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万見
- EMDB-9708: Cryo-EM structure of Csm effector complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9708
タイトルCryo-EM structure of Csm effector complex
マップデータ
試料
  • 複合体: ToCsm effector complex
    • タンパク質・ペプチド: Csm1
    • タンパク質・ペプチド: Csm2
    • タンパク質・ペプチド: Csm3
    • タンパク質・ペプチド: Csm4
    • タンパク質・ペプチド: Csm5Saint-Michel-des-Saints Aerodrome
    • RNA: RNA (5'-R(*GP*UP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*UP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*AP*AP*AP*CP*CP*CP*UP*UP*C)-3')
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
機能・相同性
機能・相同性情報


exonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / transferase activity / defense response to virus / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein Csm5 / CRISPR-associated protein, Csm2 Type III-A / Csm2 Type III-A / CRISPR-associated RAMP Csm3 / CRISPR type III-associated RAMP protein Csm4 / CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 / Csm1, subunit domain B / Csm1 subunit domain B / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily ...CRISPR-associated protein Csm5 / CRISPR-associated protein, Csm2 Type III-A / Csm2 Type III-A / CRISPR-associated RAMP Csm3 / CRISPR type III-associated RAMP protein Csm4 / CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 / Csm1, subunit domain B / Csm1 subunit domain B / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily / HD domain profile. / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / HD domain / HD domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A) / CRISPR system Cms protein Csm2 / CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3 / CRISPR system Cms protein Csm4 / CRISPR system Cms protein Csm5
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus onnurineus NA1 (古細菌) / Thermococcus onnurineus (strain NA1) (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Huo Y / Li T / Wang N / Dong Q / Wang X / Jiang T
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of SciencesXDB08010301 中国
National Science Foundation (China)31670750 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM structure of Type III-A CRISPR effector complex.
著者: Yangao Huo / Tao Li / Nan Wang / Qinghua Dong / Xiangxi Wang / Tao Jiang /
履歴
登録2018年11月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年1月16日-
マップ公開2019年1月16日-
更新2019年11月6日-
現状2019年11月6日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6iqw
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9708.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9708.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
1.04 Å/pix.
x 240 pix.
= 249.6 Å		1.04 Å/pix.
x 240 pix.
= 249.6 Å		1.04 Å/pix.
x 240 pix.
= 249.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.27 / ムービー #1: 4
最小 - 最大-13.652025999999999 - 21.464327000000001
平均 (標準偏差)-0.007533303 (±1.2889774)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 249.59999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.041.041.04
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z249.600249.600249.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ240240240
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-13.65221.464-0.008

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ToCsm effector complex

全体名称: ToCsm effector complex
要素
  • 複合体: ToCsm effector complex
    • タンパク質・ペプチド: Csm1
    • タンパク質・ペプチド: Csm2
    • タンパク質・ペプチド: Csm3
    • タンパク質・ペプチド: Csm4
    • タンパク質・ペプチド: Csm5Saint-Michel-des-Saints Aerodrome
    • RNA: RNA (5'-R(*GP*UP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*UP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*AP*AP*AP*CP*CP*CP*UP*UP*C)-3')
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: ToCsm effector complex

超分子名称: ToCsm effector complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Thermococcus onnurineus NA1 (古細菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Csm1

分子名称: Csm1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus onnurineus (strain NA1) (古細菌) / 株: NA1
分子量理論値: 88.131898 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MEIDELTALG GLLHDIGKPV QRAGLYSGDH STQGARFLRD LAENTGRAEY ELLSLFSEFH HKGHMKNDEL MIRRIKELSP ERFGLTMED VLNALWIVYE ADNLASGERE EGQPQASRPL YSVFNPGKAY PWAELDFEKE LPVPGDVFSI RSQDYRELVK R LWEELSKA ...文字列:
MEIDELTALG GLLHDIGKPV QRAGLYSGDH STQGARFLRD LAENTGRAEY ELLSLFSEFH HKGHMKNDEL MIRRIKELSP ERFGLTMED VLNALWIVYE ADNLASGERE EGQPQASRPL YSVFNPGKAY PWAELDFEKE LPVPGDVFSI RSQDYRELVK R LWEELSKA KLRSDRLLPV LEKYLTFVSS VTSEGNIISL YDHMRMTSAI ALAMLRAGCT AEDVRSGRCR KEKRFLLIEG DF SGIQDFI YRVSGKGTLK YLRARSAYLE LIGWDVVLEI LSRLGLTRAN VVFNAGGHFM IIAQNTPDAV KELEEIRAKA VEW LYREFE SDLYLAIEWE PVSGREFGRE GGKNLFAEAR KRLKHKLTVR KLKRFGEIKG LFEHGHTERL AECPVCGREL PEGK LEPSA SDPETKVCPT CNRLVSLGGN LPKLLGFGRT AKNDAGVLVE GPFSGFVPYL QGGRPVGEQI LVKNTLNPGE IPESA QFVP YFVADYFKKD PKGGVATFEE LSMASTGTRR LGVMKGDVDR LGEFFSSMDS PSKLATASRF MDYFFKGYIG AIIEGK FGY IIGDVPSLRD WPEEPDIVVV YAGGDDFFIV GAWDQIFELA FRVRRAFNAY TGGKLTLSVG LGYFDERTPI YRMADVV SE RLDTAKDEGR NRVFVVGRSR PLDGKHKLSY EWNHYEELWR TYAPRIYAGN GRLKGKLESK KGLLWKLLEI RELYVRDP N DVRWAYLTAY LLGRHGLSDL FPELVGIDTK AVERKEPQPV YWVDGVLKIV LMAVRR

