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- EMDB-0282: CryoEM structure of human full-length heteromeric alpha1beta3gamm... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0282
タイトルCryoEM structure of human full-length heteromeric alpha1beta3gamma2L GABA(A)R in complex with alprazolam (Xanax), GABA and megabody Mb38.
マップデータ
試料
  • 複合体: CryoEM structure of human full-length heteromeric alpha1beta3gamma2L GABA(A)R in complex with alprazolam (Xanax), GABA and megabody Mb38.
    • 複合体: heteromeric alpha1beta3gamma2L GABA(A)R
      • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1
      • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3
      • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2
    • 複合体: megabody Mb38
      • タンパク質・ペプチド: Megabody Mb38
  • リガンド: GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID
  • リガンド: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate
  • リガンド: 8-chloro-1-methyl-6-phenyl-4H-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepine
キーワードGABAAR / Membrane protein (膜タンパク質) / pLGIC / Cys-loop receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


GABA receptor activation / benzodiazepine receptor activity / GABA receptor complex / inhibitory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / GABA receptor activation / GABA-gated chloride ion channel activity / cellular response to histamine / inhibitory synapse assembly / GABA-A receptor activity / GABA-A receptor complex ...GABA receptor activation / benzodiazepine receptor activity / GABA receptor complex / inhibitory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / GABA receptor activation / GABA-gated chloride ion channel activity / cellular response to histamine / inhibitory synapse assembly / GABA-A receptor activity / GABA-A receptor complex / neurotransmitter receptor activity / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / synaptic transmission, GABAergic / adult behavior / chloride channel activity / roof of mouth development / Signaling by ERBB4 / chloride channel complex / GABA-ergic synapse / regulation of postsynaptic membrane potential / chloride transmembrane transport / dendrite membrane / post-embryonic development / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / cytoplasmic vesicle membrane / postsynaptic membrane / postsynapse / neuron projection / 神経繊維 / シナプス / シグナル伝達 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Gamma-aminobutyric-acid A receptor, gamma 2 subunit / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-1/4 / : / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha 1 subunit / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, beta subunit / : / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha subunit / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. ...Gamma-aminobutyric-acid A receptor, gamma 2 subunit / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-1/4 / : / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha 1 subunit / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, beta subunit / : / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha subunit / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1 / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1 / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2 / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å
データ登録者Masiulis S / Desai R
資金援助 英国, スイス, 米国, 8件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/L009609/1 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_UP_1201/15 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_UP_A025_1013 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M024709/1 英国
Cancer Research UKC20724/A14414 英国
Human Frontier Science ProgramRGP0065/2014 英国
Swiss National Science Foundation168735 スイス
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM 58448 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: GABA receptor signalling mechanisms revealed by structural pharmacology.
著者: Simonas Masiulis / Rooma Desai / Tomasz Uchański / Itziar Serna Martin / Duncan Laverty / Dimple Karia / Tomas Malinauskas / Jasenko Zivanov / Els Pardon / Abhay Kotecha / Jan Steyaert / ...著者: Simonas Masiulis / Rooma Desai / Tomasz Uchański / Itziar Serna Martin / Duncan Laverty / Dimple Karia / Tomas Malinauskas / Jasenko Zivanov / Els Pardon / Abhay Kotecha / Jan Steyaert / Keith W Miller / A Radu Aricescu /
要旨: Type-A γ-aminobutyric (GABA) receptors are ligand-gated chloride channels with a very rich pharmacology. Some of their modulators, including benzodiazepines and general anaesthetics, are among the ...Type-A γ-aminobutyric (GABA) receptors are ligand-gated chloride channels with a very rich pharmacology. Some of their modulators, including benzodiazepines and general anaesthetics, are among the most successful drugs in clinical use and are common substances of abuse. Without reliable structural data, the mechanistic basis for the pharmacological modulation of GABA receptors remains largely unknown. Here we report several high-resolution cryo-electron microscopy structures in which the full-length human α1β3γ2L GABA receptor in lipid nanodiscs is bound to the channel-blocker picrotoxin, the competitive antagonist bicuculline, the agonist GABA (γ-aminobutyric acid), and the classical benzodiazepines alprazolam and diazepam. We describe the binding modes and mechanistic effects of these ligands, the closed and desensitized states of the GABA receptor gating cycle, and the basis for allosteric coupling between the extracellular, agonist-binding region and the transmembrane, pore-forming region. This work provides a structural framework in which to integrate previous physiology and pharmacology research and a rational basis for the development of GABA receptor modulators.
履歴
登録2018年10月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年11月7日-
マップ公開2019年1月2日-
更新2023年11月15日-
現状2023年11月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6huo
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0282.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0282.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.06 / ムービー #1: 0.06
最小 - 最大-0.14457421 - 0.23723659
平均 (標準偏差)0.0005309474 (±0.0068188417)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 273.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z273.920273.920273.920
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.1450.2370.001

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_0282_additional.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 2

ファイルemd_0282_half_map_1.map
注釈Half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half-map 1

ファイルemd_0282_half_map_2.map
注釈Half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CryoEM structure of human full-length heteromeric alpha1beta3gamm...

