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- EMDB-0152: RELION-3.0 reconstruction of influenza hemagglutinin (HA) trimer ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0152
タイトルRELION-3.0 reconstruction of influenza hemagglutinin (HA) trimer using particles from micrographs tilted at 40 degrees in EMPIAR-10097
マップデータpostprocessed map
試料
  • 複合体: Influenza hemagglutinin (HA) trimer
    • タンパク質・ペプチド: Influenza hemagglutinin HA1 chain A/Hong Kong/1/1968 H3N2
    • タンパク質・ペプチド: Influenza hemagglutinin HA2 chain A/Hong Kong/1/1968 H3N2
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Zivanov J / Nakane T / Scheres SHW
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number
Medical Research Council (United Kingdom)MC_UP_A025_1013 英国
引用ジャーナル: Nat Methods / : 2017
タイトル: Addressing preferred specimen orientation in single-particle cryo-EM through tilting.
著者: Yong Zi Tan / Philip R Baldwin / Joseph H Davis / James R Williamson / Clinton S Potter / Bridget Carragher / Dmitry Lyumkis /
要旨: We present a strategy for tackling preferred specimen orientation in single-particle cryogenic electron microscopy by employing tilts during data collection. We also describe a tool to quantify the ...We present a strategy for tackling preferred specimen orientation in single-particle cryogenic electron microscopy by employing tilts during data collection. We also describe a tool to quantify the resulting directional resolution using 3D Fourier shell correlation volumes. We applied these methods to determine the structures at near-atomic resolution of the influenza hemagglutinin trimer, which adopts a highly preferred specimen orientation, and of ribosomal biogenesis intermediates, which adopt moderately preferred orientations.
履歴
登録2018年7月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年8月8日-
マップ公開2018年8月8日-
更新2021年4月28日-
現状2021年4月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.078
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(円筒半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.078
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0152.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 38.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈postprocessed map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.31 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.078 / ムービー #1: 0.078
最小 - 最大-0.30286443 - 0.39587775
平均 (標準偏差)5.9126514e-06 (±0.0112498915)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ216216216
Spacing216216216
セルA=B=C: 282.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.311.311.31
M x/y/z216216216
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z282.960282.960282.960
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS216216216
D min/max/mean-0.3030.3960.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_0152_msk_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: unfiltered half map 1

ファイルemd_0152_half_map_1.map
注釈unfiltered half map 1
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: unfiltered half map 2

ファイルemd_0152_half_map_2.map
注釈unfiltered half map 2
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : Influenza hemagglutinin (HA) trimer

全体名称: Influenza hemagglutinin (HA) trimer
要素
  • 複合体: Influenza hemagglutinin (HA) trimer
    • タンパク質・ペプチド: Influenza hemagglutinin HA1 chain A/Hong Kong/1/1968 H3N2
    • タンパク質・ペプチド: Influenza hemagglutinin HA2 chain A/Hong Kong/1/1968 H3N2

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超分子 #1: Influenza hemagglutinin (HA) trimer

超分子名称: Influenza hemagglutinin (HA) trimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 150 KDa

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分子 #1: Influenza hemagglutinin HA1 chain A/Hong Kong/1/1968 H3N2

分子名称: Influenza hemagglutinin HA1 chain A/Hong Kong/1/1968 H3N2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / : HEK293
配列文字列: ADPGATLCLG HHAVPNGTLV KTITDDQIEV TNATELVQSS STGKICNNPH RILDGIDCTL IDALLGDPHC DVFQNETWDL FVERSKAFS NCYPYDVPDY ASLRSLVASS GTLEFITEGF TWTGVTQNGG SNACKRGPGS GFFSRLNWLT KSGSTYPVLN V TMPNNDNF ...文字列:
ADPGATLCLG HHAVPNGTLV KTITDDQIEV TNATELVQSS STGKICNNPH RILDGIDCTL IDALLGDPHC DVFQNETWDL FVERSKAFS NCYPYDVPDY ASLRSLVASS GTLEFITEGF TWTGVTQNGG SNACKRGPGS GFFSRLNWLT KSGSTYPVLN V TMPNNDNF DKLYIWGVHH PSTNQEQTSL YVQASGRVTV STRRSQQTII PNIGSRPWVR GLSSRISIYW TIVKPGDVLV IN SNGNLIA PRGYFKMRTG KSSIMRSDAP IDTCISECIT PNGSIPNDKP FQNVNKITYG ACPKYVKQNT LKLATGMRNV PEK QTR

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分子 #2: Influenza hemagglutinin HA2 chain A/Hong Kong/1/1968 H3N2

分子名称: Influenza hemagglutinin HA2 chain A/Hong Kong/1/1968 H3N2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / : HEK293
配列文字列:
GLFGAIAGF IENGWEGMID GWYGFRHQNS EGTGQAADLK STQAAIDQIN GKLNRVIEKT NEKFHQIEKE FSEVEGRIQD L EKYVEDTK IDLWSYNAEL LVALENQHTI DLTDSEMNKL FEKTGRQLRE NAEDMGNGCF KIYHKCDNAC IESIRNGTYD HD VYRDEAL NNRFQIK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.75 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS Buffer
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3
詳細: 3 microliters of 0.75 mg/mL sample was added to a plasma-cleaned (Gatan Solarus) 1.2-micron-hole, 1.3-micron-spacing holey gold grid (made in-house) and plunge-frozen in liquid ethane using ...詳細: 3 microliters of 0.75 mg/mL sample was added to a plasma-cleaned (Gatan Solarus) 1.2-micron-hole, 1.3-micron-spacing holey gold grid (made in-house) and plunge-frozen in liquid ethane using the Cryoplunge 3 system (Gatan) operating at 80% humidity, 298K ambient temperature..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率(補正後): 38167 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
詳細In order to account for highly preferred orientations of the specimen, data were acquired using tilts of 40 degrees.
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-100 / 平均電子線量: 82.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 608919
CTF補正ソフトウェア:
名称詳細
CTFFIND (ver. 4.1.10)For initial estimation
RELION (ver. 3.0)CTF refinement

詳細: Standard CTF correction inside RELION's reconstruction.
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 詳細: RELION SGD
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 151596
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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