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万見
- EMDB-8117: Structure of TRPV1 in complex with DkTx and RTX, determined in li... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8117
タイトルStructure of TRPV1 in complex with DkTx and RTX, determined in lipid nanodisc
マップデータTRPV1 in complex with DkTx and RTX
試料
  • 複合体: TRPV1 ion channel in complex with DkTx and RTX
    • 複合体: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1TRPV1
      • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1TRPV1
    • 複合体: Tau-theraphotoxin-Hs1a
      • タンパク質・ペプチド: Tau-theraphotoxin-Hs1a
  • リガンド: (4R,7S)-4-hydroxy-N,N,N-trimethyl-4,9-dioxo-7-[(pentanoyloxy)methyl]-3,5,8-trioxa-4lambda~5~-phosphatetradecan-1-aminium
  • リガンド: (2S)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(hexanoyloxy)propyl hexanoate
  • リガンド: resiniferatoxinレシニフェラトキシン
  • リガンド: (2S)-2-(acetyloxy)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}propyl pentanoate
機能・相同性
機能・相同性情報


temperature-gated ion channel activity / response to capsazepine / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / negative regulation of establishment of blood-brain barrier / sensory perception of mechanical stimulus / peptide secretion / urinary bladder smooth muscle contraction / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of pain / cellular response to temperature stimulus / smooth muscle contraction involved in micturition ...temperature-gated ion channel activity / response to capsazepine / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / negative regulation of establishment of blood-brain barrier / sensory perception of mechanical stimulus / peptide secretion / urinary bladder smooth muscle contraction / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of pain / cellular response to temperature stimulus / smooth muscle contraction involved in micturition / TRPチャネル / cellular response to acidic pH / thermoception / fever generation / detection of temperature stimulus involved in thermoception / glutamate secretion / dendritic spine membrane / negative regulation of systemic arterial blood pressure / chloride channel regulator activity / response to pH / ion channel regulator activity / monoatomic cation transmembrane transporter activity / cellular response to ATP / response to pain / temperature homeostasis / negative regulation of heart rate / cellular response to alkaloid / diet induced thermogenesis / behavioral response to pain / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / intracellularly gated calcium channel activity / cellular response to cytokine stimulus / negative regulation of mitochondrial membrane potential / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / calcium ion import across plasma membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity / monoatomic cation channel activity / sensory perception of pain / response to organonitrogen compound / monoatomic ion transmembrane transport / phosphatidylinositol binding / cellular response to nerve growth factor stimulus / calcium ion transmembrane transport / phosphoprotein binding / microglial cell activation / calcium channel activity / lipid metabolic process / response to peptide hormone / cellular response to growth factor stimulus / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / calcium ion transport / transmembrane signaling receptor activity / cellular response to heat / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / toxin activity / response to heat / postsynaptic membrane / protein homotetramerization / calmodulin binding / neuron projection / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / 樹状突起 / neuronal cell body / lipid binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1-4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
TRPV1 / Tau-theraphotoxin-Hs1a
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Haplopelma schmidti (クモ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Gao Y / Cao E / Julius D / Cheng Y
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS047723 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD020054 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R37NS065071 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM098672 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: TRPV1 structures in nanodiscs reveal mechanisms of ligand and lipid action.
著者: Yuan Gao / Erhu Cao / David Julius / Yifan Cheng /
要旨: When integral membrane proteins are visualized in detergents or other artificial systems, an important layer of information is lost regarding lipid interactions and their effects on protein structure. ...When integral membrane proteins are visualized in detergents or other artificial systems, an important layer of information is lost regarding lipid interactions and their effects on protein structure. This is especially relevant to proteins for which lipids have both structural and regulatory roles. Here we demonstrate the power of combining electron cryo-microscopy with lipid nanodisc technology to ascertain the structure of the rat TRPV1 ion channel in a native bilayer environment. Using this approach, we determined the locations of annular and regulatory lipids and showed that specific phospholipid interactions enhance binding of a spider toxin to TRPV1 through formation of a tripartite complex. Furthermore, phosphatidylinositol lipids occupy the binding site for capsaicin and other vanilloid ligands, suggesting a mechanism whereby chemical or thermal stimuli elicit channel activation by promoting the release of bioactive lipids from a critical allosteric regulatory site.
履歴
登録2016年5月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年5月25日-
マップ公開2016年5月25日-
更新2019年12月18日-
現状2019年12月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5irx
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8117.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8117.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈TRPV1 in complex with DkTx and RTX
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2156 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 3.5 / ムービー #1: 4
最小 - 最大-14.310628 - 24.29218
平均 (標準偏差)-0.0000000041 (±0.99999994)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 233.3952 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.21559895833331.21559895833331.2155989583333
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z233.395233.395233.395
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-25-77-48
NX/NY/NZ899896
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-14.31124.292-0.000

