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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8401 | |||||||||
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タイトル | Single particle cryo-EM reconstruction of the Salmonella SPI-1 type III secretion injectisome secretin InvG at 4.4 Angstrom resolutionType three secretion system | |||||||||
マップデータ | Single particle cryo-EM reconstruction of the Salmonella SPI-1 type III secretion injectisome secretin InvG at 4.4 Angstrom resolutionType three secretion system | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 type III protein secretion system complex / type II protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / protein secretion / cell outer membrane / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Worrall LJ / Hong C / Vuckovic M / Bergeron JRC / Huang RK / Yu Z / Strynadka NCJ | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2016 タイトル: Near-atomic-resolution cryo-EM analysis of the Salmonella T3S injectisome basal body. 著者: L J Worrall / C Hong / M Vuckovic / W Deng / J R C Bergeron / D D Majewski / R K Huang / T Spreter / B B Finlay / Z Yu / N C J Strynadka / 要旨: The type III secretion (T3S) injectisome is a specialized protein nanomachine that is critical for the pathogenicity of many Gram-negative bacteria, including purveyors of plague, typhoid fever, ...The type III secretion (T3S) injectisome is a specialized protein nanomachine that is critical for the pathogenicity of many Gram-negative bacteria, including purveyors of plague, typhoid fever, whooping cough, sexually transmitted infections and major nosocomial infections. This syringe-shaped 3.5-MDa macromolecular assembly spans both bacterial membranes and that of the infected host cell. The internal channel formed by the injectisome allows for the direct delivery of partially unfolded virulence effectors into the host cytoplasm. The structural foundation of the injectisome is the basal body, a molecular lock-nut structure composed predominantly of three proteins that form highly oligomerized concentric rings spanning the inner and outer membranes. Here we present the structure of the prototypical Salmonella enterica serovar Typhimurium pathogenicity island 1 basal body, determined using single-particle cryo-electron microscopy, with the inner-membrane-ring and outer-membrane-ring oligomers defined at 4.3 Å and 3.6 Å resolution, respectively. This work presents the first, to our knowledge, high-resolution structural characterization of the major components of the basal body in the assembled state, including that of the widespread class of outer-membrane portals known as secretins. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8401.map.gz | 35.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8401-v30.xml emd-8401.xml | 15.4 KB 15.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8401.png | 118.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8401 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8401 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8401.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Single particle cryo-EM reconstruction of the Salmonella SPI-1 type III secretion injectisome secretin InvG at 4.4 Angstrom resolution | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.71 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Type III injectisome basal body
全体 | 名称: Type III injectisome basal body |
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要素 |
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-超分子 #1: Type III injectisome basal body
超分子 | 名称: Type III injectisome basal body / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: PrgH130-392 mutant |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) |
分子量 | 理論値: 2 MDa |
-分子 #1: InvG
分子 | 名称: InvG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) |
配列 | 文字列: MKTHILLARV LACAALVLVT PGYSSEKIPV TGSGFVAKDD SLRTFFDAMA LQLKEPVIVS KMAARKKIT GNFEFHDPNA LLEKLSLQLG LIWYFDGQAI YIYDASEMRN AVVSLRNVSL N EFNNFLKR SGLYNKNYPL RGDNRKGTFY VSGPPVYVDM VVNAATMMDK ...文字列: MKTHILLARV LACAALVLVT PGYSSEKIPV TGSGFVAKDD SLRTFFDAMA LQLKEPVIVS KMAARKKIT GNFEFHDPNA LLEKLSLQLG LIWYFDGQAI YIYDASEMRN AVVSLRNVSL N EFNNFLKR SGLYNKNYPL RGDNRKGTFY VSGPPVYVDM VVNAATMMDK QNDGIELGRQ KI GVMRLNN TFVGDRTYNL RDQKMVIPGI ATAIERLLQG EEQPLGNIVS SEPPAMPAFS ANG EKGKAA NYAGGMSLQE ALKQNAAAGN IKIVAYPDTN SLLVKGTAEQ VHFIEMLVKA LDVA KRHVE LSLWIVDLNK SDLERLGTSW SGSITIGDKL GVSLNQSSIS TLDGSRFIAA VNALE EKKQ ATVVSRPVLL TQENVPAIFD NNRTFYTKLI GERNVALEHV TYGTMIRVLP RFSADG QIE MSLDIEDGND KTPQSDTTTS VDALPEVGRT LISTIARVPH GKSLLVGGYT RDANTDT VQ SIPFLGKLPL IGSLFRYSSK NKSNVVRVFM IEPKEIVDPL TPDASESVNN ILKQSGAW S GDDKLQKWVR VYLDRGQEAI K |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 10 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.038 kPa | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 3.2 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.3 µm / 倍率(補正後): 29240 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 64000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: Gatan GIF エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
温度 | 最低: 80.0 K / 最高: 80.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7676 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7420 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-48 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2685 / 平均露光時間: 0.375 sec. / 平均電子線量: 1.3 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 164300 |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND |
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: e2initialmodel.py |
初期 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア: (名称: RELION, FREALIGN) |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 83900 |
-原子モデル構築 1
詳細 | Initial fitting was carried out with Chimera, followed by rebuilding and refinement in Rosetta, Phenix, and Coot. |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |