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- EMDB-0104: T. thermophilus hibernating 100S ribosome (ice) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0104
タイトルT. thermophilus hibernating 100S ribosome (ice)
マップデータThermus thermophilus 100S hibernating ribosome cryo-EM reconstruction from unsupported ice
試料
  • 複合体: Thermus thermophilus 100S hibernating ribosome (ice)
    • 複合体: Ribosomeリボソーム
      • タンパク質・ペプチド: x 49種
      • RNA: x 3種
    • 複合体: Ribosome hibernation promoting factor
      • タンパク質・ペプチド: x 2種
機能・相同性
機能・相同性情報


primary metabolic process / regulation of translation / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / リボソーム / rRNA binding ...primary metabolic process / regulation of translation / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / リボソーム / rRNA binding / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosome hibernation promoting factor, long/plastid / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal domain superfamily / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein C terminus / Ribosome hibernation promoting factor/RaiA / Ribosome hibernation promotion factor-like / Sigma 54 modulation protein / S30EA ribosomal protein / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein ...Ribosome hibernation promoting factor, long/plastid / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal domain superfamily / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein C terminus / Ribosome hibernation promoting factor/RaiA / Ribosome hibernation promotion factor-like / Sigma 54 modulation protein / S30EA ribosomal protein / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L33 superfamily / : / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein bL19 ...Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Ribosome hibernation promoting factor / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL17
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.57 Å
データ登録者Flygaard RK / Jenner LB
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2018
タイトル: Cryo-EM structure of the hibernating Thermus thermophilus 100S ribosome reveals a protein-mediated dimerization mechanism.
著者: Rasmus Kock Flygaard / Niels Boegholm / Marat Yusupov / Lasse B Jenner /
要旨: In response to cellular stresses bacteria conserve energy by dimerization of ribosomes into inactive hibernating 100S ribosome particles. Ribosome dimerization in Thermus thermophilus is facilitated ...In response to cellular stresses bacteria conserve energy by dimerization of ribosomes into inactive hibernating 100S ribosome particles. Ribosome dimerization in Thermus thermophilus is facilitated by hibernation-promoting factor (TtHPF). In this study we demonstrate high sensitivity of Tt100S formation to the levels of TtHPF and show that a 1:1 ratio leads to optimal dimerization. We report structures of the T. thermophilus 100S ribosome determined by cryo-electron microscopy to average resolutions of 4.13 Å and 4.57 Å. In addition, we present a 3.28 Å high-resolution cryo-EM reconstruction of a 70S ribosome from a hibernating ribosome dimer and reveal a role for the linker region connecting the TtHPF N- and C-terminal domains in translation inhibition by preventing Shine-Dalgarno duplex formation. Our work demonstrates that species-specific differences in the dimerization interface govern the overall conformation of the 100S ribosome particle and that for Thermus thermophilus no ribosome-ribosome interactions are involved in the interface.
履歴
登録2018年7月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年8月22日-
マップ公開2018年10月24日-
更新2018年10月24日-
現状2018年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 2.3
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-6gzx
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0104.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Thermus thermophilus 100S hibernating ribosome cryo-EM reconstruction from unsupported ice
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 2.3 / ムービー #1: 2.3
最小 - 最大-5.9298544 - 11.759964999999999
平均 (標準偏差)0.023547024 (±0.35517386)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ700700700
Spacing700700700
セルA=B=C: 770.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z700700700
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z770.000770.000770.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS700700700
D min/max/mean-5.93011.7600.024

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Thermus thermophilus 100S hibernating ribosome (ice)

全体名称: Thermus thermophilus 100S hibernating ribosome (ice)
要素
  • 複合体: Thermus thermophilus 100S hibernating ribosome (ice)
    • 複合体: Ribosomeリボソーム
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L9
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L25
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L31
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
      • RNA: 23S ribosomal RNA23SリボソームRNA
      • RNA: 5S ribosomal RNA5SリボソームRNA
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14 type Zリボソーム
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S20
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein Thxリボソーム
      • RNA: 16S ribosomal RNA16SリボソームRNA
    • 複合体: Ribosome hibernation promoting factor
      • タンパク質・ペプチド: Ribosome hibernation promoting factor
      • タンパク質・ペプチド: Ribosome hibernation promoting factor

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超分子 #1: Thermus thermophilus 100S hibernating ribosome (ice)

超分子名称: Thermus thermophilus 100S hibernating ribosome (ice)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#54
詳細: T. thermophilus 100S hibernating ribosome cryo-EM reconstruction from particles in unsupported ice
分子量理論値: 2.35 MDa

+
超分子 #2: Ribosome

超分子名称: Ribosome / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#51, #53
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)