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添付データ

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ハーフマップ: TRPV1 in complex with DkTx and RTX, half map 1

ファイルemd_8117_half_map_1.map
注釈TRPV1 in complex with DkTx and RTX, half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: TRPV1 in complex with DkTx and RTX, half map 2

ファイルemd_8117_half_map_2.map
注釈TRPV1 in complex with DkTx and RTX, half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TRPV1 ion channel in complex with DkTx and RTX

全体名称: TRPV1 ion channel in complex with DkTx and RTX
要素
  • 複合体: TRPV1 ion channel in complex with DkTx and RTX
    • 複合体: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1TRPV1
      • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1TRPV1
    • 複合体: Tau-theraphotoxin-Hs1a
      • タンパク質・ペプチド: Tau-theraphotoxin-Hs1a
  • リガンド: (4R,7S)-4-hydroxy-N,N,N-trimethyl-4,9-dioxo-7-[(pentanoyloxy)methyl]-3,5,8-trioxa-4lambda~5~-phosphatetradecan-1-aminium
  • リガンド: (2S)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(hexanoyloxy)propyl hexanoate
  • リガンド: resiniferatoxinレシニフェラトキシン
  • リガンド: (2S)-2-(acetyloxy)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}propyl pentanoate

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超分子 #1: TRPV1 ion channel in complex with DkTx and RTX

超分子名称: TRPV1 ion channel in complex with DkTx and RTX / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: Two molecules of DkTx and 4 molecules of RTX bound to one TRPV1 homo-tetramer

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超分子 #2: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1

超分子名称: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換プラスミド: unknown

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超分子 #3: Tau-theraphotoxin-Hs1a

超分子名称: Tau-theraphotoxin-Hs1a / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Haplopelma schmidti (クモ)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: unknown

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分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1

分子名称: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 72.959297 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AMGSRLYDRR SIFDAVAQSN CQELESLLPF LQRSKKRLTD SEFKDPETGK TCLLKAMLNL HNGQNDTIAL LLDVARKTDS LKQFVNASY TDSYYKGQTA LHIAIERRNM TLVTLLVENG ADVQAAANGD FFKKTKGRPG FYFGELPLSL AACTNQLAIV K FLLQNSWQ ...文字列:
AMGSRLYDRR SIFDAVAQSN CQELESLLPF LQRSKKRLTD SEFKDPETGK TCLLKAMLNL HNGQNDTIAL LLDVARKTDS LKQFVNASY TDSYYKGQTA LHIAIERRNM TLVTLLVENG ADVQAAANGD FFKKTKGRPG FYFGELPLSL AACTNQLAIV K FLLQNSWQ PADISARDSV GNTVLHALVE VADNTVDNTK FVTSMYNEIL ILGAKLHPTL KLEEITNRKG LTPLALAASS GK IGVLAYI LQREIHEPEC RHLSRKFTEW AYGPVHSSLY DLSCIDTCEK NSVLEVIAYS SSETPNRHDM LLVEPLNRLL QDK WDRFVK RIFYFNFFVY CLYMIIFTAA AYYRPVEGLP PYKLKNTVGD YFRVTGEILS VSGGVYFFFR GIQYFLQRRP SLKS LFVDS YSEILFFVQS LFMLVSVVLY FSQRKEYVAS MVFSLAMGWT NMLYYTRGFQ QMGIYAVMIE KMILRDLCRF MFVYL VFLF GFSTAVVTLI EDGKYNSLYS TCLELFKFTI GMGDLEFTEN YDFKAVFIIL LLAYVILTYI LLLNMLIALM GETVNK IAQ ESKNIWKLQR AITILDTEKS FLKCMRKAFR SGKLLQVGFT PDGKDDYRWC FRVDEVNWTT WNTNVGIINE DPG

