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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5494 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of short shafted adenovirus type 5 complexed with factor X | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of Ad5 with short fiber in complex with factor X | |||||||||
試料 |
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キーワード | short shafted adenovirus type 5 / factor X (第X因子) / cryo-EM structure determination | |||||||||
生物種 | Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Doronin K / Flatt JW / Di Paolo NC / Khare R / Kalyuzhniy O / Acchione M / Sumida JP / Ohto U / Shimizu T / Akashi-Takamura S ...Doronin K / Flatt JW / Di Paolo NC / Khare R / Kalyuzhniy O / Acchione M / Sumida JP / Ohto U / Shimizu T / Akashi-Takamura S / Miyake K / MacDonald JW / Bammler TK / Beyer RP / Farin FM / Stewart PL / Shayakhmetov DM | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2012 タイトル: Coagulation factor X activates innate immunity to human species C adenovirus. 著者: Konstantin Doronin / Justin W Flatt / Nelson C Di Paolo / Reeti Khare / Oleksandr Kalyuzhniy / Mauro Acchione / John P Sumida / Umeharu Ohto / Toshiyuki Shimizu / Sachiko Akashi-Takamura / ...著者: Konstantin Doronin / Justin W Flatt / Nelson C Di Paolo / Reeti Khare / Oleksandr Kalyuzhniy / Mauro Acchione / John P Sumida / Umeharu Ohto / Toshiyuki Shimizu / Sachiko Akashi-Takamura / Kensuke Miyake / James W MacDonald / Theo K Bammler / Richard P Beyer / Frederico M Farin / Phoebe L Stewart / Dmitry M Shayakhmetov / 要旨: Although coagulation factors play a role in host defense for "living fossils" such as horseshoe crabs, the role of the coagulation system in immunity in higher organisms remains unclear. We modeled ...Although coagulation factors play a role in host defense for "living fossils" such as horseshoe crabs, the role of the coagulation system in immunity in higher organisms remains unclear. We modeled the interface of human species C adenovirus (HAdv) interaction with coagulation factor X (FX) and introduced a mutation that abrogated formation of the HAdv-FX complex. In vivo genome-wide transcriptional profiling revealed that FX-binding-ablated virus failed to activate a distinct network of nuclear factor κB-dependent early-response genes that are activated by HAdv-FX complex downstream of TLR4/MyD88/TRIF/TRAF6 signaling. Our study implicates host factor "decoration" of the virus as a mechanism to trigger an innate immune sensor that responds to a misplacement of coagulation FX from the blood into intracellular macrophage compartments upon virus entry into the cell. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5494.map.gz | 233.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5494-v30.xml emd-5494.xml | 11.5 KB 11.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5494.jpg | 107.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5494 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5494 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5494.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 976.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of Ad5 with short fiber in complex with factor X | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.25 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Complex of Ad5-short-fiber with factor X
全体 | 名称: Complex of Ad5-short-fiber with factor X |
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要素 |
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-超分子 #1000: Complex of Ad5-short-fiber with factor X
超分子 | 名称: Complex of Ad5-short-fiber with factor X / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 240 factor X molecules bind to one Ad virion / Number unique components: 2 |
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分子量 | 理論値: 164 MDa |
-超分子 #1: Human adenovirus 5
超分子 | 名称: Human adenovirus 5 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Human adenovirus type 5 with short fiber / NCBI-ID: 28285 / 生物種: Human adenovirus 5 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Human adenovirus type 5 with short fiber |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES |
分子量 | 理論値: 150 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: Capsid / 直径: 1170 Å / T番号(三角分割数): 25 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.6 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.6 / 詳細: 50mM Tris, 150mM NaCl, 2mM CaCl2, 2mM MgCl2 |
グリッド | 詳細: Quantifoil R2/4 holey carbon grids, glow discharged |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 30 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 手法: Blot for 6 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 400000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.1 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 310000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: OTHER |
温度 | 平均: 90 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 300,000 times magnification Legacy - Electron beam tilt params: 0 |
詳細 | Low dose |
日付 | 2010年11月12日 |
撮影 | カテゴリ: FILM フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 1101 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16 |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Each particle |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Frealign / 使用した粒子像数: 520 |
詳細 | The particles were selected with an in-house script and processed using Frealign |