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万見
- EMDB-0133: Structural snapshots of the Type 9 protein translocon -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0133
タイトルStructural snapshots of the Type 9 protein translocon
マップデータPostprocessed EM map for SprA-PorV-PPI complex
試料
  • 複合体: Complex of SprA, PPI and PorV
    • タンパク質・ペプチド: Protein involved in gliding motility SprA
    • タンパク質・ペプチド: Peptidyl-prolyl cis-trans isomeraseプロリルイソメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: PorV
機能・相同性
機能・相同性情報


プロリルイソメラーゼ / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity
類似検索 - 分子機能
Type IX secretion system protein PorV / : / Type IX secretion system protein PorV / Gliding motility protein SprA N-terminal domain / Cell surface SprA / Motility related/secretion protein / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein involved in gliding motility SprA / プロリルイソメラーゼ / Type IX secretion system protein PorV domain-containing protein / SprA
類似検索 - 構成要素
生物種Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / Cytophaga johnsonae (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Deme JC / Lea SM
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust107929/Z/15/Z 英国
Wellcome Trust100298 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Type 9 secretion system structures reveal a new protein transport mechanism.
著者: Frédéric Lauber / Justin C Deme / Susan M Lea / Ben C Berks /
要旨: The type 9 secretion system (T9SS) is the protein export pathway of bacteria of the Gram-negative Fibrobacteres-Chlorobi-Bacteroidetes superphylum and is an essential determinant of pathogenicity in ...The type 9 secretion system (T9SS) is the protein export pathway of bacteria of the Gram-negative Fibrobacteres-Chlorobi-Bacteroidetes superphylum and is an essential determinant of pathogenicity in severe periodontal disease. The central element of the T9SS is a so-far uncharacterized protein-conducting translocon located in the bacterial outer membrane. Here, using cryo-electron microscopy, we provide structural evidence that the translocon is the T9SS protein SprA. SprA forms an extremely large (36-strand) single polypeptide transmembrane β-barrel. The barrel pore is capped on the extracellular end, but has a lateral opening to the external membrane surface. Structures of SprA bound to different components of the T9SS show that partner proteins control access to the lateral opening and to the periplasmic end of the pore. Our results identify a protein transporter with a distinctive architecture that uses an alternating access mechanism in which the two ends of the protein-conducting channel are open at different times.
履歴
登録2018年7月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年8月22日-
マップ公開2018年11月7日-
更新2019年12月11日-
現状2019年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.072
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.072
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6h3i
  • 表面レベル: 0.072
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0133.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0133.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Postprocessed EM map for SprA-PorV-PPI complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.072 / ムービー #1: 0.072
最小 - 最大-0.11576826 - 0.27992666
平均 (標準偏差)0.0016852955 (±0.013742638)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 246.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.820.820.82
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z246.000246.000246.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.1160.2800.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of SprA, PPI and PorV

全体名称: Complex of SprA, PPI and PorV
要素
  • 複合体: Complex of SprA, PPI and PorV
    • タンパク質・ペプチド: Protein involved in gliding motility SprA
    • タンパク質・ペプチド: Peptidyl-prolyl cis-trans isomeraseプロリルイソメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: PorV

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超分子 #1: Complex of SprA, PPI and PorV

超分子名称: Complex of SprA, PPI and PorV / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 335 KDa

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分子 #1: Protein involved in gliding motility SprA

分子名称: Protein involved in gliding motility SprA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: SprA from flavobacterium johnsoniae uniprot Q5I6C7 fjoh_1653
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cytophaga johnsonae (バクテリア)
分子量理論値: 270.221688 KDa
配列文字列: MRKICIFLLV LFCGNVLRSQ VKPAVQDTTK TQFSVGKMEL ENPPSILSAY KYDPITDRYI YTTSVDGFSI DYPLVLTPKE YEDLLLKES RRDYFRKKMD AIDGKKTGAE AAKKDLLPRY YINSSLFESI FGSNTIDVKP TGSVEMDLGV RYTKQDNPAF S PRNRSSLT ...文字列:
MRKICIFLLV LFCGNVLRSQ VKPAVQDTTK TQFSVGKMEL ENPPSILSAY KYDPITDRYI YTTSVDGFSI DYPLVLTPKE YEDLLLKES RRDYFRKKMD AIDGKKTGAE AAKKDLLPRY YINSSLFESI FGSNTIDVKP TGSVEMDLGV RYTKQDNPAF S PRNRSSLT FDFDQRISMS LMGKIGTRLE VNANYDTQST FAFQNLFKLA YTPSEDDIIQ KVEVGNVSMP LNSTLIRGAQ SL FGVKTQL QFGRTTITGV FSEQKSQTKS VVAENGGTVQ NFDLYALDYD NDRHFFLSQY FRNKYDVSLK NYPFIDSRVQ ITR LEVWVT NKQNRVTTTG GGNNLRNIIA LQDLGEAQVS GVPDNEVVVI SSTAGFFNNP IDSPTSNTNN KYDPATIGQA GSFL NSNIR EIVTAKSGFN NTNVSEATDY SVLENARKLT TNEYTFNPQL GYISLQQRLA NDEILAVAFE YTVGGKVYQV GEFGS DGVD ATVVTGNNSS NQAIITQSLV LKMLKSNLTN VKNPVWNLMM KNVYQIPQAY QIKQDDFRLN ILYTDPSPIN YITPVQ GSS FPPNPAPDSK VEQTPLLNVF NLDRLNYNND PQAGGDGFFD YIPGVTVDVQ NGRVIFTTKE PFGELIFNKL QTGAGES YN DPTTYNANQQ KYVFRNMYRN TQAGALQDSD KNKFLLRGKY KSSGSNGIPI GAFNVPQGSV VVTAAGRVLV EGIDYSVD Y QLGRVQILDP SLQASNTPIE VSLENNSIFG QQTRRFMGFN IEHKISDKFV IGGTYLKMTE RPFTQKSTYG QESVNNTIF GFNGNYSTEV PFLTRLANKL PNIDTDVPSN LSIRGEVAFL RPDAPKASDF QGEATIYVDD FEGSQSTIDM RSAYAWSLAS TPFITSIND NTFNANSNTL EYGFKRAKLS WYTIDPVFYS SKPSGISNDD LSLNTTRRIY SRELYPNTDI AQGQIQVVNT L DLTYYPGE RGPYNNNPSF GASNPSANFG GIMRALNSTN FEQGNVEYIQ FWVLDPYVGN GESPATNAGK IYFNLGEISE DV LKDGRKQ YENGLGPDQV MVNPQPLWGD VPASQSLIYA FDTNPDNRKN QDVGLDGLPS SREGSIYTNY AGEADPAGDD YTY YLNADG GVLERYKNYN GTEGNSAVSI NDPNRGSTTL PDVEDINRDN TMSTINAYYE YSIDVKPGMQ VGENYITDIR EVTN VDLPN GGTTNARWIQ FKIPVSQPQN TIGNITDFRS IRFMRMFMTG FNSQMTVRFG ALDLVRGEWR RYTGTLDAND QNPDD DGVE FDVAAVNIQE NGTKCPVNYV MPPGVQREQL YNNNTVINQN EQALAVRIGG AGLQYQDSRA VFKNVSVDMR QYKKLK MFL HAESLPNQPT LEDDEMVGFI RFGNDFTQNF YQVEIPLKVT KTGGSCSISP DLVWMDDNSI DLALDLLTRM KIKAMSI DI NSSKRDVNGI YYPDNDPDLE GGDGDGKLTL GIKGNPNFGL VRNLMVGVKS RADHKDIKGE VWFNELRLAD LENKGGMA A ILNVDTNMAD FATVSATGRK STIGFGSLEQ GANERDREDV QQYNIVTNLN LGKLLPKKWG INLPFNYAIG EEVITPEYD PFNQDIKLDQ LIRETTDQAE KDNIRTRAID YTKRKSINFI GVRKDRAPEQ KPHVYDIENF TFSQSYNQVE RHDYEVADYE DEQSNSAVN YAYTFQPKEV VPFKSTKFMK KSEYWKLLSD FNFNYLPSNI SFNTNILRQS NRQQFREVEV EGIGLDPLYR R NFAFNYQY GFGFNLTKSL KLNYSATSNN IVRNFLNDDN SPKEDFNIWD DYLDIGTPNQ HAQQLVLNYD IPINKIPIFG FV KASYSYT ADYMWQRSST AFSEYEDPNG TVYDLGNTIQ NSNSNTLTTT LNMNTLYKYL GLTPGAKKTA KPKTAAPPKP GEK IVNTAK PVVSSSPFYD GLIGVLTSIK NVQINYTKNS GTVLPGYTPS VGFLGTSKPS LGFVFGSQDD VRYEAAKRGW LTTY QDFNQ SFTQVSNKLL KVTANIDLLP DLKVDLSMDR SYSENTSEQY SVDPSTNEYK PLSPYTYGMF SISTVMIKTA FSPSD ETQS AAFDDFRSNR LIIANRLAEG HYGSGVAIPR YGDANNPIPA ETDPNYAVYT ANQGYPIGYT KSNQAVLLPA FLAAYT GSD ASSSSTNIFR SFPIPNWSIK YNGLMRYKYF KDKFKRFSLQ HNYRASYTIN QFRSNFDYNS SPKVQDVNTN FYNEIIM SN VNLVEQFSPL IRMDFELKSS LRVLSEIKKD RALSMSFDNN LLTEVKGMEY IIGLGYRFKD VIFSSRLADN PTGIIKSD I NIKADFSLRN NETLVRYLDY DNNQLAAGQN IWSLKLTADY SFSKNLTAIF YYDHSFSKAV ISTSFPLTNI RSGFTLRYN FGN

