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- EMDB-3752: The cryo-EM structure of Tick-borne encephalitis virus mature particle -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3752
タイトルThe cryo-EM structure of Tick-borne encephalitis virus mature particle
マップデータMature tick-borne encephalitis virus particle
試料
  • ウイルス: Tick-borne encephalitis virus (strain HYPR) (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Envelope proteinエンベロープ (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Small envelope protein M
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / double-stranded RNA binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity ...フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / double-stranded RNA binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / structural molecule activity / virion attachment to host cell / virion membrane / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B ...: / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種TBEV (ダニ媒介脳炎ウイルス) / Tick-borne encephalitis virus (strain HYPR) (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Fuzik T / Plevka P
資金援助 チェコ, ドイツ, 3件
OrganizationGrant number
European Research Council355855
Czech Science Foundation17-02196S チェコ
European Molecular Biology OrganizationIG3041 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2018
タイトル: Structure of tick-borne encephalitis virus and its neutralization by a monoclonal antibody.
著者: Tibor Füzik / Petra Formanová / Daniel Růžek / Kentaro Yoshii / Matthias Niedrig / Pavel Plevka /
要旨: Tick-borne encephalitis virus (TBEV) causes 13,000 cases of human meningitis and encephalitis annually. However, the structure of the TBEV virion and its interactions with antibodies are unknown. ...Tick-borne encephalitis virus (TBEV) causes 13,000 cases of human meningitis and encephalitis annually. However, the structure of the TBEV virion and its interactions with antibodies are unknown. Here, we present cryo-EM structures of the native TBEV virion and its complex with Fab fragments of neutralizing antibody 19/1786. Flavivirus genome delivery depends on membrane fusion that is triggered at low pH. The virion structure indicates that the repulsive interactions of histidine side chains, which become protonated at low pH, may contribute to the disruption of heterotetramers of the TBEV envelope and membrane proteins and induce detachment of the envelope protein ectodomains from the virus membrane. The Fab fragments bind to 120 out of the 180 envelope glycoproteins of the TBEV virion. Unlike most of the previously studied flavivirus-neutralizing antibodies, the Fab fragments do not lock the E-proteins in the native-like arrangement, but interfere with the process of virus-induced membrane fusion.
履歴
登録2017年6月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年7月12日-
マップ公開2018年2月7日-
更新2020年7月29日-
現状2020年7月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 2.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(半径に従い着色)
  • 表面レベル: 2.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5o6a
  • 表面レベル: 2.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5o6a
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3752.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Mature tick-borne encephalitis virus particle
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.45 Å
密度
表面レベル登録者による: 2.8 / ムービー #1: 2.8
最小 - 最大-7.8213224 - 14.608998
平均 (標準偏差)0.731232700 (±0.99999994)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZXY
Origin-180-180-180
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 522.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.451.451.45
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z522.000522.000522.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-180-180-180
NX/NY/NZ360360360
MAP C/R/S312
start NC/NR/NS-180-180-180
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-7.82114.6090.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Tick-borne encephalitis virus (strain HYPR)

全体名称: Tick-borne encephalitis virus (strain HYPR) (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Tick-borne encephalitis virus (strain HYPR) (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Envelope proteinエンベロープ (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Small envelope protein M
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Tick-borne encephalitis virus (strain HYPR)

超分子名称: Tick-borne encephalitis virus (strain HYPR) / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 / NCBI-ID: 70733 / 生物種: Tick-borne encephalitis virus (strain HYPR) / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
分子量理論値: 22 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Mature particle / 直径: 500.0 Å / T番号(三角分割数): 3

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分子 #1: Envelope protein

分子名称: Envelope protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: フラビビリン
由来(天然)生物種: TBEV (ダニ媒介脳炎ウイルス) / : Hypr
分子量理論値: 53.667418 KDa
配列文字列: SRCTHLENRD FVTGTQGTTR VTLVLELGGC VTITAEGKPS MDVWLDAIYQ ENPAQTREYC LHAKLSDTKV AARCPTMGPA TLAEEHQGG TVCKRDQSDR GWGNHCGLFG KGSIVACVKA ACEAKKKATG HVYDANKIVY TVKVEPHTGD YVAANETHSG R KTASFTVS ...文字列:
SRCTHLENRD FVTGTQGTTR VTLVLELGGC VTITAEGKPS MDVWLDAIYQ ENPAQTREYC LHAKLSDTKV AARCPTMGPA TLAEEHQGG TVCKRDQSDR GWGNHCGLFG KGSIVACVKA ACEAKKKATG HVYDANKIVY TVKVEPHTGD YVAANETHSG R KTASFTVS SEKTILTMGE YGDVSLLCRV ASGVDLAQTV ILELDKTVEH LPTAWQVHRD WFNDLALPWK HEGARNWNNA ER LVEFGAP HAVKMDVYNL GDQTGVLLKA LAGVPVAHIE GTKYHLKSGH VTCEVGLEKL KMKGLTYTMC DKTKFTWKRA PTD SGHDTV VMEVTFSGTK PCRIPVRAVA HGSPDVNVAM LITPNPTIEN NGGGFIEMQL PPGDNIIYVG ELSYQWFQKG SSIG RVFQK TKKGIERLTV IGEHAWDFGS AGGFLSSIGK ALHTVLGGAF NSIFGGVGFL PKLLLGVALA WLGLNMRNPT MSMSF LLAG VLVLAMTLGV GA

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分子 #2: Small envelope protein M

分子名称: Small envelope protein M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: フラビビリン
由来(天然)生物種: TBEV (ダニ媒介脳炎ウイルス) / : Hypr
分子量理論値: 8.339867 KDa
配列文字列:
SVLIPSHAQG ELTGRGHKWL EGDSLRTHLT RVEGWVWKNR LLALAMVTVV WLTLESVVTR VAVLVVLLCL APVYA

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / : NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8.5
構成要素:
濃度名称
20.0 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタンTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタン
120.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium cloride
1.0 mMEDTAエチレンジアミン四酢酸Ethylenediaminetetraacetic acidエチレンジアミン四酢酸
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: NITROGEN / 前処理 - 気圧: 0.007 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Wait time: 10 s Blot time: 2 s Blot force: -2 Drain time: 0 s.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.0 µm / 倍率(補正後): 75000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-7 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5426 / 平均露光時間: 0.5 sec. / 平均電子線量: 22.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 19111
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06)
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
Projection matching processing - Angular sampling: 7.5 degrees
ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / ソフトウェア - 詳細: 3dautorefine
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / ソフトウェア - 詳細: 3dautorefine
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / ソフトウェア - 詳細: 3dautorefine / 使用した粒子像数: 11882
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 1-395
詳細An initial model was generated based on the known crystal structure of the ecto-domain (PDB:1SVB), Dengue virus type 2 and the Zika virus (PDB:5IRE,3J27) using the program Modeller. The model was rigid-body fitted to the electron density map of the TBEV particle using the program Chimera. Subsequently, the structure was manually corrected using the program Coot, followed by real-space refinement in Phenix and reciprocal space refinement in Refmac5.
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-5o6a:
The cryo-EM structure of Tick-borne encephalitis virus mature particle

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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