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- EMDB-8775: RNA polymerase I Initial Transcribing Complex State 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8775
タイトルRNA polymerase I Initial Transcribing Complex State 2
マップデータRNA Polymerase I Initial Transcribing Complex State 2
試料
  • 複合体: RNA Polymerase I Initial Transcribing Complex State 2
    • タンパク質・ペプチド: x 17種
    • RNA: x 1種
    • DNA: x 2種
  • リガンド: x 1種
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase I transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I core factor complex / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / RNA polymerase III activity / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / : ...RNA polymerase I transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I core factor complex / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / RNA polymerase III activity / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / : / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / regulation of cell size / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA Polymerase I Promoter Escape / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Estrogen-dependent gene expression / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA-templated transcription / termination of RNA polymerase III transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Dual incision in TC-NER / RNA polymerase I activity / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / tRNA transcription by RNA polymerase III / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase I complex / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II, core complex / TBP-class protein binding / promoter-specific chromatin binding / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / ribonucleoside binding / ポリメラーゼ / ペルオキシソーム / リボソーム生合成 / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / protein dimerization activity / 核小体 / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Transcription initiation factor Rrn11 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor Rrn6 / Transcription initiation factor Rrn11, budding yeast / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6-like / : / : / : / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor Rrn11 / Rrn6, beta-propeller / RRN6, K-rich C-terminal domain ...Transcription initiation factor Rrn11 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor Rrn6 / Transcription initiation factor Rrn11, budding yeast / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6-like / : / : / : / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor Rrn11 / Rrn6, beta-propeller / RRN6, K-rich C-terminal domain / Rrn6, helical bundle domain / Transcription initiation factor Rrn7, Zinc-finger / RNA polymerase I transcription initiation factor TAF1B/Rrn7 / : / : / Zinc-finger of RNA-polymerase I-specific TFIIB, Rrn7 / Rrn7/TAF1B, N-terminal cyclin domain / Rrn7/TAF1B, C-terminal cyclin domain / RNA polymerase I, subunit Rpa14, fungi / Yeast RNA polymerase I subunit RPA14 / DNA-directed RNA polymerase I, subunit RPA34.5 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34.5 / RNA polymerase I associated factor, A49-like / A49-like RNA polymerase I associated factor / Rpa43, N-terminal ribonucleoprotein (RNP) domain / RPA43, OB domain / RPA43 OB domain in RNA Pol I / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2, domain 4 / DNA-directed RNA pol I, largest subunit / Pol I subunit A12, C-terminal zinc ribbon / : / RNA polymerase I, Rpa2 specific domain / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC19 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC40 / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase subunit Rpb7-like / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA190 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA135 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6 ...DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA190 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA135 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA14 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / Baker's yeast (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Han Y / He Y
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
Northwestern UniversityCornew Innovation Award 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)NCI 5K22CA184235 米国
American Cancer SocietyIRG-15-173-21 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1149521 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIGMS GM110387 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Structural mechanism of ATP-independent transcription initiation by RNA polymerase I.
著者: Yan Han / Chunli Yan / Thi Hoang Duong Nguyen / Ashleigh J Jackobel / Ivaylo Ivanov / Bruce A Knutson / Yuan He /
要旨: Transcription initiation by RNA Polymerase I (Pol I) depends on the Core Factor (CF) complex to recognize the upstream promoter and assemble into a Pre-Initiation Complex (PIC). Here, we solve a ...Transcription initiation by RNA Polymerase I (Pol I) depends on the Core Factor (CF) complex to recognize the upstream promoter and assemble into a Pre-Initiation Complex (PIC). Here, we solve a structure of Pol I-CF-DNA to 3.8 Å resolution using single-particle cryo-electron microscopy. The structure reveals a bipartite architecture of Core Factor and its recognition of the promoter from -27 to -16. Core Factor's intrinsic mobility correlates well with different conformational states of the Pol I cleft, in addition to the stabilization of either Rrn7 N-terminal domain near Pol I wall or the tandem winged helix domain of A49 at a partially overlapping location. Comparison of the three states in this study with the Pol II system suggests that a ratchet motion of the Core Factor-DNA sub-complex at upstream facilitates promoter melting in an ATP-independent manner, distinct from a DNA translocase actively threading the downstream DNA in the Pol II PIC.
履歴
登録2017年6月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年8月2日-
マップ公開2017年8月2日-
更新2019年11月27日-
現状2019年11月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5w65
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8775.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8775.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈RNA Polymerase I Initial Transcribing Complex State 2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.3 Å/pix.
x 192 pix.
= 249.6 Å		1.3 Å/pix.
x 192 pix.
= 249.6 Å		1.3 Å/pix.
x 192 pix.
= 249.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.1364402 - 0.26241162
平均 (標準偏差)0.00033113052 (±0.013923328)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 249.59999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.31.31.3
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z249.600249.600249.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.1360.2620.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : RNA Polymerase I Initial Transcribing Complex State 2

