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万見
- EMDB-0026: Neurturin-GFRa2-RET extracellular complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0026
タイトルNeurturin-GFRa2-RET extracellular complex
マップデータConsensus refinement with C2 symmetry applied.
試料
  • 複合体: Neurturin-GFRa2-RET extracellular complex
    • 複合体: Neurturin
      • タンパク質・ペプチド: Neurturin
    • 複合体: GDNF family receptor alpha-2GFRα
      • タンパク質・ペプチド: GDNF family receptor alpha-2GFRα
    • 複合体: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret
      • タンパク質・ペプチド: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret
機能・相同性
機能・相同性情報


glial cell-derived neurotrophic factor receptor activity / glial cell-derived neurotrophic factor receptor binding / glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / Peyer's patch morphogenesis / positive regulation of metanephric glomerulus development / posterior midgut development / ureter maturation / embryonic epithelial tube formation / lymphocyte migration into lymphoid organs / membrane protein proteolysis ...glial cell-derived neurotrophic factor receptor activity / glial cell-derived neurotrophic factor receptor binding / glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / Peyer's patch morphogenesis / positive regulation of metanephric glomerulus development / posterior midgut development / ureter maturation / embryonic epithelial tube formation / lymphocyte migration into lymphoid organs / membrane protein proteolysis / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of neuron maturation / neuron cell-cell adhesion / enteric nervous system development / nerve development / 神経 / plasma membrane protein complex / neuron maturation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / NCAM1 interactions / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / 神経堤 / ureteric bud development / response to pain / extrinsic component of membrane / regulation of axonogenesis / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / positive regulation of cell size / RET signaling / regulation of cell adhesion / cellular response to retinoic acid / NPAS4 regulates expression of target genes / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / 軸索誘導 / growth factor activity / positive regulation of neuron projection development / receptor tyrosine kinase binding / 受容体型チロシンキナーゼ / neuron projection development / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / retina development in camera-type eye / signaling receptor activity / nervous system development / RAF/MAP kinase cascade / protein tyrosine kinase activity / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / エンドソーム / endosome membrane / positive regulation of cell migration / response to xenobiotic stimulus / 神経繊維 / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / protein phosphorylation / 樹状突起 / neuronal cell body / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / シグナル伝達 / extracellular region / ATP binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor alpha 2 / Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor, alpha 1/2 / Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor / GDNF receptor alpha / Glial cell line-derived neurotrophic factor family / GDNF/GAS1 / GDNF/GAS1 domain / GDNF/GAS1 domain / Tyrosine-protein kinase, Ret receptor / Tyrosine-protein kinase receptor Ret, cadherin like domain 3 ...Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor alpha 2 / Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor, alpha 1/2 / Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor / GDNF receptor alpha / Glial cell line-derived neurotrophic factor family / GDNF/GAS1 / GDNF/GAS1 domain / GDNF/GAS1 domain / Tyrosine-protein kinase, Ret receptor / Tyrosine-protein kinase receptor Ret, cadherin like domain 3 / Ret, cadherin like domain 1 / RET, cadherin-like domain 4 / RET Cadherin like domain 1 / RET Cadherin like domain 3 / RET Cadherin like domain 4 / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cadherin domain / Cadherins domain profile. / Cadherin-like / Cadherin-like superfamily / Cystine-knot cytokine / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GDNF family receptor alpha-2 / Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret / Neurturin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.3 Å
データ登録者Bigalke JM / Aibara S / Sandmark J / Amunts A
資金援助 スウェーデン, 2件
OrganizationGrant number国
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
Swedish Research CouncilNT_2015-04107 スウェーデン
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2019
タイトル: Cryo-EM structure of the activated RET signaling complex reveals the importance of its cysteine-rich domain.
著者: Janna M Bigalke / Shintaro Aibara / Robert Roth / Göran Dahl / Euan Gordon / Sarah Dorbéus / A Amunts / Jenny Sandmark /
要旨: Signaling through the receptor tyrosine kinase RET is essential during normal development. Both gain- and loss-of-function mutations are involved in a variety of diseases, yet the molecular details ...Signaling through the receptor tyrosine kinase RET is essential during normal development. Both gain- and loss-of-function mutations are involved in a variety of diseases, yet the molecular details of receptor activation have remained elusive. We have reconstituted the complete extracellular region of the RET signaling complex together with Neurturin (NRTN) and GFRα2 and determined its structure at 5.7-Å resolution by cryo-EM. The proteins form an assembly through RET-GFRα2 and RET-NRTN interfaces. Two key interaction points required for RET extracellular domain binding were observed: (i) the calcium-binding site in RET that contacts GFRα2 domain 3 and (ii) the RET cysteine-rich domain interaction with NRTN. The structure highlights the importance of the RET cysteine-rich domain and allows proposition of a model to explain how complex formation leads to RET receptor dimerization and its activation. This provides a framework for targeting RET activity and for further exploration of mechanisms underlying neurological diseases.
履歴
登録2018年5月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年8月22日-
マップ公開2019年8月14日-
更新2019年12月18日-
現状2019年12月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0367
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0367
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6gl7
  • 表面レベル: 0.0367
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0026.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0026.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Consensus refinement with C2 symmetry applied.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0367 / ムービー #1: 0.0367
最小 - 最大-0.033035327 - 0.098938644
平均 (標準偏差)0.0002195305 (±0.002489064)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 419.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.051.051.05
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z420.000420.000420.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0330.0990.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_0026_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Symmetry expanded refinement as C1

ファイルemd_0026_additional.map
注釈Symmetry expanded refinement as C1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map one for consensus refinement map (C2 all bfacauto.mrc)

ファイルemd_0026_half_map_1.map
注釈Half map one for consensus refinement map (C2_all_bfacauto.mrc)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map two for consensus refinement map (C2 all bfacauto.mrc)

ファイルemd_0026_half_map_2.map
注釈Half map two for consensus refinement map (C2_all_bfacauto.mrc)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Neurturin-GFRa2-RET extracellular complex

全体名称: Neurturin-GFRa2-RET extracellular complex
要素
  • 複合体: Neurturin-GFRa2-RET extracellular complex
    • 複合体: Neurturin
      • タンパク質・ペプチド: Neurturin
    • 複合体: GDNF family receptor alpha-2GFRα
      • タンパク質・ペプチド: GDNF family receptor alpha-2GFRα
    • 複合体: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret
      • タンパク質・ペプチド: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret

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超分子 #1: Neurturin-GFRa2-RET extracellular complex

超分子名称: Neurturin-GFRa2-RET extracellular complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 254 KDa

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超分子 #2: Neurturin

超分子名称: Neurturin / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #3: GDNF family receptor alpha-2

超分子名称: GDNF family receptor alpha-2 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

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超分子 #4: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret

超分子名称: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

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分子 #1: Neurturin

分子名称: Neurturin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.706406 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
ARLGARPCGL RELEVRVSEL GLGYASDETV LFRYCAGACE AAARVYDLGL RRLRQRRRLR RERVRAQPCC RPTAYEDEVS FLDAHSRYH TVHELSAREC ACV

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分子 #2: GDNF family receptor alpha-2

分子名称: GDNF family receptor alpha-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 47.635629 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: SPSSLQGPEL HGWRPPVDCV RANELCAAES NCSSRYRTLR QCLAGRDRNT MLANKECQAA LEVLQESPLY DCRCKRGMKK ELQCLQIYW SIHLGLTEGE EFYEASPYEP VTSRLSDIFR LASIFSGTGA DPVVSAKSNH CLDAAKACNL NDNCKKLRSS Y ISICNREI ...文字列:
SPSSLQGPEL HGWRPPVDCV RANELCAAES NCSSRYRTLR QCLAGRDRNT MLANKECQAA LEVLQESPLY DCRCKRGMKK ELQCLQIYW SIHLGLTEGE EFYEASPYEP VTSRLSDIFR LASIFSGTGA DPVVSAKSNH CLDAAKACNL NDNCKKLRSS Y ISICNREI SPTERCNRRK CHKALRQFFD RVPSEYTYRM LFCSCQDQAC AERRRQTILP SCSYEDKEKP NCLDLRGVCR TD HLCRSRL ADFHANCRAS YQTVTSCPAD NYQACLGSYA GMIGFDMTPN YVDSSPTGIV VSPWCSCRGS GNMEEECEKF LRD FTENPC LRNAIQAFGN GTDVNVSPKG PSFQATQAPR VEKTPSLPDD LSDSTSLGTS VITTCTSVQE QGLKANNSKE LSMC FTELT TNIIPGSNKV IKPNSHHHHH H

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分子 #3: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret

分子名称: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 受容体型チロシンキナーゼ
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 68.651352 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: LYFSRDAYWE KLYVDQAAGT PLLYVHALRD APEEVPSFRL GQHLYGTYRT RLHENNWICI QEDTGLLYLN RSLDHSSWEK LSVRNRGFP LLTVYLKVFL SPTSLREGEC QWPGCARVYF SFFNTSFPAC SSLKPRELCF PETRPSFRIR ENRPPGTFHQ F RLLPVQFL ...文字列:
LYFSRDAYWE KLYVDQAAGT PLLYVHALRD APEEVPSFRL GQHLYGTYRT RLHENNWICI QEDTGLLYLN RSLDHSSWEK LSVRNRGFP LLTVYLKVFL SPTSLREGEC QWPGCARVYF SFFNTSFPAC SSLKPRELCF PETRPSFRIR ENRPPGTFHQ F RLLPVQFL CPNISVAYRL LEGEGLPFRC APDSLEVSTR WALDREQREK YELVAVCTVH AGAREEVVMV PFPVTVYDED DS APTFPAG VDTASAVVEF KRKEDTVVAT LRVFDADVVP ASGELVRRYT STLLPGDTWA QQTFRVEHWP NETSVQANGS FVR ATVHDY RLVLNRNLSI SENRTMQLAV LVNDSDFQGP GAGVLLLHFN VSVLPVSLHL PSTYSLSVSR RARRFAQIGK VCVE NCQAF SGINVQYKLH SSGANCSTLG VVTSAEDTSG ILFVNDTKAL RRPKCAELHY MVVATDQQTS RQAQAQLLVT VEGSY VAEE AGCPLSCAVS KRRLECEECG GLGSPTGRCE WRQGDGKGIT RNFSTCSPST KTCPDGHCDV VETQDINICP QDCLRG SIV GGHEPGEPRG IKAGYGTCNC FPEEEKCFCE PEDIQDPLCD ELCRENLYFQ

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 38.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 186903
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 220
得られたモデル

PDB-6gl7:
Neurturin-GFRa2-RET extracellular complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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