[日本語] English
万見
- EMDB-0127: Human nuclear RNA exosome EXO-14 complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0127
タイトルHuman nuclear RNA exosome EXO-14 complex
マップデータCryo-EM reconstruction of the human nuclear RNA exosome EXO-14 complex
試料
  • 複合体: Human nuclear RNA exosome EXO-14 complex
    • 複合体: Human nuclear RNA exosome EXO-14 complex
      • DNA: x 1種
    • 複合体: Human nuclear RNA exosome EXO-14 complex
      • タンパク質・ペプチド: x 14種
生物種synthetic construct (人工物) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.25 Å
データ登録者Gerlach P / Schuller JM / Falk S / Basquin J / Conti E
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Distinct and evolutionary conserved structural features of the human nuclear exosome complex.
著者: Piotr Gerlach / Jan M Schuller / Fabien Bonneau / Jérôme Basquin / Peter Reichelt / Sebastian Falk / Elena Conti /
要旨: The nuclear RNA exosome complex mediates the processing of structured RNAs and the decay of aberrant non-coding RNAs, an important function particularly in human cells. Most mechanistic studies to ...The nuclear RNA exosome complex mediates the processing of structured RNAs and the decay of aberrant non-coding RNAs, an important function particularly in human cells. Most mechanistic studies to date have focused on the yeast system. Here, we reconstituted and studied the properties of a recombinant 14-subunit human nuclear exosome complex. In biochemical assays, the human exosome embeds a longer RNA channel than its yeast counterpart. The 3.8 Å resolution cryo-EM structure of the core complex bound to a single-stranded RNA reveals that the RNA channel path is formed by two distinct features of the hDIS3 exoribonuclease: an open conformation and a domain organization more similar to bacterial RNase II than to yeast Rrp44. The cryo-EM structure of the holo-complex shows how obligate nuclear cofactors position the hMTR4 helicase at the entrance of the core complex, suggesting a striking structural conservation from lower to higher eukaryotes.
履歴
登録2018年7月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年7月25日-
マップ公開2018年8月1日-
更新2018年8月8日-
現状2018年8月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0127.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0127.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM reconstruction of the human nuclear RNA exosome EXO-14 complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.066417865 - 0.118277155
平均 (標準偏差)0.00018988713 (±0.0038044313)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ250250250
Spacing250250250
セルA=B=C: 337.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z250250250
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z337.500337.500337.500
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS250250250
D min/max/mean-0.0660.1180.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

+
全体 : Human nuclear RNA exosome EXO-14 complex

全体名称: Human nuclear RNA exosome EXO-14 complex
要素
  • 複合体: Human nuclear RNA exosome EXO-14 complex
    • 複合体: Human nuclear RNA exosome EXO-14 complex
      • DNA: U44 ssRNA
    • 複合体: Human nuclear RNA exosome EXO-14 complex
      • タンパク質・ペプチド: EXOSC9
      • タンパク質・ペプチド: EXOSC4
      • タンパク質・ペプチド: EXOSC8
      • タンパク質・ペプチド: EXOSC5
      • タンパク質・ペプチド: EXOSC7
      • タンパク質・ペプチド: EXOSC6
      • タンパク質・ペプチド: EXOSC3
      • タンパク質・ペプチド: EXOSC2
      • タンパク質・ペプチド: EXOSC1
      • タンパク質・ペプチド: DIS3
      • タンパク質・ペプチド: MPP6
      • タンパク質・ペプチド: EXOSC10
      • タンパク質・ペプチド: C1D
      • タンパク質・ペプチド: MTR4

+
超分子 #1: Human nuclear RNA exosome EXO-14 complex

超分子名称: Human nuclear RNA exosome EXO-14 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

+
超分子 #2: Human nuclear RNA exosome EXO-14 complex

超分子名称: Human nuclear RNA exosome EXO-14 complex / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #15
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
超分子 #3: Human nuclear RNA exosome EXO-14 complex

超分子名称: Human nuclear RNA exosome EXO-14 complex / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#14
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
分子 #1: EXOSC9

分子名称: EXOSC9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKETPLSNCE RRFLLRAIEE KKRLDGRQTY DYRNIRISFG TDYGCCIVEL GKTRVLGQVS CELVSPKLN RATEGILFFN LELSQMAAPA FEPGRQSDLL VKLNRLMERC LRNSKCIDTE S LCVVAGEK VWQIRVDLHL LNHDGNIIDA ASIAAIVALC HFRRPDVSVQ ...文字列:
MKETPLSNCE RRFLLRAIEE KKRLDGRQTY DYRNIRISFG TDYGCCIVEL GKTRVLGQVS CELVSPKLN RATEGILFFN LELSQMAAPA FEPGRQSDLL VKLNRLMERC LRNSKCIDTE S LCVVAGEK VWQIRVDLHL LNHDGNIIDA ASIAAIVALC HFRRPDVSVQ GDEVTLYTPE ER DPVPLSI HHMPICVSFA FFQQGTYLLV DPNEREERVM DGLLVIAMNK HREICTIQSS GGI MLLKDQ VLRCSKIAGV KVAEITELIL KALENDQKVR KEGGKFGFAE SIANQRITAF KMEK APIDT SDVEEKAEEI IAEAEPPSEV VSTPVLWTPG TAQIGEGVEN SWGDLEDSEK EDDEG GGDQ AIILDGIKMD TGVEVSDIGS QDAPIILSDS EEEEMIILEP DKNPKKIRTQ TTSAKQ EKA PSKKPVKRRK KKRAAN

+
分子 #2: EXOSC4

分子名称: EXOSC4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAGLELLSDQ GYRVDGRRAG ELRKIQARMG VFAQADGSAY IEQGNTKALA VVYGPHEIRG SRARALPDR ALVNCQYSSA TFSTGERKRR PHGDRKSCEM GLQLRQTFEA AILTQLHPRS Q IDIYVQVL QADGGTYAAC VNAATLAVLD AGIPMRDFVC ACSAGFVDGT ...文字列:
MAGLELLSDQ GYRVDGRRAG ELRKIQARMG VFAQADGSAY IEQGNTKALA VVYGPHEIRG SRARALPDR ALVNCQYSSA TFSTGERKRR PHGDRKSCEM GLQLRQTFEA AILTQLHPRS Q IDIYVQVL QADGGTYAAC VNAATLAVLD AGIPMRDFVC ACSAGFVDGT ALADLSHVEE AA GGPQLAL ALLPASGQIA LLEMDARLHE DHLERVLEAA AQAARDVHTL LDRVVRQHVR EAS ILLGD

+
分子 #3: EXOSC8

分子名称: EXOSC8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAAGFKTVEP LEYYRRFLKE NCRPDGRELG EFRTTTVNIG SISTADGSAL VKLGNTTVIC GVKAEFAAP STDAPDKGYV VPNVDLPPLC SSRFRSGPPG EEAQVASQFI ADVIENSQII Q KEDLCISP GKLVWVLYCD LICLDYDGNI LDACTFALLA ALKNVQLPEV ...文字列:
MAAGFKTVEP LEYYRRFLKE NCRPDGRELG EFRTTTVNIG SISTADGSAL VKLGNTTVIC GVKAEFAAP STDAPDKGYV VPNVDLPPLC SSRFRSGPPG EEAQVASQFI ADVIENSQII Q KEDLCISP GKLVWVLYCD LICLDYDGNI LDACTFALLA ALKNVQLPEV TINEETALAE VN LKKKSYL NIRTHPVATS FAVFDDTLLI VDPTGEEEHL ATGTLTIVMD EEGKLCCLHK PGG SGLTGA KLQDCMSRAV TRHKEVKKLM DEVIKSMKPK

+
分子 #4: EXOSC5

分子名称: EXOSC5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MEEETHTDAK IRAENGTGSS PRGPGCSLRH FACEQNLLSR PDGSASFLQG DTSVLAGVYG PAEVKVSKE IFNKATLEVI LRPKIGLPGV AEKSRERLIR NTCEAVVLGT LHPRTSITVV L QVVSDAGS LLACCLNAAC MALVDAGVPM RALFCGVACA LDSDGTLVLD ...文字列:
MEEETHTDAK IRAENGTGSS PRGPGCSLRH FACEQNLLSR PDGSASFLQG DTSVLAGVYG PAEVKVSKE IFNKATLEVI LRPKIGLPGV AEKSRERLIR NTCEAVVLGT LHPRTSITVV L QVVSDAGS LLACCLNAAC MALVDAGVPM RALFCGVACA LDSDGTLVLD PTSKQEKEAR AV LTFALDS VERKLLMSST KGLYSDTELQ QCLAAAQAAS QHVFRFYRES LQRRYSKS

+
分子 #5: EXOSC7

分子名称: EXOSC7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MASVTLSEAE KVYIVHGVQE DLRVDGRGCE DYRCVEVETD VVSNTSGSAR VKLGHTDILV GVKAEMGTP KLEKPNEGYL EFFVDCSASA TPEFEGRGGD DLGTEIANTL YRIFNNKSSV D LKTLCISP REHCWVLYVD VLLLECGGNL FDAISIAVKA ALFNTRIPRV ...文字列:
MASVTLSEAE KVYIVHGVQE DLRVDGRGCE DYRCVEVETD VVSNTSGSAR VKLGHTDILV GVKAEMGTP KLEKPNEGYL EFFVDCSASA TPEFEGRGGD DLGTEIANTL YRIFNNKSSV D LKTLCISP REHCWVLYVD VLLLECGGNL FDAISIAVKA ALFNTRIPRV RVLEDEEGSK DI ELSDDPY DCIRLSVENV PCIVTLCKIG YRHVVDATLQ EEACSLASLL VSVTSKGVVT CMR KVGKGS LDPESIFEMM ETGKRVGKVL HASLQSVVHK EESLGPKRQK VGFLG

+
分子 #6: EXOSC6

分子名称: EXOSC6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPGDHRRIRG PEESQPPQLY AADEEEAPGT RDPTRLRPVY ARAGLLSQAK GSAYLEAGGT KVLCAVSGP RQAEGGERGG GPAGAGGEAP AALRGRLLCD FRRAPFAGRR RRAPPGGCEE R ELALALQE ALEPAVRLGR YPRAQLEVSA LLLEDGGSAL AAALTAAALA ...文字列:
MPGDHRRIRG PEESQPPQLY AADEEEAPGT RDPTRLRPVY ARAGLLSQAK GSAYLEAGGT KVLCAVSGP RQAEGGERGG GPAGAGGEAP AALRGRLLCD FRRAPFAGRR RRAPPGGCEE R ELALALQE ALEPAVRLGR YPRAQLEVSA LLLEDGGSAL AAALTAAALA LADAGVEMYD LV VGCGLSL APGPAPTWLL DPTRLEEERA AAGLTVALMP VLNQVAGLLG SGEGGLTESW AEA VRLGLE GCQRLYPVLQ QSLVRAARRR GAAAQP

+
分子 #7: EXOSC3

分子名称: EXOSC3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAEPASVAAE SLAGSRARAA RTVLGQVVLP GEELL LPEQ EDAEGPGGAV ERPLSLNARA CSRVRVVCGP GLRRCGDRLL VTKCGRLRHK EPGSGS GGG VYWVDSQQKR YVPVKGDHVI GIVTAKSGDI FKVDVGGSEP ASLSYLSFEG ATKRNRP NV QVGDLIYGQF ...文字列:
MAEPASVAAE SLAGSRARAA RTVLGQVVLP GEELL LPEQ EDAEGPGGAV ERPLSLNARA CSRVRVVCGP GLRRCGDRLL VTKCGRLRHK EPGSGS GGG VYWVDSQQKR YVPVKGDHVI GIVTAKSGDI FKVDVGGSEP ASLSYLSFEG ATKRNRP NV QVGDLIYGQF VVANKDMEPE MVCIDSCGRA NGMGVIGQDG LLFKVTLGLI RKLLAPDC E IIQEVGKLYP LEIVFGMNGR IWVKAKTIQQ TLILANILEA CEHMTSDQRK QIFSRLAES

+
分子 #8: EXOSC2

分子名称: EXOSC2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAMEMRLPVA RKPLSERLGR DTKKHLVVPG DTITT DTGF MRGHGTYMGE EKLIASVAGS VERVNKLICV KALKTRYIGE VGDIVVGRIT EVQQKR WKV ETNSRLDSVL LLSSMNLPGG ELRRRSAEDE LAMRGFLQEG DLISAEVQAV FSDGAVS LH TRSLKYGKLG ...文字列:
MAMEMRLPVA RKPLSERLGR DTKKHLVVPG DTITT DTGF MRGHGTYMGE EKLIASVAGS VERVNKLICV KALKTRYIGE VGDIVVGRIT EVQQKR WKV ETNSRLDSVL LLSSMNLPGG ELRRRSAEDE LAMRGFLQEG DLISAEVQAV FSDGAVS LH TRSLKYGKLG QGVLVQVSPS LVKRQKTHFH DLPCGASVIL GNNGFIWIYP TPEHKEEE A GGFIANLEPV SLADREVISR LRNCIISLVT QRMMLYDTSI LYCYEASLPH QIKDILKPE IMEEIVMETR QRLLEQEG

+
分子 #9: EXOSC1

分子名称: EXOSC1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAPPVRYCIP GERLCNLEEG SPGSGTYTRH GYIFSSLAGC LMKSSENGAL PVVSVVRETE SQLLPDVGA IVTCKVSSIN SRFAKVHILY VGSMPLKNSF RGTIRKEDVR ATEKDKVEIY K SFRPGDIV LAKVISLGDA QSNYLLTTAE NELGVVVAHS ESGIQMVPIS ...文字列:
MAPPVRYCIP GERLCNLEEG SPGSGTYTRH GYIFSSLAGC LMKSSENGAL PVVSVVRETE SQLLPDVGA IVTCKVSSIN SRFAKVHILY VGSMPLKNSF RGTIRKEDVR ATEKDKVEIY K SFRPGDIV LAKVISLGDA QSNYLLTTAE NELGVVVAHS ESGIQMVPIS WCEMQCPKTH TK EFRKVAR VQPEFLQT

+
分子 #10: DIS3

分子名称: DIS3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MLKSKTFLKK TRAGGVMKIV REHYLRDDIG CGAPGCAACG GAHEGPALEP QPQDPASSVC PQPHYLLPD TNVLLHQIDV LEDPAIRNVI VLQTVLQEVR NRSAPVYKRI RDVTNNQEKH F YTFTNEHH RETYVEQEQG ENANDRNNRA IRVAAKWYNE HLKKMSADNQ ...文字列:
MLKSKTFLKK TRAGGVMKIV REHYLRDDIG CGAPGCAACG GAHEGPALEP QPQDPASSVC PQPHYLLPD TNVLLHQIDV LEDPAIRNVI VLQTVLQEVR NRSAPVYKRI RDVTNNQEKH F YTFTNEHH RETYVEQEQG ENANDRNNRA IRVAAKWYNE HLKKMSADNQ LQVIFITNDR RN KEKAIEE GIPAFTCEEY VKSLTANPEL IDRLACLSEE GNEIESGKII FSEHLPLSKL QQG IKSGTY LQGTFRASRE NYLEATVWIH GDNEENKEII LQGLKHLNRA VHEDIVAVEL LPKS QWVAP SSVVLHDEGQ NEEDVEKEEE TERMLKTAVS EKMLKPTGRV VGIIKRNWRP YCGML SKSD IKESRRHLFT PADKRIPRIR IETRQASTLE GRRIIVAIDG WPRNSRYPNG HFVRNL GDV GEKETETEVL LLEHDVPHQP FSQAVLSFLP KMPWSITEKD MKNREDLRHL CICSVDP PG CTDINDALHC RELENGNLEV GVHIADVSHF IRPGNALDQE SARRGTTVYL CEKRIDMV P ELLSSNLCSL KCDVDRLAFS CIWEMNHNAE ILKTKFTKSV INSKASLTYA EAQLRIDSA NMNDDITTSL RGLNKLAKIL KKRRIEKGAL TLSSPEVRFH MDSETHDPID LQTKELRETN SMVEEFMLL ANISVAKKIH EEFSEHALLR KHPAPPPSNY EILVKAARSR NLEIKTDTAK S LAESLDQA ESPTFPYLNT LLRILATRCM MQAVYFCSGM DNDFHHYGLA SPIYTHFTSP IR RYADVIV HRLLAVAIGA DCTYPELTDK HKLADICKNL NFRHKMAQYA QRASVAFHTQ LFF KSKGIV SEEAYILFVR KNAIVVLIPK YGLEGTVFFE EKDKPNPQLI YDDEIPSLKI EDTV FHVFD KVKVKIMLDS SNLQHQKIRM SLVEPQIPGI SIPTDTSNMD LNGPKKKKMK LGK

+
分子 #11: MPP6

分子名称: MPP6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
ASMAAERKTK LSKNLLRMKF MQRGLDSETK KQLEE EEKK IISEEHWYLD LPELKEKESF IIEEQSFLLC EDLLYGRMSF RGFNPEVEKL MLQMNA KHK AEEVEDETVE LDVSDEEMAR RYETLVGTIG KKFARKRDHA NYEEDENGDI TPIKAKK MF LKPQD

+
分子 #12: EXOSC10

分子名称: EXOSC10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAPPSTREPR VLSATSATKS DGEMVLPGFP DADSFVKFAL GSVVAVTKAS GGLPQFGDEY DFYRSFPGF QAFCETQGDR LLQCMSRVMQ YHGCRSNIKD RSKVTELEDK FDLLVDANDV I LERVGILL DEASGVNKNQ QPVLPAGLQV PKTVVSSWNR KAAEYGKKAK ...文字列:
MAPPSTREPR VLSATSATKS DGEMVLPGFP DADSFVKFAL GSVVAVTKAS GGLPQFGDEY DFYRSFPGF QAFCETQGDR LLQCMSRVMQ YHGCRSNIKD RSKVTELEDK FDLLVDANDV I LERVGILL DEASGVNKNQ QPVLPAGLQV PKTVVSSWNR KAAEYGKKAK SETFRLLHAK NI IRPQLKF REKIDNSNTP FLPKIFIKPN AQKPLPQALS KERRERPQDR PEDLDVPPAL ADF IHQQRT QQVEQDMFAH PYQYELNHFT PADAVLQKPQ PQLYRPIEET PCHFISSLDE LVEL NEKLL NCQEFAVDLE HHSYRSFLGL TCLMQISTRT EDFIIDTLEL RSDMYILNES LTDPA IVKV FHGADSDIEW LQKDFGLYVV NMFDTHQAAR LLNLGRHSLD HLLKLYCNVD SNKQYQ LAD WRIRPLPEEM LSYARDDTHY LLYIYDKMRL EMWERGNGQP VQLQVVWQRS RDICLKK FI KPIFTDESYL ELYRKQKKHL NTQQLTAFQL LFAWRDKTAR REDESYGYVL PNHMMLKI A EELPKEPQGI IACCNPVPPL VRQQINEMHL LIQQAREMPL LKSEVAAGVK KSGPLPSAE RLENVLFGPH DCSHAPPDGY PIIPTSGSVP VQKQASLFPD EKEDNLLGTT CLIATAVITL FNEPSAEDS KKGPLTVAQK KAQNIMESFE NPFRMFLPSL GHRAPVSQAA KFDPSTKIYE I SNRWKLAQ VQVQKDSKEA VKKKAAEQTA AREQAKEACK AAAEQAISVR QQVVLENAAK KR ERATSDP RTTEQKQEKK RLKISKKPKD PEPPEKEFTP YDYSQSDFKA FAGNSKSKVS SQF DPNKQT PSGKKCIAAK KIKQSVGNKS MSFPTGKSDR GFRYNWPQR

