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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7127 | |||||||||
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タイトル | Structure of the cold- and menthol-sensing ion channel TRPM8 | |||||||||
マップデータ | Single-particle cryo-EM reconstruction of Transient Receptor Potential Melastatin channel TRPM8. | |||||||||
試料 |
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キーワード | cold sensor / menthol sensor / calcium-permeable ion channel / ion channel (イオンチャネル) / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 detection of temperature stimulus / sensory perception of temperature stimulus / monoatomic cation transmembrane transport / monoatomic ion channel activity / 生体膜 / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Ficedula albicollis (シロエリヒタキ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Yin Y / Wu M | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2018 タイトル: Structure of the cold- and menthol-sensing ion channel TRPM8. 著者: Ying Yin / Mengyu Wu / Lejla Zubcevic / William F Borschel / Gabriel C Lander / Seok-Yong Lee / 要旨: Transient receptor potential melastatin (TRPM) cation channels are polymodal sensors that are involved in a variety of physiological processes. Within the TRPM family, member 8 (TRPM8) is the primary ...Transient receptor potential melastatin (TRPM) cation channels are polymodal sensors that are involved in a variety of physiological processes. Within the TRPM family, member 8 (TRPM8) is the primary cold and menthol sensor in humans. We determined the cryo-electron microscopy structure of the full-length TRPM8 from the collared flycatcher at an overall resolution of ~4.1 ångstroms. Our TRPM8 structure reveals a three-layered architecture. The amino-terminal domain with a fold distinct among known TRP structures, together with the carboxyl-terminal region, forms a large two-layered cytosolic ring that extensively interacts with the transmembrane channel layer. The structure suggests that the menthol-binding site is located within the voltage-sensor-like domain and thus provides a structural glimpse of the design principle of the molecular transducer for cold and menthol sensation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7127.map.gz | 59.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7127-v30.xml emd-7127.xml | 17.8 KB 17.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_7127_fsc.xml | 9.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_7127.png | 196.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-7127.cif.gz | 6.3 KB | ||
その他 | emd_7127_half_map_1.map.gz emd_7127_half_map_2.map.gz | 45.8 MB 45.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7127 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7127 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7127.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Single-particle cryo-EM reconstruction of Transient Receptor Potential Melastatin channel TRPM8. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.31 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: Odd half map
ファイル | emd_7127_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Odd half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Even half map
ファイル | emd_7127_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Even half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8 ...
全体 | 名称: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8 (TRPM8) |
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要素 |
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-超分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8 ...
超分子 | 名称: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8 (TRPM8) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Ficedula albicollis (シロエリヒタキ) |
-分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
分子 | 名称: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Ficedula albicollis (シロエリヒタキ) |
分子量 | 理論値: 107.845281 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)CDTDSETLY DLMTQHWHLK TPNLVISVTG GAKNFALKPR MRKIFSRLIY IAQSKGAWIF T GGTHYGLM ...文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)CDTDSETLY DLMTQHWHLK TPNLVISVTG GAKNFALKPR MRKIFSRLIY IAQSKGAWIF T GGTHYGLM KYIGEVVRDN TISRSSEENV VAIGIA(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)LKRDPLYCL DNNHTHLLLV DN GTHGHPT IEAKVRTQLE KYISERVIPE SNYGGKIPIV CFAQGGGKET LKSINVAIKS KIPCVVVEGS GRIADVIASL VEA EGTLAS SCVKESLLRF LPRTISRLSE EETESWIKWI KEVLESPHLL TVIKIEEAGD EIVSNAISFA LYKAFSTNEH DRDN WNGQL KLLLEWNQLD LASDEIFTND RNWESADLQD VMFTALVKDR PKFVRLFLEN GLNLRKFLTT EVLRELYTNN FSSLV FKNL QIAKNSYNDA LLTFVWKMVE DFRRGAKRDD KNSKDEMEIE LSEECPITRH PLQALFIWSV LQNKKELSKV IWEQTR GCT LAALGASKLL KSMAKVKNDI NAAGESEELA NEYETRAVEL FTECYSNDED LAEQLLTYSC EAWGGSNCLE LAVEARD QQ FIAQPGVQNF LSKQWYGEIS RDTKNWKIIL CLFFFPLIGC GFISFRKKPV EKTKKLFLYY VSFFTSPFVV FSWNVIFY I AFLLLFAYVL LMDFQKEPTA LEIILYVLVF ILLCDEVRQW YMNGSKYFSD LWNVMDTLAI FYFIAGIVFR LHSDESSWY SGRVIFCLDY IVFTLRLIHI FTVSRNLGPK IIMLQRMMID VFFFLFLFAV WMVAFGVARQ GILRKNEHRW EWIFRSVIYE PYLAMFGQY PDDIDGTTYN FDHCTFSGNE SKPLCVELDA NNQPRFPEWI TIPLVCIYML STNILLVNLL VAMFGYTVGS V QENNDQVW KFQRFFLVQE YCSRLT(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)RNEDN EILAWEAVMK ENYLVKINT(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 詳細: 15 mA |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 22500 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-48 / 実像数: 8367 / 平均露光時間: 12.0 sec. / 平均電子線量: 56.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 96 |
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得られたモデル | PDB-6bpq: |