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分子 #2: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

分子名称: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: プロリルイソメラーゼ
由来(天然)生物種: Cytophaga johnsonae (バクテリア) / 株: ATCC 17061 / DSM 2064 / UW101
分子量理論値: 19.219141 KDa
配列文字列:
MKQLLTALLS LTLFISCSKD KDEVKDYTAE NEKEIVDYLA QNNLTAQRTN SGLYYIITKE GSSESEGENP GEEENTGEGE NTEENENDG HPTLNSNITV IYKGYFTNGK VFDESTEGVS YSLRTLIPGW KEGIPLLKSG GEIQLFVPAH LGYGSNGNKT V PGGAVLIF EITLVSVN

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分子 #3: PorV

分子名称: PorV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cytophaga johnsonae (バクテリア) / 株: ATCC 17061 / DSM 2064 / UW101
分子量理論値: 44.210043 KDa
配列文字列: MKKISLLLIC LLITTFAKAQ DIERPITTGV PFLLVAADAR AAGLGDQGVA TSSDVFSQQW NPAKYAFAED AQGLSISYTP YLTDLANDI SLGQVTYYNK INDRSAFAGS FRYFGFGGIE LRQTGDPNEP TREVNPNEFA LDGSYSLKLS ETFSMAVAAR Y IRSNLKVA ...文字列:
MKKISLLLIC LLITTFAKAQ DIERPITTGV PFLLVAADAR AAGLGDQGVA TSSDVFSQQW NPAKYAFAED AQGLSISYTP YLTDLANDI SLGQVTYYNK INDRSAFAGS FRYFGFGGIE LRQTGDPNEP TREVNPNEFA LDGSYSLKLS ETFSMAVAAR Y IRSNLKVA TEEIDASAAG SFAVDVAGFY QSEEIAYSDF NGRWRAGFNI QNLGPKISYD HDDLSANFLP ANLRVGGGFD FI FDDYNKL GVSLELTKLL VPTPPGPGTP YDANGDGDFT DPGDISQSQA DEANYKKYKD IGWVSGIFKS FGDAPGGFSE ELK EITYSA AAEYMYQDAF AMRLGYYHES PMKGAKQFFS LGAGFKYSMI KVDVSYLFSA SKVKNPLENT LRFSLTFNFG DKYE TY

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 52.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1100000
CTF補正ソフトウェア - 名称: SIMPLE (ver. 2)
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: ab initio from data
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 210000
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: BACKBONE TRACE / 当てはまり具合の基準: Correlation
得られたモデル

PDB-6h3i:
Structural snapshots of the Type 9 protein translocon

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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