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- EMDB-0232: Cryo-EM structure of the Trypanosoma brucei mitochondrial ribosom... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0232
タイトルCryo-EM structure of the Trypanosoma brucei mitochondrial ribosome - This entry contains the body of the small mitoribosomal subunit in complex with mt-IF-3
マップデータmap of the T. brucei mitoribosome small subunit body in complex with mt-IF3
試料
  • 複合体: body of the T. brucei mitoribosome small subunit in complex with mt-IF-3
    • タンパク質・ペプチド: x 40種
    • RNA: x 1種
  • リガンド: x 4種
機能・相同性
機能・相同性情報


modulation of formation of structure involved in a symbiotic process / organellar small ribosomal subunit / 3-ヒドロキシイソブチリルCoAヒドロラーゼ / 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase activity / mitochondrial mRNA editing complex / mitochondrial RNA processing / キネトプラスト / クオラムセンシング / enoyl-CoA hydratase activity / regulation of protein kinase A signaling ...modulation of formation of structure involved in a symbiotic process / organellar small ribosomal subunit / 3-ヒドロキシイソブチリルCoAヒドロラーゼ / 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase activity / mitochondrial mRNA editing complex / mitochondrial RNA processing / キネトプラスト / クオラムセンシング / enoyl-CoA hydratase activity / regulation of protein kinase A signaling / mRNA stabilization / ciliary plasm / mitochondrial small ribosomal subunit / fatty acid beta-oxidation / スーパーオキシドディスムターゼ / protein kinase A regulatory subunit binding / superoxide dismutase activity / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ミトコンドリア / RNA binding / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Nucleoid-associated protein YbaB-like domain superfamily / Protein kinase A anchor protein, nuclear localisation signal domain / AKAP7 2'5' RNA ligase-like domain / Probable Zinc-ribbon domain / : / Probable Zinc-ribbon domain / Enoyl-CoA hydratase/isomerase domain / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, HIBYL-CoA-H type / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Protein Fyv4 ...Nucleoid-associated protein YbaB-like domain superfamily / Protein kinase A anchor protein, nuclear localisation signal domain / AKAP7 2'5' RNA ligase-like domain / Probable Zinc-ribbon domain / : / Probable Zinc-ribbon domain / Enoyl-CoA hydratase/isomerase domain / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, HIBYL-CoA-H type / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Protein Fyv4 / IGR protein motif / IGR / Cyclic phosphodiesterase / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 superfamily / Ubiquitin family / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / ユビキチン様タンパク質 / Ribosomal protein S9 / Ribosomal protein S17/S11 / Ribosomal protein S9/S16 / Ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S11 superfamily / Ubiquitin domain profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / S15/NS1, RNA-binding / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ubiquitin-like domain superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
A-kinase anchor protein 7-like phosphoesterase domain-containing protein / Uncharacterized protein / 3-ヒドロキシイソブチリルCoAヒドロラーゼ / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Probable Zinc-ribbon domain-containing protein / 30S ribosomal protein S8, putative / Small ribosomal subunit protein mS41 / Uncharacterized protein / Mitochondrial ribosomal protein S18 ...A-kinase anchor protein 7-like phosphoesterase domain-containing protein / Uncharacterized protein / 3-ヒドロキシイソブチリルCoAヒドロラーゼ / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Probable Zinc-ribbon domain-containing protein / 30S ribosomal protein S8, putative / Small ribosomal subunit protein mS41 / Uncharacterized protein / Mitochondrial ribosomal protein S18 / Small ribosomal subunit protein uS5 C-terminal domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Trans-sialidase / Uncharacterized protein / 30S Ribosomal protein S17, putative / Uncharacterized protein / Opioid growth factor receptor (OGFr) conserved domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Ribosomal protein S23 mitochondrial conserved domain-containing protein / Uncharacterized protein / Ribosomal protein S9 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Ubiquitin-like domain-containing protein / Manganese/iron superoxide dismutase C-terminal domain-containing protein / Superoxide dismutase, putative / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.27 Å
データ登録者Ramrath DJF / Niemann M / Leibundgut M / Bieri P / Prange C / Horn EK / Leitner A / Boehringer D / Schneider A / Ban N
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Evolutionary shift toward protein-based architecture in trypanosomal mitochondrial ribosomes.
著者: David J F Ramrath / Moritz Niemann / Marc Leibundgut / Philipp Bieri / Céline Prange / Elke K Horn / Alexander Leitner / Daniel Boehringer / André Schneider / Nenad Ban /
要旨: Ribosomal RNA (rRNA) plays key functional and architectural roles in ribosomes. Using electron microscopy, we determined the atomic structure of a highly divergent ribosome found in mitochondria of , ...Ribosomal RNA (rRNA) plays key functional and architectural roles in ribosomes. Using electron microscopy, we determined the atomic structure of a highly divergent ribosome found in mitochondria of , a unicellular parasite that causes sleeping sickness in humans. The trypanosomal mitoribosome features the smallest rRNAs and contains more proteins than all known ribosomes. The structure shows how the proteins have taken over the role of architectural scaffold from the rRNA: They form an autonomous outer shell that surrounds the entire particle and stabilizes and positions the functionally important regions of the rRNA. Our results also reveal the "minimal" set of conserved rRNA and protein components shared by all ribosomes that help us define the most essential functional elements.
履歴
登録2018年8月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年9月26日-
マップ公開2018年9月26日-
更新2019年12月11日-
現状2019年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6hiy
  • 表面レベル: 0.15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0232.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0232.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈map of the T. brucei mitoribosome small subunit body in complex with mt-IF3
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.39 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0115 / ムービー #1: 0.15
最小 - 最大-0.26455936 - 0.51369876
平均 (標準偏差)0.0014350519 (±0.017512508)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 444.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.391.391.39
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z444.800444.800444.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.2650.5140.001

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添付データ

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ハーフマップ: half map (even) of the T. brucei mitoribosome...

ファイルemd_0232_half_map_1.map
注釈half map (even) of the T. brucei mitoribosome small subunit body in complex with mt-IF3
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map (odd) of the T. brucei mitoribosome...

ファイルemd_0232_half_map_2.map
注釈half map (odd) of the T. brucei mitoribosome small subunit body in complex with mt-IF3
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : body of the T. brucei mitoribosome small subunit in complex with ...

全体名称: body of the T. brucei mitoribosome small subunit in complex with mt-IF-3
要素
  • 複合体: body of the T. brucei mitoribosome small subunit in complex with mt-IF-3
    • タンパク質・ペプチド: mS48
    • タンパク質・ペプチド: mS51
    • タンパク質・ペプチド: mS56
    • タンパク質・ペプチド: mS59
    • タンパク質・ペプチド: mS60
    • タンパク質・ペプチド: mS61
    • タンパク質・ペプチド: mS62
    • タンパク質・ペプチド: mS63
    • タンパク質・ペプチド: mS64
    • タンパク質・ペプチド: mS65
    • タンパク質・ペプチド: mS66
    • タンパク質・ペプチド: mS68
    • タンパク質・ペプチド: mS73
    • タンパク質・ペプチド: mS74
    • タンパク質・ペプチド: mS55m
    • タンパク質・ペプチド: bS6m
    • タンパク質・ペプチド: uS8m
    • タンパク質・ペプチド: uS9m
    • タンパク質・ペプチド: uS11m
    • タンパク質・ペプチド: uS12m
    • タンパク質・ペプチド: uS15m
    • タンパク質・ペプチド: bS16m
    • タンパク質・ペプチド: uS17m
    • タンパク質・ペプチド: bS18m
    • タンパク質・ペプチド: uS21m
    • タンパク質・ペプチド: mt-IF-3
    • タンパク質・ペプチド: mS22
    • タンパク質・ペプチド: mS23
    • タンパク質・ペプチド: mS26
    • タンパク質・ペプチド: mS34
    • タンパク質・ペプチド: mS37
    • タンパク質・ペプチド: mS38
    • タンパク質・ペプチド: mS41
    • タンパク質・ペプチド: mS42
    • タンパク質・ペプチド: mS43
    • タンパク質・ペプチド: mS47
    • RNA: 9S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: Unknown protein
    • タンパク質・ペプチド: Unknown protein
    • タンパク質・ペプチド: Unknown protein
    • タンパク質・ペプチド: Unknown protein
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: SPERMIDINEスペルミジン
  • リガンド: SPERMINEスペルミン

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超分子 #1: body of the T. brucei mitoribosome small subunit in complex with ...

超分子名称: body of the T. brucei mitoribosome small subunit in complex with mt-IF-3
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#41
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427
分子量実験値: 1.35 MDa

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分子 #1: mS48

分子名称: mS48 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: residues 1470-1487 built as polyalanines / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 201.811188 KDa
配列文字列: MMRRVASTGS NGGHCYVGSS LWADSVYMEV SSITLQKRFS FKYATKLQHD EMRQPYYIHE KRYGIFSNER NIAKARRGLP FITPLYTKH MNLWDTDTDA SNNRFFRGYY YGQRELHQLL GRPHSLEATN ADGSNDLSTY EANTSQLYKG IPRPAITNLH Y EPAWRYTL ...文字列:
MMRRVASTGS NGGHCYVGSS LWADSVYMEV SSITLQKRFS FKYATKLQHD EMRQPYYIHE KRYGIFSNER NIAKARRGLP FITPLYTKH MNLWDTDTDA SNNRFFRGYY YGQRELHQLL GRPHSLEATN ADGSNDLSTY EANTSQLYKG IPRPAITNLH Y EPAWRYTL YQAGAHGAQL SNPRSPFTAK VLGDELMQVR DIKSVEHCKA WFDRLQYLIN LHYEAVGDIG EFKSRHTRHV HE FFVAFHD ALSSLDFRDT YLFDQFKAVR PPELSDLFGI FLEMEANYVH EDYCPRCSLP YSTTRYCGEG DVDTPFRKHR GRW APHQKW GREWYDVVAR RAEALWYRAT EDPYFGTPQH TQRQAEALLK VYVQAKQRGK AIDFMNKLRG SVEYLTGDIT ITTV MQESY DALLDTTPHP HLLTNGFTLE SDAAKYTGEV NKAPLSPLQF RIDMEMNKYR RQQKEEGVVR VPPALWRLDT SAIVP YKVD SKTRRIVNWR EVKEGIEKSF LSVGLPKEAY TGNEWREMLY LHDVIANREA KAAVLEQQQK LDREKLKARE RASLKG EKS SNSASNGIGI IFPDKDGYQV FFVDEASLRP FGIGASGTLF KAVARVYPSP AAVPYDDPVH GKQFLIDTTD ETCHLFG GF EHGDRLLLRA KSSGGDVDGG NNSNCRNTGS FTDEEEEVIV MGVSTEGSDA ERMLCAMHVD TGKQRERGIV FLGTDCID I RERWESVRYA ASAYVKGRVT LLESQRTARE EFMGQVVGIR DGVLFVQWRL LKGGGSVLDR SVAVPIGDST QVRELFVET KVLGVEPLQS PPSWRTPFRN DFAEERLKEL QRAPFKREKY VSLIQGKYTP KVKKFGYTQH TTVDDFETKE YKDRLLSKQF FQNPQAFEV VPDRHERSVQ FGGKWEYQRT HGLPTVDRNE LENGWSEVEP ISDGEMKVIE QALRDISGPR PGNFVKPPSK T KSLQLSES WWEPLGYGWE QHNEEQKALC DVTEQRLIDG SNLPFGGKLP PFGTSYGMGE RMRAIIEDYS KGFGLGPHGH SP THDTIHY NTLNAEGERV RDLGYTDALG RLFSEKLGDR DVHQWAVESC ADGEADVRQL LLSLHEWRER GRPPSLLLAN VLS KYLEEE IAAFNKGIPE NAPKLQLETS DGTLAHSGSG GSRSGTMWAD VDPTTFALHQ ASQSTRSTRC DEPFILHLVK RAKL GECVT NFTDTAYIAH LESSVINEFH LALTKLVGKG ISPTLLAQKT GQLHRGSVRV GGNVVPFVKS RELSRLLERM GLTSE SIAV ITRGLANCPE QESVGDDFAV PVSLILSWDG PGSSGGSGSG DRRLNTTAAR NEQQRKGSAA LSSAIRQLSQ HQKQRG SAS GRGWQNEDKM VVHVLEELSL RNDGLVMDIQ YAIRENKKNR RLRWEFVTTL LPVFGGNEAK VEQLYSDYCD GKYVPNI TV AVEAFIAFLH NATQHPETYS ASDYFDIDDG KSSTASGTGD QPSAGQYTTL KLLDPLEGPF VFDNVKVEYI QTVERFRR H GIRAGPVMAP ATGFIAANCK SLNYFTRRQE EVVYVTNDSD QGLRRSLENS AYHKTIAANP ALQYLLKARR GAALVETFN RFFYRTMPML NFYQNVLKHY SETIQPLRQA AKSSTRGLAR ALESERSAAM EEFRRNSERY WRNIIEGRSV EQVVLANGES NRRTVGGGA GEQLQKPQGN RDAVRTNFTG EATDGSRKGQ RQHQQPPLSQ QQQHSRGEGE RSAVHTSPRQ GGSRGMADLL S KLNTPKTG SGVKGSTAKN TGNNRRGPKS

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分子 #2: mS51

分子名称: mS51 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 95.080992 KDa
配列文字列: MLRCTVVGHH RSGKARAFVF RDPSLRMMRA GSGYQQLRRM GMPMQVGMGW RKVDSFHANT QYQHAWPLLS HDDLGNSDQS NNTKNIMYS MYMPKRNKGT APWFRGADTY SVKYCEQGRY EYQRYLMINR FPSEYKKHFL SFLSNIRMSS GSATIPQEAL H WLLRMIVD ...文字列:
MLRCTVVGHH RSGKARAFVF RDPSLRMMRA GSGYQQLRRM GMPMQVGMGW RKVDSFHANT QYQHAWPLLS HDDLGNSDQS NNTKNIMYS MYMPKRNKGT APWFRGADTY SVKYCEQGRY EYQRYLMINR FPSEYKKHFL SFLSNIRMSS GSATIPQEAL H WLLRMIVD NFNPQHVHYI AAMKTLQSAG ELDMARDVWK IMERQQTWPC TATICAYLDV CVEAGEKTWA MEAWNRYCTE LK FLEPGEV DPKPISRVPF SLTREELLYL PKWKKHFDHD PNLDVMDLNR FNRTREVYLR MAQVMLAGGE RNAFQHFFTK LEE AMLNKP TPVPEPPNPH LVRRPRWAPY EHCKSVHHSP WRLQNNGRAL ALGPPVTIED EMQSRFFSND QFLVHSVKEV LRIV LQEHK RAHPTECTRC KTEAFFYKTK DADETLKFCD DLIERLFASL GVRLSNLNTS SLLSTILEVF RVVGKESGAA LLQRA NEFL ERKASLGDAE GSRENLTASN YLQVLSGFAD ESAFVYNTKK DGTCQYKTGF DPRTTMRHLA DVVQEIAGNP HVTWAA DMH LQVVETMVGC GTMKANDYFV RNVLRQFSWD SRFLEALYVE YRRQDDVDMW AELTKRALVW TARYNAPASE RLRRLIE DD YDTIRVQTRT FRELAVFQFR DVEERRHSRD VVNELPNPWY DYVAHALPFP DRDAGYPDEY GDLGQWRAPG GPGSPVRG P GYYAPPMEGE HQRGYTAEWR DLRNPMRPPE FPTPWERKYR QYARGQHPSY DMVYAGPMPE IFPMRRDFRK PTRWDFHDI EKQGKYRTSG PY

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分子 #3: mS56

分子名称: mS56 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 47.306836 KDa
配列文字列: MRKFCHFMAN CWNSARSHAT YGAVPLTHSQ VTSVYATDGG KVDELGLLEL VEERIFSWKL NKWEMRIPPN LPNDQKELIR QEQENLKQI LSEWRKCFGA LNADILQISS LTGVPKDVVR EKNRTWLQEE VAKLRWMGEV NKAALLRDAF MRLEAFGSRD F MFMERLCC ...文字列:
MRKFCHFMAN CWNSARSHAT YGAVPLTHSQ VTSVYATDGG KVDELGLLEL VEERIFSWKL NKWEMRIPPN LPNDQKELIR QEQENLKQI LSEWRKCFGA LNADILQISS LTGVPKDVVR EKNRTWLQEE VAKLRWMGEV NKAALLRDAF MRLEAFGSRD F MFMERLCC IYGLARQGTF DEAFTNYITE DPVTNDIFVD ERNPFKELVA HIVRNYSQID IIYDFLGFNY SEGYRSSLRR YM EYLQCKT AENVRASGRL VTGDKGEHNI LFDYCVSRES LVSGDSCQGI IDFLYINGND VTLIIIASDN PWLRNRQLPH RRQ MEGIAR RVCFVLGIPP SEVRIRNLLL PPTYLDKGSI VRLNDIVFRL SNEQSNLLIP WLTNYNKELD PKDVDYTALA KTTN EEEWL TL

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分子 #4: mS59

分子名称: mS59 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 35.395676 KDa
配列文字列: MRCSCAFLDK SVFAAKRRVI VPIHPTPNFP AHFIKSAFTT DPLKEKQKAR FSSGGEAMRE VQDIPKNLEG ERSRRDLASR GDTEFQALV EFIEGASYDQ LISGRRFKKV YDVLSENDDM FIWLCHTAMS VLNPGDMRSR LIYNHLRILA ESVASGEMTQ R TAFRFFES ...文字列:
MRCSCAFLDK SVFAAKRRVI VPIHPTPNFP AHFIKSAFTT DPLKEKQKAR FSSGGEAMRE VQDIPKNLEG ERSRRDLASR GDTEFQALV EFIEGASYDQ LISGRRFKKV YDVLSENDDM FIWLCHTAMS VLNPGDMRSR LIYNHLRILA ESVASGEMTQ R TAFRFFES AVRSPAYREI AKRQLEGGAA TRLAGISAAA DVMRRMGLTR RPMSSYFELY QRIVERSEAM TPWGFPPLFQ FE ERLSLEP RLKFFSRASQ QSLERRRRGH VMTPHTTLHG RRIFWIPPTW NRAGRFLGPH VTLYPGMTPD

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分子 #5: mS60

分子名称: mS60 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 34.546641 KDa
配列文字列: MEVYRRITER VRGALWAHHG RLMSERQFHR ILAFVYNNKY EYQIRFDRME VVGREWGGRV EVVTTPAGFL KRVRVNPCVE DLTLYQQQQ LILSAYANAC ADGRKLMEQA EMNIYKQFLK DLKPIVMGIR DNPEFYTVSE NSIETIGGVL QTGDSNNLCH T HRTIPAAK ...文字列:
MEVYRRITER VRGALWAHHG RLMSERQFHR ILAFVYNNKY EYQIRFDRME VVGREWGGRV EVVTTPAGFL KRVRVNPCVE DLTLYQQQQ LILSAYANAC ADGRKLMEQA EMNIYKQFLK DLKPIVMGIR DNPEFYTVSE NSIETIGGVL QTGDSNNLCH T HRTIPAAK ARQPADEVRA RQEWEQKWIN SPRGQSWALT LRGKTYFALH GPQYRPRGAP GAKKETLPLD IPAPYTAMDE KR LLKKNWM AYLDNKHVAE VMWTRVKIAD REKRQRLLQE TGRAWHRPIN EEAINRW

+
分子 #6: mS61

分子名称: mS61 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 33.48234 KDa
配列文字列: MLCRTFLRQF RMSGGDMFVE YKVLSRDHRR SIRVEDAIVD PTFKRTVLPL GWLELLRSPS LRLPTGYFVE ETVHVSLPNA TSNGGKKEA RPQKGGFASG SPSVGRNEAN AIIAGPVVLY ITGQSVPVVL NPYFVPEGTW DMRTRDGELD LRLGMDAIEQ C TLFSELRP ...文字列:
MLCRTFLRQF RMSGGDMFVE YKVLSRDHRR SIRVEDAIVD PTFKRTVLPL GWLELLRSPS LRLPTGYFVE ETVHVSLPNA TSNGGKKEA RPQKGGFASG SPSVGRNEAN AIIAGPVVLY ITGQSVPVVL NPYFVPEGTW DMRTRDGELD LRLGMDAIEQ C TLFSELRP GGLLYGKLPE NPNVRRNESL RATLGRYGMK CDLAESPLVP RPWTRMRYMF IDELQRGPKL TEFVGHNPRN GT PWRFSQN TKYFRIGIWR DTIRRNDMNE GLHAHSSWQK SPQQSVPEVR FLAPYP

+
分子 #7: mS62

分子名称: mS62 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 32.0681 KDa
配列文字列: MRRFCTARVS SYVKRAPLLL PRGGRRWRSG AGTTADGGGE KEYIADSFES TAGSNAYAAM ELAAEARREI HELWLSAETA LEREKRVQQ VAALIEKYKL DPSTPREADV SRGLGDAFDR LLLLCLPLGK TDAKGTDNLE RLMHLAGRNG RELSVRTIQH L FARTDSFA ...文字列:
MRRFCTARVS SYVKRAPLLL PRGGRRWRSG AGTTADGGGE KEYIADSFES TAGSNAYAAM ELAAEARREI HELWLSAETA LEREKRVQQ VAALIEKYKL DPSTPREADV SRGLGDAFDR LLLLCLPLGK TDAKGTDNLE RLMHLAGRNG RELSVRTIQH L FARTDSFA EALAVFYTMR RCHVAMNMEA YYSMLYSLQR LEEEGWGQHF RNEYEENGAP SEQAMDFIVK GISNALLPEN KP WLGRVMF QDRNVPDRRY DTRDFDELDT AWTQRYKSGT PAGAH

+
分子 #8: mS63

分子名称: mS63 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 31.922178 KDa
配列文字列: MLHGTPVRRA SLRYRRPYWM MFLKGVDNWK IYTVIQQPDH QRTEMLYQAW LGGLDRPYTR PKCMANQPLW LSKKRHMLRK ERLDGPETP LEKYVLEWHK KFHSFQGTER PTPDDLHTAL DLVERPLDLS YALQLLGQCR NLNNIRFAKE TFLVFLEACL R VGRRDCAE ...文字列:
MLHGTPVRRA SLRYRRPYWM MFLKGVDNWK IYTVIQQPDH QRTEMLYQAW LGGLDRPYTR PKCMANQPLW LSKKRHMLRK ERLDGPETP LEKYVLEWHK KFHSFQGTER PTPDDLHTAL DLVERPLDLS YALQLLGQCR NLNNIRFAKE TFLVFLEACL R VGRRDCAE YALEHAEPLG FWFIDEDHRR YLQGEQTWYK LSPLDNLYYP VEENAKLNEG RKPITRLSPA TESPGSGTAI SD GEPSTDV EGETTVDDEI AQLEAELAAL EREGGGK

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分子 #9: mS64

分子名称: mS64 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 30.742207 KDa
配列文字列: MLRRVPRVLQ KGERGLYFPI NHRIVDHRIA PGVTVEETDV QSRYRRELRT NFATGETRQT IAPPWSARER PTHFFSLRLP SRNSVTLRV KEMHNHLLFS HQQCAPMLVS PTKLHITLGV MTIPENSREE LVKNIQQSMS ETFACVQPLQ LRFRGLGTFD F GRVLFIRV ...文字列:
MLRRVPRVLQ KGERGLYFPI NHRIVDHRIA PGVTVEETDV QSRYRRELRT NFATGETRQT IAPPWSARER PTHFFSLRLP SRNSVTLRV KEMHNHLLFS HQQCAPMLVS PTKLHITLGV MTIPENSREE LVKNIQQSMS ETFACVQPLQ LRFRGLGTFD F GRVLFIRV VPEADFGRLE RAVCDIRRRV GGVLGVDLKG NPHDSYVPHV TVAKIRPNQR QQLGDTIPQS LWADYQHHDF GD VTLSTVD LCRMKGSPDG YYHTEGAVHL S

+
分子 #10: mS65

分子名称: mS65 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 30.617381 KDa
配列文字列: MFSESLCILS RRFRYNTKFP ALVSYNKLPW EVVNHETPQF HMHVAPHYEQ LLTLAASSPV PHIIGSKHID VPREHRLRLL PGMLYLLDG DTLPGEFTIN RVLDPTALQY YGRLSSQIVT VEAVRMLVPD DLRLLCNCIT FKGPLHLPVA PYASLASLRG A SQGGTTGS ...文字列:
MFSESLCILS RRFRYNTKFP ALVSYNKLPW EVVNHETPQF HMHVAPHYEQ LLTLAASSPV PHIIGSKHID VPREHRLRLL PGMLYLLDG DTLPGEFTIN RVLDPTALQY YGRLSSQIVT VEAVRMLVPD DLRLLCNCIT FKGPLHLPVA PYASLASLRG A SQGGTTGS ETGSNCFTLY HFVRPNRPPK ELQLEKYYIH APCVAPLSEF ASNSDERGNW RPRLQAPKRT RRATPLPAYR PP QSYLMGL AERLAVVPGG CFGRRSLMWG HWF

+
分子 #11: mS66

分子名称: mS66 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 29.960182 KDa
配列文字列: MFNRNFILRA AEFKQKSRWS SVWPNMRYGS MFLSYSVGRK LPMKGVNWVT RDSNRLLNFS NRYSAVISDI DVKRTEEELN VALSDIRWN DHRRIYWKCS FCGSSYRKNV SVRTKYHAGC NFCKKKYPSE VRGEQHGSPP VSQAAPELTE QLVDNGKRDN L ATLAVTSK ...文字列:
MFNRNFILRA AEFKQKSRWS SVWPNMRYGS MFLSYSVGRK LPMKGVNWVT RDSNRLLNFS NRYSAVISDI DVKRTEEELN VALSDIRWN DHRRIYWKCS FCGSSYRKNV SVRTKYHAGC NFCKKKYPSE VRGEQHGSPP VSQAAPELTE QLVDNGKRDN L ATLAVTSK FYAEWTCRGC GGSYRSTIRS RTGQVEAGQC TLHPDIVAWS AYCPSCSWRP NMVPIAEEVS RSGQFLGLER SM EELGGQR GKQLPIPRRK RLAC

+
分子 #12: mS68

分子名称: mS68 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 26.472807 KDa
配列文字列: MRRGALSLLK AGLLGHYQQE AFEARKRFEE STTYPGPIRA ATPGDTRFYS GSLESILHDT DRHYWRAVTD DPRVQHLIPL RIRFKIFTW VTSGWEQRMQ VVQIMAPKDS TIAQVKDLVI VENQSPYLCV SSFHLAIDGK ELDPQKTLGE YGITEQSQID A IEQNDHLL ...文字列:
MRRGALSLLK AGLLGHYQQE AFEARKRFEE STTYPGPIRA ATPGDTRFYS GSLESILHDT DRHYWRAVTD DPRVQHLIPL RIRFKIFTW VTSGWEQRMQ VVQIMAPKDS TIAQVKDLVI VENQSPYLCV SSFHLAIDGK ELDPQKTLGE YGITEQSQID A IEQNDHLL HRDDERPRDW TVDEITAEDV KRSPYKEMEM QPLQNLAPRY EARPKGYFGR TYYSGMKQSS

+
分子 #13: mS73

分子名称: mS73 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 11.360885 KDa
配列文字列:
MLRRSILFRM KYADLELTTR GEFPHGMKEP AFVKKLDQNI PWYFSTYRSM YHWPITGDNW SDLNEAEKHH DLHMFYTLAW WKLGEGIFG VDEDS

+
分子 #14: mS74

分子名称: mS74 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 8.203408 KDa
配列文字列:
MFSLTQTWLI AHWYCGHKFR HRFMRDKRFH PSLQASHDAR NRFSKRRHFK TNRWNYQQAY RDMP

+
分子 #15: mS55m

分子名称: mS55m / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 50.147355 KDa
配列文字列: MFRLTAASQK NLNSWYTKGT MRGGVPRIYY AWMRPGSFTR RRFEKMRNPF VDLETGTSLY FRDTRDSAEA IAHAADSKGI KGMDNAIDL YNEYRIVPDL YPEGFQWKHK LNTEYNQWRS NTWLTPDLIP KEHRGRFLCN FQLNIVAYDM RVVKFSPKDH R QWIYCVLY ...文字列:
MFRLTAASQK NLNSWYTKGT MRGGVPRIYY AWMRPGSFTR RRFEKMRNPF VDLETGTSLY FRDTRDSAEA IAHAADSKGI KGMDNAIDL YNEYRIVPDL YPEGFQWKHK LNTEYNQWRS NTWLTPDLIP KEHRGRFLCN FQLNIVAYDM RVVKFSPKDH R QWIYCVLY VGSGKGIAGW GRAVAPSTQE AKKEAIREAF SNIIAVDLEQ EGPMYPVRVN ADGVRVLLYP ARRIVANFRV AD ILCAFGF QHAGCRINLK ATNNPKSPTH TVEGVFEAVK ALRSVSEIAA SRGKVPHSLI YNIYPYLEEI RRRKGMMAMH PPG KDGLLM PDRVVDNRLP DHLKRGYYDD VYWKDFFAGS DEHLNEPRMG LRGDEMRRRL EEAQTSPAPT TAKDTRRRTL EDVL KRLGK TTRDLGSIPI VNPRVDVGLP THIKRNYQLH

