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万見
- EMDB-2810: Cryo-EM structures of ribosomal 80S complexes with termination fa... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2810
タイトルCryo-EM structures of ribosomal 80S complexes with termination factors and cricket paralysis virus IRES reveal the IRES in the translocated state
マップデータReconstruction of mammalian termination complex with CrPV IRES-RNA and eRF1
試料
  • 試料: Ribosomal 80S termination complex with CrPV IRES-RNA and eRF1
  • 複合体: 80S ribosomeEukaryotic ribosome
  • タンパク質・ペプチド: eukaryoric release factor 1
  • RNA: Cricket paralysis virus IRES RNA
キーワードCrPV IRES / ribosome (リボソーム) / Termination / release factors
機能・相同性
機能・相同性情報


translation termination factor activity / cytoplasmic translational termination / translation release factor complex / regulation of translational termination / translation release factor activity / translation release factor activity, codon specific / protein methylation / ribosomal subunit / sequence-specific mRNA binding / aminoacyl-tRNA hydrolase activity ...translation termination factor activity / cytoplasmic translational termination / translation release factor complex / regulation of translational termination / translation release factor activity / translation release factor activity, codon specific / protein methylation / ribosomal subunit / sequence-specific mRNA binding / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / ヒドロキシル化 / Eukaryotic Translation Termination / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / translational termination / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / cytosolic ribosome / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / ribosome binding / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / RNA binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Peptide chain release factor eRF1/aRF1 / eRF1, domain 1 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 1 / eRF1 domain 1/Pelota-like / eRF1 domain 3 / eRF1, domain 2 superfamily / eRF1 domain 3 / eRF1_1 ...Peptide chain release factor eRF1/aRF1 / eRF1, domain 1 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 1 / eRF1 domain 1/Pelota-like / eRF1 domain 3 / eRF1, domain 2 superfamily / eRF1 domain 3 / eRF1_1 / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S19e signature. / 40S Ribosomal protein S10 / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S28e signature. / 50S ribosomal protein L30e-like / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ubiquitin domain signature. / Ribosomal protein L30 signature. / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S2 signature 1. / Type-2 KH domain profile. / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S17 signature. / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein S13 family profile. / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S15 signature. / S4 RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S11 signature. / Ubiquitin domain profile. / Ribosomal protein S9 signature. / Ribosomal protein S12 signature. / Ribosomal protein L23/L15e core domain superfamily / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Small ribosomal subunit protein uS12 ...Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein eS10 / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS25 / Small ribosomal subunit protein eS26 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein eS4 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein eS21 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Plectin/eS10 N-terminal domain-containing protein / Small ribosomal subunit protein uS17 / 40S ribosomal protein S24 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Homo sapiens (ヒト) / Cricket paralysis virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.7 Å
データ登録者Muhs M / Hilal T / Mielke T / Skabkin MA / Sanbonmatsu KY / Pestova TV / Spahn CMT
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2015
タイトル: Cryo-EM of ribosomal 80S complexes with termination factors reveals the translocated cricket paralysis virus IRES.
著者: Margarita Muhs / Tarek Hilal / Thorsten Mielke / Maxim A Skabkin / Karissa Y Sanbonmatsu / Tatyana V Pestova / Christian M T Spahn /
要旨: The cricket paralysis virus (CrPV) uses an internal ribosomal entry site (IRES) to hijack the ribosome. In a remarkable RNA-based mechanism involving neither initiation factor nor initiator tRNA, the ...The cricket paralysis virus (CrPV) uses an internal ribosomal entry site (IRES) to hijack the ribosome. In a remarkable RNA-based mechanism involving neither initiation factor nor initiator tRNA, the CrPV IRES jumpstarts translation in the elongation phase from the ribosomal A site. Here, we present cryoelectron microscopy (cryo-EM) maps of 80S⋅CrPV-STOP ⋅ eRF1 ⋅ eRF3 ⋅ GMPPNP and 80S⋅CrPV-STOP ⋅ eRF1 complexes, revealing a previously unseen binding state of the IRES and directly rationalizing that an eEF2-dependent translocation of the IRES is required to allow the first A-site occupation. During this unusual translocation event, the IRES undergoes a pronounced conformational change to a more stretched conformation. At the same time, our structural analysis provides information about the binding modes of eRF1 ⋅ eRF3 ⋅ GMPPNP and eRF1 in a minimal system. It shows that neither eRF3 nor ABCE1 are required for the active conformation of eRF1 at the intersection between eukaryotic termination and recycling.
履歴
登録2014年11月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年12月24日-
マップ公開2015年2月4日-
更新2015年3月11日-
現状2015年3月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
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  • 原子モデル: PDB-4d5l, PDB-4d5n, PDB-4d5y
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
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  • 原子モデルPDB-4d5y
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

