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万見
- PDB-6i3m: eIF2B:eIF2 complex, phosphorylated on eIF2 alpha serine 52. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i3m
タイトルeIF2B:eIF2 complex, phosphorylated on eIF2 alpha serine 52.
要素
  • (Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit ...) x 3
  • (Translation initiation factor eIF-2B subunit ...) x 5
キーワードTRANSLATION (翻訳 (生物学)) / Translational control eIF2 phosphorylation Integrated stress response eIF2B TRANSLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cellular response to amino acid starvation / methionyl-initiator methionine tRNA binding / Recycling of eIF2:GDP / ABC-family proteins mediated transport / eukaryotic translation initiation factor 2B complex / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / multi-eIF complex / cytoplasmic translational initiation / eukaryotic 43S preinitiation complex / protein-synthesizing GTPase ...negative regulation of cellular response to amino acid starvation / methionyl-initiator methionine tRNA binding / Recycling of eIF2:GDP / ABC-family proteins mediated transport / eukaryotic translation initiation factor 2B complex / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / multi-eIF complex / cytoplasmic translational initiation / eukaryotic 43S preinitiation complex / protein-synthesizing GTPase / formation of cytoplasmic translation initiation complex / guanyl-nucleotide exchange factor complex / formation of translation preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / positive regulation of translational fidelity / regulation of translational initiation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / enzyme regulator activity / translation initiation factor binding / translational initiation / translation initiation factor activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cytoplasmic stress granule / ribosome binding / リボソーム / mRNA binding / GTPase activity / GTP binding / ミトコンドリア / RNA binding / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Methylthioribose-1-phosphate isomerase, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, W2 domain / Translation initiation factor IF2/IF5 / Translation initiation factor IF2/IF5 domain / Translation initiation factor IF2/IF5, N-terminal / Translation initiation factor IF2/IF5, zinc-binding / Domain found in IF2B/IF5 / domain present in translation initiation factor eIF2B and eIF5 ...Methylthioribose-1-phosphate isomerase, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, W2 domain / Translation initiation factor IF2/IF5 / Translation initiation factor IF2/IF5 domain / Translation initiation factor IF2/IF5, N-terminal / Translation initiation factor IF2/IF5, zinc-binding / Domain found in IF2B/IF5 / domain present in translation initiation factor eIF2B and eIF5 / Initiation factor 2B-related / Initiation factor 2B-like, C-terminal / Initiation factor 2 subunit family / eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon / Domain at the C-termini of GCD6, eIF-2B epsilon, eIF-4 gamma and eIF-5 / W2 domain / W2 domain profile. / IF2a, S1-like domain / Translation initiation factor 2, alpha subunit / Translation initiation factor 2, alpha subunit, middle domain superfamily / Translation initiation factor 2, alpha subunit, C-terminal / Eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit / Initiation factor eIF2 gamma, domain 2 / Initiation factor eIF2 gamma, GTP-binding domain / Initiation factor eIF2 gamma, C-terminal / Initiation factor eIF2 gamma, C terminal / Nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyl transferase / NagB/RpiA transferase-like / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Trimeric LpxA-like superfamily / S1 domain profile. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Armadillo-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Translation initiation factor eIF2B subunit gamma / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta / Translation initiation factor eIF2B subunit delta / Translation initiation factor eIF2B subunit alpha / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma / Translation initiation factor eIF2B subunit epsilon / Translation initiation factor eIF2B subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.93 Å
データ登録者Adomavicius, T. / Roseman, A.M. / Pavitt, G.D.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/L020157/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/N014049/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M006565/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M011208/1 英国
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: The structural basis of translational control by eIF2 phosphorylation.
著者: Tomas Adomavicius / Margherita Guaita / Yu Zhou / Martin D Jennings / Zakia Latif / Alan M Roseman / Graham D Pavitt /
要旨: Protein synthesis in eukaryotes is controlled by signals and stresses via a common pathway, called the integrated stress response (ISR). Phosphorylation of the translation initiation factor eIF2 ...Protein synthesis in eukaryotes is controlled by signals and stresses via a common pathway, called the integrated stress response (ISR). Phosphorylation of the translation initiation factor eIF2 alpha at a conserved serine residue mediates translational control at the ISR core. To provide insight into the mechanism of translational control we have determined the structures of eIF2 both in phosphorylated and unphosphorylated forms bound with its nucleotide exchange factor eIF2B by electron cryomicroscopy. The structures reveal that eIF2 undergoes large rearrangements to promote binding of eIF2α to the regulatory core of eIF2B comprised of the eIF2B alpha, beta and delta subunits. Only minor differences are observed between eIF2 and eIF2αP binding to eIF2B, suggesting that the higher affinity of eIF2αP for eIF2B drives translational control. We present a model for controlled nucleotide exchange and initiator tRNA binding to the eIF2/eIF2B complex.
#1: ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Fail-safe control of translation initiation by dissociation of eIF2α phosphorylated ternary complexes.
著者: Martin D Jennings / Christopher J Kershaw / Tomas Adomavicius / Graham D Pavitt /
要旨: Phosphorylation of eIF2α controls translation initiation by restricting the levels of active eIF2-GTP/Met-tRNAi ternary complexes (TC). This modulates the expression of all eukaryotic mRNAs and ...Phosphorylation of eIF2α controls translation initiation by restricting the levels of active eIF2-GTP/Met-tRNAi ternary complexes (TC). This modulates the expression of all eukaryotic mRNAs and contributes to the cellular integrated stress response. Key to controlling the activity of eIF2 are translation factors eIF2B and eIF5, thought to primarily function with eIF2-GDP and TC respectively. Using a steady-state kinetics approach with purified proteins we demonstrate that eIF2B binds to eIF2 with equal affinity irrespective of the presence or absence of competing guanine nucleotides. We show that eIF2B can compete with Met-tRNAi for eIF2-GTP and can destabilize TC. When TC is formed with unphosphorylated eIF2, eIF5 can out-compete eIF2B to stabilize TC/eIF5 complexes. However when TC/eIF5 is formed with phosphorylated eIF2, eIF2B outcompetes eIF5 and destabilizes TC. These data uncover competition between eIF2B and eIF5 for TC and identify that phosphorylated eIF2-GTP translation initiation intermediate complexes can be inhibited by eIF2B.
履歴
登録2018年11月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月19日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: em_3d_fitting / Item: _em_3d_fitting.target_criteria

