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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28712 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | CryoEM reconstruction of membrane-bound, left-handed CHMP1B+IST1 filament with 40% cholesterol | ||||||||||||||||||||||||
マップデータ | Left-handed, 17-subunit-per-turn, membrane-bound CHMP1B/IST1 with 40% cholesterol.利き手 | ||||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | ESCRT (ESCRT) / brominated / lipid (脂質) / membrane (生体膜) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral capsid secondary envelopment / MIT domain binding / abscission / amphisome membrane / multivesicular body-lysosome fusion / vesicle fusion with vacuole / ESCRT III complex disassembly / late endosome to lysosome transport / ESCRT III complex / endosome transport via multivesicular body sorting pathway ...viral capsid secondary envelopment / MIT domain binding / abscission / amphisome membrane / multivesicular body-lysosome fusion / vesicle fusion with vacuole / ESCRT III complex disassembly / late endosome to lysosome transport / ESCRT III complex / endosome transport via multivesicular body sorting pathway / kinetochore microtubule / cytoskeleton-dependent cytokinesis / collateral sprouting / regulation of centrosome duplication / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / nuclear membrane reassembly / multivesicular body sorting pathway / positive regulation of collateral sprouting / midbody abscission / membrane coat / membrane fission / plasma membrane repair / late endosome to vacuole transport / multivesicular body membrane / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / multivesicular body assembly / regulation of mitotic spindle assembly / Flemming body / nucleus organization / mitotic metaphase chromosome alignment / viral budding via host ESCRT complex / autophagosome maturation / autophagosome membrane / positive regulation of proteolysis / 小胞小管クラスター / viral release from host cell / 核膜孔 / エンドソーム / viral budding from plasma membrane / establishment of protein localization / protein localization / 動原体 / オートファジー / azurophil granule lumen / protein transport / 核膜 / midbody / endosome membrane / cadherin binding / lysosomal membrane / protein domain specific binding / 細胞分裂 / intracellular membrane-bounded organelle / 中心体 / クロマチン / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / extracellular exosome / extracellular region / 核質 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Moss FR / Frost A | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 7件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020 タイトル: Membrane constriction and thinning by sequential ESCRT-III polymerization. 著者: Henry C Nguyen / Nathaniel Talledge / John McCullough / Abhimanyu Sharma / Frank R Moss / Janet H Iwasa / Michael D Vershinin / Wesley I Sundquist / Adam Frost / 要旨: The endosomal sorting complexes required for transport (ESCRTs) mediate diverse membrane remodeling events. These typically require ESCRT-III proteins to stabilize negatively curved membranes; ...The endosomal sorting complexes required for transport (ESCRTs) mediate diverse membrane remodeling events. These typically require ESCRT-III proteins to stabilize negatively curved membranes; however, recent work has indicated that certain ESCRT-IIIs also participate in positive-curvature membrane-shaping reactions. ESCRT-IIIs polymerize into membrane-binding filaments, but the structural basis for negative versus positive membrane remodeling by these proteins remains poorly understood. To learn how certain ESCRT-IIIs shape positively curved membranes, we determined structures of human membrane-bound CHMP1B-only, membrane-bound CHMP1B + IST1, and IST1-only filaments by cryo-EM. Our structures show how CHMP1B first polymerizes into a single-stranded helical filament, shaping membranes into moderate-curvature tubules. Subsequently, IST1 assembles a second strand on CHMP1B, further constricting the membrane tube and reducing its diameter nearly to the fission point. Each step of constriction thins the underlying bilayer, lowering the barrier to membrane fission. Our structures reveal how a two-component, sequential polymerization mechanism drives membrane tubulation, constriction and bilayer thinning. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28712.map.gz | 71.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-28712-v30.xml emd-28712.xml | 21.9 KB 21.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_28712_fsc.xml | 10.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_28712.png | 120.8 KB | ||
マスクデータ | emd_28712_msk_1.map | 91.1 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-28712.cif.gz | 5.6 KB | ||
その他 | emd_28712_additional_1.map.gz emd_28712_half_map_1.map.gz emd_28712_half_map_2.map.gz | 85.3 MB 71.3 MB 71.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28712 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28712 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28712.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Left-handed, 17-subunit-per-turn, membrane-bound CHMP1B/IST1 with 40% cholesterol. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.43 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_28712_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: RELION post-processed, left-handed, 17-subunit-per-turn, membrane-bound CHMP1B/IST1 with 40%...
ファイル | emd_28712_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | RELION post-processed, left-handed, 17-subunit-per-turn, membrane-bound CHMP1B/IST1 with 40% cholesterol. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Left-handed, 17-subunit-per-turn, membrane-bound CHMP1B/IST1 with 40% cholesterol. Half...
ファイル | emd_28712_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Left-handed, 17-subunit-per-turn, membrane-bound CHMP1B/IST1 with 40% cholesterol. Half 1. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Left-handed, 17-subunit-per-turn, membrane-bound CHMP1B/IST1 with 40% cholesterol. Half...
ファイル | emd_28712_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Left-handed, 17-subunit-per-turn, membrane-bound CHMP1B/IST1 with 40% cholesterol. Half 2. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Membrane-bound, left-handed CHMP1B+IST1 filament with 40% cholesterol
全体 | 名称: Membrane-bound, left-handed CHMP1B+IST1 filament with 40% cholesterol生体膜 |
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要素 |
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-超分子 #1: Membrane-bound, left-handed CHMP1B+IST1 filament with 40% cholesterol
超分子 | 名称: Membrane-bound, left-handed CHMP1B+IST1 filament with 40% cholesterol タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: CHMP1B
分子 | 名称: CHMP1B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSNMEKHLFN LKFAAKELSR SAKKCDKEEK AEKAKIKKAI QKGNMEVARI HAENAIRQKN QAVNFLRMSA RVDAVAARVQ TAVTMGKVTK SMAGVVKSMD ATLKTMNLEK ISALMDKFEH QFETLDVQTQ QMEDTMSSTT TLTTPQNQVD MLLQEMADEA GLDLNMELPQ ...文字列: MSNMEKHLFN LKFAAKELSR SAKKCDKEEK AEKAKIKKAI QKGNMEVARI HAENAIRQKN QAVNFLRMSA RVDAVAARVQ TAVTMGKVTK SMAGVVKSMD ATLKTMNLEK ISALMDKFEH QFETLDVQTQ QMEDTMSSTT TLTTPQNQVD MLLQEMADEA GLDLNMELPQ GQTGSVGTSV ASAEQDELSQ RLARLRDQV UniProtKB: Charged multivesicular body protein 1b |
-分子 #2: IST1
分子 | 名称: IST1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: N-terminal domain / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MLGSGFKAER LRVNLRLVIN RLKLLEKKKT ELAQKARKEI ADYLAAGKDE RARIRVEHII REDYLVEAME ILELYCDLLL ARFGLIQSMK ELDSGLAESV STLIWAAPRL QSEVAELKIV ADQLCAKYSK EYGKLCRTNQ IGTVNDRLMH KLSVEAPP UniProtKB: IST1 homolog |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 292 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 36000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 481 / 平均電子線量: 65.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |