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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6rxv | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome (Kre33-Noc4) from Chaetomium thermophilum, state B2 | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / ribosome biogenesis (リボソーム生合成) / rRNA (リボソームRNA) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tRNA acetylation / Mpp10 complex / rRNA (pseudouridine) methyltransferase activity / rRNA modification / intracellular organelle / box C/D methylation guide snoRNP complex / rRNA base methylation / rRNA primary transcript binding / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / N-acetyltransferase activity ...tRNA acetylation / Mpp10 complex / rRNA (pseudouridine) methyltransferase activity / rRNA modification / intracellular organelle / box C/D methylation guide snoRNP complex / rRNA base methylation / rRNA primary transcript binding / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / N-acetyltransferase activity / snoRNA binding / 90S preribosome / 転写後修飾 / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / catalytic activity / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / methyltransferase activity / small-subunit processome / ribosomal small subunit biogenesis / rRNA processing / cytosolic small ribosomal subunit / リボソーム生合成 / メチル化 / small ribosomal subunit / リボソーム / rRNA binding / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / intracellular membrane-bounded organelle / GTP binding / 核小体 / RNA binding / ATP binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Chaetomium thermophilum (菌類) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å | ||||||
データ登録者 | Cheng, J. / Kellner, N. / Griesel, S. / Berninghausen, O. / Beckmann, R. / Hurt, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2019 タイトル: Thermophile 90S Pre-ribosome Structures Reveal the Reverse Order of Co-transcriptional 18S rRNA Subdomain Integration. 著者: Jingdong Cheng / Jochen Baßler / Paulina Fischer / Benjamin Lau / Nikola Kellner / Ruth Kunze / Sabine Griesel / Martina Kallas / Otto Berninghausen / Daniela Strauss / Roland Beckmann / Ed Hurt / 要旨: Eukaryotic ribosome biogenesis involves RNA folding and processing that depend on assembly factors and small nucleolar RNAs (snoRNAs). The 90S (SSU-processome) is the earliest pre-ribosome ...Eukaryotic ribosome biogenesis involves RNA folding and processing that depend on assembly factors and small nucleolar RNAs (snoRNAs). The 90S (SSU-processome) is the earliest pre-ribosome structurally analyzed, which was suggested to assemble stepwise along the growing pre-rRNA from 5' > 3', but this directionality may not be accurate. Here, by analyzing the structure of a series of 90S assembly intermediates from Chaetomium thermophilum, we discover a reverse order of 18S rRNA subdomain incorporation. Large parts of the 18S rRNA 3' and central domains assemble first into the 90S before the 5' domain is integrated. This final incorporation depends on a contact between a heterotrimer Enp2-Bfr2-Lcp5 recruited to the flexible 5' domain and Kre33, which reconstitutes the Kre33-Enp-Brf2-Lcp5 module on the compacted 90S. Keeping the 5' domain temporarily segregated from the 90S scaffold could provide extra time to complete the multifaceted 5' domain folding, which depends on a distinct set of snoRNAs and processing factors. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6rxv.cif.gz | 5.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6rxv.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6rxv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/6rxv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/6rxv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+タンパク質 , 44種, 49分子 UAUBUCUDUFUGUJULUMUNUOUQURUUUXUZCACBCCCDCECFCGCHCICJCKCLCMCN...
-U3 small nucleolar RNA-associated protein ... , 2種, 2分子 UKUV
#8: タンパク質 | 分子量: 31379.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 参照: UniProt: G0SF32 |
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#52: タンパク質 | 分子量: 131105.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 参照: UniProt: G0S2E0 |
-40S ribosomal protein ... , 15種, 15分子 CaCbCcCdCeCfCgChCiCjCkCmCnCoCp
#34: タンパク質 | 分子量: 29245.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 参照: UniProt: G0S7T8 |
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#35: タンパク質 | 分子量: 29800.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 参照: UniProt: G0S1A6 |
#36: タンパク質 | 分子量: 23679.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 参照: UniProt: G0S1Z0 |
#37: タンパク質 | 分子量: 27490.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 参照: UniProt: G0RY43 |
#38: タンパク質 | 分子量: 23084.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 参照: UniProt: G0S8C4 |
#39: タンパク質 | 分子量: 23102.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 参照: UniProt: G0RY45 |
#40: タンパク質 | 分子量: 22029.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 参照: UniProt: G0S0Z4 |
#41: タンパク質 | 分子量: 16912.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 参照: UniProt: G0RZM9 |
#42: タンパク質 | 分子量: 16071.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 参照: UniProt: G0SFL1 |
#43: タンパク質 | 分子量: 15962.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 参照: UniProt: G0SBR7 |
#44: タンパク質 | 分子量: 18698.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 参照: UniProt: G0SF00 |
#45: タンパク質 | 分子量: 14905.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 参照: UniProt: G0SHI0 |
#46: タンパク質 | 分子量: 15934.653 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 参照: UniProt: G0RY17 |
#47: タンパク質 | 分子量: 15535.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 参照: UniProt: P0CU28 |
#48: タンパク質 | 分子量: 7741.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 参照: UniProt: G0S9M9 |
-RNA鎖 , 2種, 2分子 C1C2
#50: RNA鎖 | 分子量: 758475.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) |
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#51: RNA鎖 | 分子量: 73966.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) |
-非ポリマー , 3種, 3分子
#64: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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#65: 化合物 | ChemComp-GTP / |
#66: 化合物 | ChemComp-MG / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 90S pre-ribosome, state B2 / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#63 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 28 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 48335 / 対称性のタイプ: POINT |