+
超分子 #3: Ribosome hibernation promoting factor

超分子名称: Ribosome hibernation promoting factor / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #52, #54
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
分子 #1: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
分子量理論値: 29.985799 KDa
配列文字列: AVKKFKPYTP SRRFMTVADF SEITKTEPEK SLVKPLKKTG GRNNQGRITV RFRGGGHKRL YRIIDFKRWD KVGIPAKVAA IEYDPNRSA RIALLHYVDG EKRYIIAPDG LQVGQQVVAG PDAPIQVGNA LPLRFIPVGT VVHAVELEPK KGAKLARAAG T SAQIQGRE ...文字列:
AVKKFKPYTP SRRFMTVADF SEITKTEPEK SLVKPLKKTG GRNNQGRITV RFRGGGHKRL YRIIDFKRWD KVGIPAKVAA IEYDPNRSA RIALLHYVDG EKRYIIAPDG LQVGQQVVAG PDAPIQVGNA LPLRFIPVGT VVHAVELEPK KGAKLARAAG T SAQIQGRE GDYVILRLPS GELRKVHGEC YATVGAVGNA DHKNIVLGKA GRSRWLGRRP HVRGAAMNPV DHPHGGGEGR AP RGRPPAS PWGWQTKGLK TRKRRKPSSR FIIAR

+
分子 #2: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
分子量理論値: 22.321031 KDa
配列文字列: MKGILGVKVG MTRIFRDDRA VPVTVILAGP CPVVQRRTPE KDGYTAVQLG FLPQNPKRVN RPLKGHFAKA GVEPVRILRE IRDFNPEGD TVTVEIFKPG ERVDVTGTSK GRGFAGVMKR WNFAGGPDSH GAHKIHRHPG SIGNRKTPGR VYKGKKMAGH Y GAERVTVM ...文字列:
MKGILGVKVG MTRIFRDDRA VPVTVILAGP CPVVQRRTPE KDGYTAVQLG FLPQNPKRVN RPLKGHFAKA GVEPVRILRE IRDFNPEGD TVTVEIFKPG ERVDVTGTSK GRGFAGVMKR WNFAGGPDSH GAHKIHRHPG SIGNRKTPGR VYKGKKMAGH Y GAERVTVM NLEVVDVIPE ENLLLVKGAV PGPNGGLVIV RETKKAA

+
分子 #3: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
分子量理論値: 23.071721 KDa
配列文字列: MKEVAVYQIP VLSPSGRREL AADLPAEINP HLLWEVVRWQ LAKRRRGTAS TKTRGEVAYS GRKIWPQKHT GRARHGDIGA PIFVGGGVV FGPKPRDYSY TLPKKVRKKG LAMAVADRAR EGKLLLVEAF AGVNGKTKEF LAWAKEAGLD GSESVLLVTG N ELVRRAAR ...文字列:
MKEVAVYQIP VLSPSGRREL AADLPAEINP HLLWEVVRWQ LAKRRRGTAS TKTRGEVAYS GRKIWPQKHT GRARHGDIGA PIFVGGGVV FGPKPRDYSY TLPKKVRKKG LAMAVADRAR EGKLLLVEAF AGVNGKTKEF LAWAKEAGLD GSESVLLVTG N ELVRRAAR NLPWVVTLAP EGLNVYDIVR TERLVMDLDA WEVFQNRIGG

+
分子 #4: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 20.9304 KDa
配列文字列:
PLDVALKRKY YEEVRPELIR RFGYQNVWEV PRLEKVVINQ GLGEAKEDAR ILEKAAQELA LITGQKPAVT RAKKSISNFK LRKGMPIGL RVTLRRDRMW IFLEKLLNVA LPRIRDFRGL NPNSFDGRGN YNLGLREQLI FPEITYDMVD ALRGMDIAVV T TAETDEEA RALLELLGFP FRK

+
分子 #5: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 18.567633 KDa
配列文字列:
SRIGRLPIPV PKGVSVEVAP GRVKVKGPKG ELEVPVSPEM RVVVEEGVVR VERPSDERRH KSLHGLTRTL IANAVKGVSE GYSKELLIK GIGYRARLVG RALELTVGFS HPVVVEPPEG ITFEVPEPTR VRVSGIDKQK VGQVAANIRA IRKPSAYHEK G IYYAGEPV RL

+
分子 #6: 50S ribosomal protein L9

分子名称: 50S ribosomal protein L9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 5.454388 KDa
配列文字列:
MKVILLEPLE NLGDVGQVVD VKPGYARNYL LPRGLAVLAT ESNLKALEAR

+
分子 #7: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 15.699658 KDa
配列文字列:
MKTYVPKQVE PRWVLIDAEG KTLGRLATKI ATLLRGKHRP DWTPNVAMGD FVVVVNADKI RVTGKKLEQK IYTRYSGYPG GLKKIPLEK MLATHPERVL EHAVKGMLPK GPLGRRLFKR LKVYAGPDHP HQAQRPEKL

+
分子 #8: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 13.323612 KDa
配列文字列:
MIQPQTYLEV ADNTGARKIM CIRVLKGSNA KYATVGDVIV ASVKEAIPRG AVKEGDVVKA VVVRTKKEIK RPDGSAIRFD DNAAVIINN QLEPRGTRVF GPVARELREK GFMKIVSLAP EVL

+
分子 #9: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 16.319142 KDa
配列文字列:
MKLSDLRPNP GANKRRKRVG RGPGSGHGKT ATRGHKGQKS RSGGLKDPRR FEGGRSTTLM RLPKRGMQGQ VPGEIKRPRY QGVNLKDLA RFEGEVTPEL LVRAGLLKKG YRLKILGEGE AKPLKVVAHA FSKSALEKLK AAGGEPVLLE A

+
分子 #10: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 15.993909 KDa
配列文字列:
MLMPRRMKYR KQQRGRLKGA TKGGDYVAFG DYGLVALEPA WITAQQIEAA RVAMVRHFRR GGKIFIRIFP DKPYTKKPLE VRMGKGKGN VEGYVAVVKP GRVMFEVAGV TEEQAMEALR IAGHKLPIKT KIVRRDAYDE AQ

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分子 #11: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 13.618952 KDa
配列文字列:
RHLKSGRKLN RHSSHRLALY RNQAKSLLTH GRITTTVPKA KELRGFVDHL IHLAKRGDLH ARRLVLRDLQ DVKLVRKLFD EIAPRYRDR QGGYTRVLKL AERRRGDGAP LALVELVE

+
分子 #12: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 12.508649 KDa
配列文字列:
ARLTAYERRK FRVRNRIKRT GRLRLSVFRS LKHIYAQIID DEKGVTLVSA SSLALKLKGN KTEVARQVGR ALAEKALALG IKQVAFDRG PYKYHGRVKA LAEGAREGGL EF

+
分子 #13: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 16.218812 KDa
配列文字列:
MNRGALIKLV ESRYVRTDLP EFRPGDTVRV SYKVKEGNRT RIQDFEGIVI RIRRNGFNTT FTVRKVSYGV GVERIFPLHS PLIQKIDIV QRGRARRAKL YFIRNLSDRE IRRKLRADRK RIDQDRAAER AAKEEAQK

+
分子 #14: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 13.648081 KDa
配列文字列:
PRAKTGVVRR RKHKKILKLA KGYWGLRSKS FRKARETLFA AGNYAYAHRK RRKRDFRRLW IVRINAACRQ HGLNYSTFIH GLKKAGIEV DRKNLADLAV REPQVFAELV ERAKAAQG

+
分子 #15: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 11.069153 KDa
配列文字列:
MFAIVKTGGK QYRVEPGLKL RVEKLDAEPG ATVELPVLLL GGEKTVVGTP VVEGASVVAE VLGHGRGKKI LVSKFKAKVQ YRRKKGHRQ PYTELLIKEI RG

+
分子 #16: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 12.808055 KDa
配列文字列:
MEAKAIARYV RISPRKVRLV VDLIRGKSLE EARNILRYTN KRGAYFVAKV LESAAANAVN NHDMLEDRLY VKAAYVDEGP ALKRVLPRA RGRADIIKKR TSHITVILGE KHGK

+
分子 #17: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 10.273117 KDa
配列文字列:
TAYDVILAPV LSEKAYAGFA EGKYTFWVHP KATKTEIKNA VETAFKVKVV KVNTLHVRGK KKRLGRYLGK RPDRKKAIVQ VAPGQKIEA LEG

+
分子 #18: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 11.23871 KDa
配列文字列:
RVKMHVKKGD TVLVASGKYK GRVGKVKEVL PKKYAVIVEG VNIVKKAVRV SPKYPQGGFI EKEAPLHASK VRPICPACGK PTRVRKKFL ENGKKIRVCA KCG

+
分子 #19: 50S ribosomal protein L25

分子名称: 50S ribosomal protein L25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 20.26833 KDa
配列文字列:
MEYRLKAYYR EGEKPSALRR AGKLPGVMYN RHLNRKVYVD LVEFDKVFRQ ASIHHVIVLE LPDGQSLPTL VRQVNLDKRR RRPEHVDFF VLSDEPVEMY VPLRFVGTPA GVRAGGVLQE IHRDILVKVS PRNIPEFIEV DVSGLEIGDS LHASDLKLPP G VELAVSPE ETIAAVVPPE D

+
分子 #20: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 8.703032 KDa
配列文字列:
STRNGRDSQA KRLGVKRYEG QVVRAGNILV RQRGTRFKPG KNVGMGRDFT LFALVDGVVE FQDRGRLGRY VHVRPLA

+
分子 #21: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 10.872965 KDa
配列文字列:
SKVCEISGKR PIVANSIQRR GKAKREGGVG KKTTGISKRR QYPNLQKVRV RVAGQEITFR VAASHIPKVY ELVERAKGLK LEGLSPKEI KKELLKLL

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 8.296725 KDa
配列文字列:
SEVRKQLEEA RKLSPVELEK LVREKKRELM ELRFQASIGQ LSQNHKIRDL KRQIARLLTV LNEKRRQNA

+
分子 #23: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 6.667931 KDa
配列文字列:
PRLKVKLVKS PIGYPKDQKA ALKALGLRRL QQERVLEDTP AIRGNVEKVA HLVRVEVVE

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L31

分子名称: 50S ribosomal protein L31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 7.377532 KDa
配列文字列:
MKEGIHPKLV PARIICGCGN VIETYSTKPE IYVEVCSKCH PFYTGQQRFV DTEGRVERFQ RRY

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 6.590854 KDa
配列文字列:
AKHPVPKKKT SKARRDARRS HHALTPPTLV PCPECKAMKP PHTVCPECGY YAGRKVLEV

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L33

分子名称: 50S ribosomal protein L33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 5.602612 KDa
配列文字列:
LLLECTECKR RNYATEKNKR NTPNKLELRK YCPWCRKHTV HREVK

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 6.132449 KDa
配列文字列:
MKRTWQPNRR KRAKTHGFRA RMRTPGGRKV LKRRRQKGRW RLTPAVRKR

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 6.985579 KDa
配列文字列:
PKMKTHKGAK KRVKITASGK VVAMKTGKRH LNWQKSGKEI RQKGRKFVLA KPEAERIKLL L

+
分子 #31: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 4.304215 KDa
配列文字列:
KVRASVKRIC DKCKVIRRHG RVYVICENPK HKQRQG

+
分子 #32: 30S ribosomal protein S2

分子名称: 30S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 27.330648 KDa
配列文字列: EITVKELLEA GVHFGHERKR WNPKFARYIY AERNGIHIID LQKTMEELER TFRFIEDLAM RGGTILFVGT KKQAQDIVRM EAERAGMPY VNQRWLGGML TNFKTISQRV HRLEELEALF ASPEIEERPK KEQVRLKHEL ERLQKYLSGF RLLKRLPDAI F VVDPTKEA ...文字列:
EITVKELLEA GVHFGHERKR WNPKFARYIY AERNGIHIID LQKTMEELER TFRFIEDLAM RGGTILFVGT KKQAQDIVRM EAERAGMPY VNQRWLGGML TNFKTISQRV HRLEELEALF ASPEIEERPK KEQVRLKHEL ERLQKYLSGF RLLKRLPDAI F VVDPTKEA IAVREARKLF IPVIALADTD SDPDLVDYII PGNDDAIRSI QLILSRAVDL IIQARGGVVE PSPSYALVQ

+
分子 #33: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 22.86243 KDa
配列文字列: GNKIHPIGFR LGITRDWESR WYAGKKQYRH LLLEDQRIRG LLEKELYSAG LARVDIERAA DNVAVTVHVA KPGVVIGRGG ERIRVLREE LAKLTGKNVA LNVQEVQNPN LSAPLVAQRV AEQIERRFAV RRAIKQAVQR VMESGAKGAK VIVSGRIGGA E QARTEWAA ...文字列:
GNKIHPIGFR LGITRDWESR WYAGKKQYRH LLLEDQRIRG LLEKELYSAG LARVDIERAA DNVAVTVHVA KPGVVIGRGG ERIRVLREE LAKLTGKNVA LNVQEVQNPN LSAPLVAQRV AEQIERRFAV RRAIKQAVQR VMESGAKGAK VIVSGRIGGA E QARTEWAA QGRVPLHTLR ANIDYGFALA RTTYGVLGVK AYIFLGEV

+
分子 #34: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 24.242254 KDa
配列文字列: GRYIGPVCRL CRREGVKLYL KGERCYSPKC AMERRPYPPG QHGQKRARRP SDYAVRLREK QKLRRIYGIS ERQFRNLFEE ASKKKGVTG SVFLGLLESR LDNVVYRLGF AVSRRQARQL VRHGHITVNG RRVDLPSYRV RPGDEIAVAE KSRNLELIRQ N LEAMKGRK ...文字列:
GRYIGPVCRL CRREGVKLYL KGERCYSPKC AMERRPYPPG QHGQKRARRP SDYAVRLREK QKLRRIYGIS ERQFRNLFEE ASKKKGVTG SVFLGLLESR LDNVVYRLGF AVSRRQARQL VRHGHITVNG RRVDLPSYRV RPGDEIAVAE KSRNLELIRQ N LEAMKGRK VGPWLSLDVE GMKGKFLRLP DREDLALPVN EQLVIEFYSR

