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- EMDB-0233: Cryo-EM structure of the Trypanosoma brucei mitochondrial ribosom... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0233
タイトルCryo-EM structure of the Trypanosoma brucei mitochondrial ribosome - This entry contains the head of the small mitoribosomal subunit
マップデータmap of the head of the T. brucei mitoribosome small subunit
試料
  • 複合体: head of the T. brucei mitoribosome small subunit
    • タンパク質・ペプチド: x 27種
    • RNA: x 1種
  • リガンド: x 5種
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial mRNA editing complex / mitochondrial RNA processing / thiosulfate sulfurtransferase activity / キネトプラスト / mRNA stabilization / nuclear lumen / ciliary plasm / mitochondrial small ribosomal subunit / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) ...mitochondrial mRNA editing complex / mitochondrial RNA processing / thiosulfate sulfurtransferase activity / キネトプラスト / mRNA stabilization / nuclear lumen / ciliary plasm / mitochondrial small ribosomal subunit / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ミトコンドリア / RNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / Rhodanese-like domain / LysM domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / LysM domain / Rhodanese-like domain / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein S9 ...Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / Rhodanese-like domain / LysM domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / LysM domain / Rhodanese-like domain / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein S9 / Ribosomal protein S9/S16 / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Ribosomal protein S11 superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Mitochondrial SSU ribosomal protein / Mitochondrial SSU ribosomal protein / Uncharacterized protein / Mitochondrial ribosomal protein S18 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein ...Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Mitochondrial SSU ribosomal protein / Mitochondrial SSU ribosomal protein / Uncharacterized protein / Mitochondrial ribosomal protein S18 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Ribosomal protein S9 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / LysM domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Pentacotripeptide-repeat region of PRORP domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Small ribosomal subunit protein mS29 / Rhodanese domain-containing protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.08 Å
データ登録者Ramrath DJF / Niemann M / Leibundgut M / Bieri P / Prange C / Horn EK / Leitner A / Boehringer A / Schneider A / Ban N
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Evolutionary shift toward protein-based architecture in trypanosomal mitochondrial ribosomes.
著者: David J F Ramrath / Moritz Niemann / Marc Leibundgut / Philipp Bieri / Céline Prange / Elke K Horn / Alexander Leitner / Daniel Boehringer / André Schneider / Nenad Ban /
要旨: Ribosomal RNA (rRNA) plays key functional and architectural roles in ribosomes. Using electron microscopy, we determined the atomic structure of a highly divergent ribosome found in mitochondria of , ...Ribosomal RNA (rRNA) plays key functional and architectural roles in ribosomes. Using electron microscopy, we determined the atomic structure of a highly divergent ribosome found in mitochondria of , a unicellular parasite that causes sleeping sickness in humans. The trypanosomal mitoribosome features the smallest rRNAs and contains more proteins than all known ribosomes. The structure shows how the proteins have taken over the role of architectural scaffold from the rRNA: They form an autonomous outer shell that surrounds the entire particle and stabilizes and positions the functionally important regions of the rRNA. Our results also reveal the "minimal" set of conserved rRNA and protein components shared by all ribosomes that help us define the most essential functional elements.
履歴
登録2018年8月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年9月26日-
マップ公開2018年9月26日-
更新2018年11月7日-
現状2018年11月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6hiz
  • 表面レベル: 0.15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0233.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0233.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈map of the head of the T. brucei mitoribosome small subunit
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.39 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.01 / ムービー #1: 0.15
最小 - 最大-0.2582923 - 0.5873829
平均 (標準偏差)0.0010537558 (±0.015823135)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 444.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.391.391.39
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z444.800444.800444.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.2580.5870.001

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添付データ

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ハーフマップ: half map (even) of the head of the...

ファイルemd_0233_half_map_1.map
注釈half map (even) of the head of the T. brucei mitoribosome small subunit
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map (odd) of the head of the...

ファイルemd_0233_half_map_2.map
注釈half map (odd) of the head of the T. brucei mitoribosome small subunit
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : head of the T. brucei mitoribosome small subunit

全体名称: head of the T. brucei mitoribosome small subunit
要素
  • 複合体: head of the T. brucei mitoribosome small subunit
    • タンパク質・ペプチド: mS48
    • タンパク質・ペプチド: mS59
    • タンパク質・ペプチド: mS49
    • タンパク質・ペプチド: mS50
    • タンパク質・ペプチド: mS52
    • タンパク質・ペプチド: mS53
    • タンパク質・ペプチド: mS54
    • タンパク質・ペプチド: mS55
    • タンパク質・ペプチド: mS57
    • タンパク質・ペプチド: mS58
    • タンパク質・ペプチド: mS67
    • タンパク質・ペプチド: mS69
    • タンパク質・ペプチド: mS70
    • タンパク質・ペプチド: mS71
    • タンパク質・ペプチド: mS72
    • タンパク質・ペプチド: uS3m
    • タンパク質・ペプチド: uS9m
    • タンパク質・ペプチド: uS10m
    • タンパク質・ペプチド: uS11m
    • タンパク質・ペプチド: uS14m
    • タンパク質・ペプチド: uS18m
    • タンパク質・ペプチド: uS19m
    • タンパク質・ペプチド: mS29
    • タンパク質・ペプチド: mS33
    • タンパク質・ペプチド: mS35
    • RNA: RNA (143-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Unknown protein
    • タンパク質・ペプチド: Unknown protein
  • リガンド: SPERMIDINEスペルミジン
  • リガンド: URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATEグアノシン三リン酸
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water水

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超分子 #1: head of the T. brucei mitoribosome small subunit

超分子名称: head of the T. brucei mitoribosome small subunit / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#28
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427
分子量実験値: 1.25 MDa

