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万見
- EMDB-0149: PTC3 holotoxin complex from Photorhabdus luminecens in prepore st... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0149
タイトルPTC3 holotoxin complex from Photorhabdus luminecens in prepore state (TcdA1, TcdB2, TccC3)
マップデータPhotorhabdus luminescens ABC holotoxin Volume is filtered according to its local resolution
試料
  • 複合体: PTC3 holotoxin complex in prepore state (5 x TcdA1, 1 x TcdB2, 1 x TccC3)
    • 複合体: TcdA1
      • タンパク質・ペプチド: TcdA1
    • 複合体: TcdB2/TccC3
      • タンパク質・ペプチド: TcdB2,TccC3
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region / identical protein binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Insecticide toxin TcdB middle/C-terminal / Insecticide toxin TcdB middle/N-terminal / Insecticide toxin TcdB middle/C-terminal region / Insecticide toxin TcdB middle/N-terminal region / Salmonella virulence plasmid 65kDa B protein / Salmonella virulence plasmid 65kDa B protein / Toxin complex C-like repeat / Tripartite Tc toxins repeat / ABC toxin, N-terminal domain / ABC toxin N-terminal region ...Insecticide toxin TcdB middle/C-terminal / Insecticide toxin TcdB middle/N-terminal / Insecticide toxin TcdB middle/C-terminal region / Insecticide toxin TcdB middle/N-terminal region / Salmonella virulence plasmid 65kDa B protein / Salmonella virulence plasmid 65kDa B protein / Toxin complex C-like repeat / Tripartite Tc toxins repeat / ABC toxin, N-terminal domain / ABC toxin N-terminal region / TcA receptor binding domain / TcA receptor binding domain / Insecticidal toxin complex/plasmid virulence protein / Tc toxin complex TcA, C-terminal TcB-binding domain / Neuraminidase-like domain / Salmonella virulence plasmid 28.1kDa A protein / Tc toxin complex TcA C-terminal TcB-binding domain / Neuraminidase-like domain / Rhs repeat-associated core / Integrin alpha, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
TccC3 / TcdB2 / TcdA1
類似検索 - 構成要素
生物種Photorhabdus luminescens (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.95 Å
データ登録者Gatsogiannis C / Merino F / Roderer D / Balchin D / Schubert E / Kuhlee A / Hayer-Hartl M / Raunser S
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Tc toxin activation requires unfolding and refolding of a β-propeller.
著者: Christos Gatsogiannis / Felipe Merino / Daniel Roderer / David Balchin / Evelyn Schubert / Anne Kuhlee / Manajit Hayer-Hartl / Stefan Raunser /
要旨: Tc toxins secrete toxic enzymes into host cells using a unique syringe-like injection mechanism. They are composed of three subunits, TcA, TcB and TcC. TcA forms the translocation channel and the TcB- ...Tc toxins secrete toxic enzymes into host cells using a unique syringe-like injection mechanism. They are composed of three subunits, TcA, TcB and TcC. TcA forms the translocation channel and the TcB-TcC heterodimer functions as a cocoon that shields the toxic enzyme. Binding of the cocoon to the channel triggers opening of the cocoon and translocation of the toxic enzyme into the channel. Here we show in atomic detail how the assembly of the three components activates the toxin. We find that part of the cocoon completely unfolds and refolds into an alternative conformation upon binding. The presence of the toxic enzyme inside the cocoon is essential for its subnanomolar binding affinity for the TcA subunit. The enzyme passes through a narrow negatively charged constriction site inside the cocoon, probably acting as an extruder that releases the unfolded protein with its C terminus first into the translocation channel.
履歴
登録2018年7月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年9月5日-
マップ公開2018年10月3日-
更新2018年11月14日-
現状2018年11月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6h6e
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0149.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0149.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Photorhabdus luminescens ABC holotoxin Volume is filtered according to its local resolution
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.14 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.13690102 - 0.12409625
平均 (標準偏差)0.00017070811 (±0.0030184903)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 547.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.141.141.14
M x/y/z480480480
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z547.200547.200547.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS480480480
D min/max/mean-0.1370.1240.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : PTC3 holotoxin complex in prepore state (5 x TcdA1, 1 x TcdB2, 1 ...

全体名称: PTC3 holotoxin complex in prepore state (5 x TcdA1, 1 x TcdB2, 1 x TccC3)
要素
  • 複合体: PTC3 holotoxin complex in prepore state (5 x TcdA1, 1 x TcdB2, 1 x TccC3)
    • 複合体: TcdA1
      • タンパク質・ペプチド: TcdA1
    • 複合体: TcdB2/TccC3
      • タンパク質・ペプチド: TcdB2,TccC3

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超分子 #1: PTC3 holotoxin complex in prepore state (5 x TcdA1, 1 x TcdB2, 1 ...

超分子名称: PTC3 holotoxin complex in prepore state (5 x TcdA1, 1 x TcdB2, 1 x TccC3)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #2: TcdA1

超分子名称: TcdA1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 / 詳細: 5 TcdA1 subunits in the holotoxin complex
由来(天然)生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #3: TcdB2/TccC3

超分子名称: TcdB2/TccC3 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 / 詳細: 1 TcdB2/TccC3 monomer in the holotoxin complex
由来(天然)生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: TcdA1

分子名称: TcdA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア)
分子量理論値: 283.229406 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MNESVKEIPD VLKSQCGFNC LTDISHSSFN EFRQQVSEHL SWSETHDLYH DAQQAQKDNR LYEARILKRA NPQLQNAVHL AILAPNAEL IGYNNQFSGR ASQYVAPGTV SSMFSPAAYL TELYREARNL HASDSVYYLD TRRPDLKSMA LSQQNMDIEL S TLSLSNEL ...文字列:
MNESVKEIPD VLKSQCGFNC LTDISHSSFN EFRQQVSEHL SWSETHDLYH DAQQAQKDNR LYEARILKRA NPQLQNAVHL AILAPNAEL IGYNNQFSGR ASQYVAPGTV SSMFSPAAYL TELYREARNL HASDSVYYLD TRRPDLKSMA LSQQNMDIEL S TLSLSNEL LLESIKTESK LENYTKVMEM LSTFRPSGAT PYHDAYENVR EVIQLQDPGL EQLNASPAIA GLMHQASLLG IN ASISPEL FNILTEEITE GNAEELYKKN FGNIEPASLA MPEYLKRYYN LSDEELSQFI GKASNFGQQE YSNNQLITPV VNS SDGTVK VYRITREYTT NAYQMDVELF PFGGENYRLD YKFKNFYNAS YLSIKLNDKR ELVRTEGAPQ VNIEYSANIT LNTA DISQP FEIGLTRVLP SGSWAYAAAK FTVEEYNQYS FLLKLNKAIR LSRATELSPT ILEGIVRSVN LQLDINTDVL GKVFL TKYY MQRYAIHAET ALILCNAPIS QRSYDNQPSQ FDRLFNTPLL NGQYFSTGDE EIDLNSGSTG DWRKTILKRA FNIDDV SLF RLLKITDHDN KDGKIKNNLK NLSNLYIGKL LADIHQLTID ELDLLLIAVG EGKTNLSAIS DKQLATLIRK LNTITSW LH TQKWSVFQLF IMTSTSYNKT LTPEIKNLLD TVYHGLQGFD KDKADLLHVM APYIAATLQL SSENVAHSVL LWADKLQP G DGAMTAEKFW DWLNTKYTPG SSEAVETQEH IVQYCQALAQ LEMVYHSTGI NENAFRLFVT KPEMFGAATG AAPAHDALS LIMLTRFADW VNALGEKASS VLAAFEANSL TAEQLADAMN LDANLLLQAS IQAQNHQHLP PVTPENAFSC WTSINTILQW VNVAQQLNV APQGVSALVG LDYIQSMKET PTYAQWENAA GVLTAGLNSQ QANTLHAFLD ESRSAALSTY YIRQVAKAAA A IKSRDDLY QYLLIDNQVS AAIKTTRIAE AIASIQLYVN RALENVEENA NSGVISRQFF IDWDKYNKRY STWAGVSQLV YY PENYIDP TMRIGQTKMM DALLQSVSQS QLNADTVEDA FMSYLTSFEQ VANLKVISAY HDNINNDQGL TYFIGLSETD AGE YYWRSV DHSKFNDGKF AANAWSEWHK IDCPINPYKS TIRPVIYKSR LYLLWLEQKE ITKQTGNSKD GYQTETDYRY ELKL AHIRY DGTWNTPITF DVNKKISELK LEKNRAPGLY CAGYQGEDTL LVMFYNQQDT LDSYKNASMQ GLYIFADMAS KDMTP EQSN VYRDNSYQQF DTNNVRRVNN RYAEDYEIPS SVSSRKDYGW GDYYLSMVYN GDIPTINYKA ASSDLKIYIS PKLRII HNG YEGQKRNQCN LMNKYGKLGD KFIVYTSLGV NPNNSSNKLM FYPVYQYSGN TSGLNQGRLL FHRDTTYPSK VEAWIPG AK RSLTNQNAAI GDDYATDSLN KPDDLKQYIF MTDSKGTATD VSGPVEINTA ISPAKVQIIV KAGGKEQTFT ADKDVSIQ P SPSFDEMNYQ FNALEIDGSG LNFINNSASI DVTFTAFAED GRKLGYESFS IPVTLKVSTD NALTLHHNEN GAQYMQWQS YRTRLNTLFA RQLVARATTG IDTILSMETQ NIQEPQLGKG FYATFVIPPY NLSTHGDERW FKLYIKHVVD NNSHIIYSGQ LTDTNINIT LFIPLDDVPL NQDYHAKVYM TFKKSPSDGT WWGPHFVRDD KGIVTINPKS ILTHFESVNV LNNISSEPMD F SGANSLYF WELFYYTPML VAQRLLHEQN FDEANRWLKY VWSPSGYIVH GQIQNYQWNV RPLLEDTSWN SDPLDSVDPD AV AQHDPMH YKVSTFMRTL DLLIARGDHA YRQLERDTLN EAKMWYMQAL HLLGDKPYLP LSTTWSDPRL DRAADITTQN AHD SAIVAL RQNIPTPAPL SLRSANTLTD LFLPQINEVM MNYWQTLAQR VYNLRHNLSI DGQPLYLPIY ATPADPKALL SAAV ATSQG GGKLPESFMS LWRFPHMLEN ARGMVSQLTQ FGSTLQNIIE RQDAEALNAL LQNQAAELIL TNLSIQDKTI EELDA EKTV LEKSKAGAQS RFDSYGKLYD ENINAGENQA MTLRASAAGL TTAVQASRLA GAAADLVPNI FGFAGGGSRW GAIAEA TGY VMEFSANVMN TEADKISQSE TYRRRRQEWE IQRNNAEAEL KQIDAQLKSL AVRREAAVLQ KTSLKTQQEQ TQSQLAF LQ RKFSNQALYN WLRGRLAAIY FQFYDLAVAR CLMAEQAYRW ELNDDSARFI KPGAWQGTYA GLLAGETLML SLAQMEDA H LKRDKRALEV ERTVSLAEVY AGLPKDNGPF SLAQEIDKLV SQGSGSAGSG NNNLAFGAGT DTKTSLQASV SFADLKIRE DYPASLGKIR RIKQISVTLP ALLGPYQDVQ AILSYGDKAG LANGCEALAV SHGMNDSGQF QLDFNDGKFL PFEGIAIDQG TLTLSFPNA SMPEKGKQAT MLKTLNDIIL HIRYTIK

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分子 #2: TcdB2,TccC3

分子名称: TcdB2,TccC3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア)
分子量理論値: 273.678656 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MQNSQDFSIT ELSLPKGGGA ITGMGEALTP TGPDGMAALS LPLPISAGRG YAPAFTLNYN SGAGNSPFGL GWDCNVMTIR RRTHFGVPH YDETDTFLGP EGEVLVVADQ PRDESTLQGI NLGATFTVTG YRSRLESHFS RLEYWQPKTT GKTDFWLIYS P DGQVHLLG ...文字列:
MQNSQDFSIT ELSLPKGGGA ITGMGEALTP TGPDGMAALS LPLPISAGRG YAPAFTLNYN SGAGNSPFGL GWDCNVMTIR RRTHFGVPH YDETDTFLGP EGEVLVVADQ PRDESTLQGI NLGATFTVTG YRSRLESHFS RLEYWQPKTT GKTDFWLIYS P DGQVHLLG KSPQARISNP SQTTQTAQWL LEASVSSRGE QIYYQYRAED DTGCEADEIT HHLQATAQRY LHIVYYGNRT AS ETLPGLD GSAPSQADWL FYLVFDYGER SNNLKTPPAF STTGSWLCRQ DRFSRYEYGF EIRTRRLCRQ VLMYHHLQAL DSK ITEHNG PTLVSRLILN YDESAIASTL VFVRRVGHEQ DGNVVTLPPL ELAYQDFSPR HHAHWQPMDV LANFNAIQRW QLVD LKGEG LPGLLYQDKG AWWYRSAQRL GEIGSDAVTW EKMQPLSVIP SLQSNASLVD INGDGQLDWV ITGPGLRGYH SQRPD GSWT RFTPLNALPV EYTHPRAQLA DLMGAGLSDL VLIGPKSVRL YANTRDGFAK GKDVVQSGDI TLPVPGADPR KLVAFS DVL GSGQAHLVEV SATKVTCWPN LGRGRFGQPI TLPGFSQPAT EFNPAQVYLA DLDGSGPTDL IYVHTNRLDI FLNKSGN GF AEPVTLRFPE GLRFDHTCQL QMADVQGLGV ASLILSVPHM SPHHWRCDLT NMKPWLLNEM NNNMGVHHTL RYRSSSQF W LDEKAAALTT GQTPVCYLPF PIHTLWQTET EDEISGNKLV TTLRYARGAW DGREREFRGF GYVEQTDSHQ LAQGNAPER TPPALTKNWY ATGLPVIDNA LSTEYWRDDQ AFAGFSPRFT TWQDNKDVPL TPEDDNSRYW FNRALKGQLL RSELYGLDDS TNKHVPYTV TEFRSQVRRL QHTDSRYPVL WSSVVESRNY HYERIASDPQ CSQNITLSSD RFGQPLKQLS VQYPRRQQPA I NLYPDTLP DKLLANSYDD QQRQLRLTYQ QSSWHHLTNN TVRVLGLPDS TRSDIFTYGA ENVPAGGLNL ELLSDKNSLI AD DKPREYL GQQKTAYTDG QNTTPLQTPT RQALIAFTET TVFNQSTLSA FNGSIPSDKL STTLEQAGYQ QTNYLFPRTG EDK VWVAHH GYTDYGTAAQ FWRPQKQSNT QLTGKITLIW DANYCVVVQT RDAAGLTTSA KYDWRFLTPV QLTDINDNQH LITL DALGR PITLRFWGTE NGKMTGYSSP EKASFSPPSD VNAAIELKKP LPVAQCQVYA PESWMPVLSQ KTFNRLAEQD WQKLY NARI ITEDGRICTL AYRRWVQSQK AIPQLISLLN NGPRLPPHSL TLTTDRYDHD PEQQIRQQVV FSDGFGRLLQ AAARHE AGM ARQRNEDGSL IINVQHTENR WAVTGRTEYD NKGQPIRTYQ PYFLNDWRYV SNDSARQEKE AYADTHVYDP IGREIKV IT AKGWFRRTLF TPWFTVNEDE NDTAAEVKKV KMMKNIDPKL YQKTPTVSVY DNRGLIIRNI DFHRTTANGD PDTRITRH Q YDIHGHLNQS IDPRLYEAKQ TNNTIKPNFL WQYDLTGNPL CTESIDAGRT VTLNDIEGRP LLTVTATGVI QTRQYETSS LPGRLLSVAE QTPEEKTSRI TERLIWAGNT EAEKDHNLAG QCVRHYDTAG VTRLESLSLT GTVLSQSSQL LIDTQEANWT GDNETVWQN MLADDIYTTL STFDATGALL TQTDAKGNIQ RLAYDVAGQL NGSWLTLKGQ TEQVIIKSLT YSAAGQKLRE E HGNDVITE YSYEPETQRL IGIKTRRPSD TKVLQDLRYE YDPVGNVISI RNDAEATRFW HNQKVMPENT YTYDSLYQLI SA TGREMAN IGQQSHQFPS PALPSDNNTY TNYTRTYTYD RGGNLTKIQH SSPATQNNYT TNITVSNRSN RAVLSTLTED PAQ VDALFD AGGHQNTLIS GQNLNWNTRG ELQQVTLVKR DKGANDDREW YRYSGDGRRM LKINEQQASN NAQTQRVTYL PNLE LRLTQ NSTATTEDLQ VITVGEAGRA QVRVLHWESG KPEDIDNNQL RYSYDNLIGS SQLELDSEGQ IISEEEYYPY GGTAL WAAR NQTEASYKTI RYSGKERDAT GLYYYGYRYY QPWIGRWLSS DPAGTIDGLN LYRMVRNNPV TLLDPDGLMP TIAERI AAL KKNKVTDSAP SPANATNVAI NIRPPVAPKP SLPKASTSSQ PTTHPIGAAN IKPTTSGSSI VAPLSPVGNK STSEISL PE SAQSSSSSTT STNLQKKSFT LYRADNRSFE EMQSKFPEGF KAWTPLDTKM ARQFASIFIG QKDTSNLPKE TVKNISTW G AKPKLKDLSN YIKYTKDKST VWVSTAINTE AGGQSSGAPL HKIDMDLYEF AIDGQKLNPL PEGRTKNMVP SLLLDTPQI ETSSIIALNH GPVNDAEISF LTTIPLKNVK PHKR

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式
20.0 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタン
150.0 mMNaCl塩化ナトリウム
0.02 %Tween20
グリッドモデル: C-flat-2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 94 % / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 詳細: blot 3 sec before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 3068 / 平均電子線量: 2.2 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 205336
CTF補正ソフトウェア - 名称: SPHIRE
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

2551

初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: SPHIRE
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: SPHIRE
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: SPHIRE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPHIRE / 使用した粒子像数: 89148

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

1vw1
PDB 未公開エントリ

chain_id: A

4o9x

chain_id: A

1vw1
PDB 未公開エントリ

chain_id: B

1vw1
PDB 未公開エントリ

chain_id: C

1vw1
PDB 未公開エントリ

chain_id: D

1vw1
PDB 未公開エントリ

chain_id: E
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 68.03 / 当てはまり具合の基準: Model to Map FSC
得られたモデル

PDB-6h6e:
PTC3 holotoxin complex from Photorhabdus luminecens in prepore state (TcdA1, TcdB2, TccC3)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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