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- EMDB-0244: Cryo-EM map of DNA polymerase D from Pyrococcus abyssi in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0244
タイトルCryo-EM map of DNA polymerase D from Pyrococcus abyssi in complex with DNA
マップデータcryo-EM map of DNA polymerase D from Pyrococcus abyssi in complex with DNA
試料
  • 複合体: Complex between DNA polymerase D and DNA duplex
    • 複合体: DNA polymerase D
      • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase II small subunit
      • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase II large subunit,DNA polymerase II large subunit
    • 複合体: DNAデオキシリボ核酸
      • DNA: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*CP*GP*TP*C)-3')
      • DNA: DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*TP*CP*TP*C)-3')
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: ZINC ION
機能・相同性
機能・相同性情報


エキソデオキシリボヌクレアーゼI / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / intein-mediated protein splicing / DNA catabolic process / DNA-templated DNA replication / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase II large subunit DP2 / DNA polymerase II large subunit DP2, N-terminal / DNA polymerase II large subunit DP2 / DNA polymerase II small subunit, archaeal / DNA polymerase delta/II small subunit family / Intein splicing domain / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. ...DNA polymerase II large subunit DP2 / DNA polymerase II large subunit DP2, N-terminal / DNA polymerase II large subunit DP2 / DNA polymerase II small subunit, archaeal / DNA polymerase delta/II small subunit family / Intein splicing domain / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase II small subunit / DNA polymerase II large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus abyssi (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.1 Å
データ登録者Raia P / Carroni M / Sauguet L
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number
French National Research AgencyANR -17-CE11-0005 フランス
引用ジャーナル: PLoS Biol / : 2019
タイトル: Structure of the DP1-DP2 PolD complex bound with DNA and its implications for the evolutionary history of DNA and RNA polymerases.
著者: Pierre Raia / Marta Carroni / Etienne Henry / Gérard Pehau-Arnaudet / Sébastien Brûlé / Pierre Béguin / Ghislaine Henneke / Erik Lindahl / Marc Delarue / Ludovic Sauguet /
要旨: PolD is an archaeal replicative DNA polymerase (DNAP) made of a proofreading exonuclease subunit (DP1) and a larger polymerase catalytic subunit (DP2). Recently, we reported the individual crystal ...PolD is an archaeal replicative DNA polymerase (DNAP) made of a proofreading exonuclease subunit (DP1) and a larger polymerase catalytic subunit (DP2). Recently, we reported the individual crystal structures of the DP1 and DP2 catalytic cores, thereby revealing that PolD is an atypical DNAP that has all functional properties of a replicative DNAP but with the catalytic core of an RNA polymerase (RNAP). We now report the DNA-bound cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the heterodimeric DP1-DP2 PolD complex from Pyrococcus abyssi, revealing a unique DNA-binding site. Comparison of PolD and RNAPs extends their structural similarities and brings to light the minimal catalytic core shared by all cellular transcriptases. Finally, elucidating the structure of the PolD DP1-DP2 interface, which is conserved in all eukaryotic replicative DNAPs, clarifies their evolutionary relationships with PolD and sheds light on the domain acquisition and exchange mechanism that occurred during the evolution of the eukaryotic replisome.
履歴
登録2018年9月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年10月10日-
マップ公開2019年1月30日-
更新2020年11月25日-
現状2020年11月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.58
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.58
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6hms
  • 表面レベル: 0.58
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0244.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryo-EM map of DNA polymerase D from Pyrococcus abyssi in complex with DNA
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.36 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.58 / ムービー #1: 0.58
最小 - 最大-0.6584329 - 1.6239548
平均 (標準偏差)0.004671554 (±0.07651347)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 299.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.361.361.36
M x/y/z220220220
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z299.200299.200299.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS220220220
D min/max/mean-0.6581.6240.005

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添付データ

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ハーフマップ: cryo-EM half map A of DNA polymerase D...

ファイルemd_0244_half_map_1.map
注釈cryo-EM half map A of DNA polymerase D from Pyrococcus abyssi in complex with DNA
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: cryo-EM half map B of DNA polymerase D...

ファイルemd_0244_half_map_2.map
注釈cryo-EM half map B of DNA polymerase D from Pyrococcus abyssi in complex with DNA
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : Complex between DNA polymerase D and DNA duplex

全体名称: Complex between DNA polymerase D and DNA duplex
要素
  • 複合体: Complex between DNA polymerase D and DNA duplex
    • 複合体: DNA polymerase D
      • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase II small subunit
      • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase II large subunit,DNA polymerase II large subunit
    • 複合体: DNAデオキシリボ核酸
      • DNA: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*CP*GP*TP*C)-3')
      • DNA: DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*TP*CP*TP*C)-3')
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Complex between DNA polymerase D and DNA duplex

超分子名称: Complex between DNA polymerase D and DNA duplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4

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超分子 #2: DNA polymerase D

超分子名称: DNA polymerase D / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (古細菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #3: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (古細菌)
組換発現生物種: synthetic construct (人工物)

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分子 #1: DNA polymerase II small subunit