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分子 #1: mS48

分子名称: mS48 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 201.811188 KDa
配列文字列: MMRRVASTGS NGGHCYVGSS LWADSVYMEV SSITLQKRFS FKYATKLQHD EMRQPYYIHE KRYGIFSNER NIAKARRGLP FITPLYTKH MNLWDTDTDA SNNRFFRGYY YGQRELHQLL GRPHSLEATN ADGSNDLSTY EANTSQLYKG IPRPAITNLH Y EPAWRYTL ...文字列:
MMRRVASTGS NGGHCYVGSS LWADSVYMEV SSITLQKRFS FKYATKLQHD EMRQPYYIHE KRYGIFSNER NIAKARRGLP FITPLYTKH MNLWDTDTDA SNNRFFRGYY YGQRELHQLL GRPHSLEATN ADGSNDLSTY EANTSQLYKG IPRPAITNLH Y EPAWRYTL YQAGAHGAQL SNPRSPFTAK VLGDELMQVR DIKSVEHCKA WFDRLQYLIN LHYEAVGDIG EFKSRHTRHV HE FFVAFHD ALSSLDFRDT YLFDQFKAVR PPELSDLFGI FLEMEANYVH EDYCPRCSLP YSTTRYCGEG DVDTPFRKHR GRW APHQKW GREWYDVVAR RAEALWYRAT EDPYFGTPQH TQRQAEALLK VYVQAKQRGK AIDFMNKLRG SVEYLTGDIT ITTV MQESY DALLDTTPHP HLLTNGFTLE SDAAKYTGEV NKAPLSPLQF RIDMEMNKYR RQQKEEGVVR VPPALWRLDT SAIVP YKVD SKTRRIVNWR EVKEGIEKSF LSVGLPKEAY TGNEWREMLY LHDVIANREA KAAVLEQQQK LDREKLKARE RASLKG EKS SNSASNGIGI IFPDKDGYQV FFVDEASLRP FGIGASGTLF KAVARVYPSP AAVPYDDPVH GKQFLIDTTD ETCHLFG GF EHGDRLLLRA KSSGGDVDGG NNSNCRNTGS FTDEEEEVIV MGVSTEGSDA ERMLCAMHVD TGKQRERGIV FLGTDCID I RERWESVRYA ASAYVKGRVT LLESQRTARE EFMGQVVGIR DGVLFVQWRL LKGGGSVLDR SVAVPIGDST QVRELFVET KVLGVEPLQS PPSWRTPFRN DFAEERLKEL QRAPFKREKY VSLIQGKYTP KVKKFGYTQH TTVDDFETKE YKDRLLSKQF FQNPQAFEV VPDRHERSVQ FGGKWEYQRT HGLPTVDRNE LENGWSEVEP ISDGEMKVIE QALRDISGPR PGNFVKPPSK T KSLQLSES WWEPLGYGWE QHNEEQKALC DVTEQRLIDG SNLPFGGKLP PFGTSYGMGE RMRAIIEDYS KGFGLGPHGH SP THDTIHY NTLNAEGERV RDLGYTDALG RLFSEKLGDR DVHQWAVESC ADGEADVRQL LLSLHEWRER GRPPSLLLAN VLS KYLEEE IAAFNKGIPE NAPKLQLETS DGTLAHSGSG GSRSGTMWAD VDPTTFALHQ ASQSTRSTRC DEPFILHLVK RAKL GECVT NFTDTAYIAH LESSVINEFH LALTKLVGKG ISPTLLAQKT GQLHRGSVRV GGNVVPFVKS RELSRLLERM GLTSE SIAV ITRGLANCPE QESVGDDFAV PVSLILSWDG PGSSGGSGSG DRRLNTTAAR NEQQRKGSAA LSSAIRQLSQ HQKQRG SAS GRGWQNEDKM VVHVLEELSL RNDGLVMDIQ YAIRENKKNR RLRWEFVTTL LPVFGGNEAK VEQLYSDYCD GKYVPNI TV AVEAFIAFLH NATQHPETYS ASDYFDIDDG KSSTASGTGD QPSAGQYTTL KLLDPLEGPF VFDNVKVEYI QTVERFRR H GIRAGPVMAP ATGFIAANCK SLNYFTRRQE EVVYVTNDSD QGLRRSLENS AYHKTIAANP ALQYLLKARR GAALVETFN RFFYRTMPML NFYQNVLKHY SETIQPLRQA AKSSTRGLAR ALESERSAAM EEFRRNSERY WRNIIEGRSV EQVVLANGES NRRTVGGGA GEQLQKPQGN RDAVRTNFTG EATDGSRKGQ RQHQQPPLSQ QQQHSRGEGE RSAVHTSPRQ GGSRGMADLL S KLNTPKTG SGVKGSTAKN TGNNRRGPKS

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分子 #2: mS59

分子名称: mS59 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 35.395676 KDa
配列文字列: MRCSCAFLDK SVFAAKRRVI VPIHPTPNFP AHFIKSAFTT DPLKEKQKAR FSSGGEAMRE VQDIPKNLEG ERSRRDLASR GDTEFQALV EFIEGASYDQ LISGRRFKKV YDVLSENDDM FIWLCHTAMS VLNPGDMRSR LIYNHLRILA ESVASGEMTQ R TAFRFFES ...文字列:
MRCSCAFLDK SVFAAKRRVI VPIHPTPNFP AHFIKSAFTT DPLKEKQKAR FSSGGEAMRE VQDIPKNLEG ERSRRDLASR GDTEFQALV EFIEGASYDQ LISGRRFKKV YDVLSENDDM FIWLCHTAMS VLNPGDMRSR LIYNHLRILA ESVASGEMTQ R TAFRFFES AVRSPAYREI AKRQLEGGAA TRLAGISAAA DVMRRMGLTR RPMSSYFELY QRIVERSEAM TPWGFPPLFQ FE ERLSLEP RLKFFSRASQ QSLERRRRGH VMTPHTTLHG RRIFWIPPTW NRAGRFLGPH VTLYPGMTPD

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分子 #3: mS49

分子名称: mS49 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 137.234125 KDa
配列文字列: MIRRRVCDGA RLAPNIRATF SAVRYQSGLH TFIRDSKPSN FSSVRRSENA NGDATASPGA TAGENPASSG DWASHMQREL FGEVDPLGG QAHKDYYRDV TRGYSPQYAP RNFANGGAVA YPHIQSPYEY EEAAHRRVWL DHDVDRMREE FTQHRASLRS L ASAQEREE ...文字列:
MIRRRVCDGA RLAPNIRATF SAVRYQSGLH TFIRDSKPSN FSSVRRSENA NGDATASPGA TAGENPASSG DWASHMQREL FGEVDPLGG QAHKDYYRDV TRGYSPQYAP RNFANGGAVA YPHIQSPYEY EEAAHRRVWL DHDVDRMREE FTQHRASLRS L ASAQEREE LLRSRAAEYQ VANTVHESES VHPIQQLYNS GGTSRSALKQ QAVADRYSIA EQHSPLPLTT GVDRDALDEA QR TKDRILN DSFTAENLLI THGLREKEKH DFTILQRTVR IPFQGYDMDR FLAQQKGTPY GAQQLPPNVV PSSMEEAQRT LRG SSATAT PLVDAVAQKV YARNTVVDRP AIGEQLTEQI INIMRASRTT AEQQREEERA QRFGLGRQGA LVQDGGPDQR TLKK HTNDE RIVDAMLFQQ NAYRKTPTDE HWNPYIRRST ENGVGHLLQN KFDIMRREDR LSKGEQDLTE RNTIHYGVPI QQIVD EFVF RHRNARGERP LDYFKPFPNF RALRLNRMYR DVEGFSLMKQ RPEFLEWELF TRYRQHHQQR RRLALLHGLE PVANET AQE RDTRRHRLDE ICERTPFDER EMRVNDDEMR VSVETLRSWF GVYMLPSPTV VNAVLGGSAS VNLHLYHLAD EMGTADT RE HVLSSRYLNR LLLLESYQNR VGRGFMNHVV GRAPEPVVPH EQPQEVLRHF SAEERAMYEQ HVKEQTSRQL GEWERAMK R RRWLTDHQQY GHVVSHGLET SVVDLSHTET GAVLTVSTKA YEQEIEAVRM KTNATIKVDG MVYNLLPNSE RRVVPLTVQ LDSGEKIDMT SEDFDRCELE AFPRNLNHAL NYGIANYAYN RGNYVETQDS IWEEQTASGQ EGWSPATHAD GLREGLPVRA RRPIFSSSA EQRIAGGPQR AVIIQYHHQP FFNPEPRLVK VAFQCDGTIM EVPISDVMIW QRRYHGPERT VGDESRRYNP A AMRRYVDV TDPFNEKTSN TEHFLDKYEP KRNADTVADK YRTTKQITEI DKWTRYDSAR ADNYRPLSIS HRRDYIRMGY IP RYTPWEW IAIQEADQPL IAEQIRQDNI GTSYFFSLNR YWRYKASPHG YIRHFENEVR DLLQYVDGVT PWKQAQKIRT YWE VRSHHP MPQFNRPEVA MHRNTVGLLP AHMWETDKKT GKVKSVKDSV RDYQTKTPYP KWVQL

+
分子 #4: mS50

分子名称: mS50 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 131.71925 KDa
配列文字列: MFRVRRLAGF IQCSPCGKMG PLKQQTRRYT PIWKSDPAVD NVAPLRDEDE RRALWAEVGP ISDVGSAVTA WIRFGNDPVL HTAVPTMLG GKFRNQQREK ESLLPNSSSP FAYVEDYMGT NLVFGSPVHA KESAAVWATY FERRYASRLR LSRRTVANYV G LINSPEVF ...文字列:
MFRVRRLAGF IQCSPCGKMG PLKQQTRRYT PIWKSDPAVD NVAPLRDEDE RRALWAEVGP ISDVGSAVTA WIRFGNDPVL HTAVPTMLG GKFRNQQREK ESLLPNSSSP FAYVEDYMGT NLVFGSPVHA KESAAVWATY FERRYASRLR LSRRTVANYV G LINSPEVF DDESDRPETR WSQDTFFREC AYLSEKFLKE KVSNMQQFEA ALKRASPEAY LAFFDAFQQQ TQTQIPLPSP SV WHYEGER RKQWAEKFIS ISHKAQAFFK DVLSEDVKKY QEVPGKLLQK VKPVLADVGK ILVKRHERWL KGRVWTSLTE EER EAYCMK EVKRQQMQVE DGEFDPMMED DVDDTELEEW QREHDAIMKL MNSPIDGLHF TTLELWLHTM RCEELETEHI YTSA RVRAI QVAARKKLYD TTSYEEVIQA VVESIARGTL DLGAGVLRPH FNEVWCQLNY AKFGSSTITQ HTTTSRRQLL FFHAG SLKD IAATATLYYA TKPLSNSLDY ASPYKYRRSL ITLCSNYGVE TAYTTQRPLL RSAANLARAE DLIHAVVTAA AQPFGE RRR AATRDLHMEF QRLAVPVERV IVANPVSALL ESGADPDEKP VEGEKVNMWP LGAKRVVLYK WSAPNVEKLK AMESDAA SA VSGSSLTAKR LREIQELKRR GFLEVSLWRR VTAQERKQRN EIVEAKKKQV EEVVRTVPSL AHLHQYATSL YSRIEERV A FPTETSTVTE TTNMKEETNK PLEDSEWEFA VLLDDRVLLN KEESVELYLP YRDANGELLA QGEYRALVRA FDLEANPNL HPAYCSVGYS ESFQVFDALP QLIAQFFRVK DATAEAAGVT HIPAADFTPF CAFLRDAGLD VPLRCEFEAG QAVTTDGDVY MDYFLQLLR GEAFHQSHAQ AGLTEAQRAI EPLCRAHWVV HHPGADESEW ATARRSVLDH AMQHEREWWF PNEMLDVKDV V TGSTNGLT PQMYPAAVRY GVELCTVLTA EGKFVDERGS GLSARCVVNG TGAAESVVFD TANCNGTNTT SVEDALRVAH GA LRSAQDR HNTLAAFRLG PLSKQSQVLL FCGVNAYEFG GKYARTYAYA FEKAKKELEA TAASGFMAPS LSHEDTERLS DQP TTSPSV DRFASTTHPE QRKAQFVPRV GPGSTPLEDP AADQKSEWS

