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- EMDB-14919: Cryo-EM map of the unphosphorylated KdpFABC complex in the E1-P_A... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14919
タイトルCryo-EM map of the unphosphorylated KdpFABC complex in the E1-P_ADP conformation, under turnover conditions
マップデータCryo-EM map of the unphosphorylated KdpFABC complex, in the E1-P_ADP conformation, at 3.7 A resolution, sharpened at -134 A2. Data obtained in the presence under turnover conditions
試料
  • 複合体: KdpFABC
    • タンパク質・ペプチド: Potassium-transporting ATPase potassium-binding subunit
    • タンパク質・ペプチド: Potassium-transporting ATPase KdpC subunit
    • タンパク質・ペプチド: Potassium-transporting ATPase KdpF subunit
    • タンパク質・ペプチド: Potassium-transporting ATPase ATP-binding subunit
  • リガンド: POTASSIUM IONカリウム
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
機能・相同性
機能・相同性情報


P-type K+ transporter / potassium:proton antiporter complex / potassium ion-transporting ATPase complex / P-type potassium transmembrane transporter activity / monoatomic cation transmembrane transport / potassium ion binding / potassium ion transmembrane transport / potassium ion transport / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity ...P-type K+ transporter / potassium:proton antiporter complex / potassium ion-transporting ATPase complex / P-type potassium transmembrane transporter activity / monoatomic cation transmembrane transport / potassium ion binding / potassium ion transmembrane transport / potassium ion transport / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Potassium-transporting ATPase C chain / Potassium-transporting ATPase A chain / K+ transporting P-type ATPase, F subunit / K+-transporting ATPase, c chain / Potassium-transporting ATPase A subunit / F subunit of K+-transporting ATPase (Potass_KdpF) / P-type ATPase, B chain, subfamily IA / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site ...Potassium-transporting ATPase C chain / Potassium-transporting ATPase A chain / K+ transporting P-type ATPase, F subunit / K+-transporting ATPase, c chain / Potassium-transporting ATPase A subunit / F subunit of K+-transporting ATPase (Potass_KdpF) / P-type ATPase, B chain, subfamily IA / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Potassium-transporting ATPase potassium-binding subunit / Potassium-transporting ATPase ATP-binding subunit / Potassium-transporting ATPase KdpC subunit / Potassium-transporting ATPase KdpF subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Hielkema L / Stock C / Silberberg JM / Corey RA / Wunnicke D / Dubach VRA / Stansfeld PJ / Haenelt I / Paulino C
資金援助 英国, 5件
OrganizationGrant number国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)722.017.001 英国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)740.018.016 英国
German Research Foundation (DFG)6322/3 英国
German Research Foundation (DFG)CRC807 英国
Wellcome Trust208361/Z/17/Z 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Inhibited KdpFABC transitions into an E1 off-cycle state.
著者: Jakob M Silberberg / Charlott Stock / Lisa Hielkema / Robin A Corey / Jan Rheinberger / Dorith Wunnicke / Victor R A Dubach / Phillip J Stansfeld / Inga Hänelt / Cristina Paulino /
要旨: KdpFABC is a high-affinity prokaryotic K uptake system that forms a functional chimera between a channel-like subunit (KdpA) and a P-type ATPase (KdpB). At high K levels, KdpFABC needs to be ...KdpFABC is a high-affinity prokaryotic K uptake system that forms a functional chimera between a channel-like subunit (KdpA) and a P-type ATPase (KdpB). At high K levels, KdpFABC needs to be inhibited to prevent excessive K accumulation to the point of toxicity. This is achieved by a phosphorylation of the serine residue in the TGES motif in the A domain of the pump subunit KdpB (KdpB). Here, we explore the structural basis of inhibition by KdpB phosphorylation by determining the conformational landscape of KdpFABC under inhibiting and non-inhibiting conditions. Under turnover conditions, we identified a new inhibited KdpFABC state that we termed E1P tight, which is not part of the canonical Post-Albers transport cycle of P-type ATPases. It likely represents the biochemically described stalled E1P state adopted by KdpFABC upon KdpB phosphorylation. The E1P tight state exhibits a compact fold of the three cytoplasmic domains and is likely adopted when the transition from high-energy E1P states to E2P states is unsuccessful. This study represents a structural characterization of a biologically relevant off-cycle state in the P-type ATPase family and supports the emerging discussion of P-type ATPase regulation by such states.
履歴
登録2022年5月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月16日-
マップ公開2022年11月16日-
更新2022年11月16日-
現状2022年11月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14919.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14919.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of the unphosphorylated KdpFABC complex, in the E1-P_ADP conformation, at 3.7 A resolution, sharpened at -134 A2. Data obtained in the presence under turnover conditions
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.01 Å/pix.
x 240 pix.
= 242.88 Å		1.01 Å/pix.
x 240 pix.
= 242.88 Å		1.01 Å/pix.
x 240 pix.
= 242.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.012 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.025
最小 - 最大-0.10885134 - 0.1797751
平均 (標準偏差)0.00015301167 (±0.0074785342)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 242.87999 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_14919_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1 used during refinement and for...