全体名称: CryoEM structure of human full-length heteromeric alpha1beta3gamma2L GABA(A)R in complex with alprazolam (Xanax), GABA and megabody Mb38.
要素
  • 複合体: CryoEM structure of human full-length heteromeric alpha1beta3gamma2L GABA(A)R in complex with alprazolam (Xanax), GABA and megabody Mb38.
    • 複合体: heteromeric alpha1beta3gamma2L GABA(A)R
      • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1
      • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3
      • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2
    • 複合体: megabody Mb38
      • タンパク質・ペプチド: Megabody Mb38
  • リガンド: GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID
  • リガンド: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate
  • リガンド: 8-chloro-1-methyl-6-phenyl-4H-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepine

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超分子 #1: CryoEM structure of human full-length heteromeric alpha1beta3gamm...

超分子名称: CryoEM structure of human full-length heteromeric alpha1beta3gamma2L GABA(A)R in complex with alprazolam (Xanax), GABA and megabody Mb38.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
分子量理論値: 330 KDa

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超分子 #2: heteromeric alpha1beta3gamma2L GABA(A)R

超分子名称: heteromeric alpha1beta3gamma2L GABA(A)R / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Brain / 細胞中の位置: Plasma membrane

+
超分子 #3: megabody Mb38

超分子名称: megabody Mb38 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)

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分子 #1: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1,Gamma-aminobutyr...

分子名称: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Bovine GABRA1 signal peptide: MKKSPGLSDY LWAWTLFLST LTGRSYG FLAG tag: DYKDDDDK,Bovine GABRA1 signal peptide: MKKSPGLSDY LWAWTLFLST LTGRSYG FLAG tag: DYKDDDDK
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 52.916602 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKKSPGLSDY LWAWTLFLST LTGRSYGDYK DDDDKQPSLQ DELKDNTTVF TRILDRLLDG YDNRLRPGLG ERVTEVKTDI FVTSFGPVS DHDMEYTIDV FFRQSWKDER LKFKGPMTVL RLNNLMASKI WTPDTFFHNG KKSVAHNMTM PNKLLRITED G TLLYTMRL ...文字列:
MKKSPGLSDY LWAWTLFLST LTGRSYGDYK DDDDKQPSLQ DELKDNTTVF TRILDRLLDG YDNRLRPGLG ERVTEVKTDI FVTSFGPVS DHDMEYTIDV FFRQSWKDER LKFKGPMTVL RLNNLMASKI WTPDTFFHNG KKSVAHNMTM PNKLLRITED G TLLYTMRL TVRAECPMHL EDFPMDAHAC PLKFGSYAYT RAEVVYEWTR EPARSVVVAE DGSRLNQYDL LGQTVDSGIV QS STGEYVV MTTHFHLKRK IGYFVIQTYL PCIMTVILSQ VSFWLNRESV PARTVFGVTT VLTMTTLSIS ARNSLPKVAY ATA MDWFIA VCYAFVFSAL IEFATVNYFT KRGYAWDGKS VVPEKPKKVK DPLIKKNNTY APTATSYTPN LARGDPGLAT IAKS ATIEP KEVKPETKPP EPKKTFNSVS KIDRLSRIAF PLLFGIFNLV YWATYLNREP QLKAPTPHQ

UniProtKB: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1, Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1

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分子 #2: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3

分子名称: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 54.444578 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MCSGLLELLL PIWLSWTLGT RGSEPRSVND PGNMSFVKET VDKLLKGYDI RLRPDFGGPP VCVGMNIDIA SIDMVSEVNM DYTLTMYFQ QYWRDKRLAY SGIPLNLTLD NRVADQLWVP DTYFLNDKKS FVHGVTVKNR MIRLHPDGTV LYGLRITTTA A CMMDLRRY ...文字列:
MCSGLLELLL PIWLSWTLGT RGSEPRSVND PGNMSFVKET VDKLLKGYDI RLRPDFGGPP VCVGMNIDIA SIDMVSEVNM DYTLTMYFQ QYWRDKRLAY SGIPLNLTLD NRVADQLWVP DTYFLNDKKS FVHGVTVKNR MIRLHPDGTV LYGLRITTTA A CMMDLRRY PLDEQNCTLE IESYGYTTDD IEFYWRGGDK AVTGVERIEL PQFSIVEHRL VSRNVVFATG AYPRLSLSFR LK RNIGYFI LQTYMPSILI TILSWVSFWI NYDASAARVA LGITTVLTMT TINTHLRETL PKIPYVKAID MYLMGCFVFV FLA LLEYAF VNYIFFGRGP QRQKKLAEKT AKAKNDRSKS ESNRVDAHGN ILLTSLEVHN EMNEVSGGIG DTRNSAISFD NSGI QYRKQ SMPREGHGRF LGDRSLPHKK THLRRRSSQL KIKIPDLTDV NAIDRWSRIV FPFTFSLFNL VYWLYYVN

UniProtKB: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3

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分子 #3: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2

