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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9843 | ||||||||||||
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タイトル | cryo-EM structure of DOT1L bound to unmodified nucleosome | ||||||||||||
マップデータ | Structure of catalytic domain of DOT1L bound to core nucleosome | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | histone (ヒストン) / nucleosome (ヌクレオソーム) / methylation (メチル化) / GENE REGULATION (遺伝子発現の調節) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / histone H3K79 trimethyltransferase activity / [histone H3]-lysine79 N-trimethyltransferase / histone H3K79 methyltransferase activity / regulation of transcription regulatory region DNA binding / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / histone H3 methyltransferase activity / histone methyltransferase activity / heterochromatin formation / telomere organization ...: / histone H3K79 trimethyltransferase activity / [histone H3]-lysine79 N-trimethyltransferase / histone H3K79 methyltransferase activity / regulation of transcription regulatory region DNA binding / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / histone H3 methyltransferase activity / histone methyltransferase activity / heterochromatin formation / telomere organization / DNA damage checkpoint signaling / PKMTs methylate histone lysines / structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / 遺伝子発現 / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / nucleic acid binding / transcription coactivator activity / protein heterodimerization activity / DNA修復 / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / synthetic construct (人工物) / Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.3 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Jang S / Song JJ | ||||||||||||
資金援助 | 韓国, 3件
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引用 | ジャーナル: Genes Dev / 年: 2019 タイトル: Structural basis of recognition and destabilization of the histone H2B ubiquitinated nucleosome by the DOT1L histone H3 Lys79 methyltransferase. 著者: Seongmin Jang / Chanshin Kang / Han-Sol Yang / Taeyang Jung / Hans Hebert / Ka Young Chung / Seung Joong Kim / Sungchul Hohng / Ji-Joon Song / 要旨: DOT1L is a histone H3 Lys79 methyltransferase whose activity is stimulated by histone H2B Lys120 ubiquitination, suggesting cross-talk between histone H3 methylation and H2B ubiquitination. Here, we ...DOT1L is a histone H3 Lys79 methyltransferase whose activity is stimulated by histone H2B Lys120 ubiquitination, suggesting cross-talk between histone H3 methylation and H2B ubiquitination. Here, we present cryo-EM structures of DOT1L complexes with unmodified or H2B ubiquitinated nucleosomes, showing that DOT1L recognizes H2B ubiquitin and the H2A/H2B acidic patch through a C-terminal hydrophobic helix and an arginine anchor in DOT1L, respectively. Furthermore, the structures combined with single-molecule FRET experiments show that H2B ubiquitination enhances a noncatalytic function of the DOT1L-destabilizing nucleosome. These results establish the molecular basis of the cross-talk between H2B ubiquitination and H3 Lys79 methylation as well as nucleosome destabilization by DOT1L. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9843.map.gz | 28.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9843-v30.xml emd-9843.xml | 17.4 KB 17.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_9843_fsc.xml | 7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_9843.png | 96.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-9843.cif.gz | 6.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9843 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9843 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9843.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Structure of catalytic domain of DOT1L bound to core nucleosome | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : DOT1L bound to unmodified nucleosome
全体 | 名称: DOT1L bound to unmodified nucleosome |
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要素 |
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-超分子 #1: DOT1L bound to unmodified nucleosome
超分子 | 名称: DOT1L bound to unmodified nucleosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7 |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 270 KDa |
-分子 #1: DNA strand I
分子 | 名称: DNA strand I / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 37.890262 KDa |