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4404
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha
C: Translation initiation factor eIF-2B subunit delta
D: Translation initiation factor eIF-2B subunit delta
E: Translation initiation factor eIF-2B subunit beta
G: Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon
I: Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma
J: Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma
B: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha
H: Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon
F: Translation initiation factor eIF-2B subunit beta
K: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha
M: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta
O: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma
L: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha
N: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta
P: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)838,12716
ポリマ－838,12716
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, eIF2 and eIF2B purified separately as complexes from yeast saccharomyces cerevisiae. eIF2 complexes phosphorylated by separately purified PKR kinase in vitro. Assembly ...根拠: gel filtration, eIF2 and eIF2B purified separately as complexes from yeast saccharomyces cerevisiae. eIF2 complexes phosphorylated by separately purified PKR kinase in vitro. Assembly generated by mixing complexes and isolating on gel filtration column.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Translation initiation factor eIF-2B subunit ... , 5種, 10分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質 Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha / GCD complex subunit GCN3 / Guanine nucleotide exchange factor subunit GCN3 / Transcriptional ...GCD complex subunit GCN3 / Guanine nucleotide exchange factor subunit GCN3 / Transcriptional activator GCN3 / eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit alpha


分子量: 34062.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: GCN3, AAS2, TIF221, YKR026C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P14741
#2: タンパク質 Translation initiation factor eIF-2B subunit delta / GCD complex subunit GCD2 / Guanine nucleotide exchange factor subunit GCD2 / eIF-2B GDP-GTP ...GCD complex subunit GCD2 / Guanine nucleotide exchange factor subunit GCD2 / eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit delta


分子量: 70945.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: GCD2, TIF224, YGR083C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P12754
#3: タンパク質 Translation initiation factor eIF-2B subunit beta / GCD complex subunit GCD7 / Guanine nucleotide exchange factor subunit GCD7 / eIF-2B GDP-GTP ...GCD complex subunit GCD7 / Guanine nucleotide exchange factor subunit GCD7 / eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit beta