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分子 #5: mS52

分子名称: mS52 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 85.012258 KDa
配列文字列: MRRCSFASTC RYRSADDVPL GLGSAYVWTC RNITSRGQFN PIHNFSYAME RGVRARDVKA FEKLITNPGP LRVAYTPDYL DWLHRCYKA KGTYMDARAV AEKKFNGNIV SSELSAAVNR REGKRGDTRG DTVDNDHHNL PGAPPPGMFL RPAHSFRRLA G ELKRRRAQ ...文字列:
MRRCSFASTC RYRSADDVPL GLGSAYVWTC RNITSRGQFN PIHNFSYAME RGVRARDVKA FEKLITNPGP LRVAYTPDYL DWLHRCYKA KGTYMDARAV AEKKFNGNIV SSELSAAVNR REGKRGDTRG DTVDNDHHNL PGAPPPGMFL RPAHSFRRLA G ELKRRRAQ SILDEVARAQ GMLDLFERQP HFPAIHIDRC SRFHLVELFK EMVLERSLDS NMIWEKALLY RAILSERKPS YP TSFHYIF TAVEDTVFAP TISTPMEMAG SGGEGHDRSS HPLAAKCPTL EAYYYYVYLV KKYYIDNAVE AHVVLRCHRE PNA ADLLFS NPPPKDDTEI MKAVELLRNA DIQRGVAAAA AVSDPTLPPG GEGSVIGNSD NKKNSEKTSE GSRGRPARPP VLPG AYPPI DMLWRCEENL PLLKVLLFGE FNLIVSENPF VKFPSAHGFL TRPYSTDSSR TLADGMSLAN VMAEKRGHLL PSLPR NTAT SIDARAQDIR RLQQKHHRDD IVSFQKLLRT THAEDSPSAF SSYSDWSYFN PRAVRAEERD RLTRKAVEAL KLYDSA TND IYRHSFEDVQ ACHTQRVTER DRTMPPYLPT LPHFVAIIKK DPHISFLLHI GLPDRNSSEE GSAKHKELEK RIYYLAR AL YHTALEYHNE TVRRVNRQKV NVAASLLDNF VEQEWTTILR DKHDVTDVTK TLNDTQNDKK QLARRLGRYM LFANRSLD D TGFPTDARAD DYTRWMAPPS VGKVSL

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分子 #6: mS53

分子名称: mS53 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 75.338914 KDa
配列文字列: MSVSGVFSKG RGIGHEATTS ILRYIPRARV PWQPSRFGRE NLTAADMARL WSRGRYRDGP GNYNSGYCTE RTHVLEENTV SIIPRRELE KYMPDITIGP KALVTPVSLM NARNGHRVTH DLLHSYDPHI GRLGKPAVVD HDNITVEDPN RVGLNAATLD C RGRIYRWL ...文字列:
MSVSGVFSKG RGIGHEATTS ILRYIPRARV PWQPSRFGRE NLTAADMARL WSRGRYRDGP GNYNSGYCTE RTHVLEENTV SIIPRRELE KYMPDITIGP KALVTPVSLM NARNGHRVTH DLLHSYDPHI GRLGKPAVVD HDNITVEDPN RVGLNAATLD C RGRIYRWL RRGPFFQVDN YFRRSVKLNR DGTLPTDFVH EAPLMRKIIR LAHRGHLKAA CEEYRRVTTV PPVEVYRALT AC CVPGAKL ADAVSIFEDG DSKLFYVSRD GEVLHNLMRC AIAARHRARI MWVYNVMRGR FYENVVVRAE VDLIWRYRIA MIA LEYLLD HECAEEAAAI YSYLVEEELL RCDVHVRVGL HMREAIAAGK PITLNNDVMN ATSLVRDATA VAPEVARELQ RRHA QTLQN NAVEAVGAEN VREGSAPWSI LGPLTAIGPT AEDTMVWLQQ HYGDVDVMSI MRWARFRKGK DLMAKDRPQY LARAA AWIE LLSKRNREME EVPLTYMRKS KPLVLDTNSN VRVAWQTPLM RSGGPPRLLA REEGYVFHHS NSSRFVEETY RHPGES LQS RYLALQPLHT EVSAKEDFQR LYYQAQKHHK QQERLLPVST AAIPSRIVHH SVMSALHGVS GKGEPANRSL FT(UNK) NKSNDS HSNTGVASGT SACTDGAGSA TPEF

+
分子 #7: mS54

分子名称: mS54 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 72.046031 KDa
配列文字列: MFRRAIPLLS ANIPRSVWDP AQHNPNWSDS YGHDITNRRA WPARKWTVGL EPCTPREWLQ FSHRNLAYAY NGALRACHSL PSMLLLYKE MKQRGVKVDV DTMNVLLTRA ARHEHIQVDD VFLLFDELVA LGARPDLAAA ETLHTVLSHS ASMPEEWREA R RLQLVELY ...文字列:
MFRRAIPLLS ANIPRSVWDP AQHNPNWSDS YGHDITNRRA WPARKWTVGL EPCTPREWLQ FSHRNLAYAY NGALRACHSL PSMLLLYKE MKQRGVKVDV DTMNVLLTRA ARHEHIQVDD VFLLFDELVA LGARPDLAAA ETLHTVLSHS ASMPEEWREA R RLQLVELY NNLAMEEVER LAPHRADRLL KEQMKRFRGN LQQLGSGLRP TVYCRYLHTT HTAAVLLEEV HNFLWELVPN DH PAMEIPA LQLRVPFVAS VLRRPSVNPG VSLASVSRAE FGDTDVCAVF LAAAERMVDA DFDDQRPVSE RRLFLSLLTM ISY SGVLYT SDLMAQLMEM VKYSNNDETR DSDAQRVLRY ALRGSSAAQD SASRTLWHSV EKVADCRVVG RYIGARNPWN PIRV CFDEQ GVFKAYPIST TTTTREVSPP EGNGAVTQEQ RASCVEGRTL EALNMRWDDV RRLIECTGVL VTPPSERCPQ QQKME VFTG MAVYLRTVAT GRRYEGGEDV LSDGAVATSS CEQRRRGTLF AEGYDFDVWV RLFSLVQEVR HDMEKFMADH TLQCVE PEF ECWEALLVTL RCALDFCVVQ MQGGGARGTE REVVERLFRD VVALREELIE ESRTRFGGRM RVLWLQEA