+
分子 #16: bS6m

分子名称: bS6m / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / 詳細: residues 105-114 built as polyalanines / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 18.861543 KDa
配列文字列:
MVFYSFVLVM KPRQRRFTSQ ALREIGVAVY SNGGLIRSIT NEGIMRPYSR FRDADNTPLT YARYIILQLD MGEEEMGKVD KIIREHQDV LMALKLNNLE RPVGIRSGNK ELQAAYFPLD TFTRLEEEIN WSPQTSADIY TQLEMNWKEF SRTRWSSFLR N

+
分子 #17: uS8m

分子名称: uS8m / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 32.766459 KDa
配列文字列: MLRQSLLSLA KVYGAVPPLG AAQGHRLLHG KREREGSLFA VANDVKRDER LLRQQLNALL EEERMPMQAR LQRNEAVSSH EAVPQTPLV DLPGVERRRD LPADPITRLF FQHKGDHALY YGTYDKPSVQ DDDRVQIEKR VPRRREENLY TPIYDFCHRI R EATEQRKR ...文字列:
MLRQSLLSLA KVYGAVPPLG AAQGHRLLHG KREREGSLFA VANDVKRDER LLRQQLNALL EEERMPMQAR LQRNEAVSSH EAVPQTPLV DLPGVERRRD LPADPITRLF FQHKGDHALY YGTYDKPSVQ DDDRVQIEKR VPRRREENLY TPIYDFCHRI R EATEQRKR FVVVPSTIET RGCARVMHDH GLVAGFRDFH NDRAFAVELK YFQGDSTINV IEPCSYDGRT EFEWSPKMMR RL LNTHGIH NRLVVYICRT ADNRIIDHIH AVKENIGGRG LMMVH

+
分子 #18: uS9m

分子名称: uS9m / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 50.201016 KDa
配列文字列: MQKLLSPRTA RHARLFRLAG KLADSGSPGV PKSDGERLVW VNSHVRRDKD ISLSQEEERI RELMMPLEVG ENSFAANGQA THGNLFYFR EYPMYPGEYV PAEHNTLSSL RDELRLDLTA QSLKEAWMRV SGGVYFQSVD EYYASVDGLD AEQIGEVLAA L FPELNCYE ...文字列:
MQKLLSPRTA RHARLFRLAG KLADSGSPGV PKSDGERLVW VNSHVRRDKD ISLSQEEERI RELMMPLEVG ENSFAANGQA THGNLFYFR EYPMYPGEYV PAEHNTLSSL RDELRLDLTA QSLKEAWMRV SGGVYFQSVD EYYASVDGLD AEQIGEVLAA L FPELNCYE AQALVQRTLE CISRPVSAAS RQLSRTITAE AVGLDNAPGH YTNFLEWMGR LTETRAFKTE HALFEFSRRK FN RDDVRVM FENYRLMSKA TLLADSADSY SHFYTVLKDF ARKVAGEDSR HQIGVRIDEA EVDPETGIAV GRGCADGEKY HFT ALLREN RDHNGIITVM GKPLSLVLDN KAWLMEMVLM PFDEANLDYR DFDAHIVSEG HAMPSIANEI AAFALRMAVA NALV KLIPL TRIPLKKSGL LSVDRRRERG QFPGYLDGKK VKRRFAKR

+
分子 #19: uS11m

分子名称: uS11m / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 37.92591 KDa
配列文字列: MMRKSVTFLR RGKPRPRAGM FPDKYRRVPM LLKPQQGGQQ YFNHFLIRST NDRLTQQDVD NASGQAHSFI SPQLPQMDWR NMSARSSEE SIREEMRQLA ENDVMQHQRV FNERMWYEKE EEHRMKARSC PEETSEHA(UNK)S NDGAVPPPRV LGGDYFK TR ...文字列:
MMRKSVTFLR RGKPRPRAGM FPDKYRRVPM LLKPQQGGQQ YFNHFLIRST NDRLTQQDVD NASGQAHSFI SPQLPQMDWR NMSARSSEE SIREEMRQLA ENDVMQHQRV FNERMWYEKE EEHRMKARSC PEETSEHA(UNK)S NDGAVPPPRV LGGDYFK TR FGYSLVKNSE MTQGPVDYSQ LDMWGEMPRY TSDMVFLYLV SRRRNTYAVA YTYEGKRILN TYTAGNRGLK GGDRGFRS E GSTDNGHQVT SMYLNDLLPK LREMRASEGR PMGRGEKVEL VVRVMGFYNG RQGAVRAVQD RANEFHVRYF EDITPFPLN GPKMPRGVFK

+
分子 #20: uS12m

分子名称: uS12m / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20
詳細: mitochondrial gene subject to RNA editing alternative start codon
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 10.421635 KDa
配列文字列:
LFFLRMWFLY GCCLRFVLFV LCYYMSPRLP SSGNRRVLYA VFYLYNFVWM LRCFFCCFIG LVMSLFIIEG GGFVDLPGVK YYTRIVS

+
分子 #21: uS15m

分子名称: uS15m / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 50.401191 KDa
配列文字列: MFVRSFCFLR KYGSKSKTPD LKTSFTKTTN FRKAEKISIT TTDGEIVKGR GKIRRRTHSA LKEAIGAMEH PAIWLWYPWR MNPEPPTPH MPQRRALKNV HGAVFNDLTP VQKKRQEQML YGVNIPETRQ MKFEEQHPLL AGALRKLEGQ PKGFPFWYRK Y PTRRHAYE ...文字列:
MFVRSFCFLR KYGSKSKTPD LKTSFTKTTN FRKAEKISIT TTDGEIVKGR GKIRRRTHSA LKEAIGAMEH PAIWLWYPWR MNPEPPTPH MPQRRALKNV HGAVFNDLTP VQKKRQEQML YGVNIPETRQ MKFEEQHPLL AGALRKLEGQ PKGFPFWYRK Y PTRRHAYE YRFSIPVEML DGYNDDVKKA LSKGMMSIQE KQFAQEAMYM ERYAEHDFDT TSPAVLAVKR ALKCRVLRNH LL TNPHNNI IKTVLANTER KLNHALRRLR KVDFKKYWEI IRDHDVQDIL QPPNLVTYRQ GSYWKYDWNA GLAISTNLAD VMD PRGLNG CVETGRSRSE VARDLGLSYT RPLHENEKKQ LSHQAVYYER LAKFKMEQPE AARAMERERF VRKFSGMFVK MDIR SGAPD FPSTYRRLLG TKVVRWASKR HGPN

+
分子 #22: bS16m

分子名称: bS16m / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 22.077805 KDa
配列文字列:
MQVTETVLAR AVIKRRSPQL WGAPGAPIIR MRGHHVVWKF QSYDLVVEHT HKRRNSDIRL LHYLGKHCPH PQKSLWSPDT PVAQDRHLF MLTTVDIDAF KYWFGVKRCR LSMKPWALLA KAGLLPPSLT QNSKIMPKPL FDKESLMRYY LANRKDEDVM A REKYLNYE NSMVKTEEER AAERPVAPYL

+
分子 #23: uS17m

分子名称: uS17m / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 35.632727 KDa
配列文字列: MLRRSLLAFP WWNFQTEHRQ RCVLMYGGAR TKNTHNANHR VFIKKYKRNA FPNRTRHHWA VSMTGVLSQR PRRMPWPYDL TSLIFNQPR QGSDKIGYVV GTSMLKTAVV ATNHMVYYPK FNQRVSRTKR FFAHDEDLAC VEGDLVHIKQ CRKISKYKHY Y VFSILEPN ...文字列:
MLRRSLLAFP WWNFQTEHRQ RCVLMYGGAR TKNTHNANHR VFIKKYKRNA FPNRTRHHWA VSMTGVLSQR PRRMPWPYDL TSLIFNQPR QGSDKIGYVV GTSMLKTAVV ATNHMVYYPK FNQRVSRTKR FFAHDEDLAC VEGDLVHIKQ CRKISKYKHY Y VFSILEPN VEGRERLKLG LKAVPPPLFG YPVSRRIVKL NLTSTEGTQE KLAAAIQEHV QDAYRFSGPT PDQPRNRLAD PV TFEDANN MIAPNAPAAA ALDASDSPPL LDRGEYTEVE QDTRNKKGDD YWMNLQPKEK YDFKSFKKSP