eRF1.png

emd_2810.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2810.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 100.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of mammalian termination complex with CrPV IRES-RNA and eRF1
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.56 Å
密度
表面レベル登録者による: 2.5 / ムービー #1: 2.5
最小 - 最大-3.84100437 - 12.03551006
平均 (標準偏差)0.20275222 (±0.88032973)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-150-150-149
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 467.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.561.561.56
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z468.000468.000468.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-40-32-96
NX/NY/NZ8165193
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-150-150-149
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-3.84112.0360.203

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ribosomal 80S termination complex with CrPV IRES-RNA and eRF1

全体名称: Ribosomal 80S termination complex with CrPV IRES-RNA and eRF1
要素
  • 試料: Ribosomal 80S termination complex with CrPV IRES-RNA and eRF1
  • 複合体: 80S ribosomeEukaryotic ribosome
  • タンパク質・ペプチド: eukaryoric release factor 1
  • RNA: Cricket paralysis virus IRES RNA

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超分子 #1000: Ribosomal 80S termination complex with CrPV IRES-RNA and eRF1

超分子名称: Ribosomal 80S termination complex with CrPV IRES-RNA and eRF1
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: CrPV IRES and eRF1 bound to one 80S ribosome / Number unique components: 3
分子量理論値: 4.5 MDa

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超分子 #1: 80S ribosome

超分子名称: 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: Rabbit
分子量理論値: 4.5 MDa

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分子 #1: eukaryoric release factor 1

分子名称: eukaryoric release factor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: eRF1 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 50 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列UniProtKB: Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1

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分子 #2: Cricket paralysis virus IRES RNA

分子名称: Cricket paralysis virus IRES RNA / タイプ: rna / ID: 2 / Name.synonym: CrPV IRES RNA / 分類: OTHER / Structure: OTHER / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Cricket paralysis virus (ウイルス)
配列文字列: AAAAAUGUGA UCUUGCUUGU AAAUACAAUU UUGAGAGGUU AAUAAAUUAC AAGUAGUGCU AUUUUUGUAU UUAGGUUAGC UAUUUAGCUU UACGUUCCAG GAUGCCUAGU GGCAGCCCCA CAAUAUCCAG GAAGCCCUCU CUGCGGUUUU UCAGAUUAGG UAGUCGAAAA ...文字列:
AAAAAUGUGA UCUUGCUUGU AAAUACAAUU UUGAGAGGUU AAUAAAUUAC AAGUAGUGCU AUUUUUGUAU UUAGGUUAGC UAUUUAGCUU UACGUUCCAG GAUGCCUAGU GGCAGCCCCA CAAUAUCCAG GAAGCCCUCU CUGCGGUUUU UCAGAUUAGG UAGUCGAAAA ACCUAAGAAA UUUACCUUAA GGCUUCCUCG A

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.38 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM Tris pH 7.5, 100 mM KCl, 1 mM DTT, 2.5 mM MgCl2, 0.5 mM GTP
グリッド詳細: Quantifoil grids with additional continuous carbon support
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 手法: blot for 2/4 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 65520 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 39000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
温度最低: 77 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 200,000 times magnification
詳細minimal dose system
日付2012年4月17日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / 実像数: 366 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Defocus group
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.7 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPIDER, SPARX
詳細: The particles were selected using SIGNATURE and processed by using SPIDER and SPARX.
使用した粒子像数: 109596
詳細The particles were selected using SIGNATURE and processed by using SPIDER and SPARX

