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- EMDB-34743: GroEL on Quantifoil grid -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34743
タイトルGroEL on Quantifoil grid
マップデータ
試料
  • 複合体: GroEL
    • タンパク質・ペプチド: GroEL
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Fujita J / Makino F / Asahara H / Moriguchi M / Kumano S / Anzai I / Kishikawa J / Matsuura Y / Kato T / Namba K / Inoue T
資金援助 日本, 7件
OrganizationGrant number国
Japan Science and TechnologyJPMJOP1861 日本
New Energy and Industrial Technology Development Organization (NEDO)16102003-0 日本
New Energy and Industrial Technology Development Organization (NEDO)17101509-0 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP25000013 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20K22630 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP19am0101117 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP17pc0101020 日本
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2023
タイトル: Epoxidized graphene grid for highly efficient high-resolution cryoEM structural analysis.
著者: Junso Fujita / Fumiaki Makino / Haruyasu Asahara / Maiko Moriguchi / Shota Kumano / Itsuki Anzai / Jun-Ichi Kishikawa / Yoshiharu Matsuura / Takayuki Kato / Keiichi Namba / Tsuyoshi Inoue /
要旨: Functionalization of graphene is one of the most important fundamental technologies in a wide variety of fields including industry and biochemistry. We have successfully achieved a novel oxidative ...Functionalization of graphene is one of the most important fundamental technologies in a wide variety of fields including industry and biochemistry. We have successfully achieved a novel oxidative modification of graphene using photoactivated ClO as a mild oxidant and confirmed the oxidized graphene grid is storable with its functionality for at least three months under N atmosphere. Subsequent chemical functionalization enabled us to develop an epoxidized graphene grid (EG-grid™), which effectively adsorbs protein particles for electron cryomicroscopy (cryoEM) image analysis. The EG-grid dramatically improved the particle density and orientation distribution. The density maps of GroEL and glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) were reconstructed at 1.99 and 2.16 Å resolution from only 504 and 241 micrographs, respectively. A sample solution of 0.1 mg ml was sufficient to reconstruct a 3.10 Å resolution map of SARS-CoV-2 spike protein from 1163 micrographs. The map resolutions of β-galactosidase and apoferritin easily reached 1.81 Å and 1.29 Å resolution, respectively, indicating its atomic-resolution imaging capability. Thus, the EG-grid will be an extremely powerful tool for highly efficient high-resolution cryoEM structural analysis of biological macromolecules.
履歴
登録2022年11月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月22日-
マップ公開2023年2月22日-
更新2023年2月22日-
現状2023年2月22日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34743.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34743.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.867 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.031231359 - 0.059302393
平均 (標準偏差)0.0002490783 (±0.0021177605)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 312.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_34743_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Filtered map

ファイルemd_34743_additional_1.map
注釈Filtered map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34743_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34743_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : GroEL

全体名称: GroEL
要素
  • 複合体: GroEL
    • タンパク質・ペプチド: GroEL

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超分子 #1: GroEL

超分子名称: GroEL / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: The sample was purchased from TaKaRa Bio Inc. (Product code 7330).
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 802 KDa

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分子 #1: GroEL

分子名称: GroEL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAAKDVKFGN DARVKMLRGV NVLADAVKVT LGPKGRNVVL DKSFGAPTIT KDGVSVAREI ELEDKFENMG AQMVKEVASK ANDAAGDGTT TATVLAQAII TEGLKAVAAG MNPMDLKRGI DKAVTAAVEE LKALSVPCSD SKAIAQVGTI SANSDETVGK LIAEAMDKVG ...文字列:
MAAKDVKFGN DARVKMLRGV NVLADAVKVT LGPKGRNVVL DKSFGAPTIT KDGVSVAREI ELEDKFENMG AQMVKEVASK ANDAAGDGTT TATVLAQAII TEGLKAVAAG MNPMDLKRGI DKAVTAAVEE LKALSVPCSD SKAIAQVGTI SANSDETVGK LIAEAMDKVG KEGVITVEDG TGLQDELDVV EGMQFDRGYL SPYFINKPET GAVELESPFI LLADKKISNI REMLPVLEAV AKAGKPLLII AEDVEGEALA TLVVNTMRGI VKVAAVKAPG FGDRRKAMLQ DIATLTGGTV ISEEIGMELE KATLEDLGQA KRVVINKDTT TIIDGVGEEA AIQGRVAQIR QQIEEATSDY DREKLQERVA KLAGGVAVIK VGAATEVEMK EKKARVEDAL HATRAAVEEG VVAGGGVALI RVASKLADLR GQNEDQNVGI KVALRAMEAP LRQIVLNCGE EPSVVANTVK GGDGNYGYNA ATEEYGNMID MGILDPTKVT RSALQYAASV AGLMITTECM VTDLPKNDAA DLGAAGGMGG MGGMGGMM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMHEPES2-[4-(2-Hydroxyethyl)-1-piperazinyl]ethanesulfonic acid
50.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 60000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 3.3 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2

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画像解析

粒子像選択選択した数: 39492
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D7 (2回x7回 2面回転対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 20061
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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