分子名称: DNA polymerase II small subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNAポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (古細菌)
分子量理論値: 45.078012 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: YEVKFVEAYA SLFKSRLSKL KRILRENPEI SNVVDIGKLN YVSGDEEVTI IGLVNSKRET NRGLIFEVED KTGIVKVFLP KDSEDYREA FKVLPDAVVA FKGFYSKKGI FFANKFYLPD VPLYRKQKPP LEEKVYAILI SDIHVGSREF CEKAFLKFLE W LNGHVESK ...文字列:
YEVKFVEAYA SLFKSRLSKL KRILRENPEI SNVVDIGKLN YVSGDEEVTI IGLVNSKRET NRGLIFEVED KTGIVKVFLP KDSEDYREA FKVLPDAVVA FKGFYSKKGI FFANKFYLPD VPLYRKQKPP LEEKVYAILI SDIHVGSREF CEKAFLKFLE W LNGHVESK EEEEIVSRVK YLIIAGDVVD GIGIYPGQYS DLVIPDIFDQ YEALANLLAN VPEHITMFIG PGNADAARPA IP QPEFYKE YAKPIYKLKN AIIISNPAVI RLHGRDFLIA HGRGIEDVVS FVPGLTHHKP GLPMVELLKM RHLAPTFGGK VPI APDPED LLVIEEVPDL VQMGHVHVYD AVVYRGVQLV NSATWQAQTE FQKMVNIVPT PAKVPVVDVE SARVVKVLDF SGWC

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分子 #2: DNA polymerase II large subunit,DNA polymerase II large subunit

分子名称: DNA polymerase II large subunit,DNA polymerase II large subunit
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNAポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (古細菌)
分子量理論値: 144.418969 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MELPKEMEEY FEMLQREIDK AYEIAKKARA QGKDPSLDVE IPQATDMAGR VESLVGPPGV AKRIRELVKE YGKEIAALKI VDEIIEGKF GDLGSREKYA EQAVRTALAI LTEGIVSAPI EGIANVKIKR NTWADNSEYL ALYYAGPIRS SGGTAQALSV L VGDYVRRK ...文字列:
MELPKEMEEY FEMLQREIDK AYEIAKKARA QGKDPSLDVE IPQATDMAGR VESLVGPPGV AKRIRELVKE YGKEIAALKI VDEIIEGKF GDLGSREKYA EQAVRTALAI LTEGIVSAPI EGIANVKIKR NTWADNSEYL ALYYAGPIRS SGGTAQALSV L VGDYVRRK LGLDRFKPSE KHIERMVEEV DLYHRAVTRL QYHPSPEEVR LAMRNIPIEI TGEATDDVEV SHRDVPGVET NQ LRGGAIL VLAEGVLQKA KKLVKYIDKM GIEGWEWLKE FVEAKEKGEP KEEGKEESLA ESTLEETKVE VDMGFYYSLY QKF KEEIAP SDKYAKEVIG GRPLFSDPSK PGGFRLRYGR SRASGFATWG INPATMILVD EFLAIGTQLK TERPGKGAVV TPVT TIEGP IVKLKDGSVL RVDDYNLALK VREDVEEILY LGDAVIAFGD FVENNQTLLP ANYCEEWWIL EFVKALKEIY EVHLE PFTE NEEESIEEAS DYLEIDPEFL KEMLRDPLRV KPPVELAIHF SEVLGIPLHP YYTLYWNSVE PKDVEKLWRL LKNYAE IEW SNFRGIKFAK KIVISQEKLG DSKRTLELLG LPHTVRDGNV IVDYPWAAAL LTPLGNLNWE FMAKPLYATI DIINENN EI KLRDRGISWI GARMGRPEKA KERKMKPPVQ VLFPIGLAGG SSRDIKKAAE EGKVAEVEIA FFKCPKCGHV GPEHLCPN C GTRKELLWVC PRCNAEYPES QAEGYNYTCP KCNVKLRPYA KRKIRPSELL NRAMENVKVY GVDKLKGVMG MTSGWKMPE PLEKGLLRAK NDVYVFKDGT IRFDATDAPI THFRPREIGV SVEKLRELGY THDFEGKPLV SEDQIVELKP QDIILSKEAG RYLLKVAKF VDDLLEKFYG LPRFYNAEKM EDLIGHLVIG LAPHTSAGIV GRIIGFVDAL VGYAHPYFHA AKRRNCDGDE D AVMLLLDA LLNFSRYYLP EKRGGKMDAP LVITTRLDPR EVDSEVHNMD IVRYYPLEFY EATYELKSPK ELVGVIERVE DR LGKPEMY YGLKFTHDTD DIALGPKMSL YKQLGDMEEK VRRQLEVAKR IRAVDEHGVA EKILNSHLIP DLRGNLRSFT RQE FRCVKC NTKFRRPPLN GKCPVCGGKI VLTVSKGAIE KYLGTAKMLV TEYNVKNYTR QRICLTERDI DSLFENVFPE TQLT LIVNP NDICQRLVMA RTGEVNKSGL LENLSNGSKK TEKAEKAEKP RKKSDEKPKK KRVISLEEFF SRKSK

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分子 #3: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*CP*GP*TP*C)-3')

分子名称: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*CP*GP*TP*C)-3')
タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (古細菌)
分子量理論値: 4.635998 KDa
配列文字列:
(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DG)(DG)(DG)(DC)(DC) (DG)(DC)(DG)(DT)(DC)

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分子 #4: DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*TP*CP*TP*C)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*TP*CP*TP*C)-3')
タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (古細菌)
分子量理論値: 4.851129 KDa
配列文字列:
(DT)(DG)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC) (DC)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)

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分子 #5: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / : FE
分子量理論値: 55.845 Da

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分子 #6: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / : ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 1.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: SGD ab initio
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 8774

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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