全体名称: RNA Polymerase I Initial Transcribing Complex State 2
要素
  • 複合体: RNA Polymerase I Initial Transcribing Complex State 2
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA190ポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA135ポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA14ポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1RNAポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2RNAポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43ポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3RNAポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12ポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5RNAポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4RNAポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49ポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34ポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11
    • RNA: RNAリボ核酸
    • DNA: non-template strand DNA
    • DNA: template strand DNA
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: RNA Polymerase I Initial Transcribing Complex State 2

超分子名称: RNA Polymerase I Initial Transcribing Complex State 2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#20
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
分子量理論値: 900 KDa

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA190

分子名称: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA190 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 186.676969 KDa
配列文字列: MDISKPVGSE ITSVDFGILT AKEIRNLSAK QITNPTVLDN LGHPVSGGLY DLALGAFLRN LCSTCGLDEK FCPGHQGHIE LPVPCYNPL FFNQLYIYLR ASCLFCHHFR LKSVEVHRYA CKLRLLQYGL IDESYKLDEI TLGSLNSSMY TDDEAIEDNE D EMDGEGSK ...文字列:
MDISKPVGSE ITSVDFGILT AKEIRNLSAK QITNPTVLDN LGHPVSGGLY DLALGAFLRN LCSTCGLDEK FCPGHQGHIE LPVPCYNPL FFNQLYIYLR ASCLFCHHFR LKSVEVHRYA CKLRLLQYGL IDESYKLDEI TLGSLNSSMY TDDEAIEDNE D EMDGEGSK QSKDISSTLL NELKSKRSEY VDMAIAKALS DGRTTERGSF TATVNDERKK LVHEFHKKLL SRGKCDNCGM FS PKFRKDG FTKIFETALN EKQITNNRVK GFIRQDMIKK QKQAKKLDGS NEASANDEES FDVGRNPTTR PKTGSTYILS TEV KNILDT VFRKEQCVLQ YVFHSRPNLS RKLVKADSFF MDVLVVPPTR FRLPSKLGEE VHENSQNQLL SKVLTTSLLI RDLN DDLSK LQKDKVSLED RRVIFSRLMN AFVTIQNDVN AFIDSTKAQG RTSGKVPIPG VKQALEKKEG LFRKHMMGKR VNYAA RSVI SPDPNIETNE IGVPPVFAVK LTYPEPVTAY NIAELRQAVI NGPDKWPGAT QIQNEDGSLV SLIGMSVEQR KALANQ LLT PSSNVSTHTL NKKVYRHIKN RDVVLMNRQP TLHKASMMGH KVRVLPNEKT LRLHYANTGA YNADFDGDEM NMHFPQN EN ARAEALNLAN TDSQYLTPTS GSPVRGLIQD HISAGVWLTS KDSFFTREQY QQYIYGCIRP EDGHTTRSKI VTLPPTIF K PYPLWTGKQI ITTVLLNVTP PDMPGINLIS KNKIKNEYWG KGSLENEVLF KDGALLCGIL DKSQYGASKY GIVHSLHEV YGPEVAAKVL SVLGRLFTNY ITATAFTCGM DDLRLTAEGN KWRTDILKTS VDTGREAAAE VTNLDKDTPA DDPELLKRLQ EILRDNNKS GILDAVTSSK VNAITSQVVS KCVPDGTMKK FPCNSMQAMA LSGAKGSNVN VSQIMCLLGQ QALEGRRVPV M VSGKTLPS FKPYETDAMA GGYVKGRFYS GIKPQEYYFH CMAGREGLID TAVKTSRSGY LQRCLTKQLE GVHVSYDNSI RD ADGTLVQ FMYGGDAIDI TKESHMTQFE FCLDNYYALL KKYNPSALIE HLDVESALKY SKKTLKYRKK HSKEPHYKQS VKY DPVLAK YNPAKYLGSV SENFQDKLES FLDKNSKLFK SSDGVNEKKF RALMQLKYMR SLINPGEAVG IIASQSVGEP STQM TLNTF HFAGHGAANV TLGIPRLREI VMTASAAIKT PQMTLPIWND VSDEQADTFC KSISKVLLSE VIDKVIVTET TGTSN TAGG NAARSYVIHM RFFDNNEYSE EYDVSKEELQ NVISNQFIHL LEAAIVKEIK KQKRTTGPDI GVAVPRLQTD VANSSS NSK RLEEDNDEEQ SHKKTKQAVS YDEPDEDEIE TMREAEKSSD EEGIDSDKES DSDSEDEDVD MNEQINKSIV EANNNMN KV QRDRQSAIIS HHRFITKYNF DDESGKWCEF KLELAADTEK LLMVNIVEEI CRKSIIRQIP HIDRCVHPEP ENGKRVLV T EGVNFQAMWD QEAFIDVDGI TSNDVAAVLK TYGVEAARNT IVNEINNVFS RYAISVSFRH LDLIADMMTR QGTYLAFNR QGMETSTSSF MKMSYETTCQ FLTKAVLDNE REQLDSPSAR IVVGKLNNVG TGSFDVLAKV PNAA

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分子 #2: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA135

分子名称: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA135 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 135.910328 KDa
配列文字列: MSKVIKPPGQ ARTADFRTLE RESRFINPPK DKSAFPLLQE AVQPHIGSFN ALTEGPDGGL LNLGVKDIGE KVIFDGKPLN SEDEISNSG YLGNKLSVSV EQVSIAKPMS NDGVSSAVER KVYPSESRQR LTSYRGKLLL KLKWSVNNGE ENLFEVRDCG G LPVMLQSN ...文字列:
MSKVIKPPGQ ARTADFRTLE RESRFINPPK DKSAFPLLQE AVQPHIGSFN ALTEGPDGGL LNLGVKDIGE KVIFDGKPLN SEDEISNSG YLGNKLSVSV EQVSIAKPMS NDGVSSAVER KVYPSESRQR LTSYRGKLLL KLKWSVNNGE ENLFEVRDCG G LPVMLQSN RCHLNKMSPY ELVQHKEESD EIGGYFIVNG IEKLIRMLIV QRRNHPMAII RPSFANRGAS YSHYGIQIRS VR PDQTSQT NVLHYLNDGQ VTFRFSWRKN EYLVPVVMIL KALCHTSDRE IFDGIIGNDV KDSFLTDRLE LLLRGFKKRY PHL QNRTQV LQYLGDKFRV VFQASPDQSD LEVGQEVLDR IVLVHLGKDG SQDKFRMLLF MIRKLYSLVA GECSPDNPDA TQHQ EVLLG GFLYGMILKE KIDEYLQNII AQVRMDINRG MAINFKDKRY MSRVLMRVNE NIGSKMQYFL STGNLVSQSG LDLQQ VSGY TVVAEKINFY RFISHFRMVH RGSFFAQLKT TTVRKLLPES WGFLCPVHTP DGSPCGLLNH FAHKCRISTQ QSDVSR IPS ILYSLGVAPA SHTFAAGPSL CCVQIDGKII GWVSHEQGKI IADTLRYWKV EGKTPGLPID LEIGYVPPST RGQYPGL YL FGGHSRMLRP VRYLPLDKED IVGPFEQVYM NIAVTPQEIQ NNVHTHVEFT PTNILSILAN LTPFSDFNQS PRNMYQCQ M GKQTMGTPGV ALCHRSDNKL YRLQTGQTPI VKANLYDDYG MDNFPNGFNA VVAVISYTGY DMDDAMIINK SADERGFGY GTMYKTEKVD LALNRNRGDP ITQHFGFGND EWPKEWLEKL DEDGLPYIGT YVEEGDPICA YFDDTLNKTK IKTYHSSEPA YIEEVNLIG DESNKFQELQ TVSIKYRIRR TPQIGDKFSS RHGQKGVCSR KWPTIDMPFS ETGIQPDIII NPHAFPSRMT I GMFVESLA GKAGALHGIA QDSTPWIFNE DDTPADYFGE QLAKAGYNYH GNEPMYSGAT GEELRADIYV GVVYYQRLRH MV NDKFQVR STGPVNSLTM QPVKGRKRHG GIRVGEMERD ALIGHGTSFL LQDRLLNSSD YTQASVCREC GSILTTQQSV PRI GSISTV CCRRCSMRFE DAKKLLTKSE DGEKIFIDDS QIWEDGQGNK FVGGNETTTV AIPFVLKYLD SELSAMGIRL RYNV EPK

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分子 #3: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 37.732613 KDa
配列文字列: MSNIVGIEYN RVTNTTSTDF PGFSKDAENE WNVEKFKKDF EVNISSLDAR EANFDLINID TSIANAFRRI MISEVPSVAA EYVYFFNNT SVIQDEVLAH RIGLVPLKVD PDMLTWVDSN LPDDEKFTDE NTIVLSLNVK CTRNPDAPKG STDPKELYNN A HVYARDLK ...文字列:
MSNIVGIEYN RVTNTTSTDF PGFSKDAENE WNVEKFKKDF EVNISSLDAR EANFDLINID TSIANAFRRI MISEVPSVAA EYVYFFNNT SVIQDEVLAH RIGLVPLKVD PDMLTWVDSN LPDDEKFTDE NTIVLSLNVK CTRNPDAPKG STDPKELYNN A HVYARDLK FEPQGRQSTT FADCPVVPAD PDILLAKLRP GQEISLKAHC ILGIGGDHAK FSPVSTASYR LLPQINILQP IK GESARRF QKCFPPGVIG IDEGSDEAYV KDARKDTVSR EVLRYEEFAD KVKLGRVRNH FIFNVESAGA MTPEEIFFKS VRI LKNKAE YLKNCPITQ

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分子 #4: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA14

分子名称: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 14.599128 KDa
配列文字列:
MMKGSRRTGN NTATTLNTPV VIHATQLPQH VSTDEVLQFL ESFIDEKENI IDSTTMNTIS GNAADADAAA VANTSLNIDT NLSSSISQL KRIQRDFKGL PPAQDFSAAP IQVSTTEKKE TSIGVSATGG KKTTFADE

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分子 #5: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 25.117094 KDa
配列文字列: MDQENERNIS RLWRAFRTVK EMVKDRGYFI TQEEVELPLE DFKAKYCDSM GRPQRKMMSF QANPTEESIS KFPDMGSLWV EFCDEPSVG VKTMKTFVIH IQEKNFQTGI FVYQNNITPS AMKLVPSIPP ATIETFNEAA LVVNITHHEL VPKHIRLSSD E KRELLKRY ...文字列:
MDQENERNIS RLWRAFRTVK EMVKDRGYFI TQEEVELPLE DFKAKYCDSM GRPQRKMMSF QANPTEESIS KFPDMGSLWV EFCDEPSVG VKTMKTFVIH IQEKNFQTGI FVYQNNITPS AMKLVPSIPP ATIETFNEAA LVVNITHHEL VPKHIRLSSD E KRELLKRY RLKESQLPRI QRADPVALYL GLKRGEVVKI IRKSETSGRY ASYRICM

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分子 #6: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 17.931834 KDa
配列文字列:
MSDYEEAFND GNENFEDFDV EHFSDEETYE EKPQFKDGET TDANGKTIVT GGNGPEDFQQ HEQIRRKTLK EKAIPKDQRA TTPYMTKYE RARILGTRAL QISMNAPVFV DLEGETDPLR IAMKELAEKK IPLVIRRYLP DGSFEDWSVE ELIVDL

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分子 #7: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43

