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- EMDB-27420: Structural Basis of MicroRNA Biogenesis by Dicer-1 and Its Partne... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27420
タイトルStructural Basis of MicroRNA Biogenesis by Dicer-1 and Its Partner Protein Loqs-PB - complex IV
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary complex of Dicer-1 and Loqs-PB binding miRNA
    • タンパク質・ペプチド: Endoribonuclease Dcr-1
    • RNA: RNA (22-MER)
    • RNA: RNA (22-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Loquacious, isoform BVerbosity
  • リガンド: URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic cell cycle, embryonic / germarium-derived female germ-line cyst formation / germarium-derived oocyte fate determination / germ-line stem cell division / bidentate ribonuclease III activity / MicroRNA (miRNA) biogenesis / pole cell formation / regulatory ncRNA processing / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / female germ-line stem cell asymmetric division ...mitotic cell cycle, embryonic / germarium-derived female germ-line cyst formation / germarium-derived oocyte fate determination / germ-line stem cell division / bidentate ribonuclease III activity / MicroRNA (miRNA) biogenesis / pole cell formation / regulatory ncRNA processing / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / female germ-line stem cell asymmetric division / segment polarity determination / PKR-mediated signaling / dsRNA transport / regulation of regulatory ncRNA processing / RISC complex binding / dosage compensation by hyperactivation of X chromosome / pre-miRNA binding / germ-line stem cell population maintenance / ribonuclease III / deoxyribonuclease I activity / apoptotic DNA fragmentation / miRNA metabolic process / RISC-loading complex / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / RISC complex assembly / miRNA processing / pre-miRNA processing / ribonuclease III activity / siRNA processing / siRNA binding / RISC complex / dendrite morphogenesis / response to starvation / helicase activity / central nervous system development / double-stranded RNA binding / single-stranded RNA binding / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Dicer, double-stranded RNA-binding domain / : / Dicer, partner-binding domain / Dicer, dsRNA-binding domain / : / Dicer, platform domain / Dicer dimerisation domain / Dicer dimerisation domain / Dicer dimerisation domain superfamily / Dicer double-stranded RNA-binding fold domain profile. ...Dicer, double-stranded RNA-binding domain / : / Dicer, partner-binding domain / Dicer, dsRNA-binding domain / : / Dicer, platform domain / Dicer dimerisation domain / Dicer dimerisation domain / Dicer dimerisation domain superfamily / Dicer double-stranded RNA-binding fold domain profile. / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain / PAZ domain profile. / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Helicase, C-terminal / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Endoribonuclease Dcr-1 / Protein Loquacious
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.73 Å
データ登録者Jouravleva K / Golovenko D / Demo G / Dutcher RC / Tanaka Hall TM / Zamore PD / Korostelev AA
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM136275 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM127094 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)1ZIA50165 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022
タイトル: Structural basis of microRNA biogenesis by Dicer-1 and its partner protein Loqs-PB.
著者: Karina Jouravleva / Dmitrij Golovenko / Gabriel Demo / Robert C Dutcher / Traci M Tanaka Hall / Phillip D Zamore / Andrei A Korostelev /
要旨: In animals and plants, Dicer enzymes collaborate with double-stranded RNA-binding domain (dsRBD) proteins to convert precursor-microRNAs (pre-miRNAs) into miRNA duplexes. We report six cryo-EM ...In animals and plants, Dicer enzymes collaborate with double-stranded RNA-binding domain (dsRBD) proteins to convert precursor-microRNAs (pre-miRNAs) into miRNA duplexes. We report six cryo-EM structures of Drosophila Dicer-1 that show how Dicer-1 and its partner Loqs‑PB cooperate (1) before binding pre-miRNA, (2) after binding and in a catalytically competent state, (3) after nicking one arm of the pre-miRNA, and (4) following complete dicing and initial product release. Our reconstructions suggest that pre-miRNA binds a rare, open conformation of the Dicer‑1⋅Loqs‑PB heterodimer. The Dicer-1 dsRBD and three Loqs‑PB dsRBDs form a tight belt around the pre-miRNA, distorting the RNA helix to place the scissile phosphodiester bonds in the RNase III active sites. Pre-miRNA cleavage shifts the dsRBDs and partially closes Dicer-1, which may promote product release. Our data suggest a model for how the Dicer‑1⋅Loqs‑PB complex affects a complete cycle of pre-miRNA recognition, stepwise endonuclease cleavage, and product release.
履歴
登録2022年6月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月16日-
マップ公開2022年11月16日-
更新2022年11月16日-
現状2022年11月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27420.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27420.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 311.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.135
最小 - 最大-1.1159346 - 1.738469
平均 (標準偏差)3.4102304e-05 (±0.028414607)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ434434434
Spacing434434434
セルA=B=C: 360.22 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_27420_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_27420_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of Dicer-1 and Loqs-PB binding miRNA

全体名称: Ternary complex of Dicer-1 and Loqs-PB binding miRNA
要素
  • 複合体: Ternary complex of Dicer-1 and Loqs-PB binding miRNA
    • タンパク質・ペプチド: Endoribonuclease Dcr-1
    • RNA: RNA (22-MER)
    • RNA: RNA (22-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Loquacious, isoform BVerbosity
  • リガンド: URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE

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超分子 #1: Ternary complex of Dicer-1 and Loqs-PB binding miRNA

超分子名称: Ternary complex of Dicer-1 and Loqs-PB binding miRNA
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

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分子 #1: Endoribonuclease Dcr-1

分子名称: Endoribonuclease Dcr-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 255.733797 KDa
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列: MAFHWCDNNL HTTVFTPRDF QVELLATAYE RNTIICLGHR SSKEFIALKL LQELSRRARR HGRVSVYLSC EVGTSTEPCS IYTMLTHLT DLRVWQEQPD MQIPFDHCWT DYHVSILRPE GFLYLLETRE LLLSRVELIV LEDCHDSAVY QRIRPLFENH I MPAPPADR ...文字列:
MAFHWCDNNL HTTVFTPRDF QVELLATAYE RNTIICLGHR SSKEFIALKL LQELSRRARR HGRVSVYLSC EVGTSTEPCS IYTMLTHLT DLRVWQEQPD MQIPFDHCWT DYHVSILRPE GFLYLLETRE LLLSRVELIV LEDCHDSAVY QRIRPLFENH I MPAPPADR PRILGLAGPL HSAGCELQQL SAMLATLEQS VLCQIESASD IVTVLRYCSR PHEYIVQCAP FEMDELSLVL AD VLNTHKS FLLDHRYDPY EIYGTDQFMD ELKDIPDPKV DPLNVINSLL VVLHEMGPWC TQRAAHHFYQ CNEKLKVKTP HER HYLLYC LVSTALIQLY SLCEHAFHRH LGSGSDSRQT IERYSSPKVR RLLQTLRCFK PEEVHTQADG LRRMRHQVDQ ADFN RLSHT LESKCRMVDQ LDQPPTETRA LVATLEQILH TTEDRQTNRS AARVTPTPTP AHAKPKPSSG ANTAQPRTRR RVYTR RHHR DHNDGSDTLC ALIYCNQNHT ARVLFELLAE ISRRDPDLKF LRCQYTTDRV ADPTTEPKEA ELEHRRQEEV LKRFRM HDC NVLIGTSVLE EGIDVPKCNL VVRWDPPTTY RSYVQCKGRA RAAPAYHVIL VAPSYKSPTV GSVQLTDRSH RYICATG DT TEADSDSDDS AMPNSSGSDP YTFGTARGTV KILNPEVFSK QPPTACDIKL QEIQDELPAS AQLDTSNSSD EAVSMSNT S PSESSTEQKS RRFQCELSSL TEPEDTSDTT AEIDTAHSLA STTKDLVHQM AQYREIEQML LSKCANTEPP EQEQCEAER FSACLAAYRP KPHLLTGASV DLGSAIALVN KYCARLPSDT FTKLTALWRC TRNERAGVTL FQYTLRLPIN SPLKHDIVGL PMPTQTLAR RLAALQACVE LHRIGELDDQ LQPIGKEGFR ALEPDWECFE LEPEDEQIVQ LSDEPRPGTT KRRQYYYKRI A SEFCDCRP VAGAPCYLYF IQLTLQCPIP EEQNTRGRKI YPPEDAQQGF GILTTKRIPK LSAFSIFTRS GEVKVSLELA KE RVILTSE QIVCINGFLN YTFTNVLRLQ KFLMLFDPDS TENCVFIVPT VKAPAGGKHI DWQFLELIQA NGNTMPRAVP DEE RQAQPF DPQRFQDAVV MPWYRNQDQP QYFYVAEICP HLSPLSCFPG DNYRTFKHYY LVKYGLTIQN TSQPLLDVDH TSAR LNFLT PRYVNRKGVA LPTSSEETKR AKRENLEQKQ ILVPELCTVH PFPASLWRTA VCLPCILYRI NGLLLADDIR KQVSA DLGL GRQQIEDEDF EWPMLDFGWS LSEVLKKSRE SKQKESLKDD TINGKDLVDV EKKAISEETQ IDKDSKDDKV EKSAIE LII EGEEKLQEAD DFIEIGTWSN DMADDIASFN QEDDDEDDAF HLPVLPANVK FCDQQTRYGS PTFWDVSNGE SGFKGPK SS QNKQGGKGKA KGPAKPTFNY YDSDNSLGSS YDDDDNAGPL NYMHHNYSSD DDDVADDIDA GRIAFTSKNE AETIETAQ E VEKRQKQLSI IQATNANERQ YQQTKNLLIG FNFKHEDQKE PATIRYEESI AKLKTEIESG GMLVPHDQQL VLKRSDAAE AQVAKVSMME LLKQLLPYVN EDVLAKKLGD RRELLLSDLV ELNADWVARH EQETYNVMGC GDSFDNYNDH HRLNLDEKQL KLQYERIEI EPPTSTKAIT SAILPAGFSF DRQPDLVGHP GPSPSIILQA LTMSNANDGI NLERLETIGD SFLKYAITTY L YITYENVH EGKLSHLRSK QVANLNLYRL GRRKRLGEYM IATKFEPHDN WLPPCYYVPK ELEKALIEAK IPTHHWKLAD LL DIKNLSS VQICEMVREK ADALGLEQNG GAQNGQLDDS NDSCNDFSCF IPYNLVSQHS IPDKSIADCV EALIGAYLIE CGP RGALLF MAWLGVRVLP ITRQLDGGNQ EQRIPGSTKP NAENVVTVYG AWPTPRSPLL HFAPNATEEL DQLLSGFEEF EESL GYKFR DRSYLLQAMT HASYTPNRLT DCYQRLEFLG DAVLDYLITR HLYEDPRQHS PGALTDLRSA LVNNTIFASL AVRHG FHKF FRHLSPGLND VIDRFVRIQQ ENGHCISEEY YLLSEEECDD AEDVEVPKAL GDVFESIAGA IFLDSNMSLD VVWHVY SNM MSPEIEQFSN SVPKSPIREL LELEPETAKF GKPEKLADGR RVRVTVDVFC KGTFRGIGRN YRIAKCTAAK CALRQLK KQ GLIAKKD