+
分子 #35: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 16.460193 KDa
配列文字列:
DFEEKMILIR RTARMQAGGR RFRFGALVVV GDRQGRVGLG FGKAPEVPLA VQKAGYYARR NMVEVPLQNG TIPHEIEVEF GASKIVLKP AAPGTGVIAG AVPRAILELA GVTDILTKEL GSRNPINIAY ATMEALRQLR TKADVERLRK GE

+
分子 #36: 30S ribosomal protein S6

分子名称: 30S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 11.988753 KDa
配列文字列:
MRRYEVNIVL NPNLDQSQLA LEKEIIQRAL ENYGARVEKV EELGLRRLAY PIAKDPQGYF LWYQVEMPED RVNDLARELR IRDNVRRVM VVKSQEPFLA NA

+
分子 #37: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 17.919775 KDa
配列文字列:
ARRRRAEVRQ LQPDLVYGDV LVTAFINKIM RDGKKNLAAR IFYDACKIIQ EKTGQEPLKV FKQAVENVKP RMEVRSRRVG GANYQVPME VSPRRQQSLA LRWLVQAANQ RPERRAAVRI AHELMDAAEG KGGAVKKKED VERMAEANRA YAHYRW

+
分子 #38: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 15.86857 KDa
配列文字列:
MLTDPIADML TRIRNATRVY KESTDVPASR FKEEILRILA REGFIKGYER VDVDGKPYLR VYLKYGPRRQ GPDPRPEQVI HHIRRISKP GRRVYVGVKE IPRVRRGLGI AILSTSKGVL TDREARKLGV GGELICEVW

+
分子 #39: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 14.279419 KDa
配列文字列:
EQYYGTGRRK EAVARVFLRP GNGKVTVNGQ DFNEYFQGLV RAVAALEPLR AVDALGHFDA YITVRGGGKS GQIDAIKLGI ARALVQYNP DYRAKLKPLG FLTRDARVVE RKKYGKHKAR RAPQYSKR

+
分子 #40: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 11.398308 KDa
配列文字列:
KIRIKLRGFD HKTLDASAQK IVEAARRSGA QVSGPIPLPT RVRRFTVIRG PFKHKDSREH FELRTHNRLV DIINPNRKTI EQLMTLDLP TGVEIEIKTV

+
分子 #41: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 12.519292 KDa
配列文字列:
KRQVASGRAY IHASYNNTIV TITDPDGNPI TWSSGGVIGY KGSRKGTPYA AQLAALDAAK KAMAYGMQSV DVIVRGTGAG REQAIRALQ ASGLQVKSIV DDTPVPHNGC RPKKKFRKA

+
分子 #42: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 13.875388 KDa
配列文字列:
PTINQLVRKG REKVRKKSKV PALKGAPFRR GVCTVVRTVT PKKPNSALRK VAKVRLTSGY EVTAYIPGEG HNLQEHSVVL IRGGRVKDL PGVRYHIVRG VYDAAGVKDR KKSRSKYGTK KPKEAA

+
分子 #43: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 13.308508 KDa
配列文字列:
ARIAGVEIPR NKRVDVALTY IYGIGKARAK EALEKTGINP ATRVKDLTEA EVVRLREYVE NTWKLEGELR AEVAANIKRL MDIGCYRGL RHRRGLPVRG QRTRTNARTR KGPRKTVA

+
分子 #44: 30S ribosomal protein S14 type Z

分子名称: 30S ribosomal protein S14 type Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 7.027529 KDa
配列文字列:
ARKALIEKAK RTPKFKVRAY TRCVRCGRAR SVYRFFGLCR ICLRELAHKG QLPGVRKASW

+
分子 #45: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 10.447213 KDa
配列文字列:
PITKEEKQKV IQEFARFPGD TGSTEVQVAL LTLRINRLSE HLKVHKKDHH SHRGLLMMVG QRRRLLRYLQ REDPERYRAL IEKLGIRG

+
分子 #46: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 9.995546 KDa
配列文字列:
MVKIRLARFG SKHNPHYRIV VTDARRKRDG KYIEKIGYYD PRKTTPDWLK VDVERARYWL SVGAQPTDTA RRLLRQAGVF RQEA

+
分子 #47: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 47 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 11.880098 KDa
配列文字列:
PKKVLTGVVV SDKMQKTVTV LVERQFPHPL YGKVIKRSKK YLAHDPEEKY KLGDVVEIIE SRPISKRKRF RVLRLVESGR MDLVEKYLI RRQNYESLSK R

