+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xs6 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | SARS-CoV-2 Spike D614G variant, minus RBD | ||||||||||||
要素 | Spike glycoproteinスパイクタンパク質 | ||||||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / Spike / D614G (SARSコロナウイルス2の変異株) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Wang, X. / Egri, S.B. / Dudkina, N. / Luban, J. / Shen, K. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2020 タイトル: Structural and Functional Analysis of the D614G SARS-CoV-2 Spike Protein Variant. 著者: Leonid Yurkovetskiy / Xue Wang / Kristen E Pascal / Christopher Tomkins-Tinch / Thomas P Nyalile / Yetao Wang / Alina Baum / William E Diehl / Ann Dauphin / Claudia Carbone / Kristen Veinotte ...著者: Leonid Yurkovetskiy / Xue Wang / Kristen E Pascal / Christopher Tomkins-Tinch / Thomas P Nyalile / Yetao Wang / Alina Baum / William E Diehl / Ann Dauphin / Claudia Carbone / Kristen Veinotte / Shawn B Egri / Stephen F Schaffner / Jacob E Lemieux / James B Munro / Ashique Rafique / Abhi Barve / Pardis C Sabeti / Christos A Kyratsous / Natalya V Dudkina / Kuang Shen / Jeremy Luban / 要旨: The SARS-CoV-2 spike (S) protein variant D614G supplanted the ancestral virus worldwide, reaching near fixation in a matter of months. Here we show that D614G was more infectious than the ancestral ...The SARS-CoV-2 spike (S) protein variant D614G supplanted the ancestral virus worldwide, reaching near fixation in a matter of months. Here we show that D614G was more infectious than the ancestral form on human lung cells, colon cells, and on cells rendered permissive by ectopic expression of human ACE2 or of ACE2 orthologs from various mammals, including Chinese rufous horseshoe bat and Malayan pangolin. D614G did not alter S protein synthesis, processing, or incorporation into SARS-CoV-2 particles, but D614G affinity for ACE2 was reduced due to a faster dissociation rate. Assessment of the S protein trimer by cryo-electron microscopy showed that D614G disrupts an interprotomer contact and that the conformation is shifted toward an ACE2 binding-competent state, which is modeled to be on pathway for virion membrane fusion with target cells. Consistent with this more open conformation, neutralization potency of antibodies targeting the S protein receptor-binding domain was not attenuated. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020 タイトル: Structural and Functional Analysis of the D614G SARS-CoV-2 Spike Protein Variant 著者: Yurkovetskiy, L. / Wang, X. / Pascal, K.E. / Tompkins-Tinch, C. / Nyalile, T. / Wang, Y. / Baum, A. / Diehl, W.E. / Dauphin, A. / Carbone, C. / Veinotte, K. / Egri, S.B. / Schaffner, S.F. / ...著者: Yurkovetskiy, L. / Wang, X. / Pascal, K.E. / Tompkins-Tinch, C. / Nyalile, T. / Wang, Y. / Baum, A. / Diehl, W.E. / Dauphin, A. / Carbone, C. / Veinotte, K. / Egri, S.B. / Schaffner, S.F. / Lemieux, J.E. / Munro, J. / Rafique, A. / Barve, A. / Sabeti, P.C. / Kyratsous, C. / Dudkina, N. / Shen, K. / Luban, J. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6xs6.cif.gz | 428.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6xs6.ent.gz | 344.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6xs6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/6xs6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/6xs6 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 139258.344 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) 遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: SARS2 Spike D614G / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 値: 417 kDa/nm / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: OTHER |
撮影 | 電子線照射量: 0.6 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: その他 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 266302 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|