル: Activation of the Endonuclease that Defines mRNA 3' Ends Requires Incorporation into an 8-Subunit Core Cleavage and Polyadenylation Factor Complex.
著者: Chris H Hill / Vytautė Boreikaitė / Ananthanarayanan Kumar / Ana Casañal / Peter Kubík / Gianluca Degliesposti / Sarah Maslen / Angelica Mariani / Ottilie von Loeffelholz / Mathias Girbig ...著者: Chris H Hill / Vytautė Boreikaitė / Ananthanarayanan Kumar / Ana Casañal / Peter Kubík / Gianluca Degliesposti / Sarah Maslen / Angelica Mariani / Ottilie von Loeffelholz / Mathias Girbig / Mark Skehel / Lori A Passmore /
要旨: Cleavage and polyadenylation factor (CPF/CPSF) is a multi-protein complex essential for formation of eukaryotic mRNA 3' ends. CPF cleaves pre-mRNAs at a specific site and adds a poly(A) tail. The ...Cleavage and polyadenylation factor (CPF/CPSF) is a multi-protein complex essential for formation of eukaryotic mRNA 3' ends. CPF cleaves pre-mRNAs at a specific site and adds a poly(A) tail. The cleavage reaction defines the 3' end of the mature mRNA, and thus the activity of the endonuclease is highly regulated. Here, we show that reconstitution of specific pre-mRNA cleavage with recombinant yeast proteins requires incorporation of the Ysh1 endonuclease into an eight-subunit "CPF" complex. Cleavage also requires the accessory cleavage factors IA and IB, which bind substrate pre-mRNAs and CPF, likely facilitating assembly of an active complex. Using X-ray crystallography, electron microscopy, and mass spectrometry, we determine the structure of Ysh1 bound to Mpe1 and the arrangement of subunits within CPF. Together, our data suggest that the active mRNA 3' end processing machinery is a dynamic assembly that is licensed to cleave only when all protein factors come together at the polyadenylation site.
履歴
登録2018年10月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年2月13日-
マップ公開2019年2月13日-
更新2020年7月29日-
現状2020年7月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0325.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0325.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of the Ysh1-Mpe1 complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.047686033 - 0.079657555
平均 (標準偏差)0.000808997 (±0.005417154)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 139.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.091.091.09
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z139.520139.520139.520
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.0480.0800.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_0325_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map 1

ファイルemd_0325_half_map_1.map
注釈half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map 2

ファイルemd_0325_half_map_2.map
注釈half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ysh1-Mpe1 complex Highly anisotropic due to severe preferred orie...

全体名称: Ysh1-Mpe1 complex Highly anisotropic due to severe preferred orientation.
要素
  • 複合体: Ysh1-Mpe1 complex Highly anisotropic due to severe preferred orientation.
    • タンパク質・ペプチド: Ysh1
    • タンパク質・ペプチド: Mpe1

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超分子 #1: Ysh1-Mpe1 complex Highly anisotropic due to severe preferred orie...

超分子名称: Ysh1-Mpe1 complex Highly anisotropic due to severe preferred orientation.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: The trimeric Ysh1-Mpe1-Yjr141w complex was analysed, however several regions are flexible/disordered. This map corresponds to the Ysh1 N-terminal nuclease domain in complex with the Mpe1 N- ...詳細: The trimeric Ysh1-Mpe1-Yjr141w complex was analysed, however several regions are flexible/disordered. This map corresponds to the Ysh1 N-terminal nuclease domain in complex with the Mpe1 N-terminal ubiquitin-like domain. These are the only ordered, globular densities present in the above sample.
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス) / 組換細胞: Sf9
分子量理論値: 57 KDa

