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- EMDB-9131: Cryo-EM structure of the ZIKV virion in complex with Fab fragment... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9131
タイトルCryo-EM structure of the ZIKV virion in complex with Fab fragments of the potently neutralizing human monoclonal antibody ZIKV-195
マップデータZIKV virion in complex with Fab fragments of the potently neutralizing human monoclonal antibody ZIKV-195. Different contour levels are required to visualize the viral components and the bound Fab molecules.
試料
  • 複合体: ZIKV virion in complex with Fab fragments of the potently neutralizing human monoclonal antibody ZIKV-195
    • 複合体: monoclonal antibody ZIKV-195
      • タンパク質・ペプチド: monoclonal antibody ZIKV-195 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: monoclonal antibody ZIKV-195 light chain
    • ウイルス: Zika virus (isolate ZIKV/Human/French Polynesia/10087PF/2013) (ジカ熱ウイルス)
      • タンパク質・ペプチド: E protein
      • タンパク質・ペプチド: M protein
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / negative regulation of innate immune response / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / double-stranded RNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...immunoglobulin complex / negative regulation of innate immune response / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / double-stranded RNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / 獲得免疫系 / host cell endoplasmic reticulum membrane / molecular adaptor activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / 免疫応答 / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / 中心体 / エンベロープ (ウイルス) / lipid binding / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / structural molecule activity / virion attachment to host cell / GTP binding / virion membrane / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
: / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B ...: / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Immunoglobulin lambda variable 1-36
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / ZIKV (ジカ熱ウイルス) / Human (ヒト) / Zika virus (isolate ZIKV/Human/French Polynesia/10087PF/2013) (ジカ熱ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Long F / Rossmann MG
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)AI076331 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / : 2019
タイトル: Structural basis of a potent human monoclonal antibody against Zika virus targeting a quaternary epitope.
著者: Feng Long / Michael Doyle / Estefania Fernandez / Andrew S Miller / Thomas Klose / Madhumati Sevvana / Aubrey Bryan / Edgar Davidson / Benjamin J Doranz / Richard J Kuhn / Michael S Diamond / ...著者: Feng Long / Michael Doyle / Estefania Fernandez / Andrew S Miller / Thomas Klose / Madhumati Sevvana / Aubrey Bryan / Edgar Davidson / Benjamin J Doranz / Richard J Kuhn / Michael S Diamond / James E Crowe / Michael G Rossmann /
要旨: Zika virus (ZIKV) is a major human pathogen and member of the genus in the Flaviviridae family. In contrast to most other insect-transmitted flaviviruses, ZIKV also can be transmitted sexually and ...Zika virus (ZIKV) is a major human pathogen and member of the genus in the Flaviviridae family. In contrast to most other insect-transmitted flaviviruses, ZIKV also can be transmitted sexually and from mother to fetus in humans. During recent outbreaks, ZIKV infections have been linked to microcephaly, congenital disease, and Guillain-Barré syndrome. Neutralizing antibodies have potential as therapeutic agents. We report here a 4-Å-resolution cryo-electron microscopy structure of the ZIKV virion in complex with Fab fragments of the potently neutralizing human monoclonal antibody ZIKV-195. The footprint of the ZIKV-195 Fab fragment expands across two adjacent envelope (E) protein protomers. ZIKV neutralization by this antibody is presumably accomplished by cross-linking the E proteins, which likely prevents formation of E protein trimers required for fusion of the viral and cellular membranes. A single dose of ZIKV-195 administered 5 days after virus inoculation showed marked protection against lethality in a stringent mouse model of infection.
履歴
登録2018年9月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年10月3日-
マップ公開2019年1月16日-
更新2020年7月29日-
現状2020年7月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(半径に従い着色)
  • 表面レベル: 15
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6mid
  • 表面レベル: 15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6mid
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9131.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈ZIKV virion in complex with Fab fragments of the potently neutralizing human monoclonal antibody ZIKV-195. Different contour levels are required to visualize the viral components and the bound Fab molecules.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.62 Å
密度
表面レベル登録者による: 15 / ムービー #1: 15
最小 - 最大-101.69505 - 169.9646
平均 (標準偏差)0.16021295 (±7.2527075)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 829.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.621.621.62
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z829.440829.440829.440
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-101.695169.9650.160

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添付データ

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ハーフマップ: Half map #1

ファイルemd_9131_half_map_1.map
注釈Half map #1
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: Half map #2

ファイルemd_9131_half_map_2.map
注釈Half map #2
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : ZIKV virion in complex with Fab fragments of the potently neutral...

全体名称: ZIKV virion in complex with Fab fragments of the potently neutralizing human monoclonal antibody ZIKV-195
要素
  • 複合体: ZIKV virion in complex with Fab fragments of the potently neutralizing human monoclonal antibody ZIKV-195
    • 複合体: monoclonal antibody ZIKV-195
      • タンパク質・ペプチド: monoclonal antibody ZIKV-195 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: monoclonal antibody ZIKV-195 light chain
    • ウイルス: Zika virus (isolate ZIKV/Human/French Polynesia/10087PF/2013) (ジカ熱ウイルス)
      • タンパク質・ペプチド: E protein
      • タンパク質・ペプチド: M protein

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超分子 #1: ZIKV virion in complex with Fab fragments of the potently neutral...

超分子名称: ZIKV virion in complex with Fab fragments of the potently neutralizing human monoclonal antibody ZIKV-195
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Purified from infected Vero cells overexpressing the furin protease

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超分子 #3: monoclonal antibody ZIKV-195

超分子名称: monoclonal antibody ZIKV-195 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #2: Zika virus (isolate ZIKV/Human/French Polynesia/10087PF/2013)

超分子名称: Zika virus (isolate ZIKV/Human/French Polynesia/10087PF/2013)
タイプ: virus / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 / NCBI-ID: 2043570
生物種: Zika virus (isolate ZIKV/Human/French Polynesia/10087PF/2013)
Sci species strain: isolate ZIKV/Human/French Polynesia/10087PF/2013
ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: E protein

分子名称: E protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: ZIKV (ジカ熱ウイルス) / : isolate ZIKV/Human/French Polynesia/10087PF/2013
分子量理論値: 54.444051 KDa
配列文字列: IRCIGVSNRD FVEGMSGGTW VDVVLEHGGC VTVMAQDKPT VDIELVTTTV SNMAEVRSYC YEASISDMAS DSRCPTQGEA YLDKQSDTQ YVCKRTLVDR GWGNGCGLFG KGSLVTCAKF ACSKKMTGKS IQPENLEYRI MLSVHGSQHS GMIVNDTGHE T DENRAKVE ...文字列:
IRCIGVSNRD FVEGMSGGTW VDVVLEHGGC VTVMAQDKPT VDIELVTTTV SNMAEVRSYC YEASISDMAS DSRCPTQGEA YLDKQSDTQ YVCKRTLVDR GWGNGCGLFG KGSLVTCAKF ACSKKMTGKS IQPENLEYRI MLSVHGSQHS GMIVNDTGHE T DENRAKVE ITPNSPRAEA TLGGFGSLGL DCEPRTGLDF SDLYYLTMNN KHWLVHKEWF HDIPLPWHAG ADTGTPHWNN KE ALVEFKD AHAKRQTVVV LGSQEGAVHT ALAGALEAEM DGAKGRLSSG HLKCRLKMDK LRLKGVSYSL CTAAFTFTKI PAE TLHGTV TVEVQYAGTD GPCKVPAQMA VDMQTLTPVG RLITANPVIT ESTENSKMML ELDPPFGDSY IVIGVGEKKI THHW HRSGS TIGKAFEATV RGAKRMAVLG DTAWDFGSVG GALNSLGKGI HQIFGAAFKS LFGGMSWFSQ ILIGTLLMWL GLNTK NGSI SLMCLALGGV LIFLSTAVSA

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分子 #2: M protein

分子名称: M protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: ZIKV (ジカ熱ウイルス) / : isolate ZIKV/Human/French Polynesia/10087PF/2013
分子量理論値: 8.496883 KDa
配列文字列:
AVTLPSHSTR KLQTRSQTWL ESREYTKHLI RVENWIFRNP GFALAAAAIA WLLGSSTSQK VIYLVMILLI APAYS

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分子 #3: monoclonal antibody ZIKV-195 heavy chain

分子名称: monoclonal antibody ZIKV-195 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 14.148739 KDa
配列文字列:
QVQLVESGGG VVHPGRSLRL SCAASGFTFS SSAMHWVRQA PGKGLEWVAV ISYDGSNKYY GDSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMHSLRAE DTAVYYCAKD RDAYNTVGYF AYYYGMDVWG QGTLVTVSS

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分子 #4: monoclonal antibody ZIKV-195 light chain

分子名称: monoclonal antibody ZIKV-195 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 11.750902 KDa
配列文字列:
QSVLTQPPSV SEAPRQRVTI SCSGSSSNIG NNAVNWYQQL PGKAPKLLIY YDDLLPSGVS DRFSGSKSGT SASLAISGLQ SEDEADYYC AAWDDSLTRY VFGTGTKVTV L

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.00 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称
20.0 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタン
120.0 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム
1.0 mMEDTAエチレンジアミン四酢酸

詳細: NTE buffer at pH 8.0
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3
詳細Fab fragments were mixed with purified mature virus particles to make complexes.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 1691 / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: jspr
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: jspr
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: jspr
詳細: The map was masked by removing the internal nucleic acid region and the external background region.
使用した粒子像数: 10687
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:
詳細The occupancy of bound Fabs was low. Due to poor density, only the variable domain of Fab molecule was modeled and fit into one of the three Fab binding sites on each icosahedral asymmetric unit.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6mid:
Cryo-EM structure of the ZIKV virion in complex with Fab fragments of the potently neutralizing human monoclonal antibody ZIKV-195

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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