分子量: 42621.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: GCD7, TIF222, YLR291C, L8003.17 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32502
#4: タンパク質 Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon / GCD complex subunit GCD6 / Guanine nucleotide exchange factor subunit GCD6 / eIF-2B GDP-GTP ...GCD complex subunit GCD6 / Guanine nucleotide exchange factor subunit GCD6 / eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit epsilon


分子量: 81249.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: GCD6, TIF225, YDR211W, YD8142.12, YD8142B.03 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32501
#5: タンパク質 Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma / GCD complex subunit GCD1 / Guanine nucleotide exchange factor subunit GCD1 / eIF-2B GDP-GTP ...GCD complex subunit GCD1 / Guanine nucleotide exchange factor subunit GCD1 / eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit gamma


分子量: 65768.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: GCD1, TIF223, TRA3, YOR260W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P09032

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Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit ... , 3種, 6分子 KLMNOP

#6: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha / eIF-2-alpha


分子量: 34843.633 Da / 分子数: 2 / Mutation: serine 52 to SEP / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: SUI2, TIF211, YJR007W, J1429 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20459
#7: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta / eIF-2-beta


分子量: 31631.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: SUI3, TIF212, YPL237W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P09064
#8: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma / eIF-2-gamma


分子量: 57942.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: GCD11, TIF213, YER025W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32481

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of translation initiation factors eIF2 and eIF2B
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.838 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.5
詳細: Solutions for sample preparation were made fresh, filter sterilized, and degassed.
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1100 mMpotassium chlorideKCl1
220 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタン1
31 mMTCEP1
試料濃度: 0.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Ultra-thin carbon support film, 3nm - on lacey carbon grids from Agar Scientific were used for 35 degree tilted data collection. For zero tilt data collection, 200 mesh Au Quantifoil, R2/2 grids were used.
グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Homemade
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 294 K / 詳細: Blot for 2 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: Tilt at zero and 35 degrees.
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（補正後）: 37313 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 5500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 12 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 4533
詳細: 2 separate data collections for zero degree (2255 images) and tilted (2278 images) specimen. Both on Titan Krios
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 48 / 利用したフレーム数/画像: 2-48

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリFitting-ID詳細
1RELION2.01粒子像選択
3EPU画像取得
5GctfCTF補正
8MODELLERモデルフィッティング1
9UCSF Chimeraモデルフィッティング1
10Cootモデルフィッティング1
14RELION2.1初期オイラー角割当
15RELION2.1最終オイラー角割当
17RELION2.1分類
18RELION2.1３次元再構成
20PHENIXモデル精密化1Core region and C-term of eIF2 alpha were modelled directly into the map, using Coot and refined in Phenix
21UCSF Chimeraモデルフィッティング2cross-correlation at 15 A
CTF補正詳細: CTF determination was performed per micrograph initially. After particle picking and initial reconstruction, per particle CTF determination was performed.
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 655000
詳細: Initially, approximately 3000 particles were picked manually and used for 2D classification. Then 4 best looking 2D class average images were used as references for automated particle picking ...詳細: Initially, approximately 3000 particles were picked manually and used for 2D classification. Then 4 best looking 2D class average images were used as references for automated particle picking in RELION. For the zero tilt data collection, 406000 particles were picked. For the 35 degree tilt data collection, 249000 particles were picked
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.93 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 64541 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
IDプロトコル空間Target criteria詳細
1FLEXIBLE FITREALcorrelation coeficientModeller was used to build homology model of S. cerevisiae eIF2B structure based on S. pombe crystal structure. Subunits of the homology model, along with eIF2 alpha domains 1 and 2, were then rigid body fitted into our map using UCSF Chimera. The model then was refined using phenix and manually adjusted in Coot.
2RIGID BODY FITREALCross-correlation coefficienteIF2 alpha domain 3, eIF2 gamma, and eIF2 beta (3JAP) were rigid body fitted into our map using Chimera.
原子モデル構築
IDPDB-IDPDB chain-ID 3D fitting-IDPdb chain residue range
15B04

5b04

1
23JAP

3jap

j13-174
33JAP

3jap

j2182-265
43JAP

3jap

k2
53JAP

3jap

l2127-143

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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