ファイルemd_14919_half_map_1.map
注釈Half map 1 used during refinement and for FSC gold-standard resolution calculation of the unphosphorylated KdpFABC complex in the E1-P_ADP conformation under turnover conditions
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 used during refinement and for...

ファイルemd_14919_half_map_2.map
注釈Half map 2 used during refinement and for FSC gold-standard resolution calculation of the unphosphorylated KdpFABC complex in the E1-P_ADP conformation under turnover conditions
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : KdpFABC

全体名称: KdpFABC
要素
  • 複合体: KdpFABC
    • タンパク質・ペプチド: Potassium-transporting ATPase potassium-binding subunit
    • タンパク質・ペプチド: Potassium-transporting ATPase KdpC subunit
    • タンパク質・ペプチド: Potassium-transporting ATPase KdpF subunit
    • タンパク質・ペプチド: Potassium-transporting ATPase ATP-binding subunit
  • リガンド: POTASSIUM IONカリウム
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: KdpFABC

超分子名称: KdpFABC / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: LB2003
分子量理論値: 157 KDa

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分子 #1: Potassium-transporting ATPase potassium-binding subunit

分子名称: Potassium-transporting ATPase potassium-binding subunit
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 59.218613 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAAQGFLLIA TFLLVLMVLA RPLGSGLARL INDIPLPGTT GVERVLFRAL GVSDREMNWK QYLCAILGLN MLGLAVLFFM LLGQHYLPL NPQQLPGLSW DLALNTAVSF VTNTNWQSYS GETTLSYFSQ MAGLTVQNFL SAASGIAVIF ALIRAFTRQS M STLGNAWV ...文字列:
MAAQGFLLIA TFLLVLMVLA RPLGSGLARL INDIPLPGTT GVERVLFRAL GVSDREMNWK QYLCAILGLN MLGLAVLFFM LLGQHYLPL NPQQLPGLSW DLALNTAVSF VTNTNWQSYS GETTLSYFSQ MAGLTVQNFL SAASGIAVIF ALIRAFTRQS M STLGNAWV DLLRITLWVL VPVALLIALF FIQQGALQNF LPYQAVNTVE GAQQLLPMGP VASQEAIKML GTNGGGFFNA NS SHPFENP TALTNFVQML AIFLIPTALC FAFGEVMGDR RQGRMLLWAM SVIFVICVGV VMWAEVQGNP HLLALGTDSS INM EGKESR FGVLVSSLFA VVTTAASCGA VIAMHDSFTA LGGMVPMWLM QIGEVVFGGV GSGLYGMMLF VLLAVFIAGL MIGR TPEYL GKKIDVREMK LTALAILVTP TLVLMGAALA MMTDAGRSAM LNPGPHGFSE VLYAVSSAAN NNGSAFAGLS ANSPF WNCL LAFCMFVGRF GVIIPVMAIA GSLVSKKSQA ASSGTLPTHG PLFVGLLIGT VLLVGALTFI PALALGPVAE YLS

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分子 #2: Potassium-transporting ATPase KdpC subunit

分子名称: Potassium-transporting ATPase KdpC subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 20.281035 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSGLRPALST FIFLLLITGG VYPLLTTVLG QWWFPWQANG SLIREGDTVR GSALIGQNFT GNGYFHGRPS ATAEMPYNPQ ASGGSNLAV SNPELDKLIA ARVAALRAAN PDASASVPVE LVTASASGLD NNITPQAAAW QIPRVAKARN LSVEQLTQLI A KYSQQPLV ...文字列:
MSGLRPALST FIFLLLITGG VYPLLTTVLG QWWFPWQANG SLIREGDTVR GSALIGQNFT GNGYFHGRPS ATAEMPYNPQ ASGGSNLAV SNPELDKLIA ARVAALRAAN PDASASVPVE LVTASASGLD NNITPQAAAW QIPRVAKARN LSVEQLTQLI A KYSQQPLV KYIGQPVVNI VELNLALDKL DE

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分子 #3: Potassium-transporting ATPase KdpF subunit

分子名称: Potassium-transporting ATPase KdpF subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 2.853463 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSAGVITGVL LVFLLLGYLV YALINAE

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分子 #4: Potassium-transporting ATPase ATP-binding subunit

分子名称: Potassium-transporting ATPase ATP-binding subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: P-type K+ transporter
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 72.331844 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSRKQLALFE PTLVVQALKE AVKKLNPQAQ WRNPVMFIVW IGSLLTTCIS IAMASGAMPG NALFSAAISG WLWITVLFAN FAEALAEGR SKAQANSLKG VKKTAFARKL REPKYGAAAD KVPADQLRKG DIVLVEAGDI IPCDGEVIEG GASVDESAIT G EAAPVIRE ...文字列:
MSRKQLALFE PTLVVQALKE AVKKLNPQAQ WRNPVMFIVW IGSLLTTCIS IAMASGAMPG NALFSAAISG WLWITVLFAN FAEALAEGR SKAQANSLKG VKKTAFARKL REPKYGAAAD KVPADQLRKG DIVLVEAGDI IPCDGEVIEG GASVDESAIT G EAAPVIRE SGGDFASVTG GTRILSDWLV IECSVNPGET FLDRMIAMVE GAQRRKTPNE IALTILLIAL TIVFLLATAT LW PFSAWGG NAVSVTVLVA LLVCLIPTTI GGLLSAIGVA GMSRMLGANV IATSGRAVEA AGDVDVLLL(PHD) KTGTITLGN RQASEFIPAQ GVDEKTLADA AQLASLADET PEGRSIVILA KQRFNLRERD VQSLHATFVP FTAQSRMSGI NIDNRMIRKG SVDAIRRHV EANGGHFPTD VDQKVDQVAR QGATPLVVVE GSRVLGVIAL KDIVKGGIKE RFAQLRKMGI KTVMITGDNR L TAAAIAAE AGVDDFLAEA TPEAKLALIR QYQAEGRLVA MTGDGTNDAP ALAQADVAVA MNSGTQAAKE AGNMVDLDSN PT KLIEVVH IGKQMLMTRG SLTTFSIAND VAKYFAIIPA AFAATYPQLN ALNIMCLHSP DSAILSAVIF NALIIVFLIP LAL KGVSYK PLTASAMLRR NLWIYGLGGL LVPFIGIKVI DLLLTVCGLV

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分子 #5: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 5 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

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分子 #6: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

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分子 #7: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.4 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 10 mM Tris-HCl pH 8, 10 mM MgCl2, 10 mM NaCl and 0.0125% DDM
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: at 5 mA
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.5 µm / 倍率（補正後）: 49407 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 49407
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 90.0 K / 最高: 105.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-60 / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 11428 / 平均露光時間: 9.0 sec. / 平均電子線量: 52.0 e/Å2
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 287232
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1.14)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7nnl

初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3) / 使用した粒子像数: 58243
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7nnl

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-7zrm:
Cryo-EM map of the unphosphorylated KdpFABC complex in the E1-P_ADP conformation, under turnover conditions

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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