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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0130 | |||||||||
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タイトル | Structure of the Macrobrachium rosenbergii Nodavirus | |||||||||
マップデータ | CryoEM reconstruction of Macrobrachium rosenbergii nodavirus virion | |||||||||
試料 |
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生物種 | Macrobrachium rosen (未定義) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Ho KH / Gabrielsen M | |||||||||
引用 | ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2018 タイトル: Structure of the Macrobrachium rosenbergii nodavirus: A new genus within the Nodaviridae? 著者: Kok Lian Ho / Mads Gabrielsen / Poay Ling Beh / Chare Li Kueh / Qiu Xian Thong / James Streetley / Wen Siang Tan / David Bhella / 要旨: Macrobrachium rosenbergii nodavirus (MrNV) is a pathogen of freshwater prawns that poses a threat to food security and causes significant economic losses in the aquaculture industries of many ...Macrobrachium rosenbergii nodavirus (MrNV) is a pathogen of freshwater prawns that poses a threat to food security and causes significant economic losses in the aquaculture industries of many developing nations. A detailed understanding of the MrNV virion structure will inform the development of strategies to control outbreaks. The MrNV capsid has also been engineered to display heterologous antigens, and thus knowledge of its atomic resolution structure will benefit efforts to develop tools based on this platform. Here, we present an atomic-resolution model of the MrNV capsid protein (CP), calculated by cryogenic electron microscopy (cryoEM) of MrNV virus-like particles (VLPs) produced in insect cells, and three-dimensional (3D) image reconstruction at 3.3 Å resolution. CryoEM of MrNV virions purified from infected freshwater prawn post-larvae yielded a 6.6 Å resolution structure, confirming the biological relevance of the VLP structure. Our data revealed that unlike other known nodavirus structures, which have been shown to assemble capsids having trimeric spikes, MrNV assembles a T = 3 capsid with dimeric spikes. We also found a number of surprising similarities between the MrNV capsid structure and that of the Tombusviridae: 1) an extensive network of N-terminal arms (NTAs) lines the capsid interior, forming long-range interactions to lace together asymmetric units; 2) the capsid shell is stabilised by 3 pairs of Ca2+ ions in each asymmetric unit; 3) the protruding spike domain exhibits a very similar fold to that seen in the spikes of the tombusviruses. These structural similarities raise questions concerning the taxonomic classification of MrNV. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0130.map.gz | 473.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0130-v30.xml emd-0130.xml | 12.1 KB 12.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_0130_fsc.xml | 18.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_0130.png | 246.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0130 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0130 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0130.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | CryoEM reconstruction of Macrobrachium rosenbergii nodavirus virion | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Macrobrachium rosen
全体 | 名称: Macrobrachium rosen (未定義) |
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要素 |
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-超分子 #1: Macrobrachium rosen
超分子 | 名称: Macrobrachium rosen / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: Virions were purified from Macrobrachium rosenbergii infected post-larvae NCBI-ID: 32644 / 生物種: Macrobrachium rosen / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Macrobrachium rosenbergii (オニテナガエビ) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: Capsid / 直径: 400.0 Å / T番号(三角分割数): 3 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 25mM HEPES, 150 mM NaCl; pH 7.4 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: Virions were loaded onto Quantifoil R2/2 grids which had a continuous carbon film added. Virions were adsorbed to the carbon for 1 minute prior to blotting (4s).. |
詳細 | Purified virions |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2200FS |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-40 / 実像数: 263 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |