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万見
- EMDB-0153: RELION-3.0 reconstruction of beta-galactosidase particles in EMPI... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0153
タイトルRELION-3.0 reconstruction of beta-galactosidase particles in EMPIAR-10061
マップデータPostprocessed map. After postprocessing, the map was flipped to get the correct hand.
試料
  • 複合体: Escherichia coli beta-galactosidase bound to phenylethyl beta-D-thiogalactopyranoside (PETG)
    • タンパク質・ペプチド: Escherichia coli beta-galactosidase bound to phenylethyl beta-D-thiogalactopyranoside (PETG)
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Zivanov J / Nakane T / Scheres SHW
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_UP_A025_1013 英国
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: 2.2 Å resolution cryo-EM structure of β-galactosidase in complex with a cell-permeant inhibitor.
著者: Alberto Bartesaghi / Alan Merk / Soojay Banerjee / Doreen Matthies / Xiongwu Wu / Jacqueline L S Milne / Sriram Subramaniam /
要旨: Cryo-electron microscopy (cryo-EM) is rapidly emerging as a powerful tool for protein structure determination at high resolution. Here we report the structure of a complex between Escherichia coli β- ...Cryo-electron microscopy (cryo-EM) is rapidly emerging as a powerful tool for protein structure determination at high resolution. Here we report the structure of a complex between Escherichia coli β-galactosidase and the cell-permeant inhibitor phenylethyl β-D-thiogalactopyranoside (PETG), determined by cryo-EM at an average resolution of ~2.2 angstroms (Å). Besides the PETG ligand, we identified densities in the map for ~800 water molecules and for magnesium and sodium ions. Although it is likely that continued advances in detector technology may further enhance resolution, our findings demonstrate that preparation of specimens of adequate quality and intrinsic protein flexibility, rather than imaging or image-processing technologies, now represent the major bottlenecks to routinely achieving resolutions close to 2 Å using single-particle cryo-EM.
履歴
登録2018年7月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年10月24日-
マップ公開2018年12月26日-
更新2021年4月28日-
現状2021年4月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.021
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.021
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0153.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0153.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Postprocessed map. After postprocessing, the map was flipped to get the correct hand.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.637 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.021 / ムービー #1: 0.021
最小 - 最大-0.06469211 - 0.12928325
平均 (標準偏差)-5.9097265e-06 (±0.004778923)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 286.65002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.6370.6370.637
M x/y/z450450450
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z286.650286.650286.650
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS450450450
D min/max/mean-0.0650.129-0.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_0153_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Unfiltered half map 2. Since the refinement was...

ファイルemd_0153_half_map_1.map
注釈Unfiltered half map 2. Since the refinement was performed in the opposite hand, the half map was flipped before deposition.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Unfiltered half map 1. Since the refinement was...

ファイルemd_0153_half_map_2.map
注釈Unfiltered half map 1. Since the refinement was performed in the opposite hand, the half map was flipped before deposition.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Escherichia coli beta-galactosidase bound to phenylethyl beta-D-t...

全体名称: Escherichia coli beta-galactosidase bound to phenylethyl beta-D-thiogalactopyranoside (PETG)
要素
  • 複合体: Escherichia coli beta-galactosidase bound to phenylethyl beta-D-thiogalactopyranoside (PETG)
    • タンパク質・ペプチド: Escherichia coli beta-galactosidase bound to phenylethyl beta-D-thiogalactopyranoside (PETG)

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超分子 #1: Escherichia coli beta-galactosidase bound to phenylethyl beta-D-t...

超分子名称: Escherichia coli beta-galactosidase bound to phenylethyl beta-D-thiogalactopyranoside (PETG)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 細胞中の位置: cytoplasm
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 465 KDa

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分子 #1: Escherichia coli beta-galactosidase bound to phenylethyl beta-D-t...

分子名称: Escherichia coli beta-galactosidase bound to phenylethyl beta-D-thiogalactopyranoside (PETG)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: beta-galactosidase
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MITDSLAVVL QRRDWENPGV TQLNRLAAHP PFASWRNSEE ARTDRPSQQL RSLNGEWRFA WFPAPEAVPE SWLECDLPEA DTVVVPSNW QMHGYDAPIY TNVTYPITVN PPFVPTENPT GCYSLTFNVD ESWLQEGQTR IIFDGVNSAF HLWCNGRWVG Y GQDSRLPS ...文字列:
MITDSLAVVL QRRDWENPGV TQLNRLAAHP PFASWRNSEE ARTDRPSQQL RSLNGEWRFA WFPAPEAVPE SWLECDLPEA DTVVVPSNW QMHGYDAPIY TNVTYPITVN PPFVPTENPT GCYSLTFNVD ESWLQEGQTR IIFDGVNSAF HLWCNGRWVG Y GQDSRLPS EFDLSAFLRA GENRLAVMVL RWSDGSYLED QDMWRMSGIF RDVSLLHKPT TQISDFHVAT RFNDDFSRAV LE AEVQMCG ELRDYLRVTV SLWQGETQVA SGTAPFGGEI IDERGGYADR VTLRLNVENP KLWSAEIPNL YRAVVELHTA DGT LIEAEA CDVGFREVRI ENGLLLLNGK PLLIRGVNRH EHHPLHGQVM DEQTMVQDIL LMKQNNFNAV RCSHYPNHPL WYTL CDRYG LYVVDEANIE THGMVPMNRL TDDPRWLPAM SERVTRMVQR DRNHPSVIIW SLGNESGHGA NHDALYRWIK SVDPS RPVQ YEGGGADTTA TDIICPMYAR VDEDQPFPAV PKWSIKKWLS LPGETRPLIL CEYAHAMGNS LGGFAKYWQA FRQYPR LQG GFVWDWVDQS LIKYDENGNP WSAYGGDFGD TPNDRQFCMN GLVFADRTPH PALTEAKHQQ QFFQFRLSGQ TIEVTSE YL FRHSDNELLH WMVALDGKPL ASGEVPLDVA PQGKQLIELP ELPQPESAGQ LWLTVRVVQP NATAWSEAGH ISAWQQWR L AENLSVTLPA ASHAIPHLTT SEMDFCIELG NKRWQFNRQS GFLSQMWIGD KKQLLTPLRD QFTRAPLDND IGVSEATRI DPNAWVERWK AAGHYQAEAA LLQCTADTLA DAVLITTAHA WQHQGKTLFI SRKTYRIDGS GQMAITVDVE VASDTPHPAR IGLNCQLAQ VAERVNWLGL GPQENYPDRL TAACFDRWDL PLSDMYTPYV FPSENGLRCG TRELNYGPHQ WRGDFQFNIS R YSQQQLME TSHRHLLHAE EGTWLNIDGF HMGIGGDDSW SPSVSAEFQL SAGRYHYQLV WCQK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.3 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 90.15 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: Blot for 2 seconds before plunging..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 215000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 215000
温度最低: 79.6 K / 最高: 79.8 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7676 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7420 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-38 / 実像数: 1487 / 平均電子線量: 44.84 e/Å2
詳細: The pixel size is 0.3185 A / super-resolution pixel.
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 229553
CTF補正ソフトウェア:
名称詳細
CTFFIND (ver. 4.1.1.0)
RELION (ver. 3.0)CTF refinement

詳細: Standard CTF correction inside RELION's reconstruction.
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 詳細: RELION SGD
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 134900
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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