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万見
- EMDB-0119: Cryo-electron tomogram of chromatin plates from metaphase chromosomes -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0119
タイトルCryo-electron tomogram of chromatin plates from metaphase chromosomes
マップデータCryo-electron tomogram of chromatin plates from metaphase chromosomes
試料
  • 複合体: chromatin plates from metaphase chromosomes
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Chicano A / Crosas E / Engel BD / Melero R / Oton J / Daban JR
資金援助 スペイン, 1件
OrganizationGrant number国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2010-18939 スペイン
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2019
タイトル: Frozen-hydrated chromatin from metaphase chromosomes has an interdigitated multilayer structure.
著者: Andrea Chicano / Eva Crosas / Joaquín Otón / Roberto Melero / Benjamin D Engel / Joan-Ramon Daban /
要旨: Cryo-electron tomography and small-angle X-ray scattering were used to investigate the chromatin folding in metaphase chromosomes. The tomographic 3D reconstructions show that frozen-hydrated ...Cryo-electron tomography and small-angle X-ray scattering were used to investigate the chromatin folding in metaphase chromosomes. The tomographic 3D reconstructions show that frozen-hydrated chromatin emanated from chromosomes is planar and forms multilayered plates. The layer thickness was measured accounting for the contrast transfer function fringes at the plate edges, yielding a width of ~ 7.5 nm, which is compatible with the dimensions of a monolayer of nucleosomes slightly tilted with respect to the layer surface. Individual nucleosomes are visible decorating distorted plates, but typical plates are very dense and nucleosomes are not identifiable as individual units, indicating that they are tightly packed. Two layers in contact are ~ 13 nm thick, which is thinner than the sum of two independent layers, suggesting that nucleosomes in the layers interdigitate. X-ray scattering of whole chromosomes shows a main scattering peak at ~ 6 nm, which can be correlated with the distance between layers and between interdigitating nucleosomes interacting through their faces. These observations support a model where compact chromosomes are composed of many chromatin layers stacked along the chromosome axis.
履歴
登録2018年7月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年8月1日-
マップ公開2019年1月16日-
更新2021年1月13日-
現状2021年1月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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添付画像

emd_0119.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0119.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 762.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈Cryo-electron tomogram of chromatin plates from metaphase chromosomes
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.21 Å
密度
最小 - 最大-320.0 - 192.0
平均 (標準偏差)2.5221488 (±27.551014)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00232
サイズ928928464
Spacing928928464
セルA: 3906.8801 Å / B: 3906.8801 Å / C: 1953.4401 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z4.214.214.21
M x/y/z928928464
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z3906.8803906.8801953.440
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS00232
NC/NR/NS928928464
D min/max/mean-320.000192.0002.522

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : chromatin plates from metaphase chromosomes

全体名称: chromatin plates from metaphase chromosomes
要素
  • 複合体: chromatin plates from metaphase chromosomes

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超分子 #1: chromatin plates from metaphase chromosomes

超分子名称: chromatin plates from metaphase chromosomes / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Nucleosome particles in the plates
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HeLa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2 / 詳細: 5 mM Pipes (pH 7.2), 5 mM NaCl, and 5 mM MgCl2
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細Chromatin emanated from soft-denatured metaphase chromosomes
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Aurion BSA / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - 名称: GIF 2002
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
#0 - 平均電子線量: 1.8 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
#1 - 検出モード: INTEGRATING / #1 - 平均電子線量: 1.8 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 使用した粒子像数: 59
Image recording ID1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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