+
分子 #24: bS18m

分子名称: bS18m / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 36.988691 KDa
配列文字列: MNRTGGSIYA HALSQFAVCR QPWNEYIGLL TKQDSTPYHT EPQEKPAYRG RKQGREGWLF GQQVQLHYHR FPDEQLITNL SRWRTGETV GDIAMQQFRN AQPFDIEDKD PQGVQRPSPE VYMKLNYKNP ATISRFLTRT GHMYPADILP LNPEAVVKLR V AKAQAIRI ...文字列:
MNRTGGSIYA HALSQFAVCR QPWNEYIGLL TKQDSTPYHT EPQEKPAYRG RKQGREGWLF GQQVQLHYHR FPDEQLITNL SRWRTGETV GDIAMQQFRN AQPFDIEDKD PQGVQRPSPE VYMKLNYKNP ATISRFLTRT GHMYPADILP LNPEAVVKLR V AKAQAIRI GLYPRFGNPF WFRSQKFRPK AYQENYDPTT YSTKRTVEHF AYNWVQTDRI RRYFRELEAV HTSGSASARG SG GGTTAEH KQQDQFYSPE NQPISLHRNN ISYMEDVGRS VKNPTVPGLM STKGMKKKFH NLYSSTSTKR MGFSNPTLGI KKV

+
分子 #25: uS21m

分子名称: uS21m / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 23.087889 KDa
配列文字列: MLHTTRLWLG GYMMYHRKAM GTMKYSKWKG AHGGISHFYG RTPMVEEVRP NEPITLVDRR IMHYVHHSRL RHFQLFRSYQ EKSNSTECK LREGEMLRRR WHRRLQKSFI AFMQFKTMKV LEDQARLVNT YGQAAVNAAL GDPWNATDNV ARERKSAAVR R QVRALPMV ...文字列:
MLHTTRLWLG GYMMYHRKAM GTMKYSKWKG AHGGISHFYG RTPMVEEVRP NEPITLVDRR IMHYVHHSRL RHFQLFRSYQ EKSNSTECK LREGEMLRRR WHRRLQKSFI AFMQFKTMKV LEDQARLVNT YGQAAVNAAL GDPWNATDNV ARERKSAAVR R QVRALPMV NVVPKHVATM KQIHNDRFNY RWRVN

+
分子 #26: mt-IF-3

分子名称: mt-IF-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / 詳細: residues 294-304 built as polyalanines / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 41.086285 KDa
配列文字列: MMQRCSTSLS RLCFRRLLRT PLLVYSIPPT RDVPSGIAHC PLSCSMRMVT SSNDDEFVFD PTLSIQKDAA IHTAKKSFET IVLEYVPAH APEEARQKVK SYLTQHPIDI LITQPKVQIT HLEDAESGAE TKVSLSPCDL PEALQQARER GMNLVQMGAR G DVAYCRIR ...文字列:
MMQRCSTSLS RLCFRRLLRT PLLVYSIPPT RDVPSGIAHC PLSCSMRMVT SSNDDEFVFD PTLSIQKDAA IHTAKKSFET IVLEYVPAH APEEARQKVK SYLTQHPIDI LITQPKVQIT HLEDAESGAE TKVSLSPCDL PEALQQARER GMNLVQMGAR G DVAYCRIR RESTRILSLI HTELEALREQ EEKQQGKGRG GVQAAAKMGE LIDHTFRDAV DAHFVGWRSK KIVEDIRRRH PV KLTIKEF QSPECAIGKL REMCQAMQHY AQEKVIYHHF TSIVANDREA SITFAPALPM AKSDSWKHIK YPGEKEWTNA LRR MEDACR KSGRYGTYAK SNKLKLRSLG QTSYRVDKYG RKMD

+
分子 #27: mS22

分子名称: mS22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / 詳細: residues 20-37 built as polyalanines / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 73.064141 KDa
配列文字列: MLRRAYIQRR YPFNKRGPRE HKSWKHHVLT EPPKPLQWRD PKVWTRDLSV MKSFDAPQWD LWQSRPRSED MDEALQPFMD MPKSLKDRR YDIPWWANPF GAWYLQNILS LELLKLKSKT NAEKIATYRS YMRSLASGKD NTMSDDDVIR NIIKERWKTL E FGDRNAGY ...文字列:
MLRRAYIQRR YPFNKRGPRE HKSWKHHVLT EPPKPLQWRD PKVWTRDLSV MKSFDAPQWD LWQSRPRSED MDEALQPFMD MPKSLKDRR YDIPWWANPF GAWYLQNILS LELLKLKSKT NAEKIATYRS YMRSLASGKD NTMSDDDVIR NIIKERWKTL E FGDRNAGY PCTFGDYIQF LNEWFKSLDE EGMQRLREHF DRRIRPLLAV MSPVDILWLE ALTQNSPHNK EQLQRKIAFQ TS LGTPEFF DMSKRLRYEI NEDYKVRDEL GPELFALWSK APERWPPERL SKMYGLDFTL VRKILVWHHF KACYDACVEP DWS LPKRLF ALEWIRDVRA RKHGLFYGKM RFAEQKITFY SDRFLFRDLV NRREASYANV WEMDDPYRFL QTEQDYEDYW GDNY DVYRR MFPEMIGRTG EPVQQYGQMP IWAGPHRQHA NKSEHNWMFA EIGVNVGHEA LKKLELDPTN EKRRRFVIRQ PDGTL RSAK MSEMRAWYWK EEWADFRFWA PQMEWGIENT PSQEQYQEHV PDTTDADFRK QRRIQSRPVK WFYESHYTRT GSFAGF QPL RFMQRRTERE VRWPDVINAA VQIQKRKPAA YIFKAIPEL

+
分子 #28: mS23

分子名称: mS23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 36.7845 KDa
配列文字列: MRQCVVRRYK MPKNMGVAPR FDTWNEKYEP WEHMKRMGRL VGTGFYIPPE WYNHFRMFPP INHNFQQEKT LNPHNASEPT QDDTSTLSP ERVALRDELA RKSRLVASEG MRYYNIFWVR KPLDTMEKEY YELKRRGVDH GEAIRKVLQG FYSGLAVKKR V AAIQAEEA ...文字列:
MRQCVVRRYK MPKNMGVAPR FDTWNEKYEP WEHMKRMGRL VGTGFYIPPE WYNHFRMFPP INHNFQQEKT LNPHNASEPT QDDTSTLSP ERVALRDELA RKSRLVASEG MRYYNIFWVR KPLDTMEKEY YELKRRGVDH GEAIRKVLQG FYSGLAVKKR V AAIQAEEA KLTGRFITMR EATVVLGVLA KLHKEQLTPH QVSLLAKEQG ETTQSGAKLT AIVSRTQPHV NKEASSPATS EA VGSSTEE SLSADALASM LSEDGEQSAV GTRYQVEVKE TANDSVRQLR EKAEDQTGFP DWYTGESPTY SGTSCSRDGF ALM KANK

