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- EMDB-10105: Structure of Azospirillum brasilense Glutamate Synthase in a4b3 o... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10105
タイトルStructure of Azospirillum brasilense Glutamate Synthase in a4b3 oligomeric state
マップデータPostprocessed final 3D reconstruction of GltS a4b3 oligomeric assembly.
試料
  • 複合体: Glutamate Synthase complex in a4b3 oligomeric state
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate synthase [NADPH] large chain
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate synthase [NADPH] small chain
  • リガンド: FLAVIN MONONUCLEOTIDEフラビンモノヌクレオチド
  • リガンド: FE3-S4 CLUSTER
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER鉄・硫黄クラスター
  • リガンド: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDEフラビンアデニンジヌクレオチド
機能・相同性
機能・相同性情報


グルタミン酸シンターゼ (NADPH) / glutamate synthase (NADPH) activity / L-glutamate biosynthetic process / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / glutamine metabolic process / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glutamate synthase NADPH small chain-like / Glutamate synthase domain / Glutamate synthase, central-N / Glutamine amidotransferases class-II / Conserved region in glutamate synthase / Glutamate synthase central domain / Glutamate synthase, alpha subunit, C-terminal / GXGXG motif / Glutamate synthase, alpha subunit, C-terminal domain superfamily / Dihydroprymidine dehydrogenase domain II ...Glutamate synthase NADPH small chain-like / Glutamate synthase domain / Glutamate synthase, central-N / Glutamine amidotransferases class-II / Conserved region in glutamate synthase / Glutamate synthase central domain / Glutamate synthase, alpha subunit, C-terminal / GXGXG motif / Glutamate synthase, alpha subunit, C-terminal domain superfamily / Dihydroprymidine dehydrogenase domain II / Dihydroprymidine dehydrogenase domain II, 4Fe-4S cluster / Glutamine amidotransferase type 2 domain profile. / Glutamine amidotransferase type 2 domain / Alpha-helical ferredoxin / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate synthase [NADPH] large chain / Glutamate synthase [NADPH] small chain
類似検索 - 構成要素
生物種Azospirillum brasilense (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Swuec P
引用ジャーナル: J Mol Biol / : 2019
タイトル: Cryo-EM Structures of Azospirillum brasilense Glutamate Synthase in Its Oligomeric Assemblies.
著者: Paolo Swuec / Antonio Chaves-Sanjuan / Carlo Camilloni / Maria Antonietta Vanoni / Martino Bolognesi /
要旨: Bacterial NADPH-dependent glutamate synthase (GltS) is a complex iron-sulfur flavoprotein that catalyzes the reductive synthesis of two L-Glu molecules from L-Gln and 2-oxo-glutarate. GltS functional ...Bacterial NADPH-dependent glutamate synthase (GltS) is a complex iron-sulfur flavoprotein that catalyzes the reductive synthesis of two L-Glu molecules from L-Gln and 2-oxo-glutarate. GltS functional unit hosts an α-subunit (αGltS) and a β-subunit (βGltS) that assemble in different αβ oligomers in solution. Here, we present the cryo-electron microscopy structures of Azospirillum brasilense GltS in four different oligomeric states (αβ, αβ, αβ and αβ, in the 3.5- to 4.1-Å resolution range). Our study provides a comprehensive GltS model that details the inter-protomeric assemblies and allows unequivocal location of the FAD cofactor and of two electron transfer [4Fe-4S] clusters within βGltS.
履歴
登録2019年7月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年9月11日-
マップ公開2019年9月11日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.09
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.09
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6s6t
  • 表面レベル: 0.09
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10105.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 111.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Postprocessed final 3D reconstruction of GltS a4b3 oligomeric assembly.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.426 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.09 / ムービー #1: 0.09
最小 - 最大-0.16051036 - 0.6018364
平均 (標準偏差)0.00007343924 (±0.017750837)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ308308308
Spacing308308308
セルA=B=C: 439.208 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.4261.4261.426
M x/y/z308308308
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z439.208439.208439.208
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS308308308
D min/max/mean-0.1610.6020.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_10105_msk_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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追加マップ: Unsharpened final 3D reconstruction of GltS a4b3 oligomeric assembly.

