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- EMDB-9622: Cryo-EM structure of yeast Ribonuclease P with pre-tRNA substrate -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9622
タイトルCryo-EM structure of yeast Ribonuclease P with pre-tRNA substrate
マップデータ
試料
  • 複合体: RNase P with pre-tRNA substrate
    • 複合体: RNase PリボヌクレアーゼP
      • RNA: x 1種
      • タンパク質・ペプチド: x 9種
    • 複合体: pre-tRNA
      • RNA: x 1種
  • リガンド: x 2種
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease MRP activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, RNase MRP-dependent / intronic box C/D snoRNA processing / nucleolar ribonuclease P complex / ribonuclease MRP complex / ribonuclease P RNA binding / ribonuclease P complex / リボヌクレアーゼP / rRNA primary transcript binding / ribonuclease P activity ...ribonuclease MRP activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, RNase MRP-dependent / intronic box C/D snoRNA processing / nucleolar ribonuclease P complex / ribonuclease MRP complex / ribonuclease P RNA binding / ribonuclease P complex / リボヌクレアーゼP / rRNA primary transcript binding / ribonuclease P activity / telomerase holoenzyme complex / tRNA 5'-leader removal / tRNA processing / maturation of 5.8S rRNA / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / rRNA processing / RNA binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
RNase P, subunit Pop3 / RNase P subunit Pop3 / Ribonucleases P/MRP protein subunit Pop8 / : / Ribonucleases P/MRP protein subunit Pop8 / Ribonuclease P/MRP subunit Pop7, fungi / Pop1, N-terminal / POPLD domain / Ribonuclease P/MRP protein subunit Pop5 / Ribonucleases P/MRP protein subunit Pop1 ...RNase P, subunit Pop3 / RNase P subunit Pop3 / Ribonucleases P/MRP protein subunit Pop8 / : / Ribonucleases P/MRP protein subunit Pop8 / Ribonuclease P/MRP subunit Pop7, fungi / Pop1, N-terminal / POPLD domain / Ribonuclease P/MRP protein subunit Pop5 / Ribonucleases P/MRP protein subunit Pop1 / Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1, N-terminal / POPLD (NUC188) domain / Ribonucleases P/MRP protein subunit Rpp20/Pop7 / Rpp20 subunit of nuclear RNase MRP and P / RNase P subunit Pop5/Rpp14/Rnp2-like / Ribonuclease P/MRP subunit Rpp29 / RNase P subunit Pop5/Rpp14/Rnp2-like domain superfamily / Rpp14/Pop5 family / RNase P subunit p30 / Ribonuclease P subunit, Rpr2/Snm1/Rpp21 / RNase P subunit p30 / RNAse P Rpr2/Rpp21/SNM1 subunit domain / Ribonuclease P protein subunit Rpp29/RNP1 / Ribonuclease P/MRP subunit Rpp29 superfamily / Ribonuclease P/MRP, subunit p29 / A domain found in a protein subunit of human RNase MRP and RNase P ribonucleoprotein complexes and archaeal proteins. / Rof/RNase P-like / DNA/RNA-binding protein Alba-like / オールバニ / Alba-like domain superfamily / Polymerase/histidinol phosphatase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5 / Ribonucleases P/MRP protein subunit POP8 / Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7 / RNases MRP/P 32.9 kDa subunit / Ribonuclease P/MRP protein subunit RPP1 / Ribonuclease P protein subunit RPR2 / Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1 / Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6 / Ribonucleases P/MRP protein subunit POP3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) / Baker's yeast (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.48 Å
データ登録者Lan P / Tan M / Wu J / Lei M
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Structural insight into precursor tRNA processing by yeast ribonuclease P.
著者: Pengfei Lan / Ming Tan / Yuebin Zhang / Shuangshuang Niu / Juan Chen / Shaohua Shi / Shuwan Qiu / Xuejuan Wang / Xiangda Peng / Gang Cai / Hong Cheng / Jian Wu / Guohui Li / Ming Lei /
要旨: Ribonuclease P (RNase P) is a universal ribozyme responsible for processing the 5'-leader of pre-transfer RNA (pre-tRNA). Here, we report the 3.5-angstrom cryo-electron microscopy structures of ...Ribonuclease P (RNase P) is a universal ribozyme responsible for processing the 5'-leader of pre-transfer RNA (pre-tRNA). Here, we report the 3.5-angstrom cryo-electron microscopy structures of RNase P alone and in complex with pre-tRNA The protein components form a hook-shaped architecture that wraps around the RNA and stabilizes RNase P into a "measuring device" with two fixed anchors that recognize the L-shaped pre-tRNA. A universally conserved uridine nucleobase and phosphate backbone in the catalytic center together with the scissile phosphate and the O3' leaving group of pre-tRNA jointly coordinate two catalytic magnesium ions. Binding of pre-tRNA induces a conformational change in the catalytic center that is required for catalysis. Moreover, simulation analysis suggests a two-metal-ion S2 reaction pathway of pre-tRNA cleavage. These results not only reveal the architecture of yeast RNase P but also provide a molecular basis of how the 5'-leader of pre-tRNA is processed by eukaryotic RNase P.
履歴
登録2018年8月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年10月17日-
マップ公開2018年10月17日-
更新2019年11月6日-
現状2019年11月6日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ah3
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9622.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9622.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 337.92 Å		1.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 337.92 Å		1.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 337.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.1938393 - 0.30816835
平均 (標準偏差)0.00026609402 (±0.0092275115)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 337.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.321.321.32
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z337.920337.920337.920
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ450450450
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.1940.3080.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : RNase P with pre-tRNA substrate

全体名称: RNase P with pre-tRNA substrate
要素
  • 複合体: RNase P with pre-tRNA substrate
    • 複合体: RNase PリボヌクレアーゼP
      • RNA: Ribonuclease P RNA
      • タンパク質・ペプチド: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1
      • タンパク質・ペプチド: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP3
      • タンパク質・ペプチド: RNases MRP/P 32.9 kDa subunit
      • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5
      • タンパク質・ペプチド: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6
      • タンパク質・ペプチド: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7
      • タンパク質・ペプチド: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP8
      • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease P/MRP protein subunit RPP1
      • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease P protein subunit RPR2リボヌクレアーゼP
    • 複合体: pre-tRNA
      • RNA: pre-tRNA
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: RNase P with pre-tRNA substrate

超分子名称: RNase P with pre-tRNA substrate / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#11

+
超分子 #2: RNase P

超分子名称: RNase P / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#10
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)

+
超分子 #3: pre-tRNA

超分子名称: pre-tRNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #11
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 組換プラスミド: pGlms

+
分子 #1: Ribonuclease P RNA

分子名称: Ribonuclease P RNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 118.857781 KDa
配列文字列: GUGGAACAGU GGUAAUUCCU ACGAUUAAGA AACCUGUUUA CAGAAGGAUC CCCACCUAUG GGCGGGUUAU CAGAUAUUAU CAGGUGGGA AAUUCGGUGG AACACAGUGG AGCCUUGUCC UCCGGGUUAA UGUCGCUUUU GGCAUUGGCC CCUGCUCCUG A GAGAAGAA ...文字列:
GUGGAACAGU GGUAAUUCCU ACGAUUAAGA AACCUGUUUA CAGAAGGAUC CCCACCUAUG GGCGGGUUAU CAGAUAUUAU CAGGUGGGA AAUUCGGUGG AACACAGUGG AGCCUUGUCC UCCGGGUUAA UGUCGCUUUU GGCAUUGGCC CCUGCUCCUG A GAGAAGAA AUAUACUGGG GAACCAGUCU UUACCGACCG UUGUUAUCAG AAAUUCACGG AGUUCGGCCU AGGUCGGACU CC GAUGGGA ACGGCAACGG UUGUUCCGUU UGACUUGUCG CCCGCUACGG CGUGAGCGUC AAGGUCUGUU GAGUGCAAUC GUA GGACGU CAUUAGUGGC GAACCCGAUA CCGAUUACUG CUGCUGUUCC AGC

+
分子 #11: pre-tRNA

分子名称: pre-tRNA / タイプ: rna / ID: 11 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
分子量理論値: 25.830324 KDa
配列文字列:
AGAAGCGGAU UUAGCUCAGU UGGGAGAGCG CCAGACUGAA GAUCUGGAGG UCCUGUGUUC GAUCCACAGA AUUCGCAUUU

+
分子 #2: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1

分子名称: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: リボヌクレアーゼP
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 100.559555 KDa
配列文字列: MSGSLSRGNG GKKVLNKNQL LKRNRIRNAR SIRAEAVAAS STKTGTPSDL SESGSKLNVD QFISSRQFEV KQLQLAMHNS KAASSTRIF QALPRKLRRR TASHNVRRIP KRMRNRALRE MRKSDQQDVL KGSSASSRKA HGLNAKQLYK ARMSIKLLRL A SKSTSMKL ...文字列:
MSGSLSRGNG GKKVLNKNQL LKRNRIRNAR SIRAEAVAAS STKTGTPSDL SESGSKLNVD QFISSRQFEV KQLQLAMHNS KAASSTRIF QALPRKLRRR TASHNVRRIP KRMRNRALRE MRKSDQQDVL KGSSASSRKA HGLNAKQLYK ARMSIKLLRL A SKSTSMKL SMPPEVTSSN CHVRQKIKTL KRMIKESSTA NPNIKLLNNR MGSYDCTGVN ELAPIPKGRV KYTKRQKHFA WL PTHIWNA KRSHMMKRWG YQMVWAPTQK CFKLTHRLGG DTCSSDGALC MDSSYIGTII VKDKSNDSEG DFLKSIIGKL TAE RANLRK YREGQVLFQG LIYSFNEENG EDSTKPLGPC DVFWVQKDTA IIRLHPSIYT QVFNILLQHK EKLTVQDCRY SLAS VTLKG AKALESLASC LRSTEYSKSF EQFKMVSMIT DHNALPQRCT FAFEAIDPRH LAAPKKLNDS QRKTVNSDDI LSLHE NYPQ DEINAVFNEL CDPESRTQSY NNQNTLKEIS ARRYKLLTAT PNSINKTTVP FKESDDPSIP LVIIRRLKTR DWIVVL PWF WLLPLWHLLN RIPRMYHIGL RQFQQIQYEN KQLYFPDDYP FTQLGYIENS FYKKEASKTK WDRKPMGKRI NFEKIKD IH NTKLPAYSGE IGDFFSSDWR FLQILRNGID YLQRNDKTLE LMDSKKTGQF NAQGVRDINC VNDVLEFCKD YEAKTKAM S LSIEENIPVA LCKNRKCQFR TPDSISVNSS SFSLTFFPRC IIAVSCTLLE RGHPKDNARI YQVPEKDLEH WLQLAKGVY RPNGRKDHDL KIPLPEVHDL IGFITSGTYH LNCGNGMGIG FIDHHAAIRQ PTRYVLIRNV GTNTYRLGEW SKISV

+
分子 #3: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP3

分子名称: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 22.643721 KDa
配列文字列: MSGSLKSLDK KIAKRRQVYK PVLDNPFTNE AHMWPRVHDQ PLIWQLLQSS IINKLIHIQS KENYPWELYT DFNEIVQYLS GAHGNSDPV CLFVCNKDPD VPLVLLQQIP LLCYMAPMTV KLVQLPKSAM DTFKSVSKYG MLLLRCDDRV DKKFVSQIQK N VDLLQFPW ...文字列:
MSGSLKSLDK KIAKRRQVYK PVLDNPFTNE AHMWPRVHDQ PLIWQLLQSS IINKLIHIQS KENYPWELYT DFNEIVQYLS GAHGNSDPV CLFVCNKDPD VPLVLLQQIP LLCYMAPMTV KLVQLPKSAM DTFKSVSKYG MLLLRCDDRV DKKFVSQIQK N VDLLQFPW LNAIKYRPTS VKLLKTTVPI VSKKRQK

+
分子 #4: RNases MRP/P 32.9 kDa subunit

分子名称: RNases MRP/P 32.9 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 32.933168 KDa
配列文字列: MDRTQTFIKD CLFTKCLEDP EKPFNENRFQ DTLLLLPTDG GLTSRLQRQQ RKSKLNLDNL QKVSQLESAD KQLEKRDYQR INKNSKIAL REYINNCKKN TKKCLKLAYE NKITDKEDLL HYIEEKHPTI YESLPQYVDF VPMYKELWIN YIKELLNITK N LKTFNGSL ...文字列:
MDRTQTFIKD CLFTKCLEDP EKPFNENRFQ DTLLLLPTDG GLTSRLQRQQ RKSKLNLDNL QKVSQLESAD KQLEKRDYQR INKNSKIAL REYINNCKKN TKKCLKLAYE NKITDKEDLL HYIEEKHPTI YESLPQYVDF VPMYKELWIN YIKELLNITK N LKTFNGSL ALLKLSMADY NGALLRVTKS KNKTLIGLQG IVIWDSQKFF IMIVKGNIID EIKCIPKKGT VFQFEIPISD DD DSALRYS ILGDRFKYRS VDRAGRKFKS RRCDDMLYYI QN