+
分子 #29: mS26

分子名称: mS26 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / 詳細: residues 221-248 built as polyalanines / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 51.136684 KDa
配列文字列: MMRSSSFCRR QIRPYYNLPS KSEHGRKMTG FLTPYRHWMW KQNELWRNVH EAQFEHLRRV YKRQWLESFR VNADEYIYKY NITKAAQLA QWECEMKEQE KKRIEARQMM DGRQALKKKH LDLLREFHER QFFFWYERAS ERLQNMNLIN YVPHAQLREH I DKELDKYV ...文字列:
MMRSSSFCRR QIRPYYNLPS KSEHGRKMTG FLTPYRHWMW KQNELWRNVH EAQFEHLRRV YKRQWLESFR VNADEYIYKY NITKAAQLA QWECEMKEQE KKRIEARQMM DGRQALKKKH LDLLREFHER QFFFWYERAS ERLQNMNLIN YVPHAQLREH I DKELDKYV AGKNEPYPLN FVGQMPFLED GDGNIVEVPE SLLSNHMAEH PDSTAKPHEP HTSSSISEAA AFEERMLRAM VS AKEEDLK EWLGDDSRAL SETIDDISRE EEEREADIRV ARSMEETDAE REVSRRAYIE RGKTGSRSIF RPPTVSEGAG GTP SAPAGD ANTPMRRRKK GKLDRVHALQ AHQDELLAKL SSQGLKEGVD ASSVPERGKI VQSRGRIRDK AVIPTHEVLM QKPE LAAGS TPGARIQTKD MVDKMYHRGK YKKSGSGDKS DGEDL

+
分子 #30: mS34

分子名称: mS34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 28.72818 KDa
配列文字列: MLRCARVALR ADPLNGGSSM TLGSKGSKLS PEPHRRRMPW TAAKEYVPGV VLNARDKMVL DGVQLLDIES IDRASQLDPL EVLRAVVAT REYNISTGKN IFQLASQATY NGRGQRFYRK EWQEGTYDKY VTLSAIDFDR DGNKGTAYGY ITFHGETTTR P VQVDFADV ...文字列:
MLRCARVALR ADPLNGGSSM TLGSKGSKLS PEPHRRRMPW TAAKEYVPGV VLNARDKMVL DGVQLLDIES IDRASQLDPL EVLRAVVAT REYNISTGKN IFQLASQATY NGRGQRFYRK EWQEGTYDKY VTLSAIDFDR DGNKGTAYGY ITFHGETTTR P VQVDFADV PGWYMDFVEE RAVPFTGIVP PPPSIGTDVP VDPHSYRLKA YPYYDAPNPP EFVERLLKDR GVLPDTPTET AD VDKDPTT SDGSVHYDGK

+
分子 #31: mS37

分子名称: mS37 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 24.757896 KDa
配列文字列: MKSSDIFFAY RLTPVVFKSR QHDSGVNQYG LKPTNAYDYI NPTNLINFGR GTTFDNLGVR RAGRGEIDSS PSHSGSPVFT QAKLIGLSG EEQLTMCQSE TMALRLCMAK AGKETCERES RALDSCLGRV GHLRRAMSEA CWEFNDWFIQ NVSDNHTKPF Q HRPHDWRH ...文字列:
MKSSDIFFAY RLTPVVFKSR QHDSGVNQYG LKPTNAYDYI NPTNLINFGR GTTFDNLGVR RAGRGEIDSS PSHSGSPVFT QAKLIGLSG EEQLTMCQSE TMALRLCMAK AGKETCERES RALDSCLGRV GHLRRAMSEA CWEFNDWFIQ NVSDNHTKPF Q HRPHDWRH FYAQEKLVRE RQQNGHAYGR RPKQFSFGAR YVKTDGYGKR PRLPYNK

+
分子 #32: mS38

分子名称: mS38 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 28.2406 KDa
配列文字列: MRAGCVACSR IPKLGIAALG STTTSMQATC QETQELRCAT TQMAPAVIFP LPPPLRGSYI DRKPTAASFN EHHATASFRH HMIASADVS HRPRHFYFAS GTRNDTGTRS VKEGERKQLK QQTNVEVDSV AYGDQLDELS ARWAAKFYGQ VTFGPRNYPY P SSRWLARR ...文字列:
MRAGCVACSR IPKLGIAALG STTTSMQATC QETQELRCAT TQMAPAVIFP LPPPLRGSYI DRKPTAASFN EHHATASFRH HMIASADVS HRPRHFYFAS GTRNDTGTRS VKEGERKQLK QQTNVEVDSV AYGDQLDELS ARWAAKFYGQ VTFGPRNYPY P SSRWLARR FQMKKHRIIK RFRFRRYKLA AVANLPFAKM IRVGMLPELK SSKTKRGDVV DPTLSGQLVS AVKNTGEKRK GQ RTRPKSK YQV

+
分子 #33: mS41

分子名称: mS41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 22.421469 KDa
配列文字列:
MLKRTLTVLD QTYGPHKSYK YTYMPDPRKL APIETTQRSE IVPQSIRPPT SYVPNHETFL ERADIHRLRP TSDFKASFKD WNDLFTCDK RQLRVRGIPR MTRDAIRTAV QAFQNGNPPE RFDTKEEWLY YKQFKTVDYS YRVIPELPEK YRPHQSGIDQ A PLPDYREI NKMPQWAECE ERRQSKKTV

+
分子 #34: mS42

分子名称: mS42 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: スーパーオキシドディスムターゼ
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 29.748666 KDa
配列文字列: MRLCRRLSYH AYVPKGASVQ MGETFMPSNI ATAVFRETEA AAARADKTKE ETGFFSQPRL NYPVSSGIPA LFSKDQFDMQ YSLFHRDVV ETLNRHTLGT PLEGHNLETV IRKTSFDATQ AVAHTAASEH FNYCFFYKSL RPWGTAPPPR LREALQLQYG T NGSADAMD ...文字列:
MRLCRRLSYH AYVPKGASVQ MGETFMPSNI ATAVFRETEA AAARADKTKE ETGFFSQPRL NYPVSSGIPA LFSKDQFDMQ YSLFHRDVV ETLNRHTLGT PLEGHNLETV IRKTSFDATQ AVAHTAASEH FNYCFFYKSL RPWGTAPPPR LREALQLQYG T NGSADAMD EVRRIVWVTA ASHQERCGWV YLVWSGVHFD VVEFPHGSCP IASDLIPLLA LNVHESAYIL DYGTSGLKQY VE NYFKACN WPLAERYYLM AIGQVV

+
分子 #35: mS43

分子名称: mS43 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / 詳細: residues 27-35 built as polyalanines / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 48.59041 KDa
配列文字列: MLRRTVTSLR NARELHRLLP ALLPLLDPPV PTGASVCAAH LIVATGHVSK QREPHMSNCP VLERKIPLSE IASDDNFLKH PCVPCLKHR INFLASEDFC YDFVERCGCG TDGALPPEWR CIVERQFGSM AALVEELVIH ASNRREAGWT WLVYDAQQAG E RPLLVVNM ...文字列:
MLRRTVTSLR NARELHRLLP ALLPLLDPPV PTGASVCAAH LIVATGHVSK QREPHMSNCP VLERKIPLSE IASDDNFLKH PCVPCLKHR INFLASEDFC YDFVERCGCG TDGALPPEWR CIVERQFGSM AALVEELVIH ASNRREAGWT WLVYDAQQAG E RPLLVVNM PAQRSPLLLG LWPLAVVNVT EAVLVEAVRA ESSGSVAAAP PPPWCRAARA SLYDTKAAAE AFAMTAPMSE GV GKKLSEI REKVARDAVS RMNWGFILQQ LKKAETYYAS SDRGEKIRVH RMKLEREAVT KAMSGLRDSG ATFLTHDTVE VTT TPSANS EPSSPERVPG VQAKQPQTEG MDPCKNKASA EPDPKCTQLP DGTWQYSYRN GDVTLLKPDG TRVFRKRELT TTAY PDGSM LFQYANNTSI LDRADGVRVT TFEDGTTKEE MIRR

