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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7s3d | |||||||||
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タイトル | Structure of photosystem I with bound ferredoxin from Synechococcus sp. PCC 7335 acclimated to far-red light | |||||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS (光合成) / Photosystem I (光化学系I) / Far-red light photoacclimation / Chlorophyll f / Ferredoxin (フェレドキシン) / PsaF / PsaJ | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photosystem I reaction center / 光化学系I / : / 光化学系I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / 光合成 / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity ...photosystem I reaction center / 光化学系I / : / 光化学系I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / 光合成 / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / membrane => GO:0016020 / magnesium ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.91 Å | |||||||||
データ登録者 | Gisriel, C.J. / Flesher, D.A. / Shen, G. / Wang, J. / Ho, M. / Brudvig, G.W. / Bryant, D.A. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2022 タイトル: Structure of a photosystem I-ferredoxin complex from a marine cyanobacterium provides insights into far-red light photoacclimation. 著者: Christopher J Gisriel / David A Flesher / Gaozhong Shen / Jimin Wang / Ming-Yang Ho / Gary W Brudvig / Donald A Bryant / 要旨: Far-red light photoacclimation exhibited by some cyanobacteria allows these organisms to use the far-red region of the solar spectrum (700-800 nm) for photosynthesis. Part of this process includes ...Far-red light photoacclimation exhibited by some cyanobacteria allows these organisms to use the far-red region of the solar spectrum (700-800 nm) for photosynthesis. Part of this process includes the replacement of six photosystem I (PSI) subunits with isoforms that confer the binding of chlorophyll (Chl) f molecules that absorb far-red light (FRL). However, the exact sites at which Chl f molecules are bound are still challenging to determine. To aid in the identification of Chl f-binding sites, we solved the cryo-EM structure of PSI from far-red light-acclimated cells of the cyanobacterium Synechococcus sp. PCC 7335. We identified six sites that bind Chl f with high specificity and three additional sites that are likely to bind Chl f at lower specificity. All of these binding sites are in the core-antenna regions of PSI, and Chl f was not observed among the electron transfer cofactors. This structural analysis also reveals both conserved and nonconserved Chl f-binding sites, the latter of which exemplify the diversity in FRL-PSI among species. We found that the FRL-PSI structure also contains a bound soluble ferredoxin, PetF1, at low occupancy, which suggests that ferredoxin binds less transiently than expected according to the canonical view of ferredoxin-binding to facilitate electron transfer. We suggest that this may result from structural changes in FRL-PSI that occur specifically during FRL photoacclimation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7s3d.cif.gz | 1.6 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7s3d.ent.gz | 1.4 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7s3d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/7s3d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/7s3d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 6分子 AGaBHb
#1: タンパク質 | 分子量: 86411.227 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) 株: ATCC 29403 / PCC 7335 / 参照: UniProt: B4WP20, 光化学系I #2: タンパク質 | 分子量: 83207.648 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) 株: ATCC 29403 / PCC 7335 / 参照: UniProt: B4WP21, 光化学系I |
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-タンパク質 , 6種, 18分子 CNcDOdFQfIRiLUlXWx
#3: タンパク質 | 分子量: 8809.169 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) #4: タンパク質 | 分子量: 17051.336 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) 株: ATCC 29403 / PCC 7335 / 参照: UniProt: B4WFP8 #6: タンパク質 | 分子量: 18569.213 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) 株: ATCC 29403 / PCC 7335 / 参照: UniProt: B4WP24 #7: タンパク質 | 分子量: 7668.838 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) 株: ATCC 29403 / PCC 7335 / 参照: UniProt: B4WP23 #10: タンパク質 | 分子量: 18632.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) 株: ATCC 29403 / PCC 7335 / 参照: UniProt: B4WP22 #12: タンパク質 | 分子量: 10835.725 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) 株: ATCC 29403 / PCC 7335 / 参照: UniProt: B4WFX2 |
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-Photosystem I reaction center subunit ... , 3種, 9分子 EPeJSjKTk
#5: タンパク質 | 分子量: 7955.112 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) 株: ATCC 29403 / PCC 7335 / 参照: UniProt: B4WSJ5 #8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5170.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) 株: ATCC 29403 / PCC 7335 / 参照: UniProt: B4WP25 #9: タンパク質 | 分子量: 8195.834 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) 株: ATCC 29403 / PCC 7335 / 参照: UniProt: B4WL17 |
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-タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 42分子 MVm
#11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3366.065 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) #21: 糖 | ChemComp-LMT / |
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-非ポリマー , 12種, 711分子
#13: 化合物 | #14: 化合物 | ChemComp-CLA / #15: 化合物 | ChemComp-F6C / 分子量: 905.457 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: C55H68MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #16: 化合物 | ChemComp-PQN / #17: 化合物 | ChemComp-SF4 / #18: 化合物 | ChemComp-BCR / #19: 化合物 | ChemComp-LHG / #20: 化合物 | ChemComp-LMG / #22: 化合物 | #23: 化合物 | #24: 化合物 | #25: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Far-red light-acclimated Photosystem I from Synechococcus sp. PCC 7335光化学系I タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#12 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) |
緩衝液 | pH: 6.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 40.8 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 2.91 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 286672 / 対称性のタイプ: POINT |