分子名称: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 36.264852 KDa
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MSQVKRANEN RETARFIKKH KKQVTNPIDE KNGTSNCIVR VPIALYVSLA PMYLENPLQG VMKQHLNPLV MKYNNKVGGV VLGYEGLKI LDADPLSKED TSEKLIKITP DTPFGFTWCH VNLYVWQPQV GDVLEGYIFI QSASHIGLLI HDAFNASIKK N NIPVDWTF VHNDVEEDAD VINTDENNGN NNNEDNKDSN GGSNSLGKFS FGNRSLGHWV DSNGEPIDGK LRFTVRNVHT TG RVVSVDG TLISDADEEG NGYNSSRSQA ESLPIVSNKK IVFDDEVSIE NKESHKELDL PEVKEDNGSE IVYEENTSES NDG ESSDSD

+
分子 #8: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 16.525363 KDa
配列文字列:
MSNTLFDDIF QVSEVDPGRY NKVCRIEAAS TTQDQCKLTL DINVELFPVA AQDSLTVTIA SSLNLEDTPA NDSSATRSWR PPQAGDRSL ADDYDYVMYG TAYKFEEVSK DLIAVYYSFG GLLMRLEGNY RNLNNLKQEN AYLLIRR

+
分子 #9: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12

分子名称: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 13.676566 KDa
配列文字列:
MSVVGSLIFC LDCGDLLENP NAVLGSNVEC SQCKAIYPKS QFSNLKVVTT TADDAFPSSL RAKKSVVKTS LKKNELKDGA TIKEKCPQC GNEEMNYHTL QLRSADEGAT VFYTCTSCGY KFRTNN

+
分子 #10: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 8.290732 KDa
配列文字列:
MIVPVRCFSC GKVVGDKWES YLNLLQEDEL DEGTALSRLG LKRYCCRRMI LTHVDLIEKF LRYNPLEKRD

+
分子 #11: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 16.16786 KDa
配列文字列:
MTEDIEQKKT ATEVTPQEPK HIQEEEEQDV DMTGDEEQEE EPDREKIKLL TQATSEDGTS ASFQIVEEDH TLGNALRYVI MKNPDVEFC GYSIPHPSEN LLNIRIQTYG ETTAVDALQK GLKDLMDLCD VVESKFTEKI KSM

+
分子 #12: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 7.729969 KDa
配列文字列:
MSREGFQIPT NLDAAAAGTS QARTATLKYI CAECSSKLSL SRTDAVRCKD CGHRILLKAR TKRLVQFEAR

+
分子 #13: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49

分子名称: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 46.721707 KDa
配列文字列: MSVKRSVSEI EIESVQDQPS VAVGSFFKGF RAPSDTTFDL YKKKKSEKDE FVLHGENERL EYEGYTDSSS QASNQYVVGL FNPEKKSIQ LYKAPVLVSK VVSKSSKNLR GPKIKSKSDT RPSALRNALG EAFGTKKAKK AIADLERNRI DSDKLTDSAI D IVDSVRTA ...文字列:
MSVKRSVSEI EIESVQDQPS VAVGSFFKGF RAPSDTTFDL YKKKKSEKDE FVLHGENERL EYEGYTDSSS QASNQYVVGL FNPEKKSIQ LYKAPVLVSK VVSKSSKNLR GPKIKSKSDT RPSALRNALG EAFGTKKAKK AIADLERNRI DSDKLTDSAI D IVDSVRTA SKDLPTRAQL DEITSNDRPT PLANIDATDV EQIYPIESII PKKELQFIRV SSILKEADKE KKLELFPYQN NS KYVAKKL DSLTQPSQMT KLQLLYYLSL LLGVYENRRV NNKTKLLERL NSPPEILVDG ILSRFTVIKP GQFGRSKDRS YFI DPQNED KILCYILAII MHLDNFIVEI TPLAHELNLK PSKVVSLFRV LGAIVKGATV AQAEAFGIPK STAASYKIAT MKVP FKLPE MTRRGRGPRR

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分子 #14: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34