+
分子 #36: mS47

分子名称: mS47 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 137.935 KDa
配列文字列: MERRRLLHDG RWFTPCVLYG SARRGLKTLD VREYRPLAMP IEFRFYQRYA NHPNRQSGIQ FLTHYNTHQR FRVNKDYIDY MHWGKEQGQ ARLPHRHQRV AFDFNDQLHP TRIGTPEDGG NANHCYPEDG EDGSYAWFAS QDPTFGHHPD LSSSFDPNYR V FSHPEHWN ...文字列:
MERRRLLHDG RWFTPCVLYG SARRGLKTLD VREYRPLAMP IEFRFYQRYA NHPNRQSGIQ FLTHYNTHQR FRVNKDYIDY MHWGKEQGQ ARLPHRHQRV AFDFNDQLHP TRIGTPEDGG NANHCYPEDG EDGSYAWFAS QDPTFGHHPD LSSSFDPNYR V FSHPEHWN KMFTKRRPGE GDIDLSVLPS RSLLGPLMAH SDTKGIPYFK VDNRGHSNGR VPGVNAPFFG EFDQKMMQAM SR PLNANRT ITGNDGRFSK TIMINEPQCN QALSAKTASE LSKEIDKATN AVYSKLSVLE AAQSGLTDYF CGGLNFEIVG FEL HMAAML RERAAAILER SGAGGLPSAS SATLSSSSTT RRCAMLLEKA DEREVNKLLR DASRYEDRVD DALRQHASLI WRVY TAPRP LMTLTNGKCR GTGCGLSLFA KYCALKDSSE FIFDGPNVGI TPYGGMTRLL ARPETSLKYP GLAEFVVLTG ASLFA GDAL RLGWTDLFTT IPDMTYHIKE WFDTTEHMHN DAVAWQLGHL LETCFKMKES HSSAMERAAI TPTRARWVED AFADQP SVN DIMRTLTEIE QLPFQSTHNT SDESHITPYT LGSVAAGVQR LGEHRLRYTL SPWDITPPED SVVLKHTSEM FRAYVLE RR GATDVVTHRD AERAAAWSQQ RQREYDAYCS LKEAPHPRHV YARLEGCEGK IVSFEFVFEI SCRRSGPQGT DEVLQTTT I SRLKSRILDA LGMPRDRNID LGWYLPTLDT CPIHSDEELM QVLHTDPGIE DPKEKLRYPP IYFIVKRCTL YFSEWAYAV KHQLLLQSPF ALRAAFGLLQ EVRGDGAAEN VMPLAETLGT EFKYFTRLMR RPDFYRVGVH TDKSVEKWEE IKEERRHNIH HTHRPTRPL PDFEEVFERD VEIDGHRFVL RPRWNPRTLQ DVDDSDILRL RAPLTYDMDS TAALHVPTHC GKASRLAGML Q DAGGVQVL DGLGEVDDKG EPKVPPLQSN ASVPTNVSFY EMARHPWEDR ASSWRRDGFT EGSLEYFESQ YRSAERAVYD EE GRGVRNY WPSRDAVEGI AQEEENDAQL LQERLFNTLE TAGTSVEPWA RNLRLNATTG KFGYKTEIAT QEEKIYDDEY YRW FIQPGR HPNPSGLTLN GRKGQFEEGH SRDEELERMW RKVVADGNND FAATTSGMPV YDEDAKNAED SYAAGDDVDV VTTD ANVPV DGDDSS

+
分子 #38: Unknown protein

分子名称: Unknown protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / 詳細: unassigned UNK residues / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 2.74137 KDa
配列文字列:
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分子 #39: Unknown protein

分子名称: Unknown protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / 詳細: unassigned UNK residues / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 698.854 Da
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #40: Unknown protein

分子名称: Unknown protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 4.613678 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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+
分子 #41: Unknown protein

分子名称: Unknown protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / 詳細: unassigned UNK residues / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 3.762629 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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分子 #37: 9S rRNA

分子名称: 9S rRNA / タイプ: rna / ID: 37 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
分子量理論値: 198.481422 KDa
配列文字列: UAAAUUAUGG UCAAUUGUUA GUAUUCAUAU UAAUUUUUUU AAAUGUUUUA UCAUUUUAUA AAGGUUUAUU UUUGAAAGAU UUUUUGUAU AAAAUUUUAG GAAUAGUUAA UAAUAAUUUA UAAUUUUGAU UAGAUUGUUU UGUUAAUGCU AUUAGAUGGG U GUGGAAAA ...文字列:
UAAAUUAUGG UCAAUUGUUA GUAUUCAUAU UAAUUUUUUU AAAUGUUUUA UCAUUUUAUA AAGGUUUAUU UUUGAAAGAU UUUUUGUAU AAAAUUUUAG GAAUAGUUAA UAAUAAUUUA UAAUUUUGAU UAGAUUGUUU UGUUAAUGCU AUUAGAUGGG U GUGGAAAA AUAAAAAAAA UAAUUAAUAU AUAUCAAUAA UAAAUUAAAU UAAUCUAUUA GUCAGAAAUG GAUGCCAGCC GU UGCGGUA AUUUCUAUGC UUUUAAAUAU UAUACAAUUA UCAUAUUAAA UUGUUAAGUG UUGAUUUAAC CAAUAAAAAU AUA AAUAAU UUUUAUUUGU UUUUAAACAC CAUUAGGUAU AUGCAAAUAU AAAAUUAUAG UAAUUAUAAA UUAUAUUAUA UUAU AUUUA UUCAUAUAAU UAAUAGGAUA AUAUUUGUAG UUUUUGAUAC CAUGAUAAGG AUUAUAAAUU GAAAGUGGUA AUAUC AUAA UCAAAAUUUA UUAUUUAUAU UAAAUAUGUA UGUGUAGAUA AAAUAAGAAA UUAAAAAGGU AUUGUUGCCC ACCAAU UUU UAUAAUAAAA AUAACGUGCA GUAAUUAAUA UAUUUAUAAA AAUAUAUUUU UUUUUUUU

+
分子 #42: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 42 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #43: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 43 / コピー数: 36 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #44: SPERMIDINE

分子名称: SPERMIDINE / タイプ: ligand / ID: 44 / コピー数: 2 / 式: SPD
分子量理論値: 145.246 Da
Chemical component information

ChemComp-SPD:
SPERMIDINE / スペルミジン / スペルミジン

+
分子 #45: SPERMINE

分子名称: SPERMINE / タイプ: ligand / ID: 45 / コピー数: 1 / 式: SPM
分子量理論値: 202.34 Da
Chemical component information

ChemComp-SPM:
SPERMINE / スペルミン / スペルミン

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 98 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: initial model from 2D class averages in EMAN
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 31911

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原子モデル構築 1

詳細We used Coot and O for initial model building and refined the structure using Phenix
精密化プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 41.4
得られたモデル

PDB-6hiy:
Cryo-EM structure of the Trypanosoma brucei mitochondrial ribosome - This entry contains the body of the small mitoribosomal subunit in complex with mt-IF-3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る