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- EMDB-0141: Cryo-EM structure of in vitro assembled Measles virus N into nucl... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0141
タイトルCryo-EM structure of in vitro assembled Measles virus N into nucleocapsid-like particles (NCLPs) bound to polyA RNA hexamers.
マップデータCryo-EM map of in vitro assembled Measles virus N into nucleocapsid-like particles (NCLPs) bound to polyA RNA hexamers.
試料
  • 複合体: Measles virus Nucleoprotein assembled into nucleocapsid-like particles (NCLPs) bound to polyA RNA hexamers.
    • 複合体: Measles virus Nucleoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Nucleocapsidカプシド
    • 複合体: polyA RNA
      • RNA: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
機能・相同性Paramyxovirus nucleocapsid protein / Paramyxovirus nucleocapsid protein / helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / structural molecule activity / RNA binding / カプシド
機能・相同性情報
生物種Measles virus (麻疹ウイルス) / synthetic construct (人工物) / Measles morbillivirus (麻疹ウイルス)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Desfosses A / Milles S / Ringkjobing Jensen M / Guseva S / Colletier J / Maurin D / Schoehn G / Gutsche I / Ruigrok R / Blackledge M
資金援助 フランス, 5件
OrganizationGrant number国
European Molecular Biology OrganizationALTF 468-2014 フランス
FRISBIANR-10-INSB-05-02 フランス
GRALANR-10-LABX-49-01 フランス
Fondation Recherche Medicale (FRM)ARF20160936266 フランス
European CommissionEMBOCOFUND2012, GA-2012-600394
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019
タイトル: Assembly and cryo-EM structures of RNA-specific measles virus nucleocapsids provide mechanistic insight into paramyxoviral replication.
著者: Ambroise Desfosses / Sigrid Milles / Malene Ringkjøbing Jensen / Serafima Guseva / Jacques-Philippe Colletier / Damien Maurin / Guy Schoehn / Irina Gutsche / Rob W H Ruigrok / Martin Blackledge /
要旨: Assembly of paramyxoviral nucleocapsids on the RNA genome is an essential step in the viral cycle. The structural basis of this process has remained obscure due to the inability to control ...Assembly of paramyxoviral nucleocapsids on the RNA genome is an essential step in the viral cycle. The structural basis of this process has remained obscure due to the inability to control encapsidation. We used a recently developed approach to assemble measles virus nucleocapsid-like particles on specific sequences of RNA hexamers (poly-Adenine and viral genomic 5') in vitro, and determined their cryoelectron microscopy maps to 3.3-Å resolution. The structures unambiguously determine 5' and 3' binding sites and thereby the binding-register of viral genomic RNA within nucleocapsids. This observation reveals that the 3' end of the genome is largely exposed in fully assembled measles nucleocapsids. In particular, the final three nucleotides of the genome are rendered accessible to the RNA-dependent RNA polymerase complex, possibly enabling efficient RNA processing. The structures also reveal local and global conformational changes in the nucleoprotein upon assembly, in particular involving helix α6 and helix α13 that form edges of the RNA binding groove. Disorder is observed in the bound RNA, localized at one of the two backbone conformational switch sites. The high-resolution structure allowed us to identify putative nucleobase interaction sites in the RNA-binding groove, whose impact on assembly kinetics was measured using real-time NMR. Mutation of one of these sites, R195, whose sidechain stabilizes both backbone and base of a bound nucleic acid, is thereby shown to be essential for nucleocapsid-like particle assembly.
履歴
登録2018年7月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年8月8日-
マップ公開2019年3月13日-
更新2019年12月11日-
現状2019年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6h5q
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6h5q
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0141.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0141.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of in vitro assembled Measles virus N into nucleocapsid-like particles (NCLPs) bound to polyA RNA hexamers.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.816 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.0512 - 0.08295685
平均 (標準偏差)0.00043131955 (±0.0054542553)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-160-160-160
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 261.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8160.8160.816
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z261.120261.120261.120
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-160-160-160
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0510.0830.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Measles virus Nucleoprotein assembled into nucleocapsid-like part...

全体名称: Measles virus Nucleoprotein assembled into nucleocapsid-like particles (NCLPs) bound to polyA RNA hexamers.
要素
  • 複合体: Measles virus Nucleoprotein assembled into nucleocapsid-like particles (NCLPs) bound to polyA RNA hexamers.
    • 複合体: Measles virus Nucleoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Nucleocapsidカプシド
    • 複合体: polyA RNA
      • RNA: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')

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超分子 #1: Measles virus Nucleoprotein assembled into nucleocapsid-like part...

超分子名称: Measles virus Nucleoprotein assembled into nucleocapsid-like particles (NCLPs) bound to polyA RNA hexamers.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: Measles virus Nucleoprotein

超分子名称: Measles virus Nucleoprotein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Measles virus (麻疹ウイルス)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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超分子 #3: polyA RNA

超分子名称: polyA RNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: synthetic construct (人工物)

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分子 #1: Nucleocapsid

分子名称: Nucleocapsid / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Measles morbillivirus (麻疹ウイルス)
分子量理論値: 46.425863 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MATLLRSLAL FKRNKDKPPI TSGSGGAIRG IKHIIIVPIP GDSSITTRSR LLDRLVRLIG NPDVSGPKLT GALIGILSLF VESPGQLIQ RITDDPDVSI RLLEVVQSDQ SQSGLTFASR GTNMEDEADQ YFSHDDPISS DQSRFGWFEN KEISDIEVQD P EGFNMILG ...文字列:
MATLLRSLAL FKRNKDKPPI TSGSGGAIRG IKHIIIVPIP GDSSITTRSR LLDRLVRLIG NPDVSGPKLT GALIGILSLF VESPGQLIQ RITDDPDVSI RLLEVVQSDQ SQSGLTFASR GTNMEDEADQ YFSHDDPISS DQSRFGWFEN KEISDIEVQD P EGFNMILG TILAQIWVLL AKAVTAPDTA ADSELRRWIK YTQQRRVVGE FRLERKWLDV VRNRIAEDLS LRRFMVALIL DI KRTPGNK PRIAEMICDI DTYIVEAGLA SFILTIKFGI ETMYPALGLH EFAGELSTLE SLMNLYQQMG ETAPYMVILE NSI QNKFSA GSYPLLWSYA MGVGVELENS MGGLNFGRSY FDPAYFRLGQ EMVRRSAGKV SSTLASELGI TAEDARLVSE IAMH TTEDK VEHHHHHHHH

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分子 #2: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')

分子名称: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3') / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 1.930277 KDa
配列文字列:
AAAAAA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 6 / 詳細: 50 mM Na-phosphate pH 6, 150 mM NaCl, 2 mM DTT
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.003 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0008 µm / 倍率（公称値）: 23000
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 4000 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4000 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-20 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 186 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Segment selection選択した数: 111582 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

2867

最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 3.920265781 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -29.17105583 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 111582

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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