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4cxc
PDB 未公開エントリ


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: C / Chain - #3 - Chain ID: D / Chain - #4 - Chain ID: E / Chain - #5 - Chain ID: F / Chain - #6 - Chain ID: G / Chain - #7 - Chain ID: H / Chain - #8 - Chain ID: I / Chain - #9 - Chain ID: J / Chain - #10 - Chain ID: K / Chain - #11 - Chain ID: L / Chain - #12 - Chain ID: M / Chain - #13 - Chain ID: N / Chain - #14 - Chain ID: O / Chain - #15 - Chain ID: P / Chain - #16 - Chain ID: Q / Chain - #17 - Chain ID: R / Chain - #18 - Chain ID: S / Chain - #19 - Chain ID: T / Chain - #20 - Chain ID: U / Chain - #21 - Chain ID: V / Chain - #22 - Chain ID: W / Chain - #23 - Chain ID: X / Chain - #24 - Chain ID: Y / Chain - #25 - Chain ID: Z / Chain - #26 - Chain ID: a / Chain - #27 - Chain ID: b / Chain - #28 - Chain ID: c / Chain - #29 - Chain ID: d / Chain - #30 - Chain ID: e / Chain - #31 - Chain ID: f / Chain - #32 - Chain ID: g / Chain - #33 - Chain ID: 1
ソフトウェア名称: CHIMERA
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-4d5l:
Cryo-EM structures of ribosomal 80S complexes with termination factors and cricket paralysis virus IRES reveal the IRES in the translocated state

PDB-4d5n:
Cryo-EM structures of ribosomal 80S complexes with termination factors and cricket paralysis virus IRES reveal the IRES in the translocated state

PDB-4d5y:
Cryo-EM structures of ribosomal 80S complexes with termination factors and cricket paralysis virus IRES reveal the IRES in the translocated state

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

4cxd
PDB 未公開エントリ


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: C / Chain - #3 - Chain ID: D / Chain - #4 - Chain ID: E / Chain - #5 - Chain ID: F / Chain - #6 - Chain ID: G / Chain - #7 - Chain ID: H / Chain - #8 - Chain ID: I / Chain - #9 - Chain ID: J / Chain - #10 - Chain ID: L / Chain - #11 - Chain ID: M / Chain - #12 - Chain ID: N / Chain - #13 - Chain ID: O / Chain - #14 - Chain ID: P / Chain - #15 - Chain ID: Q / Chain - #16 - Chain ID: R / Chain - #17 - Chain ID: S / Chain - #18 - Chain ID: T / Chain - #19 - Chain ID: U / Chain - #20 - Chain ID: V / Chain - #21 - Chain ID: W / Chain - #22 - Chain ID: X / Chain - #23 - Chain ID: Y / Chain - #24 - Chain ID: Z / Chain - #25 - Chain ID: a / Chain - #26 - Chain ID: b / Chain - #27 - Chain ID: c / Chain - #28 - Chain ID: d / Chain - #29 - Chain ID: e / Chain - #30 - Chain ID: f / Chain - #31 - Chain ID: g / Chain - #32 - Chain ID: h / Chain - #33 - Chain ID: i / Chain - #34 - Chain ID: j / Chain - #35 - Chain ID: k / Chain - #36 - Chain ID: l / Chain - #37 - Chain ID: m / Chain - #38 - Chain ID: n / Chain - #39 - Chain ID: o / Chain - #40 - Chain ID: p / Chain - #41 - Chain ID: t / Chain - #42 - Chain ID: u
ソフトウェア名称: CHIMERA
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-4d5l:
Cryo-EM structures of ribosomal 80S complexes with termination factors and cricket paralysis virus IRES reveal the IRES in the translocated state

PDB-4d5n:
Cryo-EM structures of ribosomal 80S complexes with termination factors and cricket paralysis virus IRES reveal the IRES in the translocated state

PDB-4d5y:
Cryo-EM structures of ribosomal 80S complexes with termination factors and cricket paralysis virus IRES reveal the IRES in the translocated state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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