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- EMDB-13781: cryo iDPC-STEM structure recorded with CSA 4.0 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13781
タイトルcryo iDPC-STEM structure recorded with CSA 4.0
マップデータcryo iDPC-STEM mao recorded with CSA 4.0
試料
  • ウイルス: Tobacco mosaic virus (タバコモザイクウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid proteinカプシド
    • RNA: RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')
機能・相同性Tobacco mosaic virus-like, coat protein / Tobacco mosaic virus-like, coat protein superfamily / Virus coat protein (TMV like) / helical viral capsid / structural molecule activity / identical protein binding / カプシド
機能・相同性情報
生物種Tobacco mosaic virus (vulgare) (タバコモザイクウイルス) / Tobacco mosaic virus (タバコモザイクウイルス)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Sachse C / Leidl ML
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number
Helmholtz Association ドイツ
引用ジャーナル: Nat Methods / : 2022
タイトル: Single-particle cryo-EM structures from iDPC-STEM at near-atomic resolution.
著者: Ivan Lazić / Maarten Wirix / Max Leo Leidl / Felix de Haas / Daniel Mann / Maximilian Beckers / Evgeniya V Pechnikova / Knut Müller-Caspary / Ricardo Egoavil / Eric G T Bosch / Carsten Sachse /
要旨: In electron cryomicroscopy (cryo-EM), molecular images of vitrified biological samples are obtained by conventional transmission microscopy (CTEM) using large underfocuses and subsequently ...In electron cryomicroscopy (cryo-EM), molecular images of vitrified biological samples are obtained by conventional transmission microscopy (CTEM) using large underfocuses and subsequently computationally combined into a high-resolution three-dimensional structure. Here, we apply scanning transmission electron microscopy (STEM) using the integrated differential phase contrast mode also known as iDPC-STEM to two cryo-EM test specimens, keyhole limpet hemocyanin (KLH) and tobacco mosaic virus (TMV). The micrographs show complete contrast transfer to high resolution and enable the cryo-EM structure determination for KLH at 6.5 Å resolution, as well as for TMV at 3.5 Å resolution using single-particle reconstruction methods, which share identical features with maps obtained by CTEM of a previously acquired same-sized TMV data set. These data show that STEM imaging in general, and in particular the iDPC-STEM approach, can be applied to vitrified single-particle specimens to determine near-atomic resolution cryo-EM structures of biological macromolecules.
履歴
登録2021年10月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月21日-
マップ公開2022年9月21日-
更新2022年9月21日-
現状2022年9月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13781.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 143.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryo iDPC-STEM mao recorded with CSA 4.0
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.98 Å/pix.
x 150 pix.
= 147. Å
0.98 Å/pix.
x 500 pix.
= 490. Å
0.98 Å/pix.
x 500 pix.
= 490. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.98 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.014
最小 - 最大-0.044910975 - 0.061708406
平均 (標準偏差)0.00034799258 (±0.0029184807)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00176
サイズ500500150
Spacing500500150
セルA: 490.0 Å / B: 490.0 Å / C: 147.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_13781_msk_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: half-map1

ファイルemd_13781_half_map_1.map
注釈half-map1
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: half-map2

ファイルemd_13781_half_map_2.map
注釈half-map2
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : Tobacco mosaic virus

全体名称: Tobacco mosaic virus (タバコモザイクウイルス)
要素
  • ウイルス: Tobacco mosaic virus (タバコモザイクウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid proteinカプシド
    • RNA: RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')

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超分子 #1: Tobacco mosaic virus

超分子名称: Tobacco mosaic virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 12242 / 生物種: Tobacco mosaic virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Tobacco mosaic virus (タバコモザイクウイルス)
分子量理論値: 131 kDa/nm

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分子 #1: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tobacco mosaic virus (vulgare) (タバコモザイクウイルス)
: vulgare
分子量理論値: 17.091998 KDa
配列文字列:
SYSITTPSQF VFLSSAWADP IELINLCTNA LGNQFQTQQA RTVVQRQFSE VWKPSPQVTV RFPDSDFKVY RYNAVLDPLV TALLGAFDT RNRIIEVENQ ANPTTAETLD ATRRVDDATV AIRSAINNLI VELIRGTGSY NRSSFESSSG LVWT

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分子 #2: RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3') / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Tobacco mosaic virus (vulgare) (タバコモザイクウイルス)
分子量理論値: 958.66 Da
配列文字列:
GAA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

濃度90 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: blot force of +10 and a duration for blotting of 10 seconds.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 0.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.0 µm
詳細iDPC-STEM
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / 平均電子線量: 35.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 1.408 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 22.03 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 2224
詳細iDPC-STEM
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7q2r:
cryo iDPC-STEM structure recorded with CSA 4.0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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