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分子 #1: Ysh1

分子名称: Ysh1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列: MERTNTTTFK FFSLGGSNEV GRSCHILQYK GKTVMLDAGI HPAYQGLASL PFYDEFDLSK VDILLISHF HLDHAASLPY VMQRTNFQGR VFMTHPTKAI YRWLLRDFVR VTSIGSSSSS M GTKDEGLF SDEDLVDSFD KIETVDYHST VDVNGIKFTA FHAGHVLGAA ...文字列:
MERTNTTTFK FFSLGGSNEV GRSCHILQYK GKTVMLDAGI HPAYQGLASL PFYDEFDLSK VDILLISHF HLDHAASLPY VMQRTNFQGR VFMTHPTKAI YRWLLRDFVR VTSIGSSSSS M GTKDEGLF SDEDLVDSFD KIETVDYHST VDVNGIKFTA FHAGHVLGAA MFQIEIAGLR VL FTGDYSR EVDRHLNSAE VPPLSSNVLI VESTFGTATH EPRLNRERKL TQLIHSTVMR GGR VLLPVF ALGRAQEIML ILDEYWSQHA DELGGGQVPI FYASNLAKKC MSVFQTYVNM MNDD IRKKF RDSQTNPFIF KNISYLRNLE DFQDFGPSVM LASPGMLQSG LSRDLLERWC PEDKN LVLI TGYSIEGTMA KFIMLEPDTI PSINNPEITI PRRCQVEEIS FAAHVDFQEN LEFIEK ISA PNIILVHGEA NPMGRLKSAL LSNFASLKGT DNEVHVFNPR NCVEVDLEFQ GVKVAKA VG NIVNEIYKEE NVEIKEEIAA KIEPIKEENE DNLDSQAEKG LVDEEEHKDI VVSGILVS D DKNFELDFLS LSDLREHHPD LSTTILRERQ SVRVNCKKEL IYWHILQMFG EAEVLQDDD RVTNQEPKVK EESKDNLTNT GKLILQIMGD IKLTIVNTLA VVEWTQDLMN DTVADSIIAI LMNVDSAPA SVKLSSHSCD DHDHNNVQSN AQGKIDEVER VKQISRLFKE QFGDCFTLFL N KDEYASNK EETITGVVTI GKSTAKIDFN NMKILECNSN PLKGRVESLL NIGGNLVTPL C

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分子 #2: Mpe1

分子名称: Mpe1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列: MSSTIFYRFK SQRNTSRILF DGTGLTVFDL KREIIQENKL GDGTDFQLKI YNPDTEEEYD DDAFVIPRS TSVIVKRSPA IKSFSVHSRL KGNVGAAALG NATRYVTGRP RVLQKRQHTA T TTANVSGT TEEERIASMF ATQENQWEQT QEEMSAATPV FFKSQTNKNS ...文字列:
MSSTIFYRFK SQRNTSRILF DGTGLTVFDL KREIIQENKL GDGTDFQLKI YNPDTEEEYD DDAFVIPRS TSVIVKRSPA IKSFSVHSRL KGNVGAAALG NATRYVTGRP RVLQKRQHTA T TTANVSGT TEEERIASMF ATQENQWEQT QEEMSAATPV FFKSQTNKNS AQENEGPPPP GY MCYRCGG RDHWIKNCPT NSDPNFEGKR IRRTTGIPKK FLKSIEIDPE TMTPEEMAQR KIM ITDEGK FVVQVEDKQS WEDYQRKREN RQIDGDETIW RKGHFKDLPD DLKCPLTGGL LRQP VKTSK CCNIDFSKEA LENALVESDF VCPNCETRDI LLDSLVPDQD KEKEVETFLK KQEEL HGSS KDGNQPETKK MKLMDPTGTA GLNNNTSLPT SVNNGGTPVP PVPLPFGIPP FPMFPM PFM PPTATITNPH QADASPKK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.9
構成要素:
濃度名称
150.0 mMsodium chloride塩化ナトリウム
10.0 mMHEPES
グリッドモデル: Quantifoil, UltrAuFoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blotted for 10 s.
詳細350 nM complex was used.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE / 球面収差補正装置: hexapole Cs-corrector / エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-42 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 994 / 平均露光時間: 9.0 sec. / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 509298
詳細: Initially using Gaussian-blob based picking, then after clean-up and enrichment of rare views, conducted template-based autopick to obtain 429703 better centred particles.
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
詳細: Gctf was also used to fit and refine the phase shift per image created by the Volta phase plate
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6i1d


詳細: The pdb file was converted to an EM volume and low-pass filtered to 20 angstroms resolution prior to any refinement
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
詳細: Even though the gold-standard FSC cutoff indicated a resolution of 4.8A, the map was filtered to 6A in post-processing. This dataset had a severe preferred orientation leading to highly ...詳細: Even though the gold-standard FSC cutoff indicated a resolution of 4.8A, the map was filtered to 6A in post-processing. This dataset had a severe preferred orientation leading to highly anisotropic reconstructions. The main purpose of the 3D refinement was to compare with the crystal structure (truncated proteins) to see if any more ordered domains were visible when imaging full-length proteins.
使用した粒子像数: 43308
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6i1d

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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