+
分子 #48: 30S ribosomal protein S18

分子名称: 30S ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 48 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 7.312723 KDa
配列文字列:
GEFDLRDYRN VEVLKRFLSE TGKILPRRRT GLSAKEQRIL AKTIKRARIL GLLPFTEKLV RK

+
分子 #49: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 49 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 8.872271 KDa
配列文字列:
KGVFVDDHLL EKVLELNAKG EKRLIKTWSR RSTIVPEMVG HTIAVYNGKQ HVPVYITENM VGHKLGEFAP TRTYRGHG

+
分子 #50: 30S ribosomal protein S20

分子名称: 30S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 50 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 10.921086 KDa
配列文字列:
RNLSALKRHR QSLKRRLRNK AKKSAIKTLS KKAIQLAQEG KAEEALKIMR KAESLIDKAA KGSTLHKNAA ARRKSRLMRK VRQLLEAAG APLIGGGLSA

+
分子 #51: 30S ribosomal protein Thx

分子名称: 30S ribosomal protein Thx / タイプ: protein_or_peptide / ID: 51 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 3.089655 KDa
配列文字列:
GKGDRRTRRG KIWRGTYGKY RPRKK

+
分子 #52: Ribosome hibernation promoting factor

分子名称: Ribosome hibernation promoting factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 52 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
分子量理論値: 6.769808 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
PRIVRVKRFE MKPMDPEEAA FQMEALGHSF FVFRNAKTDE INVIYRRKDG NYGLIEP

+
分子 #54: Ribosome hibernation promoting factor

分子名称: Ribosome hibernation promoting factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 54 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
分子量理論値: 13.694619 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
NIYKLIGRNL EITDAIRDYV EKKLARLDRY QDGELMAKVV LSLAGSPHVE KKARAEIQVD LPGGLVRVEE EDADLYAAID RAVDRLETQ VKRFRERRYV GKRHSYQGPP PPEVRDLEAL

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分子 #29: 23S ribosomal RNA

分子名称: 23S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 29 / コピー数: 2
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
分子量理論値: 947.013 KDa
配列文字列: GGUCAAGAUG GUAAGGGCCC ACGGUGGAUG CCUCGGCACC CGAGCCGAUG AAGGACGUGG CUACCUGCGA UAAGCCAGGG GGAGCCGGU AGCGGGCGUG GAUCCCUGGA UGUCCGAAUG GGGGAACCCG GCCGGCGGGA ACGCCGGUCA CCGCGCUUUU U GCGCGGGG ...文字列:
GGUCAAGAUG GUAAGGGCCC ACGGUGGAUG CCUCGGCACC CGAGCCGAUG AAGGACGUGG CUACCUGCGA UAAGCCAGGG GGAGCCGGU AGCGGGCGUG GAUCCCUGGA UGUCCGAAUG GGGGAACCCG GCCGGCGGGA ACGCCGGUCA CCGCGCUUUU U GCGCGGGG GGAACCUGGG GAACUGAAAC AUCUCAGUAC CCAGAGGAGA GGAAAGAGAA AUCGACUCCC UGAGUAGCGG CG AGCGAAA GGGGACCAGC CUAAACCGUC CGGCUUGUCC GGGCGGGGUC GUGGGGCCCU CGGACACCGA AUCCCCAGCC UAG CCGAAG CUGUUGGGAA GCAGCGCCAG AGAGGGUGAA AGCCCCGUAG GCGAAAGGUG GGGGGAUAGG UGAGGGUACC CGAG UACCC CGUGGUUCGU GGAGCCAUGG GGGAAUCUGG GCGGACCACC GCCUAAGGCU AAGUACUCCG GGUGACCGAU AGCGC ACCA GUACCGUGAG GGAAAGGUGA AAAGAACCCC GGGAGGGGAG UGAAAUAGAG CCUGAAACCG UGGGCUUACA AGCAGU CAC GGCCCCGCAA GGGGUUGUGG CGUGCCUAUU GAAGCAUGAG CCGGCGACUC ACGGUCGUGG GCGAGCUUAA GCCGUUG AG GCGGAGGCGU AGGGAAACCG AGUCCGAACA GGGCGCAAAC GGCCCGCACG CGGGCCGAAA AGUCCGCGGC CGUGGACC C GAAACCGGGC GAGCUAGCCC UGGCCAGGGU GAAGCUGGGG UGAGACCCAG UGGAGGCCCG AACCGGUGGG GGAUGCAAA CCCCUCGGAU GAGCUGGGGC UAGGAGUGAA AAGCUAACCG AGCCCGGAGA UAGCUGGUUC UCCCCGAAAU GACUUUAGGG UCAGCCUCA GGCGCUGACU GGGGCCUGUA GAGCACUGAU AGGGCUAGGG GGCCCACCAG CCUACCAAAC CCUGUCAAAC U CCGAAGGG UCCCAGGUGG AGCCUGGGAG UGAGGGCGCG AGCGAUAACG UCCGCGUCCG AGCGCGGGAA CAACCGAGAC CG CCAGCUA AGGCCCCCAA GUCUGGGCUA AGUGGUAAAG GAUGUGGCGC CGCGAAGACA GCCAGGAUGU UGGCUUAGAA GCA GCCAUC AUUUAAAGAG UGCGUAAUAG CUCACUGGUC GAGUGGCGCC GCGCCGAAAA UGAUCGGGGC UUAAGCCCAG CGCC GAAGC UGCGGGUCUG GGGGAUGACC CCAGGCGGUA GGGGAGCGUU CCCGAUGCCG AUGAAGGCCG ACCCGCGAGG GCGGC UGGA GGUAAGGGAA GUGCGAAUGC CGGCAUGAGU AACGAUAAAG AGGGUGAGAA UCCCUCUCGC CGUAAGCCCA AGGGUU CCU ACGCAAUGGU CGUCAGCGUA GGGUUAGGCG GGACCUAAGG UGAAGCCGAA AGGCGUAGCC GAAGGGCAGC CGGUUAA UA UUCCGGCCCU UCCCGCAGGU GCGAUGGGGG GACGCUCUAG GCUAGGGGGA CCGGAGCCAU GGACGAGCCC GGCCAGAA G CGCAGGGUGG GAGGUAGGCA AAUCCGCCUC CCAACAAGCU CUGCGUGGUG GGGAAGCCCG UACGGGUGAC AACCCCCCG AAGCCAGGGA GCCAAGAAAA GCCUCUAAGC ACAACCUGCG GGAACCCGUA CCGCAAACCG ACACAGGUGG GCGGGUGCAA GAGCACUCA GGCGCGCGGG AGAACCCUCG CCAAGGAACU CUGCAAGUUG GCCCCGUAAC UUCGGGAGAA GGGGUGCUCC C UGGGGUGA UGAGCCCCGG GGAGCCGCAG UGAACAGGCU CUGGCGACUG UUUACCAAAA ACACAGCUCU CUGCGAACUC GU AAGAGGA GGUAUAGGGA GCGACGCUUG CCCGGUGCCG GAAGGUCAAG GGGAGGGGUG CAAGCCCCGA ACCGAAGCCC CGG UGAACG GCGGCCGUAA CUAUAACGGU CCUAAGGUAG CGAAAUUCCU UGUCGGGUAA GUUCCGACCU GCACGAAAAG CGUA ACGAC CGGAGCGCUG UCUCGGCGAG GGACCCGGUG AAAUUGAACU GGCCGUGAAG AUGCGGCCUA CCCGUGGCAG GACGA AAAG ACCCCGUGGA GCUUUACUGC AGCCUGGUGU UGGCUCUUGG UCGCGCCUGC GUAGGAUAGG UGGGAGCCUG UGAACC CCC GCCUCCGGGU GGGGGGGAGG CGCCGGUGAA AUACCACCCU GGCGCGGCUG GGGGCCUAAC CCUCGGAUGG GGGGACA GC GCUUGGCGGG CAGUUUGACU GGGGCGGUCG CCUCCUAAAA GGUAACGGAG GCGCCCAAAG GUCCCCUCAG GCGGGACG G AAAUCCGCCG GAGAGCGCAA GGGUAGAAGG GGGCCUGACU GCGAGGCCUG CAAGCCGAGC AGGGGCGAAA GCCGGGCCU AGUGAACCGG UGGUCCCGUG UGGAAGGGCC AUCGAUCAAC GGAUAAAAGU UACCCCGGGG AUAACAGGCU GAUCUCCCCC GAGCGUCCA CAGCGGCGGG GAGGUUUGGC ACCUCGAUGU CGGCUCGUCG CAUCCUGGGG CUGAAGAAGG UCCCAAGGGU U GGGCUGUU CGCCCAUUAA AGCGGCACGC GAGCUGGGUU CAGAACGUCG UGAGACAGUU CGGUCUCUAU CCGCCACGGG CG CAGGAGG CUUGAGGGGG GCUCUUCCUA GUACGAGAGG ACCGGAAGGG ACGCACCUCU GGUUUCCCAG CUGUCCCUCC AGG GGCAUA AGCUGGGUAG CCAUGUGCGG AAGGGAUAAC CGCUGAAAGC AUCUAAGCGG GAAGCCCGCC CCAAGAUGAG GCCU CCCAC GGCGUCAAGC CGGUAAGGAC CCGGGAAGAC CACCCGGUGG AUGGGCCGGG GGUGUAAGCG CCGCGAGGCG UUGAG CCGA CCGGUCCCAA UCGUCCGAGG UCUUGACC