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分子 #2: Csm2

分子名称: Csm2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus onnurineus (strain NA1) (古細菌) / 株: NA1
分子量理論値: 22.410691 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MHHHHHHVIF VAYHQKHGGY GRGGYGRQDR PQVDASRLFG ESPDVVGIKK MLEGKGKQWE AIQPYFDNVV REAKNFLEWS PNKRLANAV TVAAYLTSQG LKTNQVRKIL DMARTTELKV KRGEGDIKDD LVKMRYLLAY TVGKATGQSK YSLDAFHRIL D PMLEVLMG ...文字列:
MHHHHHHVIF VAYHQKHGGY GRGGYGRQDR PQVDASRLFG ESPDVVGIKK MLEGKGKQWE AIQPYFDNVV REAKNFLEWS PNKRLANAV TVAAYLTSQG LKTNQVRKIL DMARTTELKV KRGEGDIKDD LVKMRYLLAY TVGKATGQSK YSLDAFHRIL D PMLEVLMG SPKKENFEKF YDFLQAVVAY HKFFGGGD

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分子 #3: Csm3

分子名称: Csm3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus onnurineus (strain NA1) (古細菌) / 株: NA1
分子量理論値: 32.721936 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDRRFYGKIV IKGKIKAVTG LHIGSQRDIS EIGGIDNPVI KDPHTGLPYI PGSSLKGRLR SLFEILVNSR LGEWREKYPS LANYSPGSC RPDNQENCGK FFNRKINRGW IHVCPDYETA LACPVCRLFG ASGKESNFPS RIIVRDAFLT KEWEEKWRAG E AITEAKIE ...文字列:
MDRRFYGKIV IKGKIKAVTG LHIGSQRDIS EIGGIDNPVI KDPHTGLPYI PGSSLKGRLR SLFEILVNSR LGEWREKYPS LANYSPGSC RPDNQENCGK FFNRKINRGW IHVCPDYETA LACPVCRLFG ASGKESNFPS RIIVRDAFLT KEWEEKWRAG E AITEAKIE VGIDRVTSQA NPRTNERVVA GAEFEFEIIY NVENTTHWRD DIKNLLTAMA LLEDSYLGGS GSRGYGKVKF IF DSFEFRP LDYYRTGKDE DIVSIDAREK SVSDILSGFD SLFSEVEGKL EAG

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分子 #4: Csm4

分子名称: Csm4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus onnurineus (strain NA1) (古細菌) / 株: NA1
分子量理論値: 32.345061 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPKFIAVKLI PKGPFRDIPR ADTLFGAIGN AISAIHGQSA VEELVDAFVG GARISSAFPY SGDTYYLPKP LSVEPALEGI LTGLDEEER YTTAKRLRKA KYLDLKNFEL ALRLRPFTIP EEIPYARVDV PRVVLDRVTQ DSSIYFWEEI RFREKSGVYF L YSGPREVF ...文字列:
MPKFIAVKLI PKGPFRDIPR ADTLFGAIGN AISAIHGQSA VEELVDAFVG GARISSAFPY SGDTYYLPKP LSVEPALEGI LTGLDEEER YTTAKRLRKA KYLDLKNFEL ALRLRPFTIP EEIPYARVDV PRVVLDRVTQ DSSIYFWEEI RFREKSGVYF L YSGPREVF DGYIAPAMRF LGDTGIGGKS TWGAGLFEVE FHEMKIDAPG SEYSVTLSNA LPTKTPVLWR LLRKGGWSFG RR KPRMTFI AEGSIVKNDP GGMERLELGL SHEVYVYGLT FPLGVELPEG LE

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分子 #5: Csm5

分子名称: Csm5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus onnurineus (strain NA1) (古細菌) / 株: NA1
分子量理論値: 45.262145 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTERTLKVLS PLHIGTGNEL TPVDIYPREN IIHVLDTERL VNDLMNLGVE LNEILALLKN PPGDAYIWKG YIEEFHLDPS DYSIYTLKI HGKIGRKSMQ IKEFIKLNGR PYIPGSSLKG AIRTAVLYKA LKECGDARAV MRVVSKVNGD VARDIGRSED V LDYYMSFL ...文字列:
MTERTLKVLS PLHIGTGNEL TPVDIYPREN IIHVLDTERL VNDLMNLGVE LNEILALLKN PPGDAYIWKG YIEEFHLDPS DYSIYTLKI HGKIGRKSMQ IKEFIKLNGR PYIPGSSLKG AIRTAVLYKA LKECGDARAV MRVVSKVNGD VARDIGRSED V LDYYMSFL SRARIDRKRA DDLLEAIVFG MEPDRRSKIR YEPKRDPMKA LIVRDSKPVG RKHLAVYHVE VIGNPQPIPI WV EAIEPGA ATDVEIHVDT EALRLNADYF NGLLWECLKE RGEPGEVFED FLWEAVDEFY TAVMKYETIE VQKFGRYTSQ VRS FYASLE DHSGHVLRLG WGSGWLAMTI GLLLVEKGYK WENVRKKLGL GKKPGGSGFS REFPKTRRLA DGMPMGWVVL E

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分子 #6: RNA (5'-R(*GP*UP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*UP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*AP*AP*AP*...

分子名称: RNA (5'-R(*GP*UP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*UP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*AP*AP*AP*CP*CP*CP*UP*UP*C)-3')
タイプ: rna / ID: 6 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Thermococcus onnurineus (strain NA1) (古細菌) / 株: NA1
分子量理論値: 7.707653 KDa
配列文字列:
GUGGAAAGUG GCCCGAAACC CUUC

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分子 #7: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン三リン酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態3D array

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 1.875 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 61924

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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