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- EMDB-0281: Structure of the photosynthetic complex I from Thermosynechococcu... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0281
タイトルStructure of the photosynthetic complex I from Thermosynechococcus elongatus
マップデータStructure of the photosynthetic complex I from Cyanobacteria
試料
  • 複合体: photosynthetic complex I
    • タンパク質・ペプチド: x 18種
  • リガンド: x 3種
機能・相同性
機能・相同性情報


トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / photosynthetic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis, light reaction / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / NAD binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / photosynthetic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis, light reaction / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / NAD binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
NADH dehydrogenase-like complex, subunit S / NAD(P)H dehydrogenase subunit S / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chloroplast chain 5, C-terminal / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit O / NADH-dehyrogenase subunit F, TMs, (complex I) C-terminus / Cyanobacterial and plant NDH-1 subunit O / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N / NADH-quinone oxidoreductase chain 4 ...NADH dehydrogenase-like complex, subunit S / NAD(P)H dehydrogenase subunit S / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chloroplast chain 5, C-terminal / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit O / NADH-dehyrogenase subunit F, TMs, (complex I) C-terminus / Cyanobacterial and plant NDH-1 subunit O / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N / NADH-quinone oxidoreductase chain 4 / Cyanobacterial and plastid NDH-1 subunit M / NADH dehydrogenase transmembrane subunit / NADH-quinone oxidoreductase cyanobacterial subunit N / NADH-plastoquinone oxidoreductase, subunit I / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2, N-terminal / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2 N-terminal / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, bacterial/plastid / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N/subunit 2 / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature. / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 49 Kd subunit / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH dehydrogenase, subunit C / NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 30 Kd subunit signature. / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-quinone oxidoreductase, chain 5-like / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 30 Kd subunit / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 3 superfamily / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 2. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1/F420H2 oxidoreductase subunit H / NADHデヒドロゲナーゼ / NADH:ubiquinone oxidoreductase / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / Proton-conducting membrane transporter / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3 / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit N / NADH dehydrogenase subunit 5 / NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4 1 / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L / NADH-quinone oxidoreductase subunit J ...NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3 / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit N / NADH dehydrogenase subunit 5 / NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4 1 / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L / NADH-quinone oxidoreductase subunit J / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 1 / Tlr0636 protein / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2 / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit O
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) / Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.34 Å
データ登録者Schuller JM / Schuller SK / Kurisu G / Engel BD / Nowaczyk MM
資金援助 ドイツ, 日本, 5件
OrganizationGrant number国
German Research FoundationFOR2092 ドイツ
Max Planck Society ドイツ
German Research FoundationNO 836/1-1 ドイツ
German Federal Ministry for Education and ResearchRESOLV ドイツ
Japan Science and TechnologyJPMJCR13M4 日本
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Structural adaptations of photosynthetic complex I enable ferredoxin-dependent electron transfer.
著者: Jan M Schuller / James A Birrell / Hideaki Tanaka / Tsuyoshi Konuma / Hannes Wulfhorst / Nicholas Cox / Sandra K Schuller / Jacqueline Thiemann / Wolfgang Lubitz / Pierre Sétif / Takahisa ...著者: Jan M Schuller / James A Birrell / Hideaki Tanaka / Tsuyoshi Konuma / Hannes Wulfhorst / Nicholas Cox / Sandra K Schuller / Jacqueline Thiemann / Wolfgang Lubitz / Pierre Sétif / Takahisa Ikegami / Benjamin D Engel / Genji Kurisu / Marc M Nowaczyk /
要旨: Photosynthetic complex I enables cyclic electron flow around photosystem I, a regulatory mechanism for photosynthetic energy conversion. We report a 3.3-angstrom-resolution cryo-electron microscopy ...Photosynthetic complex I enables cyclic electron flow around photosystem I, a regulatory mechanism for photosynthetic energy conversion. We report a 3.3-angstrom-resolution cryo-electron microscopy structure of photosynthetic complex I from the cyanobacterium The model reveals structural adaptations that facilitate binding and electron transfer from the photosynthetic electron carrier ferredoxin. By mimicking cyclic electron flow with isolated components in vitro, we demonstrate that ferredoxin directly mediates electron transfer between photosystem I and complex I, instead of using intermediates such as NADPH (the reduced form of nicotinamide adenine dinucleotide phosphate). A large rate constant for association of ferredoxin to complex I indicates efficient recognition, with the protein subunit NdhS being the key component in this process.
履歴
登録2018年10月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年1月9日-
マップ公開2019年1月9日-
更新2019年12月18日-
現状2019年12月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0281.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0281.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of the photosynthetic complex I from Cyanobacteria
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.22975716 - 0.65928394
平均 (標準偏差)0.0000946623 (±0.0068258634)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 405.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z405.000405.000405.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.2300.6590.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : photosynthetic complex I

全体名称: photosynthetic complex I
要素
  • 複合体: photosynthetic complex I
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4 1
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase subunit 6NADHデヒドロゲナーゼ
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J
    • タンパク質・ペプチド: Proton-translocating NADH-quinone dehydrogenase subunit P NdhP
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase subunit 5NADHデヒドロゲナーゼ
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit N
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M
    • タンパク質・ペプチド: Tlr0636 protein
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit O
    • タンパク質・ペプチド: Proton-translocating NADH-quinone dehydrogenase subunit Q NdhQ
  • リガンド: BETA-CAROTENEΒ-カロテン
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER鉄・硫黄クラスター

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超分子 #1: photosynthetic complex I

超分子名称: photosynthetic complex I / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#18
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)

+
分子 #1: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 1

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
分子量理論値: 40.565984 KDa
配列文字列: MESGIDLQGQ FISALQSLGL SHDLAKLLWL PLPMLMMLIV ATVGVLVAVW LERKISAAVQ QRIGPEYIGP LGILAPLADG LKLIFKEDV LPANSDRWLF TLGPAVVVIP VFLSYIIVPF GQNLLISNLA MGVFLWIALS SIAPIGLLMA GYASNNKYSL L GGLRAAAQ ...文字列:
MESGIDLQGQ FISALQSLGL SHDLAKLLWL PLPMLMMLIV ATVGVLVAVW LERKISAAVQ QRIGPEYIGP LGILAPLADG LKLIFKEDV LPANSDRWLF TLGPAVVVIP VFLSYIIVPF GQNLLISNLA MGVFLWIALS SIAPIGLLMA GYASNNKYSL L GGLRAAAQ SISYEIPLAL AVLAVAMMSN GLGTVEIVEQ QSQYGILSWN VWRQPIGFLV FWIAALAECE RLPFDLPEAE EE LVAGYQT EYAGMKFALF YLGAYVNLVL SALLVSVLYF GGWSFPIPLE TIANLLGVSE TNPFLQIAFA VLGITMTLIK AYF FVFLAI LLRWTVPRVR IDQLLDLGWK FLLPVGLVNL LLTAGLKLAF PVAFGG

+
分子 #2: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
分子量理論値: 15.013919 KDa
配列文字列:
MVAIPRLRDT ATVFVLSGYE YFLGFLIICS LVPVLALAAS ALLRPKSGRM IRLTTYESGM EPIGGAWIQF NVRYYMFALV FVIFDVETV FLYPWAVAFH QLGLLAFIEA LIFIAILVVA LVYAWRKRAL EWS

+
分子 #3: NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4 1

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
分子量理論値: 57.847504 KDa
配列文字列: MSTFPWLTTI ILFPIVAALA IPFIPDPTGK GRPIRWYALA VGLIDFALIV YAFTNFYDLN TPGMQLWESY DWIPEIGLRW SVGADGLSM PLILLTGFIT TLAILAAWPV TLKPRLFYFL MLAMYGGQIA VFAVQDMLVF FLAWELELIP VYLLLAIWGG H KRQYAATK ...文字列:
MSTFPWLTTI ILFPIVAALA IPFIPDPTGK GRPIRWYALA VGLIDFALIV YAFTNFYDLN TPGMQLWESY DWIPEIGLRW SVGADGLSM PLILLTGFIT TLAILAAWPV TLKPRLFYFL MLAMYGGQIA VFAVQDMLVF FLAWELELIP VYLLLAIWGG H KRQYAATK FILYTAGSSL FILVAGLAMA FYGDTVSFDM QTLAAKDYAL GFQLLVYAGF LVAYGVKLPI VPLHTWLPDA HG EATAPVH MLLAGILLKM GGYALIRMNV DMLPAAHAKF APVLVILGVV NIIYAALTSY AQRNLKRKIA YSSISHIGFV LIG IASFTN LGMSGAVLQM VSHGLIGASL FFLVGATYDR THTLILEEMG GVGQKMKKIF AMFTACSLAS LALPGMSGFV AELM VFIGF ATSDAYSLPF RVIVVFLAAV GVILTPIYLL SMLREIFYGP ENKELVEHEA LVDAEPREVF IIACLLVPII GIGLY PKLL TQIYDATTGQ VIARAREVLP TLAQQTEQPL GILPMVAPQL KANAQ

+
分子 #4: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
分子量理論値: 11.140265 KDa
配列文字列:
MQLTYVLILA ALLFCIGIYG LVTSRNAVRV LMSIELLLNA VNLNLIGFAN YLDGQQIKGQ VFAVFVITVA AAEAAVGLAI ILAIYRNRD TVDMEKFNLL KW

+
分子 #5: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
分子量理論値: 55.168543 KDa
配列文字列: MDLVTLAGQL NAGTILPETI LIVTLLVVLL ADLIQGRQAD RWTPYFAIVG LGGAIATMIP LWTQPATISF FGSFISDHLS LFFRGLIAL SALGTILMSI RYVEQTGSSL GEFMTILLTA TVGGMFIAGA QELVFIFVAL ETLSIASYLL TGYTKRDSRS N EAALKYLL ...文字列:
MDLVTLAGQL NAGTILPETI LIVTLLVVLL ADLIQGRQAD RWTPYFAIVG LGGAIATMIP LWTQPATISF FGSFISDHLS LFFRGLIAL SALGTILMSI RYVEQTGSSL GEFMTILLTA TVGGMFIAGA QELVFIFVAL ETLSIASYLL TGYTKRDSRS N EAALKYLL IGAASSAIFL YGSSLLYGLS GGHTQLPAIA QALSSESLGL VVALVFVIAG ISFKISAVPF HQWTPDVYEG AP TPVVAFL SVGSKAAGFA LAIRFLTLAF PSVTDQWQLI FTVLAILSMI LGNVVALAQT SMKRMLAYSS IGQAGFVMIG FVV GTEAGY ASMLFYLLVY LFMNLGAFTC VILFSLRTGT DQISEYAGLY QKDPLLTLGL SLCLLSLGGI PPLAGFFGKI YLFW AGWQA GAYGLVLLGL LTSVISIYYY IRVVKMMVVK EPQEMSEAVR NYPEVSWSSF GLRPLQVGLV MTVIATSLAG ILANP LFNL VNTAVWDVPQ LANQPTVMEV AYQALSPAGK S

+
分子 #6: NADH dehydrogenase subunit 6

分子名称: NADH dehydrogenase subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
分子量理論値: 21.580568 KDa
配列文字列: MDLATLTQTI TFFALAAAVI IAALGVVLLD NVVYSAFLLG GVFLSIAGLY ILMNADFVSA AQILIYVGAV NVLILFAIML VNKRETYTP VPGRWLRQGG AAVVSLGVFA LLTKMILQTP WQLSSVPPTP DSITTIGQHF FSDFLLPFEL ASVLLLMALI G AVVLARRE ...文字列:
MDLATLTQTI TFFALAAAVI IAALGVVLLD NVVYSAFLLG GVFLSIAGLY ILMNADFVSA AQILIYVGAV NVLILFAIML VNKRETYTP VPGRWLRQGG AAVVSLGVFA LLTKMILQTP WQLSSVPPTP DSITTIGQHF FSDFLLPFEL ASVLLLMALI G AVVLARRE LVLEPEPILG EEVVPPLELP ERPREPVALS EK

+
分子 #7: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
分子量理論値: 19.363789 KDa
配列文字列:
MSDTPEAPIV EAGPVGRLLQ SQNLSVESLG RDASGVEMIK VDRDRLLAVC QTLYADGFNY LRCQAAYDSG PGQDLVSTYH LIKLSDNAD RPPEVRIKVF VPRDDPRVPS VYWIWKTADW QERESYDMFG IVYEGHPNLK RILMPEDWVG WPLRKDYITP D FYELQEAY

+
分子 #8: Proton-translocating NADH-quinone dehydrogenase subunit P NdhP

分子名称: Proton-translocating NADH-quinone dehydrogenase subunit P NdhP
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
分子量理論値: 4.630392 KDa
配列文字列:
AVISVKPILL AMTPVFILLC LFFGTRNGFY DTDQYHGNAA AH

+
分子 #9: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
分子量理論値: 45.271184 KDa
配列文字列: MPKIETRTEP MVINMGPHHP SMHGVLRLMV TLDGEDVIDC EPVIGYLHRG MEKIAENRTN IMFIPYVSRW DYAAGMFNEA VTVNAPEKL AGIPVPKRAS YIRVIMLELN RIANHLLWLG PFLADVGAQT PFFYIFRERE YIYDLFEAAT GMRFINNNYF R IGGVAADL ...文字列:
MPKIETRTEP MVINMGPHHP SMHGVLRLMV TLDGEDVIDC EPVIGYLHRG MEKIAENRTN IMFIPYVSRW DYAAGMFNEA VTVNAPEKL AGIPVPKRAS YIRVIMLELN RIANHLLWLG PFLADVGAQT PFFYIFRERE YIYDLFEAAT GMRFINNNYF R IGGVAADL TYGWVTKCRD FCDYFLPKVD EYERLITNNP IFVRRLQGVG KISREEAINW GLSGPMLRAS GVKWDLRKVD HY ECYDDFD WDVPVATEGD CLARYIVRIQ EMRESVKIIR QALDGLPGGP YENLEAKRML EGAKSEWNGF DYQYIGKKLS PTF KIPKGE HYVRVESGKG ELGIYLIGDD NVFPWRWKIR PPDFNNLQVL PQLLKGMKVA DIVAILGSID VIMGSVDR

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分子 #10: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
分子量理論値: 22.444801 KDa
配列文字列: MKFLNQITNY AKEAVQSAKY IGQGLSVTFD HMRRRPITVQ YPYEKLIPSE RFRGRIHFEF DKCIACEVCV RVCPINLPVV DWVFNKELK KKELKHYSID FGVCIFCANC VEYCPTNCLS VTEEYELATY DRHELNYDSV AMGRIPYKVT QDPMVTPIRE F AYLPAGVM ...文字列:
MKFLNQITNY AKEAVQSAKY IGQGLSVTFD HMRRRPITVQ YPYEKLIPSE RFRGRIHFEF DKCIACEVCV RVCPINLPVV DWVFNKELK KKELKHYSID FGVCIFCANC VEYCPTNCLS VTEEYELATY DRHELNYDSV AMGRIPYKVT QDPMVTPIRE F AYLPAGVM SGHDLPAGAQ RAGERPEAIA NTAKSSEN

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分子 #11: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
分子量理論値: 25.766998 KDa
配列文字列: MTNTTSPAIL NPIARPEVPQ ELAENIILTS LNDVYDWARL SSLWPLMYGT ACCFIEFAAM IGSRFDFDRF GLVPRNSPRQ ADLIITSGT ITMKMAPALV RLYEQMPSPK YVIAMGACTI TGGMFSSDSY SAVRGVDKLI PVDVYLPGCP PRPEAIMDAI V KLRKKIAN ...文字列:
MTNTTSPAIL NPIARPEVPQ ELAENIILTS LNDVYDWARL SSLWPLMYGT ACCFIEFAAM IGSRFDFDRF GLVPRNSPRQ ADLIITSGT ITMKMAPALV RLYEQMPSPK YVIAMGACTI TGGMFSSDSY SAVRGVDKLI PVDVYLPGCP PRPEAIMDAI V KLRKKIAN EHINERGNLA QTHRLFTAKH KMKPVPPILT GQYLNAPSRQ APPPALAAAM GIAVPALGEA VSETTSVAE

+
分子 #12: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
分子量理論値: 8.575137 KDa
配列文字列:
MAVSTELLVL GVYGALAGLY LLVVPAIVYA YLNARWYVAS SFERAFMYFL VTFFFPGLLL LAPFINFRPQ PRSLNS