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分子 #4: Loquacious, isoform B

分子名称: Loquacious, isoform B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 50.149867 KDa
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列: MDQENFHGSS LPQQLQNLHI QPQQASPNPV QTGFAPRRHY NNLVGLGNGN AVSGSPVKGA PLGQRHVKLK KEKISAQVAQ LSQPGQLQL SDVGDPALAG GSGLQGGVGL MGVILPSDEA LKFVSETDAN GLAMKTPVSI LQELLSRRGI TPGYELVQIE G AIHEPTFR ...文字列:
MDQENFHGSS LPQQLQNLHI QPQQASPNPV QTGFAPRRHY NNLVGLGNGN AVSGSPVKGA PLGQRHVKLK KEKISAQVAQ LSQPGQLQL SDVGDPALAG GSGLQGGVGL MGVILPSDEA LKFVSETDAN GLAMKTPVSI LQELLSRRGI TPGYELVQIE G AIHEPTFR FRVSFKDKDT PFTAMGAGRS KKEAKHAAAR ALIDKLIGAQ LPESPSSSAG PSVTGLTVAG SGGDGNANAT GG GDASDKT VGNPIGWLQE MCMQRRWPPP SYETETEVGL PHERLFTIAC SILNYREMGK GKSKKIAKRL AAHRMWMRLQ ETP IDSGKI SDSICGELEG EPRSSENYYG ELKDISVPTL TTQHSNKVSQ FHKTLKNATG KKLLKLQKTC LKNNKIDYIK LLGE IATEN QFEVTYVDIE EKTFSGQFQC LVQLSTLPVG VCHGSGPTAA DAQRHAAQNA LEYLKIMTKK

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分子 #2: RNA (22-MER)

分子名称: RNA (22-MER) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 6.835085 KDa
配列文字列:
GAGGUAGUAG GUUGUAUAGU A

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分子 #3: RNA (22-MER)

分子名称: RNA (22-MER) / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 6.820074 KDa
配列文字列:
CUAUACAACC UACUACCUCU CU

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分子 #5: URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE

分子名称: URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: U5P
分子量理論値: 324.181 Da
Chemical component information

ChemComp-U:
URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / UMP / ウリジル酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.9 / 構成要素 - 濃度: 20.0 mM / 構成要素 - 式: HEPES-KOH / 構成要素 - 名称: HEPES-KOH
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 66.3 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3161540
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 120261

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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