分子名称: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: Linker sequence: GGSGGSGGSGK 1D4 tag: TETSQVAPA / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 56.922055 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSSPNIWSTG SSVYSTPVFS QKMTVWILLL LSLYPGFTSQ KSDDDYEDYA SNKTWVLTPK VPEGDVTVIL NNLLEGYDNK LRPDIGVKP TLIHTDMYVN SIGPVNAINM EYTIDIFFAQ TWYDRRLKFN STIKVLRLNS NMVGKIWIPD TFFRNSKKAD A HWITTPNR ...文字列:
MSSPNIWSTG SSVYSTPVFS QKMTVWILLL LSLYPGFTSQ KSDDDYEDYA SNKTWVLTPK VPEGDVTVIL NNLLEGYDNK LRPDIGVKP TLIHTDMYVN SIGPVNAINM EYTIDIFFAQ TWYDRRLKFN STIKVLRLNS NMVGKIWIPD TFFRNSKKAD A HWITTPNR MLRIWNDGRV LYTLRLTIDA ECQLQLHNFP MDEHSCPLEF SSYGYPREEI VYQWKRSSVE VGDTRSWRLY QF SFVGLRN TTEVVKTTSG DYVVMSVYFD LSRRMGYFTI QTYIPCTLIV VLSWVSFWIN KDAVPARTSL GITTVLTMTT LST IARKSL PKVSYVTAMD LFVSVCFIFV FSALVEYGTL HYFVSNRKPS KDKDKKKKNP LLRMFSFKAP TIDIRPRSAT IQMN NATHL QERDEEYGYE CLDGKDCASF FCCFEDCRTG AWRHGRIHIR IAKMDSYARI FFPTAFCLFN LVYWVSYLYL GGSGG SGGS GKTETSQVAP A

UniProtKB: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2

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分子 #4: Megabody Mb38

分子名称: Megabody Mb38 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: 6His tag: HHHHHH EPEA tag: EPEA / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 57.784301 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: QVQLQESGGG LVQTKTTTSV IDTTNDAQNL LTQAQTIVNT LKDYCPILIA KSSSSNGGTN NANTPSWQTA GGGKNSCATF GAEFSAASD MINNAQKIVQ ETQQLSANQP KNITQPHNLN LNSPSSLTAL AQKMLKNAQS QAEILKLANQ VESDFNKLSS G HLKDYIGK ...文字列:
QVQLQESGGG LVQTKTTTSV IDTTNDAQNL LTQAQTIVNT LKDYCPILIA KSSSSNGGTN NANTPSWQTA GGGKNSCATF GAEFSAASD MINNAQKIVQ ETQQLSANQP KNITQPHNLN LNSPSSLTAL AQKMLKNAQS QAEILKLANQ VESDFNKLSS G HLKDYIGK CDASAISSAN MTMQNQKNNW GNGCAGVEET QSLLKTSAAD FNNQTPQINQ AQNLANTLIQ ELGNNPFRAS GG GSGGGGS GKLSDTYEQL SRLLTNDNGT NSKTSAQAIN QAVNNLNERA KTLAGGTTNS PAYQATLLAL RSVLGLWNSM GYA VICGGY TKSPGENNQK DFHYTDENGN GTTINCGGST NSNGTHSYNG TNTLKADKNV SLSIEQYEKI HEAYQILSKA LKQA GLAPL NSKGEKLEAH VTTSKYGSLR VSCAASGRTF TTYIMAWFRQ APGKEREFLA AMDQGRIQYY GDSVRGRFTI SRDYA KNSV DLQLDGLRPE DTAVYYCAAG AGFWGLRTAS SYHYWGQGTQ VTVSSHHHHH HEPEA

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分子 #9: GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID

分子名称: GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: ABU
分子量理論値: 103.12 Da
Chemical component information

ChemComp-ABU:
GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / GABA / 神経伝達物質, 阻害剤*YM / Γ-アミノ酪酸

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分子 #10: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(o...

分子名称: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate
タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 2 / 式: PIO
分子量理論値: 746.566 Da
Chemical component information

ChemComp-PIO:
[(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate / 1-O-(1-O,2-O-ジオクタノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)-D-myo-イノシト-ル4,5-ビスりん酸

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分子 #11: 8-chloro-1-methyl-6-phenyl-4H-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodia...

分子名称: 8-chloro-1-methyl-6-phenyl-4H-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepine
タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: 08H
分子量理論値: 308.765 Da
Chemical component information

ChemComp-08H:
8-chloro-1-methyl-6-phenyl-4H-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepine / アルプラゾラム / アルプラゾラム

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Monodisperse sample

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 75000
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 210073
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Relion 3D ab-initio
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / ソフトウェア - 詳細: Refine3D
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / ソフトウェア - 詳細: Class3D
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / ソフトウェア - 詳細: Refine3D
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / ソフトウェア - 詳細: Refine3D / 使用した粒子像数: 39050

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6huo:
CryoEM structure of human full-length heteromeric alpha1beta3gamma2L GABA(A)R in complex with alprazolam (Xanax), GABA and megabody Mb38.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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