分子名称: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 26.933518 KDa
配列文字列: MSKLSKDYVS DSDSDDEVIS NEFSIPDGFK KCKHLKNFPL NGDNKKKAKQ QQVWLIKFPS NVDISKLKSL PVDFESSTTM TIDKHDYKI MDDTDIESSL TQDNLSNMTL LVPSESKESL KIASTAKDNA PLQFDKVFSV SETAKIPAID YSKVRVPRKD V PKVEGLKL ...文字列:
MSKLSKDYVS DSDSDDEVIS NEFSIPDGFK KCKHLKNFPL NGDNKKKAKQ QQVWLIKFPS NVDISKLKSL PVDFESSTTM TIDKHDYKI MDDTDIESSL TQDNLSNMTL LVPSESKESL KIASTAKDNA PLQFDKVFSV SETAKIPAID YSKVRVPRKD V PKVEGLKL EHFATGYDAE DFHVAEEVKE NKKEPKKRSH HDDEEESSEK KKKKKEKREK REKKDKKDKK KKHRD

+
分子 #15: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6

分子名称: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6
タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 100.690188 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSEGQIPSSD VLGSQLGVGV QGASLYCPQE NYTTKKQEKP QWLRPVDDTL AEDALDLHIV VKSLLCDTAI RYISDDKVLQ ESDADDDLI TSDIDEDTDN QGDTSIVVNP VIPVVPKDV(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK) ...文字列:
MSEGQIPSSD VLGSQLGVGV QGASLYCPQE NYTTKKQEKP QWLRPVDDTL AEDALDLHIV VKSLLCDTAI RYISDDKVLQ ESDADDDLI TSDIDEDTDN QGDTSIVVNP VIPVVPKDV(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)FFWDP TVANRLDSQY IQTASDLRN YRDGTEIIAY ASGKTGSVLN IAVLTRQNTL HLNRHNNVTS IELHSPIKSI KIPGASESIG RRSNLVGIIT E NSFQIFRI ESVHSRSCDV MVSSSEPLYF VEIDDLQVVD FAFNPWDLQQ FAIIDIKGNW SIGRIPKNFN NNNKRKLQLI DN LHGTIFD PEELSSWKRI EWFSHFQKIL VFDRSKMIEI DFMNNWQTEV VQAKAWSNIR DYKRIDDKNG ILLTSREIII VGA SESNDP VRRISWKHDL DPDDTTLRIT VQKVKKPDHI LLVAFVYSMR HKRIYMHVFS HRKANLFQSL GCSTVLEIPG GTPT GIETI LTLDHIDDES RREEDADENF ELVVDFLVKL RNSSEVYYYA LSNTQNSEPN KQETPIIVDH PEWASLFNNA DEREK ESIG ALVSQIKLKE RERISRVQNL IEHENSHDED KYLQDLGYRL SIATNELLES WQKTKDESIL SGSLSHSKLK NLLENS DSF ASIPEFSSLL DQFFQYYQDQ DVTFIGFEKL LHLFLHEDVP GLDIFYNKLL QCWVLVSPQA ELLTKEIVKD IIWSLAR LE KPSLFEPIQN EISRSLSGPY QDIISSWDMD DINEEDESNE FNFDSQFSAP FNGRPPFNLN SQSQIPTIKS SQSSGLAR R KRILKTQSQK ATPLSQSTQN LSVLPDSMTP AFTLMQPPSS QISFVNDSQP RNSQKAKKKK KRIRGFG

+
分子 #16: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7

分子名称: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7
タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 60.435195 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSTFIRGPIC GTDNCPSRLW RIIDGRRTCQ YGHVMEGDVE FNDDEDDLNG LGAGVITRRL NLTTNATGSF QSSQLTNSQL LQQQQRQSH KKFKKLIGHE AKLLFLKSFQ FILKRQIRWL ITEMRFPKEF EHVAKIIWLK ILKTINDQPQ EELKLQLHMT S TISILYLA ...文字列:
MSTFIRGPIC GTDNCPSRLW RIIDGRRTCQ YGHVMEGDVE FNDDEDDLNG LGAGVITRRL NLTTNATGSF QSSQLTNSQL LQQQQRQSH KKFKKLIGHE AKLLFLKSFQ FILKRQIRWL ITEMRFPKEF EHVAKIIWLK ILKTINDQPQ EELKLQLHMT S TISILYLA STHLSLPVYT CDYIKWICTA KMPYFQASEI LPKSWRIQLP NYYVSILEGS ISPFNGQLYN KIALTCGMIH FK EFFNSEI SCQGLLLKLV MQCALPPEFY FYTKQVIEFE ETDIRNLTLW ERTDERHTGR VSNHAELRVL SYFMLTINWM LSF DRDRQY PLKWILSLTE SLTQRTTTSE SIGRNIVKVV YPDKPTSSDY FQWSEEETLE FLKWMEKQFL PTQTKSLHNE NGSM EMTID QKIARRKLYK IFPLDREANH DGEFNDSTHQ LTFIEDLQER YAKQTPFFES NKIRDSLNYQ EANPPARKEA IGRLL THIA SQLLVDFAIS KEQLKDCISR IKNACLHRMN

