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- EMDB-0324: Negative-stain map of CPFcore -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0324
タイトルNegative-stain map of CPFcore
マップデータNegative-stain map of CPFcore
試料
  • 複合体: CPFcore: a complex of Cft1-Pfs2-Yth1-Fip1-Pap1-Cft2-Ysh1-Mpe1
    • タンパク質・ペプチド: Cft1
    • タンパク質・ペプチド: Pfs2
    • タンパク質・ペプチド: Yth1
    • タンパク質・ペプチド: Fip1
    • タンパク質・ペプチド: Pap1
    • タンパク質・ペプチド: Cft2
    • タンパク質・ペプチド: Ysh1
    • タンパク質・ペプチド: Mpe1
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Hill CH / Boreikaite V / Kumar A / Casanal A / Kubik P / Degliesposti G / Maslen S / Mariani A / von Loeffelholz O / Girbig M ...Hill CH / Boreikaite V / Kumar A / Casanal A / Kubik P / Degliesposti G / Maslen S / Mariani A / von Loeffelholz O / Girbig M / Skehel M / Passmore LA
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2019
タイトル: Activation of the Endonuclease that Defines mRNA 3' Ends Requires Incorporation into an 8-Subunit Core Cleavage and Polyadenylation Factor Complex.
著者: Chris H Hill / Vytautė Boreikaitė / Ananthanarayanan Kumar / Ana Casañal / Peter Kubík / Gianluca Degliesposti / Sarah Maslen / Angelica Mariani / Ottilie von Loeffelholz / Mathias Girbig ...著者: Chris H Hill / Vytautė Boreikaitė / Ananthanarayanan Kumar / Ana Casañal / Peter Kubík / Gianluca Degliesposti / Sarah Maslen / Angelica Mariani / Ottilie von Loeffelholz / Mathias Girbig / Mark Skehel / Lori A Passmore /
要旨: Cleavage and polyadenylation factor (CPF/CPSF) is a multi-protein complex essential for formation of eukaryotic mRNA 3' ends. CPF cleaves pre-mRNAs at a specific site and adds a poly(A) tail. The ...Cleavage and polyadenylation factor (CPF/CPSF) is a multi-protein complex essential for formation of eukaryotic mRNA 3' ends. CPF cleaves pre-mRNAs at a specific site and adds a poly(A) tail. The cleavage reaction defines the 3' end of the mature mRNA, and thus the activity of the endonuclease is highly regulated. Here, we show that reconstitution of specific pre-mRNA cleavage with recombinant yeast proteins requires incorporation of the Ysh1 endonuclease into an eight-subunit "CPF" complex. Cleavage also requires the accessory cleavage factors IA and IB, which bind substrate pre-mRNAs and CPF, likely facilitating assembly of an active complex. Using X-ray crystallography, electron microscopy, and mass spectrometry, we determine the structure of Ysh1 bound to Mpe1 and the arrangement of subunits within CPF. Together, our data suggest that the active mRNA 3' end processing machinery is a dynamic assembly that is licensed to cleave only when all protein factors come together at the polyadenylation site.
履歴
登録2018年10月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年2月13日-
マップ公開2019年2月13日-
更新2019年4月3日-
現状2019年4月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.065
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.065
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0324.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0324.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative-stain map of CPFcore
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.98 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.065 / ムービー #1: 0.065
最小 - 最大-0.13506678 - 0.5055184
平均 (標準偏差)0.0005758424 (±0.015362408)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 509.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.983.983.98
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z509.440509.440509.440
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-383-383-383
NX/NY/NZ768768768
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.1350.5060.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : CPFcore: a complex of Cft1-Pfs2-Yth1-Fip1-Pap1-Cft2-Ysh1-Mpe1

全体名称: CPFcore: a complex of Cft1-Pfs2-Yth1-Fip1-Pap1-Cft2-Ysh1-Mpe1
要素
  • 複合体: CPFcore: a complex of Cft1-Pfs2-Yth1-Fip1-Pap1-Cft2-Ysh1-Mpe1
    • タンパク質・ペプチド: Cft1
    • タンパク質・ペプチド: Pfs2
    • タンパク質・ペプチド: Yth1
    • タンパク質・ペプチド: Fip1
    • タンパク質・ペプチド: Pap1
    • タンパク質・ペプチド: Cft2
    • タンパク質・ペプチド: Ysh1
    • タンパク質・ペプチド: Mpe1