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分子 #2: Tau-theraphotoxin-Hs1a

分子名称: Tau-theraphotoxin-Hs1a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Haplopelma schmidti (クモ)
分子量理論値: 8.552988 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
DCAKEGEVCS WGKKCCDLDN FYCPMEFIPH CKKYKPYVPV TTNCAKEGEV CGWGSKCCHG LDCPLAFIPY CEKYR

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分子 #3: (4R,7S)-4-hydroxy-N,N,N-trimethyl-4,9-dioxo-7-[(pentanoyloxy)meth...

分子名称: (4R,7S)-4-hydroxy-N,N,N-trimethyl-4,9-dioxo-7-[(pentanoyloxy)methyl]-3,5,8-trioxa-4lambda~5~-phosphatetradecan-1-aminium
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: 6O8
分子量理論値: 440.489 Da
Chemical component information

ChemComp-6O8:
(4R,7S)-4-hydroxy-N,N,N-trimethyl-4,9-dioxo-7-[(pentanoyloxy)methyl]-3,5,8-trioxa-4lambda~5~-phosphatetradecan-1-aminium

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分子 #4: (2S)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(hexanoylo...

分子名称: (2S)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(hexanoyloxy)propyl hexanoate
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 8 / 式: 6OE
分子量理論値: 411.428 Da
Chemical component information

ChemComp-6OE:
(2S)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(hexanoyloxy)propyl hexanoate / (-)-D-1,2-ジヘキサノイン3-(2-アミノエチル)水素ホスファ-ト

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分子 #5: resiniferatoxin

分子名称: resiniferatoxin / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: 6EU
分子量理論値: 628.708 Da
Chemical component information

ChemComp-6EU:
resiniferatoxin / レシニフェラトキシン / toxin*YM / レシニフェラトキシン

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分子 #6: (2S)-2-(acetyloxy)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy...

分子名称: (2S)-2-(acetyloxy)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}propyl pentanoate
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: 6O9
分子量理論値: 341.295 Da
Chemical component information

ChemComp-6O9:
(2S)-2-(acetyloxy)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}propyl pentanoate

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
2.0 mMC9H15O6PTCEP
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 12.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 290.0 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細: Blot for 6 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III)..
詳細This sample was monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 30.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.7 µm / 倍率（補正後）: 41132 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.7 µm / 倍率（公称値）: 31000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K
詳細Grid screening was performed manually.
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-30 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1200 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 41.0 e/Å2
詳細: Images were collected in movie mode at 5 frames per second for 6 seconds.
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 218787
詳細: Initial manual particle picking and automatic particle picking were performed using SamViewer and several python scripts based on SPIDER.
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND4 (ver. 4)
詳細: CTF correction was performed before classification and refinement.
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

5776

初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 3次元分類クラス数: 6 / 平均メンバー数/クラス: 40000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
詳細: 3D classification yielded two major classes representing ion channel-like structure features.
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) / 使用した粒子像数: 73929
詳細Each image stack was subjected to whole-frame motion correction followed by correction at the individual pixel level using program UcsfDfCorr.
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3j5q


Chain - Chain ID: A
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient
得られたモデル

PDB-5irx:
Structure of TRPV1 in complex with DkTx and RTX, determined in lipid nanodisc

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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