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- EMDB-2289: Second 3D model of wild type MjHSP16.5 at room temperature by CryoEM. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2289
タイトルSecond 3D model of wild type MjHSP16.5 at room temperature by CryoEM.
マップデータSecond model for reconstruction of wild type MjHSP16.5 at room temperature
試料
  • 試料: wild type small heat shock protein (sHSP) HSP16.5 from Methanocaldococcus jannaschii (MjHSP16.5)
  • タンパク質・ペプチド: MjHSP16.5
キーワードSmall heat shock protein / HSP16.5
機能・相同性
機能・相同性情報


response to stress / protein folding chaperone / response to salt stress / response to hydrogen peroxide / : / unfolded protein binding / フォールディング / protein complex oligomerization / response to heat / protein stabilization ...response to stress / protein folding chaperone / response to salt stress / response to hydrogen peroxide / : / unfolded protein binding / フォールディング / protein complex oligomerization / response to heat / protein stabilization / protein-containing complex / identical protein binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone / HSP20-like chaperone
類似検索 - ドメイン・相同性
Small heat shock protein HSP16.5
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.0 Å
データ登録者Roy A Q / Yan Z / Andrew L / Ian W / Ehmke P / Fei S
引用ジャーナル: Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci / 年: 2013
タイトル: Changes in the quaternary structure and function of MjHSP16.5 attributable to deletion of the IXI motif and introduction of the substitution, R107G, in the α-crystallin domain.
著者: Roy A Quinlan / Yan Zhang / Andrew Lansbury / Ian Williamson / Ehmke Pohl / Fei Sun /
要旨: The archael small heat-shock protein (sHSP), MjHSP16.5, forms a 24-subunit oligomer with octahedral symmetry. Here, we demonstrate that the IXI motif present in the C-terminal domain is necessary for ...The archael small heat-shock protein (sHSP), MjHSP16.5, forms a 24-subunit oligomer with octahedral symmetry. Here, we demonstrate that the IXI motif present in the C-terminal domain is necessary for the oligomerization of MjHSP16.5. Removal increased the in vitro chaperone activity with citrate synthase as the client protein. Less predictable were the effects of the R107G substitution in MjHSP16.5 because of the differences in the oligomerization of metazoan and non-metazoan sHSPs. We present the crystal structure for MjHSP16.5 R107G and compare this with an improved (2.5 Å) crystal structure for wild-type (WT) MjHSP16.5. Although no significant structural differences were found in the crystal, using cryo-electron microscopy, we identified two 24mer species with octahedral symmetry for the WT MjHSP16.5 both at room temperature and at 60°C, all showing two major species with the same diameter of 12.4 nm. Similarly, at room temperature, there are also two kinds of 12.4 nm oligomers for R107G MjHSP16.5, but in the 60°C sample, a larger 24mer species with a diameter of 13.6 nm was observed with significant changes in the fourfold symmetry axis and dimer-dimer interface. This highly conserved arginine, therefore, contributes to the quaternary organization of non-metazoan sHSP oligomers. Potentially, the R107G substitution has functional consequences as R107G MjHSP16.5 was far superior to the WT protein in protecting βL-crystallin against heat-induced aggregation.
履歴
登録2013年1月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年2月27日-
マップ公開2013年3月13日-
更新2013年7月31日-
現状2013年7月31日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.77
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.77
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

2289_EMDB-22...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2289.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Second model for reconstruction of wild type MjHSP16.5 at room temperature
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.933 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.77 / ムービー #1: 1.77
最小 - 最大-5.24586439 - 7.56885481
平均 (標準偏差)0.0 (±0.97619569)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-128-128-128
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 238.848 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.9330.9330.933
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z238.848238.848238.848
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-36-30-80
NX/NY/NZ7361161
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-128-128-128
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-5.2467.569-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : wild type small heat shock protein (sHSP) HSP16.5 from Methanocal...

全体名称: wild type small heat shock protein (sHSP) HSP16.5 from Methanocaldococcus jannaschii (MjHSP16.5)
要素
  • 試料: wild type small heat shock protein (sHSP) HSP16.5 from Methanocaldococcus jannaschii (MjHSP16.5)
  • タンパク質・ペプチド: MjHSP16.5

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超分子 #1000: wild type small heat shock protein (sHSP) HSP16.5 from Methanocal...

超分子名称: wild type small heat shock protein (sHSP) HSP16.5 from Methanocaldococcus jannaschii (MjHSP16.5)
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 24mer / Number unique components: 1
分子量実験値: 396 KDa / 理論値: 396 KDa

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分子 #1: MjHSP16.5

分子名称: MjHSP16.5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: small heat shock protein (sHSP) from HSP16.5 / コピー数: 24 / 集合状態: 24mer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
細胞中の位置: cytoplasmic
分子量実験値: 16.5 KDa / 理論値: 16.5 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET23b
配列UniProtKB: Small heat shock protein HSP16.5 / GO: 細胞質, response to stress
InterPro: Alpha crystallin/Hsp20 domain, HSP20-like chaperone

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 10mM HEPES, 100mM NaCl.
グリッド詳細: GIG holey grids (LifeTrust, China) were treated with a glow discharge machine (Master Plasmer)
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 93 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
手法: The samples were blotted for 2 s with blot force 2 at 100% humidity.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 96000
試料ステージ試料ホルダー: liquid nitrogen cooled
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
温度平均: 85 K
日付2012年9月28日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 1160 / 平均電子線量: 20 e/Å2
詳細: Electron micrograph exposures were made with the automatic collection package Leginon.
ビット/ピクセル: 32
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each image
最終 2次元分類クラス数: 193
最終 再構成想定した対称性 - 点群: O (正8面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN1
詳細: The final reconstructed density map was further sharpened by application of an amplitude correction algorithm in the program BFACTOR.
使用した粒子像数: 4356
詳細The particles were selected using an automatic selection program Gautomatch developed in Fei Sun lab (to be published). Octahedron symmetry were imposed during 3D reconstructing.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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