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超分子 #1: CPFcore: a complex of Cft1-Pfs2-Yth1-Fip1-Pap1-Cft2-Ysh1-Mpe1

超分子名称: CPFcore: a complex of Cft1-Pfs2-Yth1-Fip1-Pap1-Cft2-Ysh1-Mpe1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)

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分子 #1: Cft1

分子名称: Cft1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列: MNVYDDVLDA TVVSHSLATH FTTSDYEELL VVRTNILSVY RPTRDGKLYL TDEFKFHGLI TDIGLIPQK DSPLSCLLLC TGVAKISILK FNTLTNSIDT LSLHYYEGKF KGKSLVELAK I STLRMDPG SSCALLFNND IIAFLPFHVN KNDDDEEEED EDENIDDSEL ...文字列:
MNVYDDVLDA TVVSHSLATH FTTSDYEELL VVRTNILSVY RPTRDGKLYL TDEFKFHGLI TDIGLIPQK DSPLSCLLLC TGVAKISILK FNTLTNSIDT LSLHYYEGKF KGKSLVELAK I STLRMDPG SSCALLFNND IIAFLPFHVN KNDDDEEEED EDENIDDSEL IHSMNQKSQG TN TFNKRKR TKLGDKFTAP SVVLVASELY EGAKNIIDIQ FLKNFTKPTI ALLYQPKLVW AGN TTISKL PTQYVILTLN IQPAESATKI ESTTIAFVKE LPWDLHTIVP VSNGAIIVGT NELA FLDNT GVLQSTVLLN SFADKELQKT KIINNSSLEI MFREKNTTSI WIPSSKSKNG GSNND ETLL LMDLKSNIYY IQMEAEGRLL IKFDIFKLPI VNDLLKENSN PKCITRLNAT NSNKNM DLF IGFGSGNALV LRLNNLKSTI ETREAHNPSS GTNSLMDIND DDDEEMDDLY ADEAPEN GL TTNDSKGTVE TVQPFDIELL SSLRNVGPIT SLTVGKVSSI DDVVKGLPNP NKNEYSLV A TSGNGSGSHL TVIQTSVQPE IELALKFISI TQIWNLKIKG RDRYLITTDS TKSRSDIYE SDNNFKLHKG GRLRRDATTV YISMFGEEKR IIQVTTNHLY LYDTHFRRLT TIKFDYEVIH VSVMDPYIL VTVSRGDIKI FELEEKNKRK LLKVDLPEIL NEMVITSGLI LKSNMCNEFL I GLSKSQEE QLLFTFVTAD NQIIFFTKDH NDRIFQLNGV DQLNESLYIS TYQLGDEIVP DP SIKQVMI NKLGHDNKEE YLTILTFGGE IYQYRKLPQR RSRFYRNVTR NDLAITGAPD NAY AKGVSS IERIMHYFPD YNGYSVIFVT GSVPYILIKE DDSTPKIFKF GNIPLVSVTP WSER SVMCV DDIKNARVYT LTTDNMYYGN KLPLKQIKIS NVLDDYKTLQ KLVYHERAQL FLVSY CKRV PYEALGEDGE KVIGYDENVP HAEGFQSGIL LINPKSWKVI DKIDFPKNSV VNEMRS SMI QINSKTKRKR EYIIAGVANA TTEDTPPTGA FHIYDVIEVV PEPGKPDTNY KLKEIFQ EE VSGTVSTVCE VSGRFMISQS QKVLVRDIQE DNSVIPVAFL DIPVFVTDSK SFGNLLII G DAMQGFQFIG FDAEPYRMIS LGRSMSKFQT MSLEFLVNGG DMYFAATDAD RNVHVLKYA PDEPNSLSGQ RLVHCSSFTL HSTNSCMMLL PRNEEFGSPQ VPSFQNVGGQ VDGSVFKIVP LSEEKYRRL YVIQQQIIDR ELQLGGLNPR MERLANDFYQ MGHSMRPMLD FNVIRRFCGL A IDRRKSIA QKAGRHAHFE AWRDIINIEF SMRSLCQGK

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分子 #2: Pfs2

分子名称: Pfs2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列: MDGHNQNQYQ NQNQIQQSQQ PPLKKYVTQR RSVDVSSPYI NLYYNRRHGL PNLVVEPETS YTIDIMPPN AYRGRDRVIN LPSKFTHLSS NKVKHVIPAI QWTPEGRRLV VATYSGEFSL W NASSFTFE TLMQAHDSAV TTMKYSHDSD WMISGDADGM IKIWQPNFSM ...文字列:
MDGHNQNQYQ NQNQIQQSQQ PPLKKYVTQR RSVDVSSPYI NLYYNRRHGL PNLVVEPETS YTIDIMPPN AYRGRDRVIN LPSKFTHLSS NKVKHVIPAI QWTPEGRRLV VATYSGEFSL W NASSFTFE TLMQAHDSAV TTMKYSHDSD WMISGDADGM IKIWQPNFSM VKEIDAAHTE SI RDMAFSS NDSKFVTCSD DNILKIWNFS NGKQERVLSG HHWDVKSCDW HPEMGLIASA SKD NLVKLW DPRSGNCISS ILKFKHTVLK TRFQPTKGNL LMAISKDKSC RVFDIRYSMK ELMC VRDET DYMTLEWHPI NESMFTLACY DGSLKHFDLL QNLNEPILTI PYAHDKCITS LSYNP VGHI FATAAKDRTI RFWTRARPID PNAYDDPTYN NKKINGWFFG INNDINAVRE KSEFGA APP PPATLEPHAL PNMNGFINKK PRQEIPGIDS NIKSSTLPGL SI

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分子 #3: Yth1

分子名称: Yth1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列: MSLIHPDTAK YPFKFEPFLR QEYSFSLDPD RPICEFYNSR EGPKSCPRGP LCPKKHVLPI FQNKIVCRH WLRGLCKKND QCEYLHEYNL RKMPECVFFS KNGYCTQSPD CQYLHIDPAS K IPKCENYE MGFCPLGSSC PRRHIKKVFC QRYMTGFCPL GKDECDMEHP ...文字列:
MSLIHPDTAK YPFKFEPFLR QEYSFSLDPD RPICEFYNSR EGPKSCPRGP LCPKKHVLPI FQNKIVCRH WLRGLCKKND QCEYLHEYNL RKMPECVFFS KNGYCTQSPD CQYLHIDPAS K IPKCENYE MGFCPLGSSC PRRHIKKVFC QRYMTGFCPL GKDECDMEHP QFIIPDEGSK LR IKRDDEI NTRKMDEEKE RRLNAIINGE V

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分子 #4: Fip1

分子名称: Fip1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列: MSSSEDEDDK FLYGSDSELA LPSSKRSRDD EADAGASSNP DIVKRQKFDS PVEETPATAR DDRSDEDIY SDSSDDDSDS DLEVIISLGP DPTRLDAKLL DSYSTAATSS SKDVISVATD V SNTITKTS DERLITEGEA NQGVTATTVK ATESDGNVPK AMTGSIDLDK ...文字列:
MSSSEDEDDK FLYGSDSELA LPSSKRSRDD EADAGASSNP DIVKRQKFDS PVEETPATAR DDRSDEDIY SDSSDDDSDS DLEVIISLGP DPTRLDAKLL DSYSTAATSS SKDVISVATD V SNTITKTS DERLITEGEA NQGVTATTVK ATESDGNVPK AMTGSIDLDK EGIFDSVGIT TI DPEVLKE KPWRQPGANL SDYFNYGFNE FTWMEYLHRQ EKLQQDYNPR RILMGLLSLQ QQG KLNSAN DTDSNLGNII DNNNNVNNAN MSNLNSNMGN SMSGTPNPPA PPMHPSFPPL PMFG SFPPF PMPGMMPPMN QQPNQNQNQN SK

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分子 #5: Pap1

分子名称: Pap1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列: MSSQKVFGIT GPVSTVGATA AENKLNDSLI QELKKEGSFE TEQETANRVQ VLKILQELAQ RFVYEVSKK KNMSDGMARD AGGKIFTYGS YRLGVHGPGS DIDTLVVVPK HVTREDFFTV F DSLLRERK ELDEIAPVPD AFVPIIKIKF SGISIDLICA RLDQPQVPLS ...文字列:
MSSQKVFGIT GPVSTVGATA AENKLNDSLI QELKKEGSFE TEQETANRVQ VLKILQELAQ RFVYEVSKK KNMSDGMARD AGGKIFTYGS YRLGVHGPGS DIDTLVVVPK HVTREDFFTV F DSLLRERK ELDEIAPVPD AFVPIIKIKF SGISIDLICA RLDQPQVPLS LTLSDKNLLR NL DEKDLRA LNGTRVTDEI LELVPKPNVF RIALRAIKLW AQRRAVYANI FGFPGGVAWA MLV ARICQL YPNACSAVIL NRFFIILSEW NWPQPVILKP IEDGPLQVRV WNPKIYAQDR SHRM PVITP AYPSMCATHN ITESTKKVIL QEFVRGVQIT NDIFSNKKSW ANLFEKNDFF FRYKF YLEI TAYTRGSDEQ HLKWSGLVES KVRLLVMKLE VLAGIKIAHP FTKPFESSYC CPTEDD YEM IQDKYGSHKT ETALNALKLV TDENKEEESI KDAPKAYLST MYIGLDFNIE NKKEKVD IH IPCTEFVNLC RSFNEDYGDH KVFNLALRFV KGYDLPDEVF DENEKRPSKK SKRKNLDA R HETVKRSKSD AASGDNINGT TAAVDVN