ファイルemd_10105_additional.map
注釈Unsharpened final 3D reconstruction of GltS a4b3 oligomeric assembly.
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: Unsharpened half-map 1 for 3D reconstruction of GltS...

ファイルemd_10105_half_map_1.map
注釈Unsharpened half-map 1 for 3D reconstruction of GltS a4b3 oligomeric assembly.
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: Unsharpened half-map 2 for 3D reconstruction of GltS...

ファイルemd_10105_half_map_2.map
注釈Unsharpened half-map 2 for 3D reconstruction of GltS a4b3 oligomeric assembly.
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : Glutamate Synthase complex in a4b3 oligomeric state

全体名称: Glutamate Synthase complex in a4b3 oligomeric state
要素
  • 複合体: Glutamate Synthase complex in a4b3 oligomeric state
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate synthase [NADPH] large chain
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate synthase [NADPH] small chain
  • リガンド: FLAVIN MONONUCLEOTIDEフラビンモノヌクレオチド
  • リガンド: FE3-S4 CLUSTER
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER鉄・硫黄クラスター
  • リガンド: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDEフラビンアデニンジヌクレオチド

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超分子 #1: Glutamate Synthase complex in a4b3 oligomeric state

超分子名称: Glutamate Synthase complex in a4b3 oligomeric state / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Azospirillum brasilense (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Glutamate synthase [NADPH] large chain

分子名称: Glutamate synthase [NADPH] large chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: グルタミン酸シンターゼ (NADPH)
由来(天然)生物種: Azospirillum brasilense (バクテリア)
分子量理論値: 166.224734 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTTELNQGEQ FVADFRANAA ALTTANAYNP EDEHDACGVG FIAAIDGKPR RSVVEKGIEA LKAVWHRGAV DADGKTGDGA GIHVAVPQK FFKDHVKVIG HRAPDNKLAV GQVFLPRISL DAQEACRCIV ETEILAFGYY IYGWRQVPIN VDIIGEKANA T RPEIEQII ...文字列:
MTTELNQGEQ FVADFRANAA ALTTANAYNP EDEHDACGVG FIAAIDGKPR RSVVEKGIEA LKAVWHRGAV DADGKTGDGA GIHVAVPQK FFKDHVKVIG HRAPDNKLAV GQVFLPRISL DAQEACRCIV ETEILAFGYY IYGWRQVPIN VDIIGEKANA T RPEIEQII VGNNKGVSDE QFELDLYIIR RRIEKAVKGE QINDFYICSL SARSIIYKGM FLAEQLTTFY PDLLDERFES DF AIYHQRY STNTFPTWPL AQPFRMLAHN GEINTVKGNV NWMKAHETRM EHPAFGTHMQ DLKPVIGVGL SDSGSLDTVF EVM VRAGRT APMVKMMLVP QALTSSQTTP DNHKALIQYC NSVMEPWDGP AALAMTDGRW VVGGMDRNGL RPMRYTITTD GLII GGSET GMVKIDETQV IEKGRLGPGE MIAVDLQSGK LYRDRELKDH LATLKPWDKW VQNTTHLDEL VKTASLKGEP SDMDK AELR RRQQAFGLTM EDMELILHPM VEDGKEAIGS MGDDSPIAVL SDKYRGLHHF FRQNFSQVTN PPIDSLRERR VMSLKT RLG NLGNILDEDE TQTRLLQLES PVLTTAEFRA MRDYMGDTAA EIDATFPVDG GPEALRDALR RIRQETEDAV RGGATHV IL TDEAMGPARA AIPAILATGA VHTHLIRSNL RTFTSLNVRT AEGLDTHYFA VLIGVGATTV NAYLAQEAIA ERHRRGLF G SMPLEKGMAN YKKAIDDGLL KIMSKMGISV ISSYRGGGNF EAIGLSRALV AEHFPAMVSR ISGIGLNGIQ KKVLEQHAT AYNEEVVALP VGGFYRFRKS GDRHGWEGGV IHTLQQAVTN DSYTTFKKYS EQVNKRPPMQ LRDLLELRST KAPVPVDEVE SITAIRKRF ITPGMSMGAL SPEAHGTLNV AMNRIGAKSD SGEGGEDPAR FRPDKNGDNW NSAIKQVASG RFGVTAEYLN Q CRELEIKV AQGAKPGEGG QLPGFKVTEM IARLRHSTPG VMLISPPPHH DIYSIEDLAQ LIYDLKQINP DAKVTVKLVS RS GIGTIAA GVAKANADII LISGNSGGTG ASPQTSIKFA GLPWEMGLSE VHQVLTLNRL RHRVRLRTDG GLKTGRDIVI AAM LGAEEF GIGTASLIAM GCIMVRQCHS NTCPVGVCVQ DDKLRQKFVG TPEKVVNLFT FLAEEVREIL AGLGFRSLNE VIGR TDLLH QVSRGAEHLD DLDLNPRLAQ VDPGENARYC TLQGRNEVPD TLDARIVADA RPLFEEGEKM QLAYNARNTQ RAIGT RLSS MVTRKFGMFG LQPGHITIRL RGTAGQSLGA FAVQGIKLEV MGDANDYVGK GLSGGTIVVR PTTSSPLETN KNTIIG NTV LYGATAGKLF AAGQAGERFA VRNSGATVVV EGCGSNGCEY MTGGTAVILG RVGDNFAAGM TGGMAYVYDL DDSLPLY IN DESVIFQRIE VGHYESQLKH LIEEHVTETQ SRFAAEILND WAREVTKFWQ VVPKEMLNRL EVPVHLPKAI SAE

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分子 #2: Glutamate synthase [NADPH] small chain

分子名称: Glutamate synthase [NADPH] small chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: グルタミン酸シンターゼ (NADPH)
由来(天然)生物種: Azospirillum brasilense (バクテリア)
分子量理論値: 52.425109 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MANQRMLGFV HTAQRMPDKR PAAERRQDFA EIYARFSDER ANEQANRCSQ CGVPFCQVHC PVSNNIPDWL KLTSEGRLEE AYEVSQATN NFPEICGRIC PQDRLCEGNC VIEQSTHGAV TIGSVEKYIN DTAWDQGWVK PRTPSRELGL SVGVIGAGPA G LAAAEELR ...文字列:
MANQRMLGFV HTAQRMPDKR PAAERRQDFA EIYARFSDER ANEQANRCSQ CGVPFCQVHC PVSNNIPDWL KLTSEGRLEE AYEVSQATN NFPEICGRIC PQDRLCEGNC VIEQSTHGAV TIGSVEKYIN DTAWDQGWVK PRTPSRELGL SVGVIGAGPA G LAAAEELR AKGYEVHVYD RYDRMGGLLV YGIPGFKLEK SVVERRVKLL ADAGVIYHPN FEVGRDASLP ELRRKHVAVL VA TGVYKAR DIKAPGSGLG NIVAALDYLT TSNKVSLGDT VEAYENGSLN AAGKHVVVLG GGDTAMDCVR TAIRQGATSV KCL YRRDRK NMPGSQREVA HAEEEGVEFI WQAAPEGFTG DTVVTGVRAV RIHLGVADAT GRQTPQVIEG SEFTVQADLV IKAL GFEPE DLPNAFDEPE LKVTRWGTLL VDHRTKMTNM DGVFAAGDIV RGASLVVWAI RDGRDAAEGI HAYAKAKAEA PVAVA AE

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分子 #3: FLAVIN MONONUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN MONONUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / : FMN
分子量理論値: 456.344 Da
Chemical component information

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN / フラビンモノヌクレオチド

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分子 #4: FE3-S4 CLUSTER

分子名称: FE3-S4 CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / : F3S
分子量理論値: 295.795 Da
Chemical component information

ChemComp-F3S:
FE3-S4 CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

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分子 #5: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 6 / : SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄 / 鉄・硫黄クラスター

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分子 #6: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / : FAD
分子量理論値: 785.55 Da
Chemical component information

ChemComp-FAD:
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / FAD*YM / フラビンアデニンジヌクレオチド

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1.13)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: NEGATIVE STAIN EM RECONSTRUCTION
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 47735
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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