+
分子 #5: Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5

分子名称: Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: リボヌクレアーゼP
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 19.60159 KDa
配列文字列:
MVRLKSRYIL FEIIFPPTDT NVEESVSKAD ILLSHHRASP ADVSIKSILQ EIRRSLSLNL GDYGSAKCNS LLQLKYFSNK TSTGIIRCH REDCDLVIMA LMLMSKIGDV DGLIVNPVKV SGTIKKIEQF AMRRNSKILN IIKCSQSSHL SDNDFIINDF K KIGRENEN ENEDD

+
分子 #6: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6

分子名称: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: リボヌクレアーゼP
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 18.234959 KDa
配列文字列:
MINGVYYNEI SRDLDISSST QCLRFLKETV IPSLANNGNN STSIQYHGIS KNDNIKKSVN KLDKQINMAD RSLGLQQVVC IFSYGPHIQ KMLSILEIFK KGYIKNNKKI YQWNKLTSFD IKREGRNELQ EERLKVPILV TLVSDSEIID LNLHSFTKQ

+
分子 #7: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7

分子名称: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: リボヌクレアーゼP
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 15.844284 KDa
配列文字列:
MALKKNTHNK STKRVTKHPS LKTLTHKQIH TTIFVKSTTP YVSALKRINK FLDSVHKQGS SYVAVLGMGK AVEKTLALGC HFQDQKNKK IEVYTKTIEV LDEVITEGQA DIDMESDVED DDKETQLKKR AVSGVELRIY V

+
分子 #8: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP8

分子名称: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: リボヌクレアーゼP
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 15.530351 KDa
配列文字列:
MGKKTFREWQ YFKLSITSFD QDVDDAHAID QMTWRQWLNN ALKRSYGIFG EGVEYSFLHV DDKLAYIRVN HADKDTFSSS ISTYISTDE LVGSPLTVSI LQESSSLRLL EVTDDDRLWL KKVMEEEEQD CKCI

+
分子 #9: Ribonuclease P/MRP protein subunit RPP1

分子名称: Ribonuclease P/MRP protein subunit RPP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: リボヌクレアーゼP
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 32.270262 KDa
配列文字列: MLVDLNVPWP QNSYADKVTS QAVNNLIKTL STLHMLGYTH IAINFTVNHS EKFPNDVKLL NPIDIKRRFG ELMDRTGLKL YSRITLIID DPSKGQSLSK ISQAFDIVAA LPISEKGLTL STTNLDIDLL TFQYGSRLPT FLKHKSICSC VNRGVKLEIV Y GYALRDVQ ...文字列:
MLVDLNVPWP QNSYADKVTS QAVNNLIKTL STLHMLGYTH IAINFTVNHS EKFPNDVKLL NPIDIKRRFG ELMDRTGLKL YSRITLIID DPSKGQSLSK ISQAFDIVAA LPISEKGLTL STTNLDIDLL TFQYGSRLPT FLKHKSICSC VNRGVKLEIV Y GYALRDVQ ARRQFVSNVR SVIRSSRSRG IVIGSGAMSP LECRNILGVT SLIKNLGLPS DRCSKAMGDL ASLVLLNGRL RN KSHKQTI VTGGGSGNGD DVVNDVQGID DVQTIKVVKR SMDAEQLGHA SKRHKP

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分子 #10: Ribonuclease P protein subunit RPR2

分子名称: Ribonuclease P protein subunit RPR2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: リボヌクレアーゼP
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 16.375049 KDa
配列文字列:
MGKKAHGGKM KPEIDENGTL LVPPPRTIAN QDHFHRLNYL YQISAYQTRA RQKARTDAHT PLARNYIKSM DLISKKTKTS LLPTIKRTI CKKCHRLLWT PKKLEITSDG ALSVMCGCGT VKRFNIGADP NYRTYSEREG NLLNS

+
分子 #12: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #13: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 1.5625 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 176896

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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