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分子 #30: 5S ribosomal RNA

分子名称: 5S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 30 / コピー数: 2
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
分子量理論値: 39.540617 KDa
配列文字列:
AAUCCCCCGU GCCCAUAGCG GCGUGGAACC ACCCGUUCCC AUUCCGAACA CGGAAGUGAA ACGCGCCAGC GCCGAUGGUA CUGGGCGGG CGACCGCCUG GGAGAGUAGG UCGGUGCGGG GGA

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分子 #53: 16S ribosomal RNA

分子名称: 16S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 53 / コピー数: 2
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
分子量理論値: 489.002531 KDa
配列文字列: UGGAGAGUUU GAUCCUGGCU CAGGGUGAAC GCUGGCGGCG UGCCUAAGAC AUGCAAGUCG UGCGGGCCGC GGGGUUUUAC UCCGUGGUC AGCGGCGGAC GGGUGAGUAA CGCGUGGGUG ACCUACCCGG AAGAGGGGGA CAACCCGGGG AAACUCGGGC U AAUCCCCC ...文字列:
UGGAGAGUUU GAUCCUGGCU CAGGGUGAAC GCUGGCGGCG UGCCUAAGAC AUGCAAGUCG UGCGGGCCGC GGGGUUUUAC UCCGUGGUC AGCGGCGGAC GGGUGAGUAA CGCGUGGGUG ACCUACCCGG AAGAGGGGGA CAACCCGGGG AAACUCGGGC U AAUCCCCC AUGUGGACCC GCCCCUUGGG GUGUGUCCAA AGGGCUUUGC CCGCUUCCGG AUGGGCCCGC GUCCCAUCAG CU AGUUGGU GGGGUAAUGG CCCACCAAGG CGACGACGGG UAGCCGGUCU GAGAGGAUGG CCGGCCACAG GGGCACUGAG ACA CGGGCC CCACUCCUAC GGGAGGCAGC AGUUAGGAAU CUUCCGCAAU GGGCGCAAGC CUGACGGAGC GACGCCGCUU GGAG GAAGA AGCCCUUCGG GGUGUAAACU CCUGAACCCG GGACGAAACC CCCGACGAGG GGACUGACGG UACCGGGGUA AUAGC GCCG GCCAACUCCG UGCCAGCAGC CGCGGUAAUA CGGAGGGCGC GAGCGUUACC CGGAUUCACU GGGCGUAAAG GGCGUG UAG GCGGCCUGGG GCGUCCCAUG UGAAAGACCA CGGCUCAACC GUGGGGGAGC GUGGGAUACG CUCAGGCUAG ACGGUGG GA GAGGGUGGUG GAAUUCCCGG AGUAGCGGUG AAAUGCGCAG AUACCGGGAG GAACGCCGAU GGCGAAGGCA GCCACCUG G UCCACCCGUG ACGCUGAGGC GCGAAAGCGU GGGGAGCAAA CCGGAUUAGA UACCCGGGUA GUCCACGCCC UAAACGAUG CGCGCUAGGU CUCUGGGUCU CCUGGGGGCC GAAGCUAACG CGUUAAGCGC GCCGCCUGGG GAGUACGGCC GCAAGGCUGA AACUCAAAG GAAUUGACGG GGGCCCGCAC AAGCGGUGGA GCAUGUGGUU UAAUUCGAAG CAACGCGAAG AACCUUACCA G GCCUUGAC AUGCUAGGGA ACCCGGGUGA AAGCCUGGGG UGCCCCGCGA GGGGAGCCCU AGCACAGGUG CUGCAUGGCC GU CGUCAGC UCGUGCCGUG AGGUGUUGGG UUAAGUCCCG CAACGAGCGC AACCCCCGCC GUUAGUUGCC AGCGGUUCGG CCG GGCACU CUAACGGGAC UGCCCGCGAA AGCGGGAGGA AGGAGGGGAC GACGUCUGGU CAGCAUGGCC CUUACGGCCU GGGC GACAC ACGUGCUACA AUGCCCACUA CAAAGCGAUG CCACCCGGCA ACGGGGAGCU AAUCGCAAAA AGGUGGGCCC AGUUC GGAU UGGGGUCUGC AACCCGACCC CAUGAAGCCG GAAUCGCUAG UAAUCGCGGA UCAGCCAUGC CGCGGUGAAU ACGUUC CCG GGCCUUGUAC ACACCGCCCG UCACGCCAUG GGAGCGGGCU CUACCCGAAG UCGCCGGGAG CCUACGGGCA GGCGCCG AG GGUAGGGCCC GUGACUGGGG CGAAGUCGUA ACAAGGUAGC UGUACCGGAA GGUGCGGCUG GAUC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 1.06 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 25368

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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