+
分子 #13: NADH dehydrogenase subunit 5

分子名称: NADH dehydrogenase subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
分子量理論値: 72.025352 KDa
配列文字列: MEPLYQYAWL IPVLPLLGAL IVGFGLIAFS ETTSKLRRPS AIFIMALMAI AMGHSLTLFW SQVQGHLPYT QMIEWAAAGN LHIAMGYVI DPLAALMLVI VTTVAFLVML YSDGYMAHDP GYVRFFAYLS LFGSSMLGLV VSPNLVQVYI FWELVGMCSY L LIGFWYDR ...文字列:
MEPLYQYAWL IPVLPLLGAL IVGFGLIAFS ETTSKLRRPS AIFIMALMAI AMGHSLTLFW SQVQGHLPYT QMIEWAAAGN LHIAMGYVI DPLAALMLVI VTTVAFLVML YSDGYMAHDP GYVRFFAYLS LFGSSMLGLV VSPNLVQVYI FWELVGMCSY L LIGFWYDR KSAAEAAQKA FVTNRVGDFG LLLGMVGLFW ATGTFDFAGM GDRLTELVNT GLLSPSLAAI LAILVFLGPV AK SAQFPLH VWLPDAMEGP TPISALIHAA TMVAAGVFLI ARMFPVFEQL PQVMTTIAWT GAFTAFMGAT IAITQNDIKK SLA YSTISQ LGYMVMGMGV GAYSAGLFHL MTHAYFKAML FLGSGSVIHS MEGVVGHNPD LAQDMRYMGG LRKYMPITGA TFLV GCLAI SGVPPFAGFW SKDEILGAVF HANPAMWLLT WLTAGLTAFY MFRMYFMTFE GKFRNVPPER QEHHDHHSHH AAVPH ESPW TMTLPLVVLA IPSTLIGFVG TPFNNLFEVF IHAPGEEKVA EHAVDLTEFL ILGGSSVGIG LMGITVAYLM YLKGTP SPQ AIAKAIQPLY QFSLHKWYFD ELYEAVFIKG CRRLARQVLE VDYNVVDGVV NLTGFVTMVT GEGLKYLQNG RAQFYAL IV LLAVLGFVIF SVQT

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分子 #14: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit N

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit N / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
分子量理論値: 16.656182 KDa
配列文字列:
MGLLAGYQFV KDLESAGALA LFVPPEGGFE GRYQRRLRSK GYTTLPMSAP GLGDLAAYLT QEHGIRPAHT GKEDIRVYFQ PPLVTYHLE NLPPNAKGLV LWLIDGKRLS KQEFAYLAQL TQTLPKFKVV VEVGGDRVVR WEPLADWVAA A

+
分子 #15: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
分子量理論値: 12.584056 KDa
配列文字列:
MLLKSTTRHV HIYAGHVVDG EVHPDTETLT LNVDPDNELE WNEAALAKVE AKFRELVANA AGEDLTEYNL RRIGSDLEHF IRSLLMQGE IGYNLNSRVR NYSLGIPRVN HS

+
分子 #16: Tlr0636 protein

分子名称: Tlr0636 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
分子量理論値: 12.462559 KDa
配列文字列:
MIRPIADTYP LLPLSKAQMG QRQEIINSHK RLWDKTMATD LIMTILPGMT VKVTNPNDTY YQFQGIVQRI TDGKVAVLFE GGNWDKLVT FQASELEPVV VTPKEKAKAK K

+
分子 #17: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit O

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit O / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
分子量理論値: 7.877076 KDa
配列文字列:
MAIKKGDLVK VVAEKLANSL EALASDHRYP PYLFEGRGEV VDIRGDYAQI KFPVPTPTVW LRLDQLEVAQ

+
分子 #18: Proton-translocating NADH-quinone dehydrogenase subunit Q NdhQ

分子名称: Proton-translocating NADH-quinone dehydrogenase subunit Q NdhQ
タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
分子量理論値: 4.206993 KDa
配列文字列:
ATDFRAIMKF DGADSPAMIA ISAVLILGFI AGLIWWALH

+
分子 #19: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 1 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン / Β-カロテン

+
分子 #20: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 1 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #21: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄 / 鉄・硫黄クラスター

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 49.93 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 133485

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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