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分子 #6: Cft2

分子名称: Cft2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列: MTYKYNCCDD GSGTTVGSVV RFDNVTLLID PGWNPSKVSY EQCIKYWEKV IPEIDVIILS QPTIECLGA HSLLYYNFTS HFISRIQVYA TLPVINLGRV STIDSYASAG VIGPYDTNKL D LEDIEISF DHIVPLKYSQ LVDLRSRYDG LTLLAYNAGV CPGGSIWCIS ...文字列:
MTYKYNCCDD GSGTTVGSVV RFDNVTLLID PGWNPSKVSY EQCIKYWEKV IPEIDVIILS QPTIECLGA HSLLYYNFTS HFISRIQVYA TLPVINLGRV STIDSYASAG VIGPYDTNKL D LEDIEISF DHIVPLKYSQ LVDLRSRYDG LTLLAYNAGV CPGGSIWCIS TYSEKLVYAK RW NHTRDNI LNAASILDAT GKPLSTLMRP SAIITTLDRF GSSQPFKKRS KIFKDTLKKG LSS DGSVII PVDMSGKFLD LFTQVHELLF ESTKINAHTQ VPVLILSYAR GRTLTYAKSM LEWL SPSLL KTWENRNNTS PFEIGSRIKI IAPNELSKYP GSKICFVSEV GALINEVIIK VGNSE KTTL ILTKPSFECA SSLDKILEIV EQDERNWKTF PEDGKSFLCD NYISIDTIKE EPLSKE ETE AFKVQLKEKK RDRNKKILLV KRESKKLANG NAIIDDTNGE RAMRNQDILV ENVNGVP PI DHIMGGDEDD DEEEENDNLL NLLKDNSEKS AAKKNTEVPV DIIIQPSAAS KHKMFPFN P AKIKKDDYGT VVDFTMFLPD DSDNVNQNSR KRPLKDGAKT TSPVNEEDNK NEEEDGYNM SDPISKRSKH RASRYSGFSG TGEAENFDNL DYLKIDKTLS KRTISTVNVQ LKCSVVILNL QSLVDQRSA SIIWPSLKSR KIVLSAPKQI QNEEITAKLI KKNIEVVNMP LNKIVEFSTT I KTLDISID SNLDNLLKWQ RISDSYTVAT VVGRLVKESL PQVNNHQKTA SRSKLVLKPL HG SSRSHKT GALSIGDVRL AQLKKLLTEK NYIAEFKGEG TLVINEKVAV RKINDAETII DGT PSELFD TVKKLVTDML AKI