+
分子 #17: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11

分子名称: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11
タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 59.334262 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MFEVPITLTN RKFAQRRKLK YQYINYISRR FDRISKKSTT TDSLPTPENS AAENNDEEEG QNSEAGTYRR SVLQQKKRRR ERHWRSVVG EIYSTTESET DSQEEETEEG GEHDTGIDKE DSDEERKFWK KYEKPEKSFE IWRTVSSQNK QPINKQKMTY H NFKKIEKI ...文字列:
MFEVPITLTN RKFAQRRKLK YQYINYISRR FDRISKKSTT TDSLPTPENS AAENNDEEEG QNSEAGTYRR SVLQQKKRRR ERHWRSVVG EIYSTTESET DSQEEETEEG GEHDTGIDKE DSDEERKFWK KYEKPEKSFE IWRTVSSQNK QPINKQKMTY H NFKKIEKI PLRKMEIPLL HCTKENKLYF QSISRGLEPL KTSTSEVRNY RTRHIVTLTD LLHLNVSRHN WSLAYKIFAT LI RIPGVQI KSLWGIGVEI LDNLSNSSSG LDFLQWMCQI YSSKSRFVQN INYRSIVPPF QTGSRTHTAK FAITYLWSSL INC QKSMEP SSNIIDKPFD TENDLLQELI DKISEWVLTP PFMEDAEVWF IYASCHLLKA DTLSRQFVND NKNNDLIGLD RDIK INQVI KHIHYVRTFL KICLDKGGFA VPSRLIENQL KSFESRLYGE AQDIQERDVA NVYDSIDNSS VENSFGDVYE TNAEF LDTQ LMDLSPEDNG LDEMHYSDED SSE

+
分子 #18: RNA

分子名称: RNA / タイプ: rna / ID: 18 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
分子量理論値: 1.915213 KDa
配列文字列:
AUGCGA

+
分子 #19: non-template strand DNA

分子名称: non-template strand DNA / タイプ: dna / ID: 19 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
分子量理論値: 16.803787 KDa
配列文字列: (DC)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DG) (DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA)(DG)(DT) (DT)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT) (DT)(DG)(DC)(DA)(DG) ...文字列:
(DC)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DG) (DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA)(DG)(DT) (DT)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT) (DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DT)(DT)(DG) (DA)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)

+
分子 #20: template strand DNA

分子名称: template strand DNA / タイプ: dna / ID: 20 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
分子量理論値: 16.360488 KDa
配列文字列: (DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DT)(DC)(DA)(DA)(DC) (DT)(DG)(DC)(DT)(DT)(DT)(DC)(DG)(DC)(DA) (DT)(DG)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DC) (DT)(DC)(DC)(DC)(DA)(DA)(DC)(DT)(DA)(DC) (DT) (DT)(DT)(DT)(DC)(DC) ...文字列:
(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DT)(DC)(DA)(DA)(DC) (DT)(DG)(DC)(DT)(DT)(DT)(DC)(DG)(DC)(DA) (DT)(DG)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DC) (DT)(DC)(DC)(DC)(DA)(DA)(DC)(DT)(DA)(DC) (DT) (DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DC)(DA) (DC)(DA)(DC)(DT)(DT)(DG)

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分子 #21: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 7 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
グリッドモデル: Quantifoil S7/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.5 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均露光時間: 12.0 sec. / 平均電子線量: 56.8 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 0.5)
詳細: CTF amplitude correction was performed following 3D auto refinement in relion.
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4c3i

初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 38340
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-5w65:
RNA polymerase I Initial Transcribing Complex State 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る