配列 | 文字列: (DC)(DA)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA) (DT)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA) (DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT) (DG)(DG)(DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT) (DC) (DC)(DA)(DT)(DC)(DA) ...文字列: (DC)(DA)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA) (DT)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA) (DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT) (DG)(DG)(DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT) (DC) (DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA) (DG)(DC) (DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC) (DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DA)(DC)(DA)(DT) (DG)(DC)(DC) (DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA) (DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DT)(DT) (DT)(DC)(DC)(DA) (DA)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DA) (DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DT)(DG)(DC) |
-分子 #2: DNA strand J
分子 | 名称: DNA strand J / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 38.01034 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DA) (DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG)(DT) (DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DG)(DA)(DA)(DA) (DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC) (DA) (DA)(DA)(DA)(DG)(DG) ...文字列: (DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DA) (DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG)(DT) (DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DG)(DA)(DA)(DA) (DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC) (DA) (DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DT) (DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA) (DA)(DT) (DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG) (DA)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DT) (DT)(DT)(DG) (DA)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG) (DC)(DA)(DG)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DA) (DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DC)(DT)(DT)(DT) (DT)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DT)(DG)(DC)(DA)(DG) (DG)(DT)(DG) |
-分子 #3: Histone H3.2
分子 | 名称: Histone H3.2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 11.48841 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: PHRYRPGTVA LREIRRYQKS TELLIRKLPF QRLVREIAQD FKTDLRFQSS AVMALQEASE AYLVGLFEDT NLCAIHAKRV TIMPKDIQL ARRIRGERA UniProtKB: Histone H3.2 |
-分子 #4: Histone H4
分子 | 名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 9.99077 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: KRHRKVLRDN IQGITKPAIR RLARRGGVKR ISGLIYEETR GVLKVFLENV IRDAVTYTEH AKRKTVTAMD VVYALKRQGR TLYGFGG UniProtKB: ヒストンH4 |
-分子 #5: Histone H2A
分子 | 名称: Histone H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 11.724677 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: AKTRSSRAGL QFPVGRVHRL LRKGNYAERV GAGAPVYLAA VLEYLTAEIL ELAGNAARDN KKTRIIPRHL QLAVRNDEEL NKLLGRVTI AQGGVLPNIQ SVLLPKKT UniProtKB: ヒストンH2A |
-分子 #6: Histone H2B 1.1
分子 | 名称: Histone H2B 1.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 10.478032 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: TRKESYAIYV YKVLKQVHPD TGISSKAMSI MNSFVNDVFE RIAGEASRLA HYNKRSTITS REIQTAVRLL LPGELAKHAV SEGTKAVTK YTSAK UniProtKB: Histone H2B 1.1 |
-分子 #7: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific
分子 | 名称: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヒストンメチルトランスフェラーゼ |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 37.930039 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: LELRLKSPVG AEPAVYPWPL PVYDKHHDAA HEIIETIRWV CEEIPDLKLA MENYVLIDYD TKSFESMQRL CDKYNRAIDS IHQLWKGTT QPMKLNTRPS TGLLRHILQQ VYNHSVTDPE KLNNYEPFSP EVYGETSFDL VAQMIDEIKM TDDDLFVDLG S GVGQVVLQ ...文字列: LELRLKSPVG AEPAVYPWPL PVYDKHHDAA HEIIETIRWV CEEIPDLKLA MENYVLIDYD TKSFESMQRL CDKYNRAIDS IHQLWKGTT QPMKLNTRPS TGLLRHILQQ VYNHSVTDPE KLNNYEPFSP EVYGETSFDL VAQMIDEIKM TDDDLFVDLG S GVGQVVLQ VAAATNCKHH YGVEKADIPA KYAETMDREF RKWMKWYGKK HAEYTLERGD FLSEEWRERI ANTSVIFVNN FA FGPEVDH QLKERFANMK EGGRIVSSKP FAPLNFRINS RNLSDIGTIM RVVELSPLKG SVSWTGKPVS YYLHTIDRTI LEN YFSSLK NP UniProtKB: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific |
-分子 #8: S-ADENOSYLMETHIONINE
分子 | 名称: S-ADENOSYLMETHIONINE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: SAM |
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分子量 | 理論値: 398.437 Da |
Chemical component information | ChemComp-SAM: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 37.28 e/Å2 |