+
分子 #13: C1D

分子名称: C1D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MAGEEINEDY PVEIHEYLSA FENSIGAVDE MLKTMMSVSR NELLQKLDPL EQAKVDLVSA YTLNSMFWV YLATQGVNPK EHPVKQELER IRVYMNRVKE ITDKKKAGKL DRGAASRFVK N ALWEPKSK NASKVANKGK SKS

+
分子 #14: MTR4

分子名称: MTR4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MADAFGDELF SVFEGDSTTA AGTKKDKEKD KGKWKGPPGS ADKAGKRFDG KLQSESTNNG KNKRDVDFE GTDEPIFGKK PRIEESITED LSLADLMPRV KVQSVETVEG CTHEVALPAE E DYLPLKPR VGKAAKEYPF ILDAFQREAI QCVDNNQSVL VSAHTSAGKT ...文字列:
MADAFGDELF SVFEGDSTTA AGTKKDKEKD KGKWKGPPGS ADKAGKRFDG KLQSESTNNG KNKRDVDFE GTDEPIFGKK PRIEESITED LSLADLMPRV KVQSVETVEG CTHEVALPAE E DYLPLKPR VGKAAKEYPF ILDAFQREAI QCVDNNQSVL VSAHTSAGKT VCAEYAIALA LR EKQRVIF TSPIKALSNQ KYREMYEEFQ DVGLMTGDVT INPTASCLVM TTEILRSMLY RGS EVMREV AWVIFDEIHY MRDSERGVVW EETIILLPDN VHYVFLSATI PNARQFAEWI CHLH KQPCH VIYTDYRPTP LQHYIFPAGG DGLHLVVDEN GDFREDNFNT AMQVLRDAGD LAKGD QKGR KGGTKGPSNV FKIVKMIMER NFQPVIIFSF SKKDCEAYAL QMTKLDFNTD EEKKMV EEV FSNAIDCLSD EDKKLPQVEH VLPLLKRGIG IHHGGLLPIL KETIEILFSE GLIKALF AT ETFAMGINMP ARTVLFTNAR KFDGKDFRWI SSGEYIQMSG RAGRRGMDDR GIVILMVD E KMSPTIGKQL LKGSADPLNS AFHLTYNMVL NLLRVEEINP EYMLEKSFYQ FQHYRAIPG VVEKVKNSEE QYNKIVIPNE ESVVIYYKIR QQLAKLGKEI EEYIHKPKYC LPFLQPGRLV KVKNEGDDF GWGVVVNFSK KSNVKPNSGE LDPLYVVEVL LRCSKESLKN SATEAAKPAK P DEKGEMQV VPVLVHLLSA ISSVRLYIPK DLRPVDNRQS VLKSIQEVQK RFPDGIPLLD PI DDMGIQD QGLKKVIQKV EAFEHRMYSH PLHNDPNLET VYTLCEKKAQ IAIDIKSAKR ELK KARTVL QMDELKCRKR VLRRLGFATS SDVIEMKGRV ACEISSADEL LLTEMMFNGL FNDL SAEQA TALLSCFVFQ ENSSEMPKLT EQLAGPLRQM QECAKRIAKV SAEAKLEIDE ETYLS SFKP HLMDVVYTWA TGATFAHICK MTDVFEGSII RCMRRLEELL RQMCQAAKAI GNTELE NKF AEGITKIKRD IVFAASLYL

+
分子 #15: U44 ssRNA

分子名称: U44 ssRNA / タイプ: dna / ID: 15 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列:
UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUU

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称
20.0 mMHepes
150.0 mMNaCl塩化ナトリウム
2.0 mMDTT
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 8047 / 平均電子線量: 47.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 2396236
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 13804

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る