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分子 #7: Ysh1

分子名称: Ysh1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列: MERTNTTTFK FFSLGGSNEV GRSCHILQYK GKTVMLDAGI HPAYQGLASL PFYDEFDLSK VDILLISHF HLDHAASLPY VMQRTNFQGR VFMTHPTKAI YRWLLRDFVR VTSIGSSSSS M GTKDEGLF SDEDLVDSFD KIETVDYHST VDVNGIKFTA FHAGHVLGAA ...文字列:
MERTNTTTFK FFSLGGSNEV GRSCHILQYK GKTVMLDAGI HPAYQGLASL PFYDEFDLSK VDILLISHF HLDHAASLPY VMQRTNFQGR VFMTHPTKAI YRWLLRDFVR VTSIGSSSSS M GTKDEGLF SDEDLVDSFD KIETVDYHST VDVNGIKFTA FHAGHVLGAA MFQIEIAGLR VL FTGDYSR EVDRHLNSAE VPPLSSNVLI VESTFGTATH EPRLNRERKL TQLIHSTVMR GGR VLLPVF ALGRAQEIML ILDEYWSQHA DELGGGQVPI FYASNLAKKC MSVFQTYVNM MNDD IRKKF RDSQTNPFIF KNISYLRNLE DFQDFGPSVM LASPGMLQSG LSRDLLERWC PEDKN LVLI TGYSIEGTMA KFIMLEPDTI PSINNPEITI PRRCQVEEIS FAAHVDFQEN LEFIEK ISA PNIILVHGEA NPMGRLKSAL LSNFASLKGT DNEVHVFNPR NCVEVDLEFQ GVKVAKA VG NIVNEIYKEE NVEIKEEIAA KIEPIKEENE DNLDSQAEKG LVDEEEHKDI VVSGILVS D DKNFELDFLS LSDLREHHPD LSTTILRERQ SVRVNCKKEL IYWHILQMFG EAEVLQDDD RVTNQEPKVK EESKDNLTNT GKLILQIMGD IKLTIVNTLA VVEWTQDLMN DTVADSIIAI LMNVDSAPA SVKLSSHSCD DHDHNNVQSN AQGKIDEVER VKQISRLFKE QFGDCFTLFL N KDEYASNK EETITGVVTI GKSTAKIDFN NMKILECNSN PLKGRVESLL NIGGNLVTPL C

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分子 #8: Mpe1

分子名称: Mpe1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列: MSSTIFYRFK SQRNTSRILF DGTGLTVFDL KREIIQENKL GDGTDFQLKI YNPDTEEEYD DDAFVIPRS TSVIVKRSPA IKSFSVHSRL KGNVGAAALG NATRYVTGRP RVLQKRQHTA T TTANVSGT TEEERIASMF ATQENQWEQT QEEMSAATPV FFKSQTNKNS ...文字列:
MSSTIFYRFK SQRNTSRILF DGTGLTVFDL KREIIQENKL GDGTDFQLKI YNPDTEEEYD DDAFVIPRS TSVIVKRSPA IKSFSVHSRL KGNVGAAALG NATRYVTGRP RVLQKRQHTA T TTANVSGT TEEERIASMF ATQENQWEQT QEEMSAATPV FFKSQTNKNS AQENEGPPPP GY MCYRCGG RDHWIKNCPT NSDPNFEGKR IRRTTGIPKK FLKSIEIDPE TMTPEEMAQR KIM ITDEGK FVVQVEDKQS WEDYQRKREN RQIDGDETIW RKGHFKDLPD DLKCPLTGGL LRQP VKTSK CCNIDFSKEA LENALVESDF VCPNCETRDI LLDSLVPDQD KEKEVETFLK KQEEL HGSS KDGNQPETKK MKLMDPTGTA GLNNNTSLPT SVNNGGTPVP PVPLPFGIPP FPMFPM PFM PPTATITNPH QADASPKK

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.9
構成要素:
濃度名称
10.0 mMHEPES
150.0 mMsodium chloride塩化ナトリウム
0.5 mMmagnesium acetate
1.0 mMTCEP
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate
詳細: Three microliters of sample was applied to the support and allowed to adsorb for 60 s before wicking away with filter paper. Grids were then applied sequentially to two 30 ul drops of 2% w/v ...詳細: Three microliters of sample was applied to the support and allowed to adsorb for 60 s before wicking away with filter paper. Grids were then applied sequentially to two 30 ul drops of 2% w/v uranyl acetate, first to wash (quick) and then to stain (30 s). Excess stain was then wicked away with filter paper until dry.
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 4.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
詳細: Grids were CF400-CU-UL from Electron Microscopy Sciences. Thin layer continuous carbon over 400-mesh copper. Manually inspected before use (with a light microscope)
詳細250 nM complex was used

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: -0.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.6 µm / 倍率（公称値）: 26000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 1000 (2k x 2k)
平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 274806
詳細: Several rounds of reference-free 2D classification were used clean bad particles from the dataset, and to discard particles classified on the basis of stain thickness, leaving a final subset ...詳細: Several rounds of reference-free 2D classification were used clean bad particles from the dataset, and to discard particles classified on the basis of stain thickness, leaving a final subset of 107,817 particles in equivalently thick stain.
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
詳細: One round of 3D classification (4 classes) was used to separate conformational heterogeneity, prior to a final 3D refinement
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 23969
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

6eoj

,

3c66

,

2i7x

,

6i1d

)
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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