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- EMDB-27646: Quorum-sensing receptor RhlR bound to PqsE -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27646
タイトルQuorum-sensing receptor RhlR bound to PqsE
マップデータDensity modified full map
試料
  • 複合体: Tetrameric complex of RhlR:mBTL bound to PqsE
    • タンパク質・ペプチド: RhlR protein
    • タンパク質・ペプチド: 2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase
    • DNA: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*TP*GP*CP*CP*AP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*AP*CP*AP*G)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*TP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*T)-3')
  • リガンド: 4-(3-bromophenoxy)-N-[(3S)-2-oxothiolan-3-yl]butanamide
機能・相同性
機能・相同性情報


2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase / secondary metabolite biosynthetic process / hydrolase activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain superfamily / Autoinducer binding domain / LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Metallo-beta-lactamase superfamily ...Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain superfamily / Autoinducer binding domain / LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RhlR protein / 2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Paczkowski JE / Fromme JC / Feathers JR
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM14436101 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM136258 米国
Cystic Fibrosis FoundationPACZKO21G0 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1719875 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Structure of the RhlR-PqsE complex from Pseudomonas aeruginosa reveals mechanistic insights into quorum-sensing gene regulation.
著者: J Ryan Feathers / Erica K Richael / Kayla A Simanek / J Christopher Fromme / Jon E Paczkowski /
要旨: Pseudomonas aeruginosa is an opportunistic pathogen that is responsible for thousands of deaths every year in the United States. P. aeruginosa virulence factor production is mediated by quorum ...Pseudomonas aeruginosa is an opportunistic pathogen that is responsible for thousands of deaths every year in the United States. P. aeruginosa virulence factor production is mediated by quorum sensing, a mechanism of bacterial cell-cell communication that relies on the production and detection of signal molecules called autoinducers. In P. aeruginosa, the transcription factor receptor RhlR is activated by a RhlI-synthesized autoinducer. We recently showed that RhlR-dependent transcription is enhanced by a physical interaction with the enzyme PqsE via increased affinity of RhlR for promoter DNA. However, the molecular basis for complex formation and how complex formation enhanced RhlR transcriptional activity remained unclear. Here, we report the structure of ligand-bound RhlR in complex with PqsE. Additionally, we determined the structure of the complex bound with DNA, revealing the mechanism by which RhlR-mediated transcription is enhanced by PqsE, thereby establishing the molecular basis for RhlR-dependent virulence factor production in P. aeruginosa.
履歴
登録2022年7月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月7日-
マップ公開2022年12月7日-
更新2022年12月14日-
現状2022年12月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27646.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27646.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 34.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Density modified full map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.29 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.115
最小 - 最大-1.6226361 - 2.642822
平均 (標準偏差)8.3034865e-06 (±0.05218911)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ208208208
Spacing208208208
セルA=B=C: 268.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Sharpened post process map

ファイルemd_27646_additional_1.map
注釈Sharpened post process map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Density modified half map 1

ファイルemd_27646_additional_2.map
注釈Density modified half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Density modified half map 2

ファイルemd_27646_additional_3.map
注釈Density modified half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

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追加マップ: Refinement full map

ファイルemd_27646_additional_4.map
注釈Refinement full map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

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ハーフマップ: Refinement half map 2

ファイルemd_27646_half_map_1.map
注釈Refinement half map 2
投影像・断面図
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密度ヒストグラム

ヒストグラム

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ハーフマップ: Refinement half map 1

ファイルemd_27646_half_map_2.map
注釈Refinement half map 1
投影像・断面図
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試料の構成要素

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全体 : Tetrameric complex of RhlR:mBTL bound to PqsE

全体名称: Tetrameric complex of RhlR:mBTL bound to PqsE
要素
  • 複合体: Tetrameric complex of RhlR:mBTL bound to PqsE
    • タンパク質・ペプチド: RhlR protein
    • タンパク質・ペプチド: 2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase
    • DNA: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*TP*GP*CP*CP*AP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*AP*CP*AP*G)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*TP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*T)-3')
  • リガンド: 4-(3-bromophenoxy)-N-[(3S)-2-oxothiolan-3-yl]butanamide

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超分子 #1: Tetrameric complex of RhlR:mBTL bound to PqsE

超分子名称: Tetrameric complex of RhlR:mBTL bound to PqsE / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 123 KDa

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分子 #1: RhlR protein

分子名称: RhlR protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 27.611596 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MRNDGGFLLW WDGLRSEMQP IHDSQGVFAV LEKEVRRLGF DYYAYGVRHT IPFTRPKTEV HGTYPKAWLE RYQMQNYGAV DPAILNGLR SSEMVVWSDS LFDQSRMLWN EARDWGLCVG ATLPIRAPNN LLSVLSVARD QQNISSFERE EIRLRLRCMI E LLTQKLTD ...文字列:
MRNDGGFLLW WDGLRSEMQP IHDSQGVFAV LEKEVRRLGF DYYAYGVRHT IPFTRPKTEV HGTYPKAWLE RYQMQNYGAV DPAILNGLR SSEMVVWSDS LFDQSRMLWN EARDWGLCVG ATLPIRAPNN LLSVLSVARD QQNISSFERE EIRLRLRCMI E LLTQKLTD LEHPMLMSNP VCLSHREREI LQWTADGKSS GEIAIILSIS ESTVNFHHKN IQKKFDAPNK TLAAAYAAAL GL I

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分子 #2: 2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase

分子名称: 2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 34.350297 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MLRLSAPGQL DDDLCLLGDV QVPVFLLRLG EASWALVEGG ISRDAELVWA DLCRWVADPS QVHYWLITHK HYDHCGLLPY LCPRLPNVQ VLASERTCQA WKSESAVRVV ERLNRQLLRA EQRLPEACAW DALPVRAVAD GEWLELGPRH RLQVIEAHGH S DDHVVFYD ...文字列:
MLRLSAPGQL DDDLCLLGDV QVPVFLLRLG EASWALVEGG ISRDAELVWA DLCRWVADPS QVHYWLITHK HYDHCGLLPY LCPRLPNVQ VLASERTCQA WKSESAVRVV ERLNRQLLRA EQRLPEACAW DALPVRAVAD GEWLELGPRH RLQVIEAHGH S DDHVVFYD VRRRRLFCGD ALGEFDEAEG VWRPLVFDDM EAYLESLERL QRLPTLLQLI PGHGGLLRGR LAADGAESAY TE CLRLCRR LLWRQSMGES LDELSEELHR AWGGQSVDFL PGELHLGSMR RMLEILSRQA LPLD

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分子 #3: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*TP*GP*CP*CP*AP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*AP*CP*AP*G)-3')

分子名称: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*TP*GP*CP*CP*AP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*AP*CP*AP*G)-3')
タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 5.470558 KDa
配列文字列:
(DA)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DA) (DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)

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分子 #4: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*TP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*T)-3')

分子名称: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*TP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*T)-3')
タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 5.563588 KDa
配列文字列:
(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DT)(DC) (DT)(DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DT)

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分子 #5: 4-(3-bromophenoxy)-N-[(3S)-2-oxothiolan-3-yl]butanamide

分子名称: 4-(3-bromophenoxy)-N-[(3S)-2-oxothiolan-3-yl]butanamide
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: K5G
分子量理論値: 358.251 Da
Chemical component information

ChemComp-K5G:
4-(3-bromophenoxy)-N-[(3S)-2-oxothiolan-3-yl]butanamide

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5.0 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

27645

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0-beta)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 84842
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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