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- EMDB-28712: CryoEM reconstruction of membrane-bound, left-handed CHMP1B+IST1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28712
タイトルCryoEM reconstruction of membrane-bound, left-handed CHMP1B+IST1 filament with 40% cholesterol
マップデータLeft-handed, 17-subunit-per-turn, membrane-bound CHMP1B/IST1 with 40% cholesterol.利き手
試料
  • 複合体: Membrane-bound, left-handed CHMP1B+IST1 filament with 40% cholesterol生体膜
    • タンパク質・ペプチド: CHMP1B
    • タンパク質・ペプチド: IST1
キーワードESCRT (ESCRT) / brominated / lipid (脂質) / membrane (生体膜) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid secondary envelopment / MIT domain binding / abscission / amphisome membrane / multivesicular body-lysosome fusion / vesicle fusion with vacuole / ESCRT III complex disassembly / late endosome to lysosome transport / ESCRT III complex / endosome transport via multivesicular body sorting pathway ...viral capsid secondary envelopment / MIT domain binding / abscission / amphisome membrane / multivesicular body-lysosome fusion / vesicle fusion with vacuole / ESCRT III complex disassembly / late endosome to lysosome transport / ESCRT III complex / endosome transport via multivesicular body sorting pathway / kinetochore microtubule / cytoskeleton-dependent cytokinesis / collateral sprouting / regulation of centrosome duplication / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / nuclear membrane reassembly / multivesicular body sorting pathway / positive regulation of collateral sprouting / midbody abscission / membrane coat / membrane fission / plasma membrane repair / late endosome to vacuole transport / multivesicular body membrane / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / multivesicular body assembly / regulation of mitotic spindle assembly / Flemming body / nucleus organization / mitotic metaphase chromosome alignment / viral budding via host ESCRT complex / autophagosome maturation / autophagosome membrane / positive regulation of proteolysis / 小胞小管クラスター / viral release from host cell / 核膜孔 / エンドソーム / viral budding from plasma membrane / establishment of protein localization / protein localization / 動原体 / オートファジー / azurophil granule lumen / protein transport / 核膜 / midbody / endosome membrane / cadherin binding / lysosomal membrane / protein domain specific binding / 細胞分裂 / intracellular membrane-bounded organelle / 中心体 / クロマチン / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / extracellular exosome / extracellular region / 核質 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Vacuolar protein sorting-associated protein Ist1 / Regulator of Vps4 activity in the MVB pathway / Vacuolar protein sorting-associated protein IST1-like / Snf7 family / Snf7
類似検索 - ドメイン・相同性
IST1 homolog / Charged multivesicular body protein 1b
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Moss FR / Frost A
資金援助 米国, 7件
OrganizationGrant number
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM117593 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM137109 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM082545 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM110772 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM089740 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
Chan Zuckerberg Initiative 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / : 2020
タイトル: Membrane constriction and thinning by sequential ESCRT-III polymerization.
著者: Henry C Nguyen / Nathaniel Talledge / John McCullough / Abhimanyu Sharma / Frank R Moss / Janet H Iwasa / Michael D Vershinin / Wesley I Sundquist / Adam Frost /
要旨: The endosomal sorting complexes required for transport (ESCRTs) mediate diverse membrane remodeling events. These typically require ESCRT-III proteins to stabilize negatively curved membranes; ...The endosomal sorting complexes required for transport (ESCRTs) mediate diverse membrane remodeling events. These typically require ESCRT-III proteins to stabilize negatively curved membranes; however, recent work has indicated that certain ESCRT-IIIs also participate in positive-curvature membrane-shaping reactions. ESCRT-IIIs polymerize into membrane-binding filaments, but the structural basis for negative versus positive membrane remodeling by these proteins remains poorly understood. To learn how certain ESCRT-IIIs shape positively curved membranes, we determined structures of human membrane-bound CHMP1B-only, membrane-bound CHMP1B + IST1, and IST1-only filaments by cryo-EM. Our structures show how CHMP1B first polymerizes into a single-stranded helical filament, shaping membranes into moderate-curvature tubules. Subsequently, IST1 assembles a second strand on CHMP1B, further constricting the membrane tube and reducing its diameter nearly to the fission point. Each step of constriction thins the underlying bilayer, lowering the barrier to membrane fission. Our structures reveal how a two-component, sequential polymerization mechanism drives membrane tubulation, constriction and bilayer thinning.
履歴
登録2022年10月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月11日-
マップ公開2023年1月11日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28712.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Left-handed, 17-subunit-per-turn, membrane-bound CHMP1B/IST1 with 40% cholesterol.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.43 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.006
最小 - 最大-0.015385659 - 0.027452048
平均 (標準偏差)0.00001129483 (±0.002378166)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 411.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_28712_msk_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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追加マップ: RELION post-processed, left-handed, 17-subunit-per-turn, membrane-bound CHMP1B/IST1 with 40%...

ファイルemd_28712_additional_1.map
注釈RELION post-processed, left-handed, 17-subunit-per-turn, membrane-bound CHMP1B/IST1 with 40% cholesterol.
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: Left-handed, 17-subunit-per-turn, membrane-bound CHMP1B/IST1 with 40% cholesterol. Half...

ファイルemd_28712_half_map_1.map
注釈Left-handed, 17-subunit-per-turn, membrane-bound CHMP1B/IST1 with 40% cholesterol. Half 1.
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: Left-handed, 17-subunit-per-turn, membrane-bound CHMP1B/IST1 with 40% cholesterol. Half...

ファイルemd_28712_half_map_2.map
注釈Left-handed, 17-subunit-per-turn, membrane-bound CHMP1B/IST1 with 40% cholesterol. Half 2.
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : Membrane-bound, left-handed CHMP1B+IST1 filament with 40% cholesterol

全体名称: Membrane-bound, left-handed CHMP1B+IST1 filament with 40% cholesterol生体膜
要素
  • 複合体: Membrane-bound, left-handed CHMP1B+IST1 filament with 40% cholesterol生体膜
    • タンパク質・ペプチド: CHMP1B
    • タンパク質・ペプチド: IST1

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超分子 #1: Membrane-bound, left-handed CHMP1B+IST1 filament with 40% cholesterol

超分子名称: Membrane-bound, left-handed CHMP1B+IST1 filament with 40% cholesterol
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: CHMP1B

分子名称: CHMP1B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSNMEKHLFN LKFAAKELSR SAKKCDKEEK AEKAKIKKAI QKGNMEVARI HAENAIRQKN QAVNFLRMSA RVDAVAARVQ TAVTMGKVTK SMAGVVKSMD ATLKTMNLEK ISALMDKFEH QFETLDVQTQ QMEDTMSSTT TLTTPQNQVD MLLQEMADEA GLDLNMELPQ ...文字列:
MSNMEKHLFN LKFAAKELSR SAKKCDKEEK AEKAKIKKAI QKGNMEVARI HAENAIRQKN QAVNFLRMSA RVDAVAARVQ TAVTMGKVTK SMAGVVKSMD ATLKTMNLEK ISALMDKFEH QFETLDVQTQ QMEDTMSSTT TLTTPQNQVD MLLQEMADEA GLDLNMELPQ GQTGSVGTSV ASAEQDELSQ RLARLRDQV

UniProtKB: Charged multivesicular body protein 1b

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分子 #2: IST1

分子名称: IST1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: N-terminal domain / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MLGSGFKAER LRVNLRLVIN RLKLLEKKKT ELAQKARKEI ADYLAAGKDE RARIRVEHII REDYLVEAME ILELYCDLLL ARFGLIQSMK ELDSGLAESV STLIWAAPRL QSEVAELKIV ADQLCAKYSK EYGKLCRTNQ IGTVNDRLMH KLSVEAPP

UniProtKB: IST1 homolog

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 292 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 36000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 481 / 平均電子線量: 65.0 e/Å2
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Segment selection選択した数: 13974 / ソフトウェア - 名称: crYOLO
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Featureless cylinder
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 3.13 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -20.81 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8) / 使用した粒子像数: 3677
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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