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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0244 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM map of DNA polymerase D from Pyrococcus abyssi in complex with DNA | |||||||||
マップデータ | cryo-EM map of DNA polymerase D from Pyrococcus abyssi in complex with DNA | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 エキソデオキシリボヌクレアーゼI / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / intein-mediated protein splicing / DNA catabolic process / DNA-templated DNA replication / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Pyrococcus abyssi (古細菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Raia P / Carroni M / Sauguet L | |||||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2019 タイトル: Structure of the DP1-DP2 PolD complex bound with DNA and its implications for the evolutionary history of DNA and RNA polymerases. 著者: Pierre Raia / Marta Carroni / Etienne Henry / Gérard Pehau-Arnaudet / Sébastien Brûlé / Pierre Béguin / Ghislaine Henneke / Erik Lindahl / Marc Delarue / Ludovic Sauguet / 要旨: PolD is an archaeal replicative DNA polymerase (DNAP) made of a proofreading exonuclease subunit (DP1) and a larger polymerase catalytic subunit (DP2). Recently, we reported the individual crystal ...PolD is an archaeal replicative DNA polymerase (DNAP) made of a proofreading exonuclease subunit (DP1) and a larger polymerase catalytic subunit (DP2). Recently, we reported the individual crystal structures of the DP1 and DP2 catalytic cores, thereby revealing that PolD is an atypical DNAP that has all functional properties of a replicative DNAP but with the catalytic core of an RNA polymerase (RNAP). We now report the DNA-bound cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the heterodimeric DP1-DP2 PolD complex from Pyrococcus abyssi, revealing a unique DNA-binding site. Comparison of PolD and RNAPs extends their structural similarities and brings to light the minimal catalytic core shared by all cellular transcriptases. Finally, elucidating the structure of the PolD DP1-DP2 interface, which is conserved in all eukaryotic replicative DNAPs, clarifies their evolutionary relationships with PolD and sheds light on the domain acquisition and exchange mechanism that occurred during the evolution of the eukaryotic replisome. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0244.map.gz | 38.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0244-v30.xml emd-0244.xml | 20.2 KB 20.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0244.png | 81.5 KB | ||
その他 | emd_0244_half_map_1.map.gz emd_0244_half_map_2.map.gz | 37.7 MB 37.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0244 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0244 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0244.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | cryo-EM map of DNA polymerase D from Pyrococcus abyssi in complex with DNA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.36 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: cryo-EM half map A of DNA polymerase D...
ファイル | emd_0244_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | cryo-EM half map A of DNA polymerase D from Pyrococcus abyssi in complex with DNA | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: cryo-EM half map B of DNA polymerase D...
ファイル | emd_0244_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | cryo-EM half map B of DNA polymerase D from Pyrococcus abyssi in complex with DNA | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex between DNA polymerase D and DNA duplex
全体 | 名称: Complex between DNA polymerase D and DNA duplex |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex between DNA polymerase D and DNA duplex
超分子 | 名称: Complex between DNA polymerase D and DNA duplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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-超分子 #2: DNA polymerase D
超分子 | 名称: DNA polymerase D / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Pyrococcus abyssi (古細菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-超分子 #3: DNA
超分子 | 名称: DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Pyrococcus abyssi (古細菌) |
組換発現 | 生物種: synthetic construct (人工物) |
-分子 #1: DNA polymerase II small subunit
分子 | 名称: DNA polymerase II small subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNAポリメラーゼ |
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由来(天然) | 生物種: Pyrococcus abyssi (古細菌) |
分子量 | 理論値: 45.078012 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: YEVKFVEAYA SLFKSRLSKL KRILRENPEI SNVVDIGKLN YVSGDEEVTI IGLVNSKRET NRGLIFEVED KTGIVKVFLP KDSEDYREA FKVLPDAVVA FKGFYSKKGI FFANKFYLPD VPLYRKQKPP LEEKVYAILI SDIHVGSREF CEKAFLKFLE W LNGHVESK ...文字列: YEVKFVEAYA SLFKSRLSKL KRILRENPEI SNVVDIGKLN YVSGDEEVTI IGLVNSKRET NRGLIFEVED KTGIVKVFLP KDSEDYREA FKVLPDAVVA FKGFYSKKGI FFANKFYLPD VPLYRKQKPP LEEKVYAILI SDIHVGSREF CEKAFLKFLE W LNGHVESK EEEEIVSRVK YLIIAGDVVD GIGIYPGQYS DLVIPDIFDQ YEALANLLAN VPEHITMFIG PGNADAARPA IP QPEFYKE YAKPIYKLKN AIIISNPAVI RLHGRDFLIA HGRGIEDVVS FVPGLTHHKP GLPMVELLKM RHLAPTFGGK VPI APDPED LLVIEEVPDL VQMGHVHVYD AVVYRGVQLV NSATWQAQTE FQKMVNIVPT PAKVPVVDVE SARVVKVLDF SGWC |
-分子 #2: DNA polymerase II large subunit,DNA polymerase II large subunit
分子 | 名称: DNA polymerase II large subunit,DNA polymerase II large subunit タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNAポリメラーゼ |
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由来(天然) | 生物種: Pyrococcus abyssi (古細菌) |
分子量 | 理論値: 144.418969 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MELPKEMEEY FEMLQREIDK AYEIAKKARA QGKDPSLDVE IPQATDMAGR VESLVGPPGV AKRIRELVKE YGKEIAALKI VDEIIEGKF GDLGSREKYA EQAVRTALAI LTEGIVSAPI EGIANVKIKR NTWADNSEYL ALYYAGPIRS SGGTAQALSV L VGDYVRRK ...文字列: MELPKEMEEY FEMLQREIDK AYEIAKKARA QGKDPSLDVE IPQATDMAGR VESLVGPPGV AKRIRELVKE YGKEIAALKI VDEIIEGKF GDLGSREKYA EQAVRTALAI LTEGIVSAPI EGIANVKIKR NTWADNSEYL ALYYAGPIRS SGGTAQALSV L VGDYVRRK LGLDRFKPSE KHIERMVEEV DLYHRAVTRL QYHPSPEEVR LAMRNIPIEI TGEATDDVEV SHRDVPGVET NQ LRGGAIL VLAEGVLQKA KKLVKYIDKM GIEGWEWLKE FVEAKEKGEP KEEGKEESLA ESTLEETKVE VDMGFYYSLY QKF KEEIAP SDKYAKEVIG GRPLFSDPSK PGGFRLRYGR SRASGFATWG INPATMILVD EFLAIGTQLK TERPGKGAVV TPVT TIEGP IVKLKDGSVL RVDDYNLALK VREDVEEILY LGDAVIAFGD FVENNQTLLP ANYCEEWWIL EFVKALKEIY EVHLE PFTE NEEESIEEAS DYLEIDPEFL KEMLRDPLRV KPPVELAIHF SEVLGIPLHP YYTLYWNSVE PKDVEKLWRL LKNYAE IEW SNFRGIKFAK KIVISQEKLG DSKRTLELLG LPHTVRDGNV IVDYPWAAAL LTPLGNLNWE FMAKPLYATI DIINENN EI KLRDRGISWI GARMGRPEKA KERKMKPPVQ VLFPIGLAGG SSRDIKKAAE EGKVAEVEIA FFKCPKCGHV GPEHLCPN C GTRKELLWVC PRCNAEYPES QAEGYNYTCP KCNVKLRPYA KRKIRPSELL NRAMENVKVY GVDKLKGVMG MTSGWKMPE PLEKGLLRAK NDVYVFKDGT IRFDATDAPI THFRPREIGV SVEKLRELGY THDFEGKPLV SEDQIVELKP QDIILSKEAG RYLLKVAKF VDDLLEKFYG LPRFYNAEKM EDLIGHLVIG LAPHTSAGIV GRIIGFVDAL VGYAHPYFHA AKRRNCDGDE D AVMLLLDA LLNFSRYYLP EKRGGKMDAP LVITTRLDPR EVDSEVHNMD IVRYYPLEFY EATYELKSPK ELVGVIERVE DR LGKPEMY YGLKFTHDTD DIALGPKMSL YKQLGDMEEK VRRQLEVAKR IRAVDEHGVA EKILNSHLIP DLRGNLRSFT RQE FRCVKC NTKFRRPPLN GKCPVCGGKI VLTVSKGAIE KYLGTAKMLV TEYNVKNYTR QRICLTERDI DSLFENVFPE TQLT LIVNP NDICQRLVMA RTGEVNKSGL LENLSNGSKK TEKAEKAEKP RKKSDEKPKK KRVISLEEFF SRKSK |
-分子 #3: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*CP*GP*TP*C)-3')
分子 | 名称: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*CP*GP*TP*C)-3') タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Pyrococcus abyssi (古細菌) |
分子量 | 理論値: 4.635998 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DG)(DG)(DG)(DC)(DC) (DG)(DC)(DG)(DT)(DC) |
-分子 #4: DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*TP*CP*TP*C)-3')
分子 | 名称: DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*TP*CP*TP*C)-3') タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Pyrococcus abyssi (古細菌) |
分子量 | 理論値: 4.851129 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DG)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC) (DC)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC) |
-分子 #5: FE (III) ION
分子 | 名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: FE |
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分子量 | 理論値: 55.845 Da |
-分子 #6: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 1.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: SGD ab initio |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 8774 |