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- EMDB-7127: Structure of the cold- and menthol-sensing ion channel TRPM8 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7127
タイトルStructure of the cold- and menthol-sensing ion channel TRPM8
マップデータSingle-particle cryo-EM reconstruction of Transient Receptor Potential Melastatin channel TRPM8.
試料
  • 複合体: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8 (TRPM8)
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
キーワードcold sensor / menthol sensor / calcium-permeable ion channel / ion channel (イオンチャネル) / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of temperature stimulus / sensory perception of temperature stimulus / monoatomic cation transmembrane transport / monoatomic ion channel activity / 生体膜 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8 / TRPM, SLOG domain / SLOG in TRPM / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Ficedula albicollis (シロエリヒタキ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Yin Y / Wu M
引用ジャーナル: Science / : 2018
タイトル: Structure of the cold- and menthol-sensing ion channel TRPM8.
著者: Ying Yin / Mengyu Wu / Lejla Zubcevic / William F Borschel / Gabriel C Lander / Seok-Yong Lee /
要旨: Transient receptor potential melastatin (TRPM) cation channels are polymodal sensors that are involved in a variety of physiological processes. Within the TRPM family, member 8 (TRPM8) is the primary ...Transient receptor potential melastatin (TRPM) cation channels are polymodal sensors that are involved in a variety of physiological processes. Within the TRPM family, member 8 (TRPM8) is the primary cold and menthol sensor in humans. We determined the cryo-electron microscopy structure of the full-length TRPM8 from the collared flycatcher at an overall resolution of ~4.1 ångstroms. Our TRPM8 structure reveals a three-layered architecture. The amino-terminal domain with a fold distinct among known TRP structures, together with the carboxyl-terminal region, forms a large two-layered cytosolic ring that extensively interacts with the transmembrane channel layer. The structure suggests that the menthol-binding site is located within the voltage-sensor-like domain and thus provides a structural glimpse of the design principle of the molecular transducer for cold and menthol sensation.
履歴
登録2017年11月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年12月13日-
マップ公開2017年12月13日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(円筒半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6bpq
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7127.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Single-particle cryo-EM reconstruction of Transient Receptor Potential Melastatin channel TRPM8.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.31 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.07 / ムービー #1: 0.07
最小 - 最大-0.14530556 - 0.25385612
平均 (標準偏差)0.0004807912 (±0.010748679)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 335.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.311.311.31
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z335.360335.360335.360
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-200-200-200
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.1450.2540.000

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添付データ

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ハーフマップ: Odd half map

ファイルemd_7127_half_map_1.map
注釈Odd half map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

-
ハーフマップ: Even half map

ファイルemd_7127_half_map_2.map
注釈Even half map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8 ...

全体名称: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8 (TRPM8)
要素
  • 複合体: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8 (TRPM8)
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8

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超分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8 ...

超分子名称: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8 (TRPM8)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Ficedula albicollis (シロエリヒタキ)

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分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8

分子名称: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ficedula albicollis (シロエリヒタキ)
分子量理論値: 107.845281 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)CDTDSETLY DLMTQHWHLK TPNLVISVTG GAKNFALKPR MRKIFSRLIY IAQSKGAWIF T GGTHYGLM ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)CDTDSETLY DLMTQHWHLK TPNLVISVTG GAKNFALKPR MRKIFSRLIY IAQSKGAWIF T GGTHYGLM KYIGEVVRDN TISRSSEENV VAIGIA(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)LKRDPLYCL DNNHTHLLLV DN GTHGHPT IEAKVRTQLE KYISERVIPE SNYGGKIPIV CFAQGGGKET LKSINVAIKS KIPCVVVEGS GRIADVIASL VEA EGTLAS SCVKESLLRF LPRTISRLSE EETESWIKWI KEVLESPHLL TVIKIEEAGD EIVSNAISFA LYKAFSTNEH DRDN WNGQL KLLLEWNQLD LASDEIFTND RNWESADLQD VMFTALVKDR PKFVRLFLEN GLNLRKFLTT EVLRELYTNN FSSLV FKNL QIAKNSYNDA LLTFVWKMVE DFRRGAKRDD KNSKDEMEIE LSEECPITRH PLQALFIWSV LQNKKELSKV IWEQTR GCT LAALGASKLL KSMAKVKNDI NAAGESEELA NEYETRAVEL FTECYSNDED LAEQLLTYSC EAWGGSNCLE LAVEARD QQ FIAQPGVQNF LSKQWYGEIS RDTKNWKIIL CLFFFPLIGC GFISFRKKPV EKTKKLFLYY VSFFTSPFVV FSWNVIFY I AFLLLFAYVL LMDFQKEPTA LEIILYVLVF ILLCDEVRQW YMNGSKYFSD LWNVMDTLAI FYFIAGIVFR LHSDESSWY SGRVIFCLDY IVFTLRLIHI FTVSRNLGPK IIMLQRMMID VFFFLFLFAV WMVAFGVARQ GILRKNEHRW EWIFRSVIYE PYLAMFGQY PDDIDGTTYN FDHCTFSGNE SKPLCVELDA NNQPRFPEWI TIPLVCIYML STNILLVNLL VAMFGYTVGS V QENNDQVW KFQRFFLVQE YCSRLT(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)RNEDN EILAWEAVMK ENYLVKINT(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 詳細: 15 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-48 / 実像数: 8367 / 平均露光時間: 12.0 sec. / 平均電子線量: 56.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3142841
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: A 3D reconstruction of TRPM8 was obtained from pilot cryo-EM studies using a 60-Angstrom low-pass filtered map of EMD-8764. An initial model was generated from this 3D reconstruction low-pass ...詳細: A 3D reconstruction of TRPM8 was obtained from pilot cryo-EM studies using a 60-Angstrom low-pass filtered map of EMD-8764. An initial model was generated from this 3D reconstruction low-pass filtered to 30 Angstrom resolution.
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1b1)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1b1)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1b1) / 使用した粒子像数: 19740
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 96
得られたモデル

PDB-6bpq:
Structure of the cold- and menthol-sensing ion channel TRPM8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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