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分子 #8: mS55

分子名称: mS55 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 66.67668 KDa
配列文字列: MLSQNVAKTT VPSYYMIRTN LPHRKPQNQW EGVYYYSGIT KRQRHLILLH RKREREAHMR SFNISRASVL QRLEQLSGDR KQESLPPHV RLDLAVRLAQ HGLYQQATPI VDELHHQKAL HAGHYALLIN ALACPRLGQR ILHCDAQCDP ALTYKLLGDE N GEERAQEA ...文字列:
MLSQNVAKTT VPSYYMIRTN LPHRKPQNQW EGVYYYSGIT KRQRHLILLH RKREREAHMR SFNISRASVL QRLEQLSGDR KQESLPPHV RLDLAVRLAQ HGLYQQATPI VDELHHQKAL HAGHYALLIN ALACPRLGQR ILHCDAQCDP ALTYKLLGDE N GEERAQEA YRWFDLALTS LAVDCGGRTQ PSHFVPYLPQ GTAAASHITN ALMRTLLTCG YTHVAAIPDS VYDRMGSMGI SP TISTYEL VMLALSLQGN MVEAESILSF LRSHHSEHIT VESFNALLLG HREARQFDCC DAIWQELVDR RWPRASPLTA ELY LRSIMD HANTPTSEPL QSFANINVVE KKKVPLVLAQ MDELGVPRTH LSRVLMDEVE DSLRKFQTYR SRFYEWGRAV KQFD FIEFR RRNGWLYDLH LMKCTTKQVG PLRDFNDPDA VQGAVATAEI PAFFNERPAW ERPPLEETLY VTTNKERYDD VRGGD IYYD DTRGLHDRSP TWMNEVPETR YDRLYGVNHP DIAKIGIRRH LNVEYVNRKE VVERDAALMK KTLSSGRRLR HRVESS RTH RNAGSLSGIS STAGGGSR

+
分子 #9: mS57

分子名称: mS57 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 45.956293 KDa
配列文字列: MFRSTRPRSV GYTPVNPDTS PMVAYSQYHW HYNLPQGMER PHSVNRTFAA PFQSNHSLVN KYRGVWIEFD MHPAFSVALE PQLRKLPRG RTLPKTPAEE VIADYTALAP LVDDEKTRDL WLAKVFQHCA FQRCGGAMEL WERYCHQRFT AEGATAKPPL S LVKSVLFY ...文字列:
MFRSTRPRSV GYTPVNPDTS PMVAYSQYHW HYNLPQGMER PHSVNRTFAA PFQSNHSLVN KYRGVWIEFD MHPAFSVALE PQLRKLPRG RTLPKTPAEE VIADYTALAP LVDDEKTRDL WLAKVFQHCA FQRCGGAMEL WERYCHQRFT AEGATAKPPL S LVKSVLFY CNKTDNSGWR ALFDRCLKDG WNYTPLFDTA QWSFMLKSIG RMGDEDGVRA VLEEMLDVQA DLDRVEARSV VI ALNAVTN ADVYEFVKKY LFNFGERKVK FLRTTYSDLR GHGAGKLRIP LKENDNMYYH VCWHSSIRSP RQFSPRQLYF DYT PSTLGS SSHNPNAKID DIVKDKIEKW KAEGLLPEDY VHEDRVYDRS AAFKNVARQE KWKKMPKILK SKRMGYTGDP

+
分子 #10: mS58

分子名称: mS58 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 35.62391 KDa
配列文字列: MSFRYTNNLI GALKHRLLLE SSYREIASRK FIGNCRGVEV VCSGYGTVLA VQLTDKAVWE SFYRKGGRPT VSGGGDVSGD AETGTQGSA TTTGATGSLD LDKLAESIKT ALWDATRKIR SAKEAALHRS LSHNTRMRAS ADLKHWYEED ANTLRPLAFE A LKHEAATP ...文字列:
MSFRYTNNLI GALKHRLLLE SSYREIASRK FIGNCRGVEV VCSGYGTVLA VQLTDKAVWE SFYRKGGRPT VSGGGDVSGD AETGTQGSA TTTGATGSLD LDKLAESIKT ALWDATRKIR SAKEAALHRS LSHNTRMRAS ADLKHWYEED ANTLRPLAFE A LKHEAATP WMQLVQHGKK EEAAALLKEF EQKGDAAEAT PTRVKDDRVK GTRTELSNRE QPPLASTLKA EDSNPATIPI GS VHPLFTP ALVQIEEAGG GSVSNEAVCR AQLWELSRDE QLFWERVELI RKGQVASIGS SHKRGYADEA AFAKDDTEEK VQL RFTQ

+
分子 #11: mS67

分子名称: mS67 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 30.096051 KDa
配列文字列: MLVSYLRLQA DRRTRHHMMV DGQINPREWF NWHPKEYQPW YFDRHKFLYE QRQYAQFHHL LCHQVYLKDM LHLMRYPEPY THIIDCRTS TQKMHRWVPH SLWLPRDEVE YALQLSADEF LDMYGFRKPD KSDDVILLSH NGIYSEQAGW EWKKQFFQHV Y NYRGGTNE ...文字列:
MLVSYLRLQA DRRTRHHMMV DGQINPREWF NWHPKEYQPW YFDRHKFLYE QRQYAQFHHL LCHQVYLKDM LHLMRYPEPY THIIDCRTS TQKMHRWVPH SLWLPRDEVE YALQLSADEF LDMYGFRKPD KSDDVILLSH NGIYSEQAGW EWKKQFFQHV Y NYRGGTNE LFGESYSDMN VSDVLSPWKG PFPQSGVFVD KWSKRKVLTR TGPFDRQYEM QDFALPDLEL EKARHPEEGP RQ NMPFGLQ

+
分子 #12: mS69

分子名称: mS69 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 21.589732 KDa
配列文字列:
MRRVRDGLFL SHPSSALQCS VAVVSTGEFD HPPFQFRQRH TFNTTPLHDA NRFGGRTAYL REIGPVNIKK QGRRFKKDPR TVQFNVDVW CAQQTLRKRW KQRDWEVIEI PFRLVPREQQ RVIPELYTDI PQMTDPARND FSNIRNKVYD REELQGVLFP A AGAMLYPP LQRVDKQAMT LDKYL

+
分子 #13: mS70

分子名称: mS70 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 21.247398 KDa
配列文字列:
MLRFTHRALT ATPERFSVLG TTHPKPKRTG FGRNNKMRSK PSDNVAWYDK GPVEWLPRPV RLTYDHLDQL QQWTMRATLD GRTEEFNRI RDLHREWSQH PLMPVLGDVE PKFPLNLFKQ NHRAKKRFLV RWHKANTPAN WLWMPRGPTV VTPLHRTNPT Q YPENWKQM VQRKSGTGTP S

+
分子 #14: mS71

分子名称: mS71 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 20.093227 KDa
配列文字列:
MFHRAFVSSS DLTGCTIALS SVCTQKRYWA KPKKRPKVGQ GFHEKAQKWR EEYLLDRHRA LADSLRAYVE FSTSKRVEPW DARFKPFDR IEKDGVYVLM RYMMEEKLQL CNYHHRPVKR LFCNIGLMGP QITTKARWKP YRFATNPAGT SKAERMYQRD K TVYTHGHN D

+
分子 #15: mS72

分子名称: mS72 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 19.317293 KDa
配列文字列:
MLRSTLTSLN TFLTSSVATP PISVIRTGPK WWADPERMVR QKLMYFTLGV DQLPLRRTAV IQRDLQRFHM CKPPPRVGDS TGYKRSRAA QLNTWYRRIQ YQEYHMQHLF TRHVWGLLRV YPGNTTKIQG KADDGYVGYD SVPFHRYNRA PLPFPARELY E RRK

+
分子 #16: uS3m

分子名称: uS3m / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / 詳細: Mitochondrial gene uS3m (MURF-5) / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 9.07094 KDa
配列文字列:
MFLIHFVHYK TILQKYTFKF KHIFLSIDKY NSLFFNISGI LIWLNIIHIN IILIKYSFFI LINNFEYLII LIST

+
分子 #17: uS9m

分子名称: uS9m / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 50.128926 KDa
配列文字列: MQKLLSPRTA RHARLFRLAG KLADSGSPGV PKSDGERLVW VNSHVRRDKD ISLSQEEERI RELMMPLEVG ENSFAANGQA THGNLFYFR EYPMYPGEYV PAEHNTLSSL RDELRLDLTA QSLKEAWMRV SGGVYFQSVD EYYASVDGLD AEQIGEVLAA L FPELNCYE ...文字列:
MQKLLSPRTA RHARLFRLAG KLADSGSPGV PKSDGERLVW VNSHVRRDKD ISLSQEEERI RELMMPLEVG ENSFAANGQA THGNLFYFR EYPMYPGEYV PAEHNTLSSL RDELRLDLTA QSLKEAWMRV SGGVYFQSVD EYYASVDGLD AEQIGEVLAA L FPELNCYE AQALVQRTLE CISRPVSAAS RQLSRTITAE AVGLDNAPGH YTNFLEWMGR LTETRAFKTE HALFEFSRRK FN RDDVRVM FENYRLMSKA TLLADSADSY SHFYTVLKDF A(UNK)KVAGEDSR HQIGVRIDEA EVDPETGIAV GRGCADGEK YHFTALLREN RDHNGIITVM GKPLSLVLDN KAWLMEMVLM PFDEANLDYR DFDAHIVSEG HAMPSIANEI AAFALRMAVA NALVKLIPL TRIPLKKSGL LSVDRRRERG QFPGYLDGKK VKRRFAKR

+
分子 #18: uS10m

分子名称: uS10m / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 94.351039 KDa
配列文字列: MVRRSHVVAY YWSRYRMPTQ MPKFDGPAPV AAPQSMNSTK TNEFIDPIDD KFPMSIRGPL VRPDVPEDQY VDSWYICTSM THHMGDYRP WSASAPPNAF RFRPFNEFDA KGREYVQYMR EFARFDPRKS RGNGQKGFPF RDAYLTKMNE ANQKTPPPTL E TIMDRAVR ...文字列:
MVRRSHVVAY YWSRYRMPTQ MPKFDGPAPV AAPQSMNSTK TNEFIDPIDD KFPMSIRGPL VRPDVPEDQY VDSWYICTSM THHMGDYRP WSASAPPNAF RFRPFNEFDA KGREYVQYMR EFARFDPRKS RGNGQKGFPF RDAYLTKMNE ANQKTPPPTL E TIMDRAVR EHHQHARILS PLEVQRDVGR LEPIPSYAGK INADRSVFPF QWKTEDWYEY EVAKVRNRRF VFENTEEDGI RG SEVTYKI VLEGFWDHHV MKLAEDVCMF LKDVGRQIVE EKLVAVRRLL QGGAVDPELL AAFNCARAGP FGGLDEYDKE EVA NFLRSD LRRLEEQCLS VINRCNVPVP GATNIYDPHT SWPHVEKLEP WVRMAEFWTS SSDTSFTELE MSTAHYEFRK FFRV IICKL PFQSTEFEKR MYDIRHWLHR QTSCEFHTIY RRNVIHDSAV FPTEHDPATP TTHEHHRMFS FALDWQSAPV NRLST DTVH EGESWDAVAQ RLGCSVGELK DANAERETIE AGVVINVPVT ATRRLTSFGA TPLVLPLKTT SAKDGERIRT WEEAAA ILD CTVEELQQCN GHAALTYQKK ESEAGEFDSS ETELVAPLSC WTSTSESEFS PVERVHANDT LVAIARRLQC SEEALRA VN DGITDVSGLD FVRVPPEARR PRRLVEPQLR PQAATDALLA RTIAEEETFK LKSIPHLPQN AERFPHEYHT PTSRFPPT P SETPATQDWM AYTAKYLDKQ FTISAEPAPV YNVNKLWPMQ QIPGKVDQTP FEEDQTWLLH SIPVQQLEMH HHEKDLQDL PFINHEQFPR SLEWNAP

+
分子 #19: uS11m

分子名称: uS11m / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 37.92591 KDa
配列文字列: MMRKSVTFLR RGKPRPRAGM FPDKYRRVPM LLKPQQGGQQ YFNHFLIRST NDRLTQQDVD NASGQAHSFI SPQLPQMDWR NMSARSSEE SIREEMRQLA ENDVMQHQRV FNERMWYEKE EEHRMKARSC PEETSEHA(UNK)S NDGAVPPPRV LGGDYFK TR ...文字列:
MMRKSVTFLR RGKPRPRAGM FPDKYRRVPM LLKPQQGGQQ YFNHFLIRST NDRLTQQDVD NASGQAHSFI SPQLPQMDWR NMSARSSEE SIREEMRQLA ENDVMQHQRV FNERMWYEKE EEHRMKARSC PEETSEHA(UNK)S NDGAVPPPRV LGGDYFK TR FGYSLVKNSE MTQGPVDYSQ LDMWGEMPRY TSDMVFLYLV SRRRNTYAVA YTYEGKRILN TYTAGNRGLK GGDRGFRS E GSTDNGHQVT SMYLNDLLPK LREMRASEGR PMGRGEKVEL VVRVMGFYNG RQGAVRAVQD RANEFHVRYF EDITPFPLN GPKMPRGVFK

+
分子 #20: uS14m

分子名称: uS14m / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 19.900014 KDa
配列文字列:
MFCFSRGLWM RHIGQDVPKR HTHFVLESRL MYEKSFRDCW LHSVCRAISQ LDEPLSKTVV GTHQKMLQRK VTCFQYNQYG LFKTPYYRL ANVDRYHAVQ GVAGTREWVP YVNVSYWTMN KMVRGGNLLV HRVHYTGWGT DSHLKKGGWE HRWNKVLQRN V LQYSRI

+
分子 #21: uS18m

分子名称: uS18m / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 36.988691 KDa
配列文字列: MNRTGGSIYA HALSQFAVCR QPWNEYIGLL TKQDSTPYHT EPQEKPAYRG RKQGREGWLF GQQVQLHYHR FPDEQLITNL SRWRTGETV GDIAMQQFRN AQPFDIEDKD PQGVQRPSPE VYMKLNYKNP ATISRFLTRT GHMYPADILP LNPEAVVKLR V AKAQAIRI ...文字列:
MNRTGGSIYA HALSQFAVCR QPWNEYIGLL TKQDSTPYHT EPQEKPAYRG RKQGREGWLF GQQVQLHYHR FPDEQLITNL SRWRTGETV GDIAMQQFRN AQPFDIEDKD PQGVQRPSPE VYMKLNYKNP ATISRFLTRT GHMYPADILP LNPEAVVKLR V AKAQAIRI GLYPRFGNPF WFRSQKFRPK AYQENYDPTT YSTKRTVEHF AYNWVQTDRI RRYFRELEAV HTSGSASARG SG GGTTAEH KQQDQFYSPE NQPISLHRNN ISYMEDVGRS VKNPTVPGLM STKGMKKKFH NLYSSTSTKR MGFSNPTLGI KKV

+
分子 #22: uS19m

分子名称: uS19m / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 28.364604 KDa
配列文字列: MAFRNTFTTP GKFSTVSKNI VLLLIWRVKV FLRAEGFAHS LVMLPVSLYS KILLCDVKKK IVYFHCCTRK KSMLRRCPCV WPDGPTKSS VSIGTAFTLQ KRFLKIAKSA FGFYLARRGQ RKYPFLRRPH IKNTHSMNPS APYFWSFMTA KSQMAFLPEE N YITGDWTG ...文字列:
MAFRNTFTTP GKFSTVSKNI VLLLIWRVKV FLRAEGFAHS LVMLPVSLYS KILLCDVKKK IVYFHCCTRK KSMLRRCPCV WPDGPTKSS VSIGTAFTLQ KRFLKIAKSA FGFYLARRGQ RKYPFLRRPH IKNTHSMNPS APYFWSFMTA KSQMAFLPEE N YITGDWTG KFFVSKRQVY TLQHATSGAK VRVKSFPSIF EFNSPSRWNI GKEMNTLTKP RMDLIDEQML TKKQRLDYVR AG LLPK

+
分子 #23: mS29

分子名称: mS29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 57.048836 KDa
配列文字列: MRSKTLKKSL AAMYMRPPVT CYTDACEAPV AMWDGAIPLK ETRKLKNGVP VRTVSRTYSH PPQLTPTQLS FNDINSMYCV GNDELIQFF PEGLGGRVFQ TMPPGHPRGF LYRKETHLLN LFVDKVQHWH TKRSVLSSLT NGRTGFIVDG PTGCGKSALM C QVVHFARS ...文字列:
MRSKTLKKSL AAMYMRPPVT CYTDACEAPV AMWDGAIPLK ETRKLKNGVP VRTVSRTYSH PPQLTPTQLS FNDINSMYCV GNDELIQFF PEGLGGRVFQ TMPPGHPRGF LYRKETHLLN LFVDKVQHWH TKRSVLSSLT NGRTGFIVDG PTGCGKSALM C QVVHFARS RNIVTLYVPD AKVWTHGEWC WPSTILPGFF DAPDAARSFL KYFAVANRAT LTSWKLRCTP KDLPTEQGER QP QNLYELC EWGHRAVAPA SIDRQSVCVK FLMDELSEEK KLPVVIVVDG WNLFSHETHF RYPHPDFLRG LASFNESSTD IDL YPQELP RIPASRLSFV RGLNKMILSG DDPNKFFITC TTRDFKPFDG ISGFPNVETD RFANSLDEYA PYDPEKDSHF HPIQ IGNFD EYEYRSFLRF LINSGELAGL GWGPLWHASS DFERKLYKIG FLSGRNPQGV VDHYHQELVW RYDYQRTRQK QYLLK RRME GMSRGASSGA VGVR

+
分子 #24: mS33

分子名称: mS33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 21.244104 KDa
配列文字列:
MVLRRWFPLL GVHRVGYTHP STLPVPCAQR WDLRLARARI FQEYIEEKAP GAWQLEDERS MSPEFKTFTG YPMRDMRPGY GQNLPDYIM KKRLPNNTHY ELFARRDIPN EDNAMYGKYL YDMTVHGTSL PSTYRMHKDI NKAQRNDRKL SGNRFKVLCS S GAKNPPSG WEPIPDATEE EED

+
分子 #25: mS35

分子名称: mS35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 98.377773 KDa
配列文字列: MRRWHRSLNP ALFGERGSGH YFSTTRARLQ LQAQDRIICG THGAGIVAHQ TAVNSSDNPM LSSVTTAAPA ADLSRTKPHE GTGTSERDP YIRTLHNQRS AAPESSVSQS HTVNAPTVDE CEMLAERWGT MNYWHNDTFP RLVVFLKKLL VPDVSPLSPT A ESLLSMFE ...文字列:
MRRWHRSLNP ALFGERGSGH YFSTTRARLQ LQAQDRIICG THGAGIVAHQ TAVNSSDNPM LSSVTTAAPA ADLSRTKPHE GTGTSERDP YIRTLHNQRS AAPESSVSQS HTVNAPTVDE CEMLAERWGT MNYWHNDTFP RLVVFLKKLL VPDVSPLSPT A ESLLSMFE KVVIPKLTSD EEDRRKLVSL WSETTLQAEA AVTKFLFQRG SFESMLHRII TDALEKMSTL ALGGQEGNLA LE ALKRQTL FKRNDYIQKR LIDVVSNSAY LGYGDSVWQV FFAAVEANEE NLLSDRATTD AIRAAWEGVM REDVVRLPDV TGV VALYLT LVCIRESGRL VPEELKELSS GLEDGVRPGV RKLQQYPLIF LHPTVKRRFV VKAVAEILHN SSSNAFSNML RENG LHDTA REVALCEAMN RNKELAEGDV GDAVGRFVSK GEVKTLLSSL VSGTDAVVRD AVAGIFGIGT TITIDWDAVM QNVDW SNNW QRLATALLSN SAVLSAIVKL VKNAIGAKGM SKHLFTDEYA DQLQLILDAR EERAASRKQR IENIAQELSS FERVDL SCD LLRKLGVDMT ELDTAAAATR NMNVVQRPCI EDGLLSLVLE AVTKRHPNWV KAGVIQTTLK DPFDALRWMM HIFIRLS YV PHAGAATIAR LSRRRIGPIG LEPHQFNVPA ELGFVEQYDN LQYKRYDWQG WYQRMLDVHN RNVSLRCRIC DLQRLDGN G VQFVDMQTER RLRILAQHRV GMGVLKLDAD KYEDQADNVT FGTTKLSELL ADARKAQLGE EYWPSVELKV RKPSGQSKA HYSLIDNERI EKRSRELYEK YRDAKKRSLF VTPMETWLEV KGMQVRKSVD NADEDGYTLD ALQDMMDGDD GDKV

+
分子 #27: Unknown protein

分子名称: Unknown protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 443.539 Da
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #28: Unknown protein

分子名称: Unknown protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 613.749 Da
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #26: RNA (143-MER)

分子名称: RNA (143-MER) / タイプ: rna / ID: 26 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 195.379688 KDa
配列文字列: UAAAUUAUGG UCAAUUGUUA GUAUUCAUAU UAAUUUUUUU AAAUGUUUUA UCAUUUUAUA AAGGUUUAUU UUUGAAAGAU UUUUUGUAU AAAAUUUUAG GAAUAGUUAA UAAUAAUUUA UAAUUUUGAU UAGAUUGUUU UGUUAAUGCU AUUAGAUGGG U GUGGAAAA ...文字列:
UAAAUUAUGG UCAAUUGUUA GUAUUCAUAU UAAUUUUUUU AAAUGUUUUA UCAUUUUAUA AAGGUUUAUU UUUGAAAGAU UUUUUGUAU AAAAUUUUAG GAAUAGUUAA UAAUAAUUUA UAAUUUUGAU UAGAUUGUUU UGUUAAUGCU AUUAGAUGGG U GUGGAAAA AUAAAAAAAA UAAUUAAUAU AUAUCAAUAA UAAAUUAAAU UAAUCUAUUA GUCAGAAAUG GAUGCCAGCC GU UGCGGUA AUUUCUAUGC UUUUAAAUAU UAUACAAUUA UCAUAUUAAA UUGUUAAGUG CUGAUUUAAC CAAUAAAAAU AUA AAUAAU UUUUAUUUGU UUUUAAACAC CAUUAGGUAU AUGCAAAUAU AAAAUUAUAG UAAUUAUAAA UUAUAUUAUA UUAU AUUUA UUCAUAUAAU UAAUAGGAUA AUAUUUGUAG UUUUUGAUAC CAUGAUAAGG AUUAUAAAUU GAAAGUGUUA AUAUC AUAA UCAAAAUUUA UUAUUUAUAU UAAAUAUGUA UGUGUAGAUA AAAUAAGAAA UUAAAAAGGU AUUGUUGCCC ACCAAU UUU UAUAAUAAAA AUAACGUGCA GUAAUUAAUA UAUUUAUAAA AAUAUAUU

+
分子 #29: SPERMIDINE

分子名称: SPERMIDINE / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 2 / 式: SPD
分子量理論値: 145.246 Da
Chemical component information

ChemComp-SPD:
SPERMIDINE / スペルミジン / スペルミジン

+
分子 #30: URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 1 / 式: UTP
分子量理論値: 484.141 Da
Chemical component information

ChemComp-UTP:
URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / UTP / UTP*YM / ウリジン三リン酸

+
分子 #31: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 1 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM / グアノシン三リン酸

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分子 #32: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 3 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #33: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 3 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 98 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: initial model from 2D class averages in EMAN
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 101308

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原子モデル構築 1

詳細We used Coot and O for initial model building and refined the structure using Phenix
精密化プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 45
得られたモデル

PDB-6hiz:
Cryo-EM structure of the Trypanosoma brucei mitochondrial ribosome - This